Генетические варианты в chr 5p12 и 10q26 в качестве маркеров для применения при оценке риска, диагностировании, прогнозировании и лечении рака груди

ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ВАРИАНТЫ В Chr 5p12 И 10q26 В КАЧЕСТВЕ МАРКЕРОВ ДЛЯ ПРИМЕНЕНИЯ ПРИ ОЦЕНКЕ РИСКА, ДИАГНОСТИРОВАНИИ,ПРОГНОЗИРОВАНИИ И ЛЕЧЕНИИ РАКА ГРУДИ Изобретение касается определенных генетических вариантов на Chr5p12 и Chr10q26 в качестве вариантов предрасположенности к раку молочной железы. Описываются способы управления течением заболевания, включающие диагностирование повышенной и/или пониженной предрасположенности к раку молочной железы, способы прогнозирования ответа на лечение и способы определения прогноза с применением таких вариантов. Изобретение также относится к наборам, применимым в способах по изобретению. Область техники Рак молочной железы представляет собой наиболее распространенную форму рака, которым страдают женщины во всем мире. В настоящее время общая заболеваемость составляет более 1151000 новых случаев ежегодно [Parkin, et al. (2005), СА Cancer J. Clin, 55, 74-108]. Заболеваемость раком молочной железы является наиболее высокой в развитых странах, особенно среди населения, имеющего этническое происхождение из северной Европы, и неуклонно повышается. В Соединенных Штатах ежегодная заболеваемость, стандартизованная по возрасту, составляет приблизительно 125 случаев на 100000 населения, что более чем в три раза превышает среднее мировое значение. Показатели в странах северной Европы являются столь же высокими. По оценкам 2008 года в США ожидается ежегодное выявление 184450 новых случаев инвазивного рака молочной железы и гибель от заболевания 40930 человек [Jemal,et al. (2008), СА Cancer J. Clin, 58, 71-96]. К этим цифрам необходимо добавить дополнительно 67770 диагностированных случаев протоковой и дольковой карциномы in situ, ожидаемых в 2008 г. В индивидуальной перспективе вероятность развития рака молочной железы составляет 12,3% у женщин в США(т.е. у 1 из 8 женщин в течение жизни разовьется рак молочной железы). Как при большинстве форм рака, важными факторами являются ранняя диагностика и соответствующее лечение. В общем, вероятность прожить следующие 5 лет при раке молочной железы составляет 89%. Однако у лиц, имеющих местную инвазию или заболевание с метастазами, этот показатель снижается до 84 и 27% соответственно[Jemal, et al. (2008), СА Cancer J. Clin, 58, 71-96]. Все большее и большее значение придается выявлению индивидов, имеющих высокий риск первичного или рецидивирующего рака молочной железы. Таким индивидам может проводиться более интенсивный скрининг, превентивная химиотерапия, гормональная терапия и в случае чрезвычайно высокого риска - превентивное оперативное вмешательство. Программы массового скрининга ложатся огромным экономическим бременем на систему здравоохранения, тогда как превентивная терапия ассоциирована с риском и снижением качества жизни. Генетическая предрасположенность к раку молочной железы. Две основные группы известных факторов риска рака молочной железы - эндокринные и генетические факторы. Что касается последних, приблизительно 12% пациентов с раком молочной железы имеют одного или более родственников первой степени с раком молочной железы [(2001), Lancet, 358, 1389-99]. Хорошо известные доминантные гены, предрасполагающие к раку молочной железы, BRCA1 и BRCA2 обусловливают значительно повышенный риск рака молочной железы у носителей, с оценками пенетрантности на протяжении всей жизни, варьирующими от 40 до 80%. Наличие мутаций BRCA1 и BRCA2 обнаруживается у большинства семей с 6 или более случаями рака молочной железы и в большой части семей, в которых встречается рак молочной железы и яичников или рак молочной железы у мужчин. Однако такие семьи в действительности встречаются очень редко. Мутации BRCA1 и BRCA2 обнаруживаются гораздо реже в семьях с меньшим количеством случаев рака или в семьях, где встречается только рак молочной железы. В общей сложности мутации BRCA1 и BRCA2 отвечают за 15-20% риска семейного рака молочной железы. Если было бы возможно детектировать все часто встречающиеся мутацииBRCA в популяциях, не имеющих "эффекта основателя", можно было бы ожидать обнаружение мутации у 2-3% пациентов с раком молочной железы [Gorski, et al. (2005), Breast Cancer Res Treat, 92, 19-24;(2000), Br J. Cancer, 83, 1301-8]. Такая низкая вероятность обнаружения мутации препятствует грамотному проведению тестирования на наличие мутации BRCA в семьях, не имеющих явной генетической предрасположенности [Anon (2003), J. Clin Oncol, 21, 2397-406]. Известно, что редкие мутации с высокой пенетрантностью возникают в генах ТР 53 и PTEN, однако, вместе они отвечают менее чем за 5% всего наследственно-обусловленного риска рака молочной железы [Easton (1999), Breast Cancer Res, 1, 14-7]. В исследованиях по сцеплению не удалось выявить другие широко распространенные мутации, обусловливающие риск рака молочной железы [Smith, et al. (2006), Genes Chromosomes Cancer, 45, 646-55]. Проведенные недавно эпидемиологические исследования указали на то, что большинство случаев рака молочной железы возникает среди предрасположенного или подверженного к нему меньшинства населения [Antoniou, et al. (2002), Br J. Cancer, 86, 76-83; Pharoah, et al. (2002), Nat Genet, 31, 33-6]. Данные исследований на близнецах и наблюдение постоянной высокой заболеваемости контралатеральным раком молочной железы пациентов, выживших после первичного рака молочной железы, указывают на то, что значительная часть неохарактеризованного риска рака молочной железы относится к эндогенным факторам, вероятнее всего, генетическим [Lichtenstein, et al. (2000), N Engl J. Med, 343, 78-85; Peto andMack (2000), Nat Genet, 26, 411-4]. Сведения о генетических факторах, лежащих в основе этого широко распространенного риска, очень ограничены. Сегрегационный анализ позволяет предположить, что неохарактеризованный генетический риск рака молочной железы вероятнее всего имеет полигенную природу, а связанные с риском аллели обусловливают степень риска от низкой до средней и могут взаимодействовать между собой и гормональными факторами риска. Тем не менее, данные исследования прогнозируют почти 40-кратное различие в относительных рисках между верхним и нижним квинтилем в распределении, которое можно выявить при генетическом профилировании, охватывающем подобные аллели, связанные с низким и умеренным риском [Antoniou, et al. (2002), Br J. Cancer, 86, 76-83; Pharoah,et al. (2002), Nat Genet, 31, 33-6]. Предполагается, что 88% всех случаев рака молочной железы возника-1 018444 ют среди 50% населения, имеющего предрасположенность, а на долю 12% населения, имеющего наиболее высокий риск, приходится 50% всех случаев рака молочной железы [Pharoah, et al. (2002), Nat Genet,31, 33-6; Pharoah (2003), Recent Results Cancer Res, 163, 7-18; discussion 264-6]. Особое внимание, таким образом, сосредоточено на выявлении таких индивидов, имеющих генетическую предрасположенность,и разработку для них стратегий индивидуального лечения. Нами и другими исследователями было показано, что существует значительный наследственный риск рака молочной железы в Исландии, который распространяется, по меньшей мере, на родственников 5 степени [Amundadottir, et al. (2004), PLoS Med, 1, e65; Tulinius, et al. (2002), J. Med Genet, 39, 457-62]. Предполагалось, что вклад мутаций BRCA1 в наследственный риск в Исландии минимален [Arason, et al.(1998), J. Med Genet, 35, 446-9; Bergthorsson, et al. (1998), Hum Mutat, Suppl 1, S195-7]. Единственная мутация, связанная с эффектом основателя в гене BRCA2 (999del5), присутствует в общей исландской популяции с частотой носительства 0,6-0,8% и среди женщин с раком молочной железы с частотой 7,78,6% [Thorlacius, et al. (1997), Am J. Hum Genet, 60, 1079-84; Gudmundsson, et al. (1996), Am J. Hum Genet,58, 749-56]. Считается, что эта единственная мутация отвечает приблизительно за 40% наследуемого риска рака молочной железы у родственников первой-третьей степени [Tulinius, et al. (2002), J. MedGenet, 39, 457-62]. Несмотря на то что данная оценка выше, чем уровень наследственного риска, приписываемого всем мутациям BRCA 1 и 2 в сочетании в популяциях, не имеющих "эффекта основателя",остается еще 60% наследственного риска рака молочной железы в Исландии, которое требуется объяснить. Родственники первой степени пациентов, у которых результаты тестов на наличие BRCA2 999del5 отрицательны, имеют риск рака молочной железы в 1,72 раза выше популяционного риска (95% CI 1,491,96) [Tulinius, et al. (2002), J. Med Genet, 39, 457-62]. Генетический риск обусловливается небольшими различиями в генах индивидов в популяции. Чаще всего различия в генах между индивидами обусловлены однонуклеотидными полиморфизмами (ОНП),хотя и другие вариации также имеют важное значение. В человеческом геноме ОНП располагаются в среднем в каждой 1000 пар оснований. Соответственно, обычный человеческий ген, содержащий 250000 пар оснований, может содержать 250 различных ОНП. Только небольшая часть ОНП располагается в экзонах и приводит к изменению аминокислотной последовательности белка, кодируемого геном. Большинство ОНП оказывают небольшое влияние или не оказывают влияния на функцию генов, в то время как некоторые могут изменять транскрипцию, сплайсинг, трансляцию или стабильность кодируемой геном мРНК. Кроме того, генетический полиморфизм в человеческом геноме бывает связан с инсерциями,делециями, транслокациями или инверсиями либо коротких, либо длинных участков ДНК. Генетические полиморфизмы, обусловливающие риск заболеваний, таким образом, могут напрямую изменять аминокислотную последовательность белков, могут приводить к повышению количества белка, кодируемого геном, или могут вызывать уменьшение количества белка, кодируемого геном. Поскольку генетические полиморфизмы, обусловливающие риск заболеваний, раскрыты, для клинической медицины становится важным генетическое тестирование на наличие подобных факторов риска. Свежими примерами являются тестирование аполипопротеина Е для идентификации носительства полиморфизма гена апоЕ 4 среди пациентов с деменцией для дифференциальной диагностики болезни Альцгеймера и тестирование на фактор V Лейден для выяснения предрасположенности к тромбозу глубоких вен. Более того, при лечении рака определение генетических вариантов опухолевых клеток используется для выбора наиболее подходящего режима лечения для отдельных пациентов. При раке молочной железы генетическая вариация в экспрессии эстрогеновых рецепторов или экспрессии тирозин киназы рецептора херегулина 2 типа определяет, будут ли включены в план лечения антиэстрогеновые препараты (тамоксифен) или антитела anti-Her2 (герцептин). При хроническом миелоидном лейкозе(ХМЛ) обнаружение Филадельфийской хромосомы, появляющейся вследствие генетической транслокации, приводящей к объединению генов, кодирующих тирозиновые киназы Bcr и Abl, указывает на то, что в лечении рака должен использоваться препарат Гливек (Gleevec, STI571), специфический ингибитор киназ Bcr-Abl. У пациентов с ХМЛ, имеющих подобное генетическое нарушение, ингибирование киназBcr-Abl приводит к быстрой элиминации опухолевых клеток и ремиссии лейкоза. Сведения о том, какие генетические факторы отвечают за резидуальный генетический риск рака молочной железы, очень ограничены. Были получены точные подтверждения, что варианты двух генов,CHEK2 и ATM, являются генами риска рака молочной железы с низкой пенетрантностью [Renwick, et al.(2006), Nat Genet, 38, 873-5; (2004), Am J. Hum Genet, 74, 1175-82]. Кроме того, в одном из последних сообщений установлена связь между вариантами на хромосомах 2q35 и 16q12 и повышенным риском рака молочной железы, позитивного по эстрогеновым рецепторам (Simon, S.N. et al. Nat Genet 39:865-9(2007. Изучалась роль многих других генов, однако их вклад в риск рака молочной железы не был подтвержден в анализе с использованием очень больших выборок [Breast Cancer Association (2006), J. NatlCancer Inst, 98, 1382-96]. В настоящее время не существует универсального способа, позволяющего проводить успешную профилактику или лечение рака молочной железы. Ведение больных с раком молочной железы в настоящее время основано на сочетании первичной профилактики, ранней диагностики, соответствующего лечения и вторичной профилактики. Существуют четкие клинические показания для включения генети-2 018444 ческого тестирования по всем перечисленным направлениям. Выявление генов, предрасполагающих к развитию рака, может также обнаружить ключевые молекулярные механизмы, которыми можно управлять (например, с применением препаратов с низким или высоким молекулярным весом) и может обеспечить более эффективное лечение. Сущность изобретения Данное изобретение касается способов оценки предрасположенности к раку молочной железы. Изобретение включает способы диагностирования повышенной предрасположенности к раку молочной железы, а также способов диагностирования пониженной предрасположенности к раку молочной железы или диагностирования устойчивости к раку молочной железы посредством оценки определенных маркеров или гаплотипов, для которых обнаружена ассоциация с повышенной или пониженной предрасположенностью к раку молочной железы. Изобретение также касается способов оценки прогноза у индивидов с диагностированным раком молочной железы, способов оценки возможности ответа на терапевтический агент, используемый при раке молочной железы, или способ лечения рака молочной железы, а также способов мониторинга за ходом лечения индивида с диагностированным раком молочной железы. В одном аспекте данное изобретение касается способа диагностирования предрасположенности к раку молочной железы у человеческого индивида, способ включает определение наличия или отсутствия по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера на хромосоме 5 р 12 или на хромосоме 10q26 в образце нуклеиновой кислоты, взятом у индивида, где наличие по меньшей мере одного аллеля указывает на предрасположенность к раку молочной железы. Изобретение также касается способа определения предрасположенности к раку молочной железы посредством определения наличия или отсутствия по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера на хромосоме 5 р 12 или на хромосоме 10q26 в образце нуклеиновой кислоты индивида, где определение наличия по меньшей мере одного аллеля указывает на предрасположенность к раку молочной железы. В другом аспекте изобретение касается способа определения предрасположенности к раку молочной железы у человеческого индивида, включающего определение, присутствует ли по меньшей мере один связанный с риском аллель по меньшей мере одного полиморфного маркера в массиве данных генотипа, полученном у индивида, где по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из маркеров в составе хромосомы 5 р 12 и где определение наличия по меньшей мере одного связанного с риском аллеля указывает на повышенную предрасположенность индивида к раку молочной железы. Изобретение также касается способа определения предрасположенности человеческого индивида к раку молочной железы, включающего определение, присутствует ли по меньшей мере один аллель по меньшей мере одного полиморфного маркера в образце нуклеиновой кислоты, взятом у индивида, или в массиве данных генотипа, полученном у индивида, где по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из rs10941679 (SEQ ID NO:236), rs4415084 (SEQ ID NO:235) и rs1219648 (SEQ ID NO:237) и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними и где наличие по меньшей мере одного аллеля указывает на предрасположенность индивида к раку молочной железы. Массив данных генотипа в одном воплощении включает информацию о характере маркера и аллельном статусе индивида, т.е. информацию о характере двух аллелей маркера, присутствующих у индивида. Массив данных генотипа может включать информацию по аллелям одного или более маркеров,включая два или более маркеров, три или более маркеров, пять или более маркеров, сто или более маркеров и т.д. В некоторых воплощениях массив данных генотипа включает информацию о генотипе, полученную при анализе всего генома индивида, который может включать сотни тысяч маркеров или даже миллион и более маркеров. В определенных воплощениях по меньшей мере один полиморфный маркер сцеплен с геном FGF10,геном HCN1, геном MRPS30 и/или геном FGFR2. В некоторых таких воплощениях по меньшей мере один полиморфный маркер находится в неравновесии по сцеплению с геном FGF10, геном HCN1, геномMRPS30 и/или геном FGFR2. В некоторых других воплощениях по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из группы маркеров, расположенных в составе сегмента хромосомы, расположенного между позициями 44666047 и 44976797 согласно NCBI Build 34, и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними. В другом воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из группы, состоящей из полиморфных маркеров, приведенных в табл. 1 и 3, и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними. В определенных воплощениях по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из маркеров,приведенных в табл. 12-14. В одном воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из маркеров, приведенных в SEQ ID NO:1-237. В одном воплощении маркеры, находящиеся в неравновесии по сцеплению с маркером rs4415084, выбраны из маркеров, приведенных в табл. 12. В другом воплощении маркеры, находящиеся в неравновесии по сцеплению с маркером rs10941679, выбраны из маркеров,приведенных в табл. 13. В другом воплощении маркеры, находящиеся в неравновесии по сцеплению с маркером rs1219648, выбраны из маркеров, приведенных в табл. 14. В определенных воплощениях выполняется дополнительный этап оценки у индивида частоты по меньшей мере одного гаплотипа. В таких воплощениях в гаплотип могут быть включены два или более маркера, включая три, четыре, пять, шесть, семь, восемь, девять или десять либо более маркеров. В од-3 018444 ном воплощении гаплотип включает маркеры в регионе хромосомы 5 р 12. В другом воплощении гаплотип включает маркеры в регионе хромосомы 10q26. В определенных воплощениях гаплотип включает маркеры в неравновесии по сцеплению с rs4415084. В некоторых других воплощениях гаплотип включает маркеры в неравновесии по сцеплению с rs10941679. В некоторых других воплощениях гаплотип включает маркеры в неравновесии по сцеплению с rs1219648. Маркеры, обусловливающие риск рака молочной железы, согласно данному изобретению могут использоваться в сочетании с другими генетическими маркерами рака молочной железы. Так, в определенных воплощениях выполняется дополнительный этап, включающий определение, присутствует ли в образце, содержащем геномную ДНК человеческого индивида, или в массиве данных генотипа, полученного у человеческого индивида, по меньшей мере один связанный с риском аллель по меньшей мере одного связанного с риском рака молочной железы полиморфного маркера, не находящегося в неравновесии по сцеплению с любым из маркеров, приведенных в табл. 12-14. Другими словами, генетические маркеры в других позициях генома могут применяться в комбинации с маркерами по данному изобретению для определения совокупного риска рака молочной железы, на основании множества генетических факторов. Выбор маркеров, не находящихся в неравновесии по сцеплению (не находящихся в НС), может основываться на соответствующих показателях неравновесия по сцеплению согласно дальнейшему описанию. В определенных воплощениях маркеры, не находящиеся в неравновесии по сцеплению, имеют значения показателя НС между маркерами r2 менее 0,2. В определенных других воплощениях маркеры, не находящиеся в НС, имеют значения r2 для маркеров менее 0,15, включая менее 0,10, менее 0,05, менее 0,02 и менее 0,01. Другие подходящие пороговые значения для установления того, что маркеры не находятся в НС, также рассматриваются, включая значения, объединяющие любые из указанных значений. В определенных воплощениях множество маркеров согласно данному описанию определяется для определения совокупного риска рака молочной железы. Так, в определенных воплощениях выполняется дополнительный этап, включающий определение, присутствует ли по меньшей мере один аллель каждого по меньшей мере из двух полиморфных маркеров в образце, содержащем геномную ДНК человеческого индивида, или в массиве данных генотипа, полученном у человеческого индивида, где наличие по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере двух полиморфных маркеров указывает на повышенную предрасположенность к раку молочной железы. В одном воплощении маркеры выбраны из rs4415084(SEQ ID NO:235), rs10941679 (SEQ ID NO:236) и rs1219648 (SEQ ID NO:237) и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними. Оценка риска на основании маркеров по данному изобретению может также сочетаться с оценкой наличия или отсутствия по меньшей мере одного высокопенетрантного генетического фактора рака молочной железы в образце нуклеиновой кислоты, взятом у индивида, или в массиве данных генотипа, полученном у индивида. Высокопенетрантным генетическим фактором рака молочной железы может быть,например, мутация BRCA1, мутация BRCA2, мутация ТР 53 или мутация PTEN. В совокупности на долю мутаций BRCA1 и BRCA2 может приходиться 15-20% риска семейного рака молочной железы и это может отвечать приблизительно за 2-3% случаев впервые выявленного рака молочной железы [Gorski, et al.(2005), Breast Cancer Res Treat, 92, 19-24 (2000), Br J. Cancer, 83, 5% общего генетического 1301-8]. Известные мутации в генах ТР 53 и PTEN обусловливают приблизительно риск рака молочной железы[Easton (1999), Breast Cancer Res, 1, 14-7]. В одном воплощении высокопенетрантным генетическим фактором является BRCA2 999del5. Для установления совокупного риска у индивида генетические маркеры по изобретению могут также применяться в сочетании с негенетической информацией. Так, в определенных воплощениях выполняется дополнительный этап, включающий анализ негенетической информации, для оценки риска, диагностирования или определения прогноза у индивида. Негенетическая информация может представлять собой любую информацию, относящуюся к статусу заболевания индивида, или другую информацию,которая способна оказать влияние на оценку совокупного риска рака молочной железы у индивида. В одном воплощении негенетическая информация выбрана из возраста, пола, этнической принадлежности,социоэкономического статуса, предшествующего диагноза заболевания, медицинского анамнеза субъекта, семейного анамнеза рака молочной железы, биохимических показателей и клинических показателей. В другом аспекте изобретение касается способа оценки риска развития, по меньшей мере, второй первичной опухоли у индивида с диагностированным ранее раком молочной железы, способ включает определение наличия или отсутствия по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера в образце нуклеиновой кислоты, взятом у индивида, где по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из группы, состоящей из полиморфных маркеров, приведенных в табл. 12-14, и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними, где наличие по меньшей мере одного аллеля указывает на риск развития, по меньшей мере, второй первичной опухоли. Кроме того, изобретение касается способа определения риска развития, по меньшей мере, второй первичной опухоли у индивида с диагностированным ранее раком молочной железы, способ включает определение, присутствует ли по меньшей мере один аллель по меньшей мере одного полиморфного маркера в образце нуклеиновой кислоты, взятом у индивида, или массиве данных генотипа, полученном у индивида, где по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из rs10941679 (SEQ ID NO:236), rs4415084 (SEQ ID NO:235) и rs1219648 (SEQ IDNO:237) и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними и где наличие по меньшей мере одного аллеля указывает на риск развития, по меньшей мере, второй первичной опухоли. В одном из таких воплощений по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из маркеров, приведенных в табл. 12-14. Изобретение также касается устройств для определения генетического индикатора рака молочной железы у человеческого индивида, включающих машиночитаемую память и программы, хранящиеся в машиночитаемой памяти, где программы предназначены для выполнения на процессоре для анализа информации по маркерам и/или гаплотипам для по меньшей мере одного человеческого индивида в отношении по меньшей мере одного полиморфного маркера, выбранного из rs10941679 (SEQ ID NO:236),rs4415084 (SEQ ID NO:235) и rs1219648 (SEQ ID NO:237) и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними, и генерирования выходных данных на основании информации по маркерам и гаплотипам, где в качестве генетического индикатора рака молочной железы у человеческого индивида выходные данные включают показатели индивидуального риска по меньшей мере по одному маркеру или гаплотипу. В одном воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из маркеров, приведенных в табл. 12-14. В одном воплощении программы также включают показатели риска рака молочной железы,ассоциированные по меньшей мере с одним аллелем маркера или гаплотипом, где показатель риска основан на сравнении частоты по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера и/или гаплотипа у множества индивидов с диагностированным раком молочной железы и индикатора частоты по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера и/или гаплотипа у множества референсных индивидов, где индивидуальный риск для человеческого индивида основан на сравнении статуса носительства у индивида по меньшей мере одного аллеля маркера и/или гаплотипа и показателя риска по меньшей мере для одного аллеля маркера и/или гаплотипа. Например,показатель риска в определенных воплощениях может представлять собой показатель риска, обусловленного каждой копией варианта, связанного с риском рака молочной железы, в популяции индивидов с раком молочной железы, в сравнении с контролями. На основании таких референтных данных можно оценить риск у каждого конкретного индивида, посредством определения его/ее генотипического статуса по определенными маркерам и последующего подсчета риска индивида. Если индивид является носителем одной копии генетического варианта, связанного с риском, в составе его/ее генома, то рассчитанный риск может основываться на риске, обусловленном единственной копией связанного с риском варианта. Если индивид является носителем двух копий генетического варианта, связанного с риском, т.е. индивид является гомозиготным по связанному с риском варианту, то оценка риска для индивида может основываться на риске для группы индивидов, основанном на сравнении с контролями. Как правило, риск для гомозиготных носителей представляет собой риск, характерный для одной копии варианта, возведенный в квадрат. Также возможны другие способы описания или оценки риска для индивида, основанные на генотипическом статусе по определенным маркерам, и они находятся в рамках данного изобретения. В другом аспекте изобретение относится к способу выявления маркера для использования в оценке предрасположенности к раку молочной железы, способ включает выявление по меньшей мере одного полиморфного маркера, находящегося в неравновесии по сцеплению по меньшей мере с одним изrs10941679 (SEQ ID NO:236), rs4415084 (SEQ ID NO:235) и rs1219648 (SEQ ID NO:237); определение генотипического статуса в выборке индивидов с диагностированным раком молочной железы или предрасположенными к нему; и определение генотипического статуса в выборке контрольных индивидов; где достоверная разница в частоте по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфизма у индивидов с диагностированным раком молочной железы или предрасположенных к нему, по сравнению с частотой по меньшей мере одного аллеля в контрольной выборке указывает на то, что по меньшей мере один полиморфизм может применяться для оценки предрасположенности к раку молочной железы. Достоверная разница может оцениваться при статистическом анализе частот аллелей определенных полиморфных маркеров среди пациентов с раком молочной железы и контролей. В одном воплощении достоверная разница между пациентами с раком молочной железы и контролями устанавливается при рассчитанных значениях Р менее 0,05. В одном воплощении повышение частоты по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфизма у индивидов с диагностированным раком молочной железы или предрасположенных к нему в сравнении с частотой по меньшей мере одного аллеля в контрольной выборке указывает на то, что по меньшей мере один полиморфизм может применяться для оценки повышенной предрасположенности к раку молочной железы. В другом воплощении понижение частоты по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфизма у индивидов с диагностированным раком молочной железы или предрасположенных к нему по сравнению с частотой по меньшей мере одного аллеля в контрольной выборке указывает на то, что по меньшей мере один полиморфизм может применяться для оценки пониженной предрасположенности, или устойчивости к раку молочной железы. Изобретение также касается способа генотипирования образца нуклеиновой кислоты, взятого у человеческого индивида, включающего определение, присутствует ли по меньшей мере один аллель по меньшей мере одного полиморфного маркера в образце нуклеиновой кислоты, взятом у индивида, где по меньшей мере один маркер выбран из rs10941679 (SEQ ID NO:236), rs4415084 (SEQ ID NO:235) иrs1219648 (SEQ ID NO:237) и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними, и где определение наличия по меньшей мере одного аллеля в образце указывает на предрасположенность индивида к раку молочной железы. В одном воплощении определение наличия аллеля Т rs4415084 (SEQ ID NO:235), аллеля Grs10941679 (SEQ ID NO:236) и/или аллеля G rs1219648 (SEQ ID NO:237) указывает на повышенную предрасположенность индивида к раку молочной железы. В одном воплощении генотипирование включает амплификацию сегмента нуклеиновой кислоты, содержащего по меньшей мере один полиморфный маркер, в ходе полимеразной цепной реакции (ПЦР) с применением пары нуклеотидных праймеров,фланкирующих по меньшей мере один полиморфный маркер. В другом воплощении генотипирование проводится посредством процесса, выбранного из аллель-специфической гибридизации зондов, аллельспецифического удлинения праймеров, аллель-специфический амплификации, секвенирования нуклеиновых кислот, расщепления 5'-экзонуклеазами, использования молекулярных беконов, лигирования олигонуклеотидов, анализа размера фрагментов, анализа однонитевой конформации и технологии микроматриц. В одном воплощении технология микроматриц представляет собой технологию матриц "Molecular Inversion Probe" или технологию трехмерных матриц с использованием микрочастиц "BeadArray". В одном воплощении процесс включает аллель-специфическую гибридизацию зондов. В другом воплощении процесс включает технологию микроматриц. Одно предпочтительное воплощение включает этапы(1) инкубации копий нуклеиновой кислоты с детектирующим олигонуклеотидным зондом и усиливающим олигонуклеотидным зондом в условиях для специфической гибридизации олигонуклеотидного зонда с нуклеиновой кислотой; где (а) детектирующий олигонуклеотидный зонд имеет длину 5-100 нуклеотидов и специфически гибридизуется с первым сегментом нуклеиновой кислоты, нуклеотидная последовательность которой приведена в любой из SEQ ID NO:1-237; (б) детектирующий олигонуклеотидный зонд содержит детектируемую метку на своем 3' конце и гасящий компонент на своем 5' конце; (в) усиливающий олигонуклеотид имеет длину 5-100 нуклеотидов и является комплементарным второму сегменту нуклеотидной последовательности, расположенному в положении 5' по отношению к олигонуклеотидному зонду, так что усиливающий олигонуклеотид располагается в положении 3' по отношению к детектирующему олигонуклеотидному зонду, когда оба олигонуклеотида гибридизованы с нуклеиновой кислотой; и (г) между первым сегментом и вторым сегментом существует пробел в одно основание, так что, когда олигонуклеотидный зонд и усиливающий олигонуклеотидный зонд, оба, гибридизованы с нуклеиновой кислотой, между олигонуклеотидами существует пробел в одно основание; (2) обработки нуклеиновой кислоты эндонуклеазой, которая будет отщеплять детектируемую метку от 3' конца детектирующего зонда с высвобождением свободной детектируемой метки при гибридизации детектирующего зонда с нуклеиновой кислотой; и (3) измерения свободной детектируемой метки, когда присутствие свободной детектируемой метки указывает на то, что детектирующий зонд специфически гибридизован с первым сегментом нуклеиновой кислоты и указывает на то, что последовательность полиморфного сайта комплементарна детектирующему зонду. Следующий аспект изобретения касается способа оценки у индивида вероятности ответа на терапевтический агент для лечения рака молочной железы, включающего определение, присутствует ли по меньшей мере один аллель по меньшей мере одного полиморфного маркера в образце нуклеиновой кислоты, взятом у индивида, или массиве данных генотипа, полученном у индивида, где по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из rs10941679 (SEQ ID NO:236), rs4415084 (SEQ ID NO:235) иrs1219648 (SEQ ID NO:237) и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними, где наличие по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного маркера указывает на вероятность благоприятного ответа на терапевтический агент. В другом аспекте изобретение относится к способу определения прогноза у индивида с диагностированным раком молочной железы, способ включает определение, присутствует ли по меньшей мере один аллель по меньшей мере одного полиморфного маркера в образце нуклеиновой кислоты, взятом у индивида, или в массиве данных генотипа, полученном у индивида, где по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из rs10941679 (SEQ ID NO:236), rs4415084 (SEQ ID NO:235) и rs1219648 (SEQID NO:237) и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними, где наличие по меньшей мере одного аллеля указывает на неблагоприятный прогноз рака молочной железы у индивида. Еще один аспект изобретения касается мониторинга за ходом лечения у индивида, которому проводится лечение рака молочной железы, способ включает определение, присутствует ли по меньшей мере один аллель по меньшей мере одного полиморфного маркера в образце нуклеиновой кислоты, взятом у индивида, или в массиве данных генотипа, полученном у индивида, где по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из rs10941679 (SEQ ID NO:236), rs4415084 (SEQ ID NO:235) и rs1219648 (SEQID NO:237), и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними, где наличие по меньшей мере одного аллеля указывает на исход лечения у индивида. В одном воплощении лечение представляет собой хирургическое лечение, лечение при помощи радиотерапии или лечение посредством введения лекарственных препаратов. Изобретение также касается применения олигонуклеотидных зондов в производстве реагентов для диагностирования и/или оценки предрасположенности человеческого индивида к раку молочной железы,где зонд гибридизуется с сегментом нуклеиновой кислоты с нуклеотидной последовательностью, приведенной в любой из SEQ ID NO:1-237, где зонд имеет длину 15-500 нуклеотидов. В определенных воплощениях зонд имеет длину приблизительно от 16 до 100 нуклеотидов. В других конкретных воплощениях зонд имеет длину приблизительно от 20 до 50 нуклеотидов. В других конкретных воплощениях зонд имеет длину приблизительно от 20 до 30 нуклеотидов. Изобретение также касается машиночитаемых носителей. В одном аспекте изобретение касается носителей, на которых хранится идентификатор по меньшей мере для одного полиморфного маркера; индикатор частоты по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного указанного полиморфного маркера у множества индивидов с диагностированным раком молочной железы и индикатор частоты по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного указанного полиморфного маркера у множества референсных индивидов; где по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из rs10941679 (SEQ IDNO:236), rs4415084 (SEQ ID NO:235) и rs1219648 (SEQ ID NO:237) и полиморфных маркеров в неравновесии по сцеплению с ними. В одном воплощении полиморфный маркер выбран из маркеров, приведенных в табл. 12-14. В другом воплощении носители также содержат информацию о происхождении множества индивидов. В рамках данного изобретения находятся различные нозологические формы и разновидности фенотипов рака молочной железы. В наиболее широком понимании изобретение касается любого фенотипа рака молочной железы. В определенных воплощениях рак молочной железы включает любой диагноз рака молочной железы, включая инвазивный протоковый, инвазивный дольковый, тубулярный или другие инвазивные или смешанные инвазивные формы, медуллярный, DCIS (от англ. Ductal Carcinoma Insitu), или другие неинвазивные формы; инвазивный рак молочной железы, включая рак молочной железы 0 стадии, 1 стадии, 2 стадии (включая стадию 2 а и стадию 2b), 3 стадии (включая стадию 3 а, стадию 3b и стадию 3 с) и 4 стадии, но не ограничивается ими. В определенных воплощениях фенотип рака молочной железы выбран из всех форм рака молочной железы, первично-множественного рака молочной железы и рака молочной железы с ранним возникновением. В некоторых воплощениях маркеры по изобретению ассоциированы с риском рака молочной железы у индивидов с семейным анамнезом рака молочной железы. В одном таком воплощении фенотипом, ассоциированным с раком молочной железы, является суммарный индекс семейного анамнеза (ИСА). В другом воплощении рак молочной железы, ассоциированный с вариантами по изобретению, представляет собой рак молочной железы, позитивный по эстрогеновым рецепторам (ЭР) и/или прогестероновым рецепторам (ПР). В одном воплощении рак молочной железы, ассоциированный с вариантами по изобретению, является позитивным по эстрогеновым рецепторам (ЭР). В другом воплощении рак молочной железы, ассоциированный с вариантами по изобретению, является позитивным по прогестероновым рецепторам (ПР). В одном таком воплощении маркеры,для которых описана ассоциация с повышенным риском или предрасположенностью к раку молочной железы, обусловливают повышенный риск или предрасположенность к ЭР-позитивному и/или ПРпозитивному раку молочной железы. Так, в определенных воплощениях наличие по меньшей мере одного связанного с риском варианта по изобретению позволяет спрогнозировать ЭР-позитивный или ПРпозитивный рак молочной железы у индивида. В некоторых воплощениях способов по изобретению предрасположенность, определяемая способами, представляет собой повышенную предрасположенность. В одном таком воплощении повышенная предрасположенность характеризуется относительным риском (RR), равным по меньшей мере 1,10. В другом воплощении повышенная предрасположенность характеризуется относительным риском, равным по меньшей мере 1,20. В другом воплощении повышенная предрасположенность характеризуется относительным риском, равным по меньшей мере 1,30. В другом воплощении повышенная предрасположенность характеризуется относительным риском, равным по меньшей мере 1,40. В еще одном воплощении повышенная предрасположенность характеризуется относительным риском, равным по меньшей мере 1,50. В следующем воплощении повышенная предрасположенность характеризуется относительным риском, равным по меньшей мере 1,70. В еще одном воплощении повышенная предрасположенность характеризуется относительным риском, равным по меньшей мере 2,0. Другие воплощения характеризуются относительным риском, равным по меньшей мере 1,10, 1,11, 1,12, 1,13, 1,14, 1,15, 1,16, 1,17, 1,18,1,19, 1,20, 1,21, 1,22, 1,23, 1,24, 1,25, 1,26, 1,27, 1,28, 1,29, 1,30, 1,31, 1,32, 1,33, 1,34, 1,35. Другие численные значения риска, объединяющие любые из вышеперечисленных значений, также возможны и они также находятся в рамках изобретения. В некоторых воплощениях способов по изобретению предрасположенность, определяемая способами, представляет собой пониженную предрасположенность. В одном таком воплощении пониженная предрасположенность характеризуется относительным риском (RR) менее 0,9. В другом воплощении пониженная предрасположенность характеризуется относительным риском (RR) менее 0,8. В другом воплощении пониженная предрасположенность характеризуется относительным риском (RR) менее 0,7. В следующем воплощении пониженная предрасположенность характеризуется относительным риском(RR) менее 0,5. Другие пороговые значения, такие как относительный риск менее 0,89, 0,88, 0,87, 0,86,0,85, 0,84, 0,83, 0,82, 0,81, 0,80, 0,79, 0,78, 0,77, 0,76, 0,75, 0,74, 0,73, 0,72, 0,71, 0,70 и т.д., находятся в рамках изобретения. Изобретение также относится к наборам. В одном таком аспекте изобретение касается набора для оценки предрасположенности к раку молочной железы у человеческого индивида, набор включает реа-7 018444 генты, необходимые для селективной детекции по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера на хромосоме 5 р 12 или 10q26 в геноме индивида, где наличие по меньшей мере одного аллеля указывает на повышенную предрасположенность к раку молочной железы. В другом аспекте изобретение касается набора для оценки предрасположенности к раку молочной железы у человеческого индивида, набор включает реагенты для селективной детекции по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера в геноме индивида, где полиморфный маркер выбран изrs10941679 (SEQ ID NO:236), rs4415084 (SEQ ID NO:235) и rs1219648 (SEQ ID NO:237) и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними и где наличие по меньшей мере одного аллеля указывает на предрасположенность к раку молочной железы. В одном воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из маркеров, приведенных в табл. 12-14. В одном воплощении реагенты в наборе могут содержать по меньшей мере один примыкающий нуклеотид, гибридизующийся с фрагментом генома индивида, содержащим по меньшей мере один полиморфный маркер. В другом воплощении набор включает по меньшей мере одну пару олигонуклеотидов, гибридизующихся с противоположными нитями сегмента генома, полученного у субъекта, где каждая пара олигонуклеотидных праймеров создана для селективной амплификации фрагмента генома индивида, включающего один полиморфизм, где полиморфизм выбран из группы, состоящей из полиморфизмов, указанных в табл. 12-14, и где фрагмент имеет размер по меньшей мере 20 пар оснований. В одном воплощении олигонуклеотид является полностью комплементарным геному индивида. В другом воплощении набор также содержит буфер и фермент для амплификации указанного сегмента. В другом воплощении реагенты также включают метку для детекции указанного фрагмента. В одном предпочтительном воплощении набор содержит детектирующий олигонуклеотидный зонд,имеющий длину 5-100 нуклеотидов; усиливающий олигонуклеотидный зонд, имеющий длину 5-100 нуклеотидов; и фермент эндонуклеазу; где детектирующий олигонуклеотидный зонд специфически гибридизуется с первым сегментом нуклеиновой кислоты, нуклеотидная последовательность которой приведена в любой из SEQ ID NO:1-237, и где детектирующий олигонуклеотидный зонд содержит детектируемую метку на своем 3' конце и гасящий компонент на своем 5' конце; где усиливающий олигонуклеотид имеет длину 5-100 нуклеотидов и является комплементарным второму сегменту нуклеотидной последовательности, расположенному в положении 5' по отношению к олигонуклеотидному зонду, так что усиливающий олигонуклеотид располагается в положении 3' по отношению к детектирующему олигонуклеотидному зонду, когда оба олигонуклеотида гибридизованы с нуклеиновой кислотой; где между первым сегментом и вторым сегментом существует пробел в одно основание, так что, когда олигонуклеотидный зонд и усиливающий олигонуклеотидный зонд, оба, гибридизованы с нуклеиновой кислотой,между олигонуклеотидами существует пробел в одно основание; и где при обработке нуклеиновой кислоты эндонуклеазой от 3' конца детектирующего зонда будет отщепляться детектируемая метка, так что высвобождение свободной детектируемой метки будет иметь место при гибридизации детектирующего зонда с нуклеиновой кислотой. Наборы согласно данному изобретению также могут применяться в других способах по изобретению, включая способы оценки риска развития, по меньшей мере, второй первичной опухоли у индивида с диагностированным ранее раком молочной железы, способы оценки у индивида вероятности ответа на терапевтический агент для лечения рака молочной железы, способы мониторинга хода лечения у индивида с диагностированным раком молочной железы и получающим лечение по поводу заболевания. Все маркеры, для которых здесь описана ассоциация с раком молочной железы, могут применяться в различных аспектах изобретения, включая способы, наборы, применения, устройства и процедуры,описываемые здесь. В определенных воплощениях изобретение касается применения маркеров в составе хромосомы 5 р 12. В других конкретных воплощениях изобретение касается маркеров в составе хромосомы 10q26. В определенных воплощениях изобретение касается маркеров, приведенных в табл. 1 или 3, и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними. В других конкретных воплощениях изобретение касается маркеров, приведенных в табл. 3. В других конкретных воплощениях изобретение касается маркеровrs10941679, rs7703618, rs4415084, rs2067980, rs10035564, rs11743392, rs7716600 и rs1219648 и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними. В некоторых предпочтительных воплощениях изобретение касается маркеров rs4415084, rs10941679 и rs1219648 и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними. В некоторых других предпочтительных воплощениях изобретение касается маркеров, приведенных в табл. 12-14. В других предпочтительных воплощениях изобретение касается rs4415084 и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними (например, маркеров, приведенных в табл. 12). В других предпочтительных воплощениях изобретение касается rs10941679 и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними (например, маркеров, приведенных в табл. 13). В других предпочтительных воплощениях изобретение касаетсяrs1219648 и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними (например, маркеров, приведенных в табл. 14). В одном воплощении изобретение касается маркера rs4415084. В другом воплощении изобретение касается rs10941679. В другом воплощении изобретение касается rs1219648. В определенных воплощениях по меньшей мере один аллель маркера, обусловливающий повышенный риск рака молочной железы, выбран из аллеля G rs10941679, аллеля Т rs7703618, аллеля Grs1219648. В этих воплощениях наличие аллеля (связанного с риском аллеля) указывает на повышенный риск рака молочной железы. В определенных воплощениях изобретения неравновесие по сцеплению определяется с помощью показателей неравновесия по сцеплению r2 и D', которые являются количественными показателями степени неравновесия по сцеплению (НС) между двумя генетическими элементами (например, полиморфными маркерами). Определенные численные значения данных показателей по конкретным маркерам указывают на то, что маркеры находятся в неравновесии по сцеплению, согласно следующему здесь описанию. В одном воплощении изобретения неравновесие по сцеплению между маркерами (т.е. значения НС указывают на маркеры, находящиеся в неравновесии по сцеплению) определяется как r20,1. В другом воплощении неравновесие по сцеплению определяется как r20,2. Другие воплощения могут включать другие определения неравновесия по сцеплению, такие как r20,25, r20,3, r20,35, r20,4, r20,45,r20,5, r20,55, r20,6, r20,65, r20,7, r20,75, r20,8, r20,85, r20,9, r20,95, r20,96, r20,97,r20,98 или r20,99. В определенных воплощениях неравновесие по сцеплению может также определяться как D'0,2 или как D'0,3, D'0,4, D'0,5, D'0,6, D'0,7, D'0,8, D'0,9, D'0,95,D'0,98 или D'0,99. В определенных воплощениях неравновесие по сцеплению определяется как удовлетворяющее двум критериям r2 и D', таким как r20,2 и D'0,8. Другие комбинации значений r2 и D' также возможны и находятся в рамках данного изобретения, включая значения этих параметров,приведенные выше, но не ограничиваясь ими. Краткое описание графических материалов Описанные выше и другие объекты, признаки и преимущества данного изобретения будут очевидны из следующего далее более подробного описания предпочтительных воплощений данного изобретения. Чертеж отображает картирование данных по ассоциации на хромосоме 5 р 12 в когорте Исландия 1. На верхней панели показаны значения Р для сигналов, указывающих на ассоциацию, полученных по данным Illumina Нар 300 на когорте Исландия 1 из 1660 пациентов с раком молочной железы и 11563 контролей, нанесенных на карту в соответствии с их физическим расположением (NCBI Build 34). Сигналы по ключевым ОНП, определяющим 6 классов эквивалентности в регионе, обозначены A-F. На нижней панели показано расположение горячих точек рекомбинации, поперечных дисков хромосом, экзонов известных генов и частоты рекомбинации. В нижней части на карте нанесены парные значения r2, полученные по данным II фазы проекта НарМар (выпуск 19). Интенсивность точек пропорциональна величине парных значений r2. Горячие точки рекомбинации и частоты рекомбинации получены с применением способов, описанных McVean et al. 2004 (см. текст). Сведения, подтверждающие возможность осуществления изобретения Данное изобретение описывает полиморфные варианты и гаплотипы, для которых была обнаружена ассоциация с раком молочной железы. Было установлено, что определенные аллели полиморфных маркеров на хромосоме 5 р 12 ассоциированы с раком молочной железы. Такие маркеры и гаплотипы могут применяться в диагностических целях, в способах прогнозирования ответа на лекарственный препарат и способах прогнозирования хода лечения, как подробно описано далее. Следующие воплощения данного изобретения включают способы оценки ответа на лечение рака молочной железы с помощью хирургического вмешательства или радиации с применением полиморфных маркеров по изобретению, а также наборов, применяющихся в способах по изобретению. Определения. Последовательности нуклеиновых кислот изображены слева направо в направлении от 5' к 3', если не указано иначе. Численные диапазоны, перечисленные в спецификации, включают значения, определяющие диапазон, и включают каждое целое значение или дробное значение в составе определенного диапазона. Если не указано иначе, все используемые здесь технические и научные термины имеют то же значение, в котором они обычно используются специалистами в области, к которой относится изобретение. Следующие термины будут в настоящем контексте иметь указанные значения."Полиморфный маркер", иногда обозначаемый как "маркер", в данном описании относится к полиморфному сайту генома. Каждый полиморфный маркер имеет по меньшей мере две вариации последовательности, характерные для определенных аллелей полиморфного сайта. Таким образом, генетическая ассоциация с полиморфным маркером подразумевает, что существует ассоциация по меньшей мере с одним специфическим аллелем этого конкретного полиморфного маркера. Маркер может включать любой аллель любого вида варианта, обнаруженного в геноме, включая однонуклеотидные полиморфизмы(ОНП), мини- или микросателлиты, транслокации и вариации числа копий (инсерции, делеции, дупликации). Полиморфные маркеры могут иметь любую измеряемую частоту в популяции. Для картирования генов, связанных с заболеванием, в основном наибольшее применение имеют полиморфные маркеры с популяционной частотой выше 5-10%. Однако полиморфные маркеры могут также иметь более низкую популяционную частоту, например частоту 1-5% или еще более низкую частоту, в особенности вариации числа копий (от англ. Сору number variations, CNV). В данном контексте термин будет употребляться для включения полиморфных маркеров с любой популяционной частотой."Аллель" относится к нуклеотидной последовательности заданного локуса (позиции) на хромосоме. Аллель полиморфного маркера таким образом относится к составу (т.е. последовательности) маркера на хромосоме. Геномная ДНК индивида содержит два аллеля для любого заданного полиморфного маркера,репрезентативного для каждой копии маркера на каждой хромосоме. Коды нуклеотидов, используемые здесь в последовательностях, следующие: А=1, С=2, G=3, Т=4. Для аллелей микросателлитов в качестве референсной использована выборка СЕРН (Centre d'Etudes du Polymorphisme Humain, генобанк, выборка СЕРН 1347-02), наиболее короткий аллель каждого микросателлита в данной выборке обозначен как 0, а все другие аллели в других выборках пронумерованы относительно данной последовательности. Так,например, аллель 1 является на 1 пн длиннее, чем самый короткий аллель в выборке СЕРН, аллель 2 является на 2 пн длиннее, чем самый короткий аллель в выборке СЕРН, аллель 3 является на 3 пн длиннее,чем самый короткий аллель в выборке СЕРН, и т.д., а аллель -1 является на 1 пн короче, чем самый короткий аллель в выборке СЕРН, аллель -2 является на 2 пн короче, чем самый короткий аллель в выборке СЕРН и т.д."Однонуклеотидный полиморфизм", или ОНП, представляет собой вариацию последовательности ДНК, возникающую, когда единичный нуклеотид в определенном положении в геноме отличается между представителями вида или между парами хромосом у индивида. Большинство ОНП имеют два аллеля. Каждый индивид в этом отношении является либо гомозиготным по одному аллелю полиморфизма (т.е. обе хромосомные копии индивида имеют одинаковые нуклеотиды в месте ОНП) или индивид является гетерозиготным (т.е. две сестринские хромосомы индивида содержат разные нуклеотиды). Номенклатура ОНП по данному описанию соответствует официальным идентификационным кодам (от англ. ReferenceSNP (rs) ID identification tag), приписанным каждому уникальному ОНП Национальным центром по биотехнологической информации (от англ. National Center for Biotechnological Information, NCBI). Возможные вариации, в последовательности приведенные здесь, находятся в соответствии с предложенными IUPAC-IUB. Данные коды совместимы с кодами, используемыми в базах данных EMBL,GenBank и PIR. Позиция нуклеотида, по которой возможно существование более одной последовательности в популяции (либо в естественной популяции, либо в искусственной популяции, например библиотеке синтетических молекул), обозначается здесь как "полиморфный сайт"."Вариант" по данному описанию относится к сегменту ДНК, отличающемуся от референсной ДНК."Маркер" или "полиморфный маркер" по данному описанию представляет собой вариант. Аллели, отличающиеся от референсных, обозначаются здесь как аллели "вариантов"."Микросателлит" является полиморфным маркером, имеющим множественные малые повторы длиной от 2 до 8 нуклеотидов (например, повторы СА) в конкретном сайте, у которых число повторяющихся мотивов варьирует в общей популяции."Индели" представляют собой распространенную форму полиморфизма, включающую небольшую инсерцию или делецию, которая обычно имеет длину всего несколько нуклеотидов."Гаплотип" в данном описании относится к сегменту геномной ДНК, в пределах одной нити ДНК,характеризующемуся специфической комбинацией последовательно расположенных аллелей. У диплоидных организмов, таких как человек, гаплотип включает одного представителя из пары аллелей по каждому полиморфному маркеру или локусу. В определенном воплощении гаплотип может включать два или более аллелей, три или более аллелей, четыре или более аллелей либо пять или более аллелей. Термин "предрасположенность" по данному описанию включает как повышенную предрасположенность, так и пониженную предрасположенность. Так, определенные полиморфные маркеры и/или гаплотипы по изобретению в данном описании могут быть характерны для повышенной предрасположенности к раку молочной железы (т.е. повышенного риска), характеризуемой относительным риском(RR) более одного или отношением шансов (OR) более одного. Кроме того, маркеры и/или гаплотипы по изобретению характерны для пониженной предрасположенности к раку молочной железы (т.е. пониженного риска), характеризуемой относительным риском менее одного или отношением шансов менее одного. Гаплотипы описываются здесь в контексте названия маркера и аллеля маркера в данном гаплотипе,например "Т rs4415084" означает аллель Т маркера rs4415084, входящего в гаплотип, и данная номенклатура является эквивалентом "аллель Т rs4415084" и "T-rs4415084". Кроме того, коды аллелей в гаплотипе являются такими же, как в отдельных маркерах, т.е. 1=А, 2=С, 3=G и 4=Т. Термин "предрасположенность" по данному описанию означает склонность индивида к развитию определенного состояния (например, определенного признака, фенотипа или заболевания, например,рака молочной железы) или к меньшей способности противостоять определенному состоянию по сравнению со средним индивидом. Термин включает как повышенную предрасположенность, так и пониженную предрасположенность. Так, определенные аллели полиморфных маркеров и/или гаплотипов по изобретению согласно данному описанию могут быть характерны для повышенной предрасположенности к раку молочной железы (т.е. повышенного риска), характеризуемой относительным риском (RR) или отношением шансов (OR) более одного для определенного аллеля или гаплотипа. Кроме того, маркеры и/или гаплотипы по изобретению характеризуются пониженной предрасположенностью к раку молочной железы (т.е. пониженным риском), характеризуемой относительным риском менее одного. Термин "и/или" в данном контексте следует трактовать как указание на то, что подразумеваются либо один, либо оба из пунктов, соединенных таким термином. Другими словами, данный термин здесь нужно воспринимать в значении "один или другой, или оба". Термин "переводная таблица" в данном описании означает таблицу, приводящую в соответствие одну форму данных с другой или одну или более форм данных с прогнозируемым исходом, к которому относятся данные, например фенотип или признак. Например, переводная таблица может включать соответствие между аллельными данными по меньшей мере для одного маркера и определенным признаком или фенотипом, например диагнозом определенного заболевания, которое вероятно проявится у индивида, имеющего определенные аллельные данные или которое может проявиться у него с большей вероятностью, чем у индивида, не имеющего определенные аллельные данные. Переводные таблицы могут быть многомерными, т.е. они могут содержать информацию одновременно по нескольким аллелям отдельных маркеров или они могут содержать информацию о множестве маркеров, и они также могут включать другие факторы, например подробности о диагнозе заболеваний, информацию о расовой принадлежности, биомаркерах, биохимических показателях, способах терапии или лекарственных препаратах и т.д."Машиночитаемые носители" представляют собой носители для хранения информации, к которой можно получить доступ при помощи компьютера с использованием коммерчески доступных или созданных по заказу программ. Примеры машиночитаемых носителей включают блоки памяти (например,RAM, ROM, флэш-память и т.д.), оптические носители информации (например, CD-ROM), магнитные носители (например, компьютерные жесткие диски, гибкие диски и т.д.), перфокарты или другие коммерчески доступные носители. Для хранения или доступа к хранящейся информации информация может быть перенесена между системой, представляющей интерес, и носителем, между компьютерами, либо между компьютерами и машиночитаемыми носителями. Такое перенесение может быть электронным или с помощью других доступных методов, например ИК-связи, беспроводных соединений и т.д."Образец нуклеиновой кислоты" представляет собой образец, полученный у индивидов и содержащий нуклеиновую кислоту. В определенных воплощениях, т.е. для определения конкретных полиморфных маркеров и/или гаплотипов, образец нуклеиновой кислоты содержит геномную ДНК. Такой образец нуклеиновой кислоты может быть получен из любого источника, содержащего геномную ДНК, включая как образец крови, образец амниотической жидкости, образец спинно-мозговой жидкости или образец ткани кожи, мышцы, буккальной слизистой или конъюнктивы, плаценты, желудочно-кишечного тракта или других органов. Термин "препарат, используемый при раке молочной железы" в данном описании означает агент,который может применяться для облегчения или предупреждения симптомов, ассоциированных с раком молочной железы. Термин "нуклеиновая кислота, ассоциированная с раком молочной железы" в данном описании означает нуклеиновую кислоту, которая, как было показано, ассоциируется с раком молочной железы. Термин включает описанные здесь маркеры и гаплотипы, а также маркеры и гаплотипы в сильном неравновесии по сцеплению (НС) с ними. Термин "рак молочной железы" в данном описании означает любой клинический диагноз рака молочной железы и включает любые всевозможные конкретные подтипы рака молочной железы. Например, рак молочной железы в ряде случаев относится к категории позитивного по эстрогеновым рецепторам (ЭР) или негативного по эстрогеновым рецепторам рака молочной железы; рак молочной железы в ряде случаев также относится к категории позитивного или негативного по прогестероновым рецепторам(ПР). Рак молочной железы также в ряде случаев диагностируется как инвазивный протоковый, инвазивный дольковый, тубулярный или иной инвазивный или смешанный инвазивный. Рак молочной железы также может относиться к категории медуллярной протоковой карциномы in situ (DCIS) или дольковой карциномы in situ (LCIS) или иным неинвазивным формам. Инвазивный рак молочной железы может также определяться как рак молочной железы на 0 стадии, 1 стадии, 2 стадии (включая стадию 2 а и стадию 2b), 3 стадии (включая стадию 3 а, стадию 3b и стадию 3 с) или 4 стадии. В данном контексте "рак молочной железы" может включать любой из этих подтипов рака молочной железы и также включает любые иные применяемые в клинической практике подтипы рака молочной железы. Термин "все формы рака молочной железы" или "все формы РМЖ" относится к индивидам с диагностированным раком молочной железы. Термин "умеренная предрасположенность" к раку молочной железы или рак молочной железы"УмерПред" (от англ. "Medium Predisposition") относится к подтипу рака молочной железы. Чтобы фенотип подходил под это определение, требуется соответствие пробанда по меньшей мере одному из следующих критериев: пробанд является представителем группы случаев рака молочной железы, объединяющей 3 или более пораженных родственников, находящихся на генетическом расстоянии не более 3 мейотических делений (3 М),пробанд является одним из пары пораженных родственников, находящихся на расстоянии не более 3 М, у одного из которых диагноз был поставлен в возрасте 50 лет или младше,пробанд является одним из пары пораженных родственников, находящихся на расстоянии не более 3 М, у одного из которых была диагностирована вторая первичная опухоль любого типа,у пробанда была диагностирована вторая первичная опухоль любого типа. Термин "первично-множественные опухоли молочной железы", или "ПМ ОМЖ", в данном описании означает случаи, когда наряду с постановкой первого диагноза рака молочной железы диагностируется по меньшей мере еще одна первичная опухоль и как клинически, так и гистологически подтверждается, что две опухоли являются независимыми первичными опухолями, развивающимися одновременно или последовательно с первоначально диагностированной опухолью молочной железы, и возникают контралатерально или ипсилатерально. Термин "индекс семейного анамнеза" (ИСА) в данном описании определяется по количеству имеющих рак молочной железы родственников у пробанда с заболеванием. Для каждого пробанда индекс, равный 1, присваивается за каждого пораженного родственника первой степени, 0,5 - за каждого пораженного родственника второй степени и 0,25 - за каждого родственника третьей степени. Общая сумма, полученная таким образом, по всем пораженным родственникам, представляет суммированный индекс семейного анамнеза, или ИСА. Термин "рак молочной железы, позитивный по эстрогеновым рецепторам", или "ЭР-позитивный рак молочной железы", в данном описании относится к опухолям, которые считаются положительными по экспрессии эстрогенового рецептора. В данном контексте уровни ЭР, превышающие или равные 10 фмоль/мг, и/или выявление 10% и более положительных ядер методами иммуногистохимии расценивается как ЭР-позитивность. Рак молочной железы, который не соответствует критериям ЭРпозитивности, определяется здесь как "ЭР-негативный" или "негативный по эстрогеновым рецепторам". Термин "рак молочной железы, позитивный по прогестероновым рецепторам" или "ПР-позитивный рак молочной железы" в данном описании относится к опухолям, которые считаются положительными по экспрессии прогестеронового рецептора. В данном контексте уровни ПР, превышающие или равные 10 фмоль/мг, и/или выявление 10% и более положительных ядер методами иммуногистохимии расценивается как ПР-позитивность. Рак молочной железы, который не соответствует критериям ПРпозитивности, определяется здесь как "ПР-негативный" или "негативный по прогестероновым рецепторам". Термин "хромосома 5 р 12" в данном описании относится к участку хромосомы 5 между позициями 44 094 392 и 46 393 984 согласно NCBI (от англ. National Center for Biotechnology Information, Национальный центр по биотехнологической информации) Build 34. Термин "FGF10" или "ген FGF10" в данном описании относится к гену фактора роста фибробластов 10 на человеческой хромосоме 5 р. Термин "MRPS30" или "ген MRPS30" в данном описании относится к гену митохондриального рибосомального белка S30 на человеческой хромосоме 5 р. Этот ген также имеет название гена белка программируемой клеточной гибели 9 (PDCD9) и кодирует митохондриальную субъединицу S28. Термин "FGFR2" или "ген FGFR2" в данном описании относится к гену рецептора фактора роста фибробластов 2 на человеческой хромосоме 10q26. Этот ген также имеет название гена белка, подобного рецептору протеиновых тирозиновых киназ 14 (от англ. Protein Tyrosine Kinase Receptor Like 14, TK14),рецептора фактора роста кератиноцитов (от англ. Keratinocyte Growth Factor Receptor, KGFR) и рецептора фактора роста фибробластов BEK. В ходе ассоциативного анализа популяции индивидов с диагностированным раком молочной железы согласно данному изобретению было обнаружено, что определенные аллели определенных поли- 12018444 морфных маркеров на хромосоме 5 р 12 ассоциированы с раком молочной железы. Общегеномный анализ вариантов, ассоциированных с раком, выявил ассоциацию рака молочной железы с регионом хромосомы 5 между позициями 44 094 392 и 46 393 984 (согласно координатам NCBI Build 34), обозначаемым здесь как регион хромосомы 5 р 12. Для конкретных маркеров в этом регионе была обнаружена ассоциация с повышенным риском рака молочной железы. В ходе генотипирования приблизительно 1600 пациентов с раком молочной железы из Исландии и 11563 контролей при помощи технологии микроматриц Illumina HumanHap300 было обнаружено, что большое количество маркеров на хромосоме 5 р ассоциировано с раком молочной железы (табл. 1). В частности, было обнаружено, что аллель Т маркера rs4415084 и аллель G маркера rs7703618 ассоциированы с повышенным риском рака молочной железы. Ассоциация маркера rs7703618 воспроизводилась на второй когорте из Исландии, что свидетельствовало о значимости сигнала, указывающего на ассоциацию. Сравнение исландской когорты, на которой было сделано открытие, с общедоступным массивом данных CGEMS (от англ. The Cancer Genetic Markers of Susceptibility) обнаружило, что ассоциация сrs4415084 также воспроизводится в данной когорте. Действительно, для данного маркера сигнал, указывающий на ассоциацию (значение р 9,02 Е-06 в исландской когорте, на которой было сделано открытие),является значимым при общегеномном анализе (после коррекции Бонферрони) с допустимым значением р, равным 1.38 Е-07 при объединении двух массивов данных. Этот ОНП характеризовался ничем не примечательным значением Р 2,21 Е-03 в самом массиве данных CGEMS, но подтверждает первоначальные результаты в исландской популяции. Маркер rs10941679, имеющий корреляцию с маркером rs4415084 (D'=0,99, r2=0,51), имеет еще большую корреляцию с раком молочной железы (OR=1,19, значение р 2.2 Е-06). Дополнительный анализ показал, что сигнал для rs4415084 и rs10941679 воспроизводится в когортах из Швеции, Голландии, Испании и США (см. табл. 6). Данное изобретение также свидетельствует об аллельной гетерогенности в регионе хромосомыChr5p12, было выделено шесть классов эквивалентности, представленных ключевыми маркерамиrs7703618, rs4415084, rs2067980, rs10035564, rs11743392 и rs7716600. Дальнейший анализ установил, что за наблюдаемый сигнал, указывающий на ассоциацию, в наибольшей степени отвечают маркерыrs4415084 и rs10941679. В регионе, в котором согласно данному изобретению выявлено существование маркеров и гаплотипов, ассоциированных с раком молочной железы, известно три гена. Этими генами являются FGF10,MRPS30 и HCN1, а также недостаточно охарактеризованный ген LOC441070. Два из этих генов, FGF10 иMRPS30, являются превосходными кандидатами на участие в предрасположенности к раку молочной железы. Так, FGF10 необходим для нормального эмбрионального развития молочной железы [Howard andAshworth (2006), PLoS Genet, 2, e112], кроме того, при проведении инсерционного мутагенеза с вирусомMMTV, была показана роль FGF10 как онкогена на моделях рака молочной железы у мышей; повышенная экспрессия FGF10 регистрируется приблизительно в 10% случаев рака молочной железы у людей[Theodorou, et al. (2004), Oncogene, 23, 6047-55]. Ген FGF10 отделяется от основного кластера сигналов,указывающих на ассоциацию, горячей точкой рекомбинации. Однако ключевые элементы, контролирующие регуляцию FGF10, могут находиться в регионе, где выявляются сильные сигналы, указывающие на ассоциацию. Кроме того, сигналы, указывающие на ассоциацию, могут находиться в неравновесии по сцеплению с патогенными мутациями в составе самого гена FGF10. Ген MRPS30, известный также как ген белка программируемой клеточной гибели 9 (PDCD9), кодирует митохондриальную рибосомальную субъединицу 28S. Данный ген представляет собой аналог проапоптотического белка р 52 курицы (Gallus gallus) у млекопитающих. Было показано, что он индуцирует апоптоз и активирует путь стресс-киназ JNK1 в клетках млекопитающих. Участие белка в апоптозе, по меньшей мере, частично опосредовано через путь Bcl-2 [Sun, et al. (1998), Gene, 208, 157-66; Carim, et al.(1999), Cytogenet Cell Genet, 87, 85-8; Cavdar Koc, et al. (2001), FEBS Lett, 492, 166-70]. Несмотря на то что ранее его причастность к раку молочной железы не была продемонстрирована, его роль в вышеупомянутых путях позволяет предположить, что генетические варианты MRPS30 могут быть задействованы в изменении риска рака молочной железы. Было также обнаружено, что маркер rs1219648 в локусе FGFR2 на хромосоме 10 обусловливает риск рака молочной железы (табл. 6), наибольшая ассоциация наблюдалась с ЭР-позитивными опухолями (табл. 10). Было также обнаружено, что ассоциация с rs1219648 была более значима при опухолях с поражением лимфатических узлов, чем без их поражения, и что ассоциация была наиболее выраженной у индивидов с семейным анамнезом рака молочной железы. Оценка маркеров и гаплотипов. При сравнении индивидов геномная последовательность в популяциях оказывается не идентичной. Скорее, геном отражает вариабельность последовательности между индивидами во многих участках генома. Такие вариации в последовательности обычно обозначаются как полиморфизмы и в геноме существует множество таких сайтов. Например, человеческий геном имеет вариации последовательности,- 13018444 которые появляются в среднем на каждые 500 пар оснований. Наиболее распространенный вариант последовательности представляет собой вариации оснований по одной позиции в геноме и такие варианты последовательности, или полиморфизмы, обычно называют однонуклеотидными полиморфизмами(ОНП). Полагают, что данные ОНП возникли в результате единственной мутации, таким образом, обычно существует два возможных аллеля в каждом сайте ОНП; исходный аллель и мутировавший (альтернативный) аллель. Благодаря естественному генетическому дрейфу и, возможно, также благодаря давлению отбора, исходная мутация превратилась в полиморфизм, характеризующийся определенной частотой его аллелей в любой заданной популяции. В человеческом геноме найдены многие другие виды вариантов последовательностей, включая мини- и микросателлиты, а также инсерции, делеции, инверсии(также обозначаемые вариациями числа копий, или CNV). Полиморфный микросателлит имеет множество коротких повторов оснований (таких как СА повторы, или TG на комплементарной цепи) в определенном участке, число повторяющихся мотивов варьирует в общей популяции. В общих терминах, каждая версия последовательности полиморфного сайта представляет собой определенный аллель полиморфного сайта. Такие варианты последовательностей могут все обозначаться полиморфизмами, возникающими в определенных полиморфных сайтах, характерных для обсуждаемого варианта последовательности. В общем определении, полиморфизмы могут включать любое число определенных аллелей. Так, в одном воплощении изобретения полиморфизм характеризуется наличием двух или более аллелей в любой заданной популяции. В другом воплощении полиморфизм характеризуется наличием трех или более аллелей. В других воплощениях полиморфизм характеризуется четырьмя или более аллелями, пятью или более аллелями, шестью или более аллелями, семью или более аллелями, девятью или более аллелями или десятью или более аллелями. Все такие полиморфизмы могут применяться в способах и наборах по данному изобретению и таким образом находятся в рамках изобретения. Благодаря своей распространенности ОНП отвечают за большинство вариаций последовательности в человеческом геноме. К настоящему времени признано существование более 6 миллионов ОНП(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/snpsummary.cgi). Однако CNV уделяется повышенное внимание. Эти крупные полиморфизмы (как правило, от 1 кб или более) являются причиной полиморфных вариаций, затрагивающих значительную часть собранного человеческого генома; известные CNV охватывают более 15% последовательности человеческого генома (Estivill, X Armengol; L, PloS Genetics 3:1787-99 (2007). http://projects.tcag.ca/variation/). Большинство из этих полиморфизмов, тем не менее,являются очень редкими и в среднем затрагивают только часть геномной последовательности каждого индивида. Известно, что CNV затрагивают экспрессию генов, вариацию фенотипов и адаптацию путем изменения дозы генов, а также являются причиной заболеваний (заболеваний, вызванных микроделециями и микродупликациями) и обусловливают риск распространенных комплексных заболеваний,включая ВИЧ-1 инфекцию и гломерулонефрит (Redon, R., et al. Nature 23:444-454 (2006. Таким образом, возможно, что ранее описанные или неизвестные CNV представляют собой варианты, являющиеся причиной заболевания, находящиеся в неравновесии по сцеплению с маркерами, ассоциированными с раком молочной железы согласно данному изобретению. Способы выявления CNV включают сравнительную геномную гибридизацию (от англ. comparative genomic hybridization, CGH) и генотипирование,включая применение матриц для генотипирования, согласно описанию Carter (Nature Genetics 39:S16-S21(2007. База данных вариантов генома (The Database of Genomic Variants, http://projects.tcag.ca/variation/) содержит обновляемую информацию о расположении, типе и размере описанных CNV. В настоящее время база данных содержит информацию по более чем 15000 CNV. В некоторых случаях делается ссылка на разные аллели в полиморфных сайтах без выбора референсного аллеля. В других случаях для конкретного полиморфного сайта может быть обозначена референсная последовательность. Референсный аллель в некоторых случаях обозначается как аллель "дикого типа" и обычно выбирается либо как первый секвенированный аллель или как аллель "не пораженного" индивида (например, индивида, не имеющего признаков или фенотипа заболевания). Аллели маркеров ОНП в данном описании означают основания А, С, G или Т, обнаруживаемые в полиморфных сайтах в ходе детекции ОНП. В данном описании использовали следующие коды аллелей ОНП: 1=А, 2=С, 3=G, 4=T. Специалисту очевидно, что при исследовании или чтении противоположной цепи ДНК можно в каждом случае определить комплементарный аллель. Следовательно, для полиморфного сайта (полиморфного маркера), характеризуемого полиморфизмом A/G, проводимый анализ может быть использован для специфической детекции наличия как одного из двух возможных оснований, так и обоих, т.е. А и G. Также возможно, что в ходе анализа, разработанного для детекции противоположной цепи ДНК-матрицы, может быть определено наличие комплементарных оснований Т и С. В количественном отношении (например, в терминах относительного риска) идентичные результаты будут получены при определении любой из цепей ДНК (+цепи или -цепи). Обычно референсная последовательность относится к определенной последовательности. Аллели,отличающиеся от референсного, иногда обозначаются как "варианты" аллелей. Вариант последовательности в данном описании означает последовательность, отличающуюся от референсной последовательности, но в остальном существенно схожую. Аллели полиморфных генетических маркеров, описываемые здесь, являются вариантами. Варианты могут включать изменения, затрагивающие полипептид. Отличия в последовательностях при сравнении с референсной нуклеотидной последовательностью могут включать инсерции или делеции единичного нуклеотида или более чем одного нуклеотида, приводящие к сдвигу рамки считывания; замену по меньшей мере одного нуклеотида, приводящую к замене кодируемой аминокислоты; замену по меньшей мере одного нуклеотида, приводящую к образованию преждевременного стоп-кодона; делецию нескольких нуклеотидов, приводящую к делеции одной или более аминокислот, кодируемых нуклеотидами; инсерции одного или нескольких нуклеотидов, такие как при неравной рекомбинации или конверсии генов, приводящие к прерыванию кодирующей последовательности рамки считывания; дупликации всей или части последовательности; транспозиции; или перестройки нуклеотидной последовательности. Такие изменения последовательности могут изменять полипептид,кодируемый нуклеиновой кислотой. Например, если изменения в последовательности нуклеиновых кислот вызывают сдвиг рамки считывания, сдвиг рамки считывания может привести к изменению кодируемых аминокислот и/или привести к образованию преждевременного стоп-кодона, вызывая образование укороченного полипептида. Возможно, что полиморфизм, ассоциированный с заболеванием или его признаками, может быть молчащей заменой одного или нескольких нуклеотидов (т.е. заменой, которая не приводит к изменению аминокислотной последовательности). Такой полиморфизм может, например,изменять сайты сплайсинга, влиять на стабильность транспортной мРНК или иначе влиять на транскрипцию или трансляцию кодируемого полипептида. Он может также изменять ДНК, так что увеличивается вероятность появления на соматическом уровне таких структурных изменений, как амплификации или делеции. Полипептид, кодируемый референсной нуклеотидной последовательностью, является "референсным" полипептидом с определенной референсной последовательностью аминокислот, а полипептиды, кодируемые вариантами аллелей, обозначаются "вариантными" полипептидами с вариантами последовательности аминокислот. Гаплотип означает сегмент ДНК, характеризующийся специфический комбинацией последовательно расположенных аллелей. У диплоидных организмов, таких как человек, гаплотип включает одного представителя из представителя пары аллелей по каждому полиморфному маркеру или локусу. В определенном воплощении гаплотип может включать два или более аллелей, три или более аллелей, четыре или более аллелей либо пять или более аллелей, каждый аллель соответствует определенному полиморфному маркеру в составе сегмента. Гаплотипы могут включать комбинацию различных полиморфных маркеров, например ОНП и микросателлиты, имеющие конкретные аллели в полиморфных сайтах. Гаплотипы таким образом включают комбинацию аллелей различных генетических маркеров. Детекция специфических полиморфных маркеров и/или гаплотипов может выполняться известными способами детекции последовательностей в полиморфных сайтах. Например, могут использоваться такие стандартные способы генотипирования наличия ОНП и/или микросателлитных маркеров, как флуоресцентные методики (Chen, X. et al., Genome Res. 9(5): 492-98 (1999, применяющие ПЦР, ЛЦР,гнездную ПЦР и другие методики амплификации нуклеиновых кислот. Определенные коммерческие методики, используемые для генотипирования ОНП, включают генотипирующие системы TaqMan и платформы SNPlex (Applied Biosystems), электрофорез в геле (Applied Biosystems), масс-спектрометрию(например, Affymetrix GeneChip; Perlegen), технологии трехмерных матриц с использованием микрочастиц "BeadArray" (например, Illumina GoldenGate и Infinium), технологию "ярлыковых матриц" (например,Parallele) и технологию, основанную на флуоресцентной гибридизации с применением эндонуклеаз (Invader; Third Wave). Некоторые из существующих платформ матриц, включая Affymetrix SNP Array 6.0 иIllumina CNV370-Duo и 1 М BeadChips, содержат ОНП, которые служат ярлыками для конкретных CNV. Это позволяет выявлять CNV с помощью суррогатных ОНП, имеющихся в этих платформах. Так, при помощи этих или других способов, доступных специалистам, могут быть выявлены один или более аллелей полиморфных маркеров, включая микросателлиты, ОНП или другие разновидности полиморфных маркеров. В некоторых из описанных здесь способов индивид с повышенной предрасположенностью к раку молочной железы (т.е. с повышенным риском) является индивидом, у которого идентифицирован по меньшей мере один специфический аллель одного или более полиморфных маркеров или гаплотипов,обусловливающих повышенную предрасположенность к раку молочной железы (т.е. связанный с риском аллель маркера или гаплотип). В одном аспекте связанный с риском маркер или гаплотип является тем,который обусловливает достоверно повышенный риск (или предрасположенность) рака молочной железы. В одном воплощении значимость, ассоциированная с маркером или гаплотипом, измеряется относительным риском (RR). В другом воплощении значимость, ассоциированная с маркером или гаплотипом,выражается отношением шансов (OR). В следующем воплощении значимость выражается в процентах. В одном воплощении значимо повышенный риск выражается как риск (относительный риск и/или отношение шансов), равный по меньшей мере 1,10, что включает, но не ограничивается значениями по меньшей мере 1,11, по меньшей мере 1,12, по меньшей мере 1,13, по меньшей мере 1,14, по меньшей мере 1,15, по меньшей мере 1,16, по меньшей мере 1,17, по меньшей мере 1,18, по меньшей мере 1,19, по меньшей мере 1,20, по меньшей мере 1,21, по меньшей мере 1,22, по меньшей мере 1,23, по меньшей мере 1,24, по меньшей мере 1,25, по меньшей мере 1,30, по меньшей мере 1,35, по меньшей мере 1,40, по меньшей мере 1,50, по меньшей мере 1,60, по меньшей мере 1,70, 1,80, по меньшей мере 1,90, по меньшей мере 2,0,по меньшей мере 2,5, по меньшей мере 3,0, по меньшей мере 4,0 и по меньшей мере 5,0. В конкретном воплощении значимым является риск (относительный риск и/или отношение шансов) по меньшей мере 1,15. В другом конкретном воплощении значимым является риск по меньшей мере 1,17. В еще одном воплощении значимым является риск по меньшей мере 1,20. В следующем воплощении значимым является относительный риск по меньшей мере около 1,25. В следующем воплощении значимым увеличением риска является по меньшей мере 1,30. Однако также рассматриваются и другие пороговые значения,например, по меньшей мере 1,16, 1,18, 1,19, 1,21, 1,22 и т.д., и такие пороговые значения также находятся в рамках данного изобретения. В других воплощениях значимым является увеличение риска по меньшей мере около 10%, включая, но не ограничиваясь значениями, около 15%, около 20%, около 25%, около 30%, около 35%, около 40%, около 45%, около 50%, около 55%, около 60%, около 65%, около 70%, около 75%, около 80%, около 85%, около 90%, около 95% и около 100%. В одном конкретном воплощении значимым является увеличение риска по меньшей мере на 15%. В других воплощениях значимым является увеличение риска по меньшей мере на 17%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 22%, по меньшей мере на 24%, по меньшей мере на 25%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 32% и по меньшей мере на 35%. Другие пороговые значения или диапазоны, которые специалисты сочтут подходящими для характеристики изобретения, также рассматриваются, и они также находятся в рамках данного изобретения. В определенных воплощениях значимое увеличение риска характеризуется значением р, например значением р менее 0,05, менее 0,01, менее 110-3 (0,001), менее 110-4 (0,0001), менее 110-4(0,000000001). Связанный с риском полиморфный маркер или гаплотип по данному изобретению представляет собой по меньшей мере один аллель по меньшей мере одного маркера или гаплотип, встречающийся более часто у индивида, имеющего риск развития заболевания или его признаков (пораженного), или с диагностированным заболеванием или его признаками, по сравнению с частотой его встречаемости в группе сравнения (в контроле), так что наличие маркера или гаплотипа указывает на предрасположенность к заболеванию или его признакам (например, раку молочной железы). Контрольная группа в одном воплощении может быть популяционной (выборкой, т.е. случайной выборкой из общей популяции). В другом воплощении контрольная группа представлена группой индивидов, не имеющих заболевания, т.е. индивидами, у которых не диагностирован рак молочной железы. Такие не имеющие заболевания контроли могут в одном воплощении характеризоваться отсутствием одного или более специфических симптомов, ассоциированных с заболеванием. В другом воплощении контрольная группа лиц, не имеющих заболевания, характеризуется отсутствием одного или более факторов риска, специфических для заболевания. Такие факторы риска в одном воплощении представляют собой по меньшей мере один фактор риска окружающей среды. Примерами факторов окружающей среды являются натуральные продукты,минералы или химические вещества, для которых известна или предполагается способность влиять на риск развития определенного заболевания или его признаки. Другие факторы риска окружающей среды являются факторами риска, относящимися к образу жизни, включая особенности питания и питья, географическое расположение места проживания, и профессиональные факторы риска, но не ограничиваются ими. В другом воплощении факторы риска представляют собой по меньшей мере один генетический фактор риска. Примером простого теста на корреляцию может быть точный тест Фишера в таблице два на два. Для заданной когорты хромосом таблица два на два строится исходя из числа хромосом, которые включают оба маркера или гаплотипа, один из маркеров или гаплотипов, и хромосом, которые не включают ни один из маркеров или гаплотипов. Другие статистические тесты на ассоциацию, известные специалистам, также рассматриваются и находятся в рамках изобретения. В других воплощениях по изобретению индивид с пониженной предрасположенностью (т.е. со сниженным риском) к заболеванию или его признакам является индивидом, у которого идентифицирован по меньшей мере один специфический аллель одного или более полиморфного маркера или гаплотипа, обусловливающий пониженную предрасположенность к заболеванию или его признакам. Аллели маркеров и/или гаплотипы, обусловливающие пониженный риск, также называются протективными. В одном аспекте протективный маркер или гаплотип - это тот, который обусловливает значимо пониженный риск (или предрасположенность) заболевания или его признаков. В одном воплощении значимо пониженный риск выражается как относительный риск менее чем 0,90, включая, но не ограничиваясь значениями менее чем 0,85, менее чем 0,80, менее чем 0,75, менее чем 0,7, менее чем 0,6, менее чем 0,5, менее чем 0,4, менее чем 0,3, менее чем 0,2 и менее чем 0,1. В одном конкретном воплощении значимо пониженный риск составляет менее 0,90. В другом воплощении значимо пониженный риск составляет менее 0,85. В еще одном воплощении значимо пониженный риск составляет менее 0,80. В другом воплощении снижением риска (или предрасположенности) является снижение по меньшей мере на 10%, включая,но не ограничиваясь значениями по меньшей мере 15%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 25%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 35%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 45%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 55%, по меньшей мере 60%, по меньшей мере 65%, по меньшей мере 70%,по меньшей мере 80%, по меньшей мере 85%, по меньшей мере 90%, по меньшей мере 95% и по меньшей мере 98%. В одном конкретном воплощении значимым снижением риска является снижение по меньшей мере около 15%. В другом воплощении значимым является снижение риска по меньшей мере около 20%. В другом воплощении снижением риска является снижение по меньшей мере около 25%. Другие пороговые значения или диапазоны, которые специалисты сочтут подходящими для характеристики изобретения, также находятся в рамках данного изобретения. Специалистам в данной области известно, что для полиморфных маркеров, присутствующих в исследуемой популяции в двух аллелях (таких как ОНП), при обнаружении одного аллеля в популяции в группе индивидов с признаками заболевания или заболеванием с повышенной частотой по сравнению с контролем другой аллель или маркер будет обнаруживаться в группе индивидов с признаками заболевания или заболеванием с пониженной частотой по сравнению с контролем. В таком случае один аллель маркера (тот, что обнаруживается с повышенной частотой среди индивидов с признаками заболевания или заболеванием) будет аллелем, связанном с риском, а другой аллель будет протективным аллелем. Генетический вариант, ассоциированный с заболеванием или признаком заболевания (например,раком молочной железы), может применяться самостоятельно для прогнозирования риска заболевания по данному фенотипу. Для биаллельных маркеров, таких как ОНП, существует 3 возможных генотипа: гомозиготный по связанному с риском варианту, гетерозиготный и не несущий вариант, связанный с риском. Риск, ассоциируемый с вариантами по множеству локусов, может применяться для оценки совокупного риска. При множестве вариантов ОНП возможное число генотипов к определяется формулойk=3n2p; где n является числом аутосомных локусов, а p является числом гоносомных локусов (на половой хромосоме). При оценке совокупного риска, как правило, принимается, что относительные риски по разным генетическим вариантам мультиплицируются, т.е. совокупный риск (например, RR или OR), ассоциированный с определенной комбинацией генотипа, является производным от значений риска для генотипа по каждому локусу. Если представленный риск является относительным риском для одного лица, или для определенного генотипа лица, в сравнении с референсной популяцией, сопоставимой по полу и возрасту, то общий риск является производным значений риска, характерных для определенных локусов, и соответствует оценке совокупного риска в сравнении с популяцией. Если риск для одного лица основан на сравнении с лицами, не являющимися носителями связанного с риском аллеля, то общий риск соответствует оценке, позволяющей сравнить это лицо с заданной комбинацией генотипов по всем локусам с группой индивидов, которые не имеют связанных с риском вариантов по какому-либо из этих локусов. Группа лиц, не являющихся носителями какого-либо из связанных с риском вариантов, имеет наименьший оцениваемый риск и имеет общий риск, равный 1,0, при сравнении с самой собой (т.е. с группой, не являющейся носителями), но имеет совокупный риск менее 1,0 при сравнении с популяцией. Следует отметить, что группа лиц, не являющихся носителями, потенциально может быть очень малой,особенно по большому числу локусов, и в этом случае ее значимость соответственно небольшая. Мультипликативная модель представляет собой простую модель, которая, как правило, достаточно хорошо описывает данные по сложным признакам. Отклонения от мультипликативности для часто встречающихся вариантов для распространенных заболеваний описываются редко, а если описываются,то, как правило, являются только предположительными, так как для демонстрации статистически достоверных взаимосвязей между локусами требуются очень большие размеры выборок. Для рассмотрения одного примера примем, что описано всего 8 вариантов, ассоциированных с раком простаты (Gudmundsson, J., et al., Nat Genet 39:631-7 (2007), Gudmundsson, J., et al., Nat Genet 39:97783 (2007); Yeager, M., et al., Nat Genet 39:645-49 (2007), Amundadottir, L., et al., Nat Genet 38:652-8 (2006);Haiman, C.A., et al., Nat Genet 39:638-44 (2007. Семь из этих локусов находятся на аутосомах, а оставшийся один локус находится на хромосоме X. Общее число теоретически возможных генотипических комбинаций составляет 3721=4374. Некоторые из этих классов генотипов являются очень редкими, но все же возможными и должны учитываться при оценке совокупного риска. Вероятно, что мультипликативная модель, применяемая в случае множества генетических вариантов, будет также валидна при сочетании с негенетическими вариантами, связанными с риском, при предположении, что генетические варианты не имеют четкой корреляции с факторами "окружающей среды". Другими словами, при мультипликативной модели для оценки общего риска должны оцениваться как генетические, так и негенетические варианты, связанные с риском, при предположении, что между негенетическими и генетическими факторами риска отсутствует взаимодействие. Используя аналогичный количественный подход, можно оценивать общий или совокупный риск,ассоциированный с множеством вариантов, ассоциированных с раком молочной железы. Неравновесие по сцеплению. Естественный феномен рекомбинации, происходящей в каждой паре хромосом в среднем однократно в ходе каждого мейоза, представляет один из способов, с помощью которого природой обеспечиваются вариации последовательностей (и вследствие этого биологической функции). Обнаружено, что рекомбинация в геноме происходит не случайным образом, а скорее существуют большие вариации в частотах рекомбинации, что обусловливает существование небольших участков с высокой частотой рекомбинации (также называемых горячими точками рекомбинации) и больших участков с низкой частотой рекомбинации, обычно обозначаемыми блоками неравновесия по сцеплению (НС) (Myers, S. et al.,Biochem Soc Trans 34:526-530 (2006); Jeffreys, A.J., et al., Nature Genet 29:217-222 (2001); May, C.A., et al.,Nature Genet 31:272-275 (2002. Неравновесие по сцеплению (НС) относится к неслучайному распределению двух генетических элементов. Например, если определенный генетический элемент (например, "аллель" полиморфного маркера или гаплотип) встречается в популяции с частотой 0,50 (5,0%) и другой элемент встречается с частотой 0,50 (50%), то расчетная встречаемость обоих элементов у человека составит 0,25 (25%), учитывая случайное распределение элементов. Однако если обнаружится, что оба элемента встречаются вместе с частотой выше чем 0,25, то говорят, что элементы находятся в неравновесии по сцеплению, так как они имеют тенденцию наследоваться совместно с более высокой частотой, чем можно ожидать при независимости частот их встречаемости. Грубо говоря, НС обычно коррелирует с частотой рекомбинации между двумя элементами. Частота аллеля или гаплотипа в популяции может быть определена путем генотипирования индивидов в популяции и определения встречаемости в популяции каждого аллеля или гаплотипа. В популяциях диплоидных организмов, например человеческой популяции, индивиды обычно имеют по два аллеля для каждого генетического элемента (например, маркера, гаплотипа или гена). Для оценки силы неравновесия по сцеплению (НС) были предложены различные показатели (обзор в Devlin, В.Risen, N., Genomics 29:311-22 (1995. Большинство из них оценивают силу ассоциации между парами диаллельных сайтов. Двумя важными попарными показателями НС являются r2 (иногда изображаемый как 2) и D' (Lewontin, R., Genetics 49:49-67 (1964); Hill, W.G.Robertson, A. Theor.Appl. Genet. 22:226-231 (1968. Оба показателя изменяются от 0 (отсутствие неравновесия) до 1 ("полное" неравновесие), но их интерпретация несколько различается. D' определяется таким образом, что он равен 1, только если существуют два или три из возможных гаплотипов, и он 1, если существуют все четыре возможных гаплотипа. Таким образом, значение D'1 указывает на то, что в ходе эволюции между двумя сайтами могла произойти рекомбинация (повторная мутация также может обусловливать значения D'1, но для однонуклеотидных полиморфизмов (ОНП) это обычно считается менее вероятным,чем рекомбинация). Показатель r2 отражает статистическую корреляцию между двумя сайтами и принимает значение 1, только если существуют два гаплотипа. Показатель r2, возможно, является наиболее подходящим показателем картирования сцепления, поскольку существует простое обратное отношение между r2 и размером выборки, необходимым для обнаружения ассоциации между предрасположенностью к заболеванию и ОНП. Эти показатели определяются для двух сайтов, но в некоторых случаях может требоваться определение того, насколько сильным является НС по всему участку, содержащему множество полиморфных сайтов (например, определение достоверно ли отличается сила НС между локусами или между популяциями, или является ли НС в участке более сильным или слабым по сравнению с предсказанным по определенной модели). Измерение НС в участке не является простым, одним из подходов, разработанных в популяционной генетике, является применение показателя r. Грубо говоря, r показывает, какой должна быть рекомбинация в конкретной популяционной модели для возникновения НС, наблюдаемого в результатах. Данный способ дает возможность использования статистического подхода для оценки того, что данные НС демонстрируют свидетельства существования горячих точек рекомбинации. Для описанных здесь способов значимой величиной r2 между генетическими элементами (такими как ОНП маркеры) может быть по меньшей мере 0,1, например по меньшей мере 0,1, 0,15, 0,2, 0,25, 0,3, 0,35, 0,4, 0,45, 0,5, 0,55, 0,6, 0,65, 0,7, 0,75, 0,8,0,85, 0,9, 0,91, 0,92, 0,93, 0,94, 0,95, 0,96, 0,97, 0,98, 0,99 или 1,0. В одном предпочтительном воплощении значимой величиной r2 может быть по меньшей мере 0,2. Кроме того, неравновесие по сцеплению в данном описании означает неравновесие по сцеплению, характеризуемое значениями D' по меньшей мере 0,2, например 0,3, 0,4, 0,5, 0,6, 0,7, 0,8, 0,85, 0,9, 0,95, 0,96, 0,97, 0,98 или по меньшей мере 0,99. Таким образом, неравновесие по сцеплению отражает корреляцию между аллелями отдельных маркеров. Оно измеряется коэффициентом корреляции или D' (r2 до 1,0 и D' до 1,0). Неравновесие по сцеплению может быть определено в одной человеческой популяции, согласно данному описанию, или оно может быть определено в нескольких выборках, составленных из индивидов, происходящих более чем из одной человеческой популяции. В одном воплощении изобретения НС определяется в выборке из одной или более популяций НарМар (европеоидной, африканской, японской, китайской) согласно описанию(http://www.hapmap.org). В одном из таких воплощений НС определяется в популяции CEU выборок НарМар. В другом воплощении НС определяется в популяции YRI. В другом воплощении НС определяется в европейской популяции. В еще одном воплощении НС определяется в исландской популяции. Если бы все полиморфизмы в геноме были идентичными на уровне популяции, то в ассоциативных исследованиях необходимо было бы изучать каждый из них. Однако благодаря существованию неравновесия по сцеплению между полиморфизмами между тесно связанными полиморфизмами наблюдается сильная корреляция, что сокращает число полиморфизмов, которые требуется изучить в ассоциативном исследовании для обнаружения значимой ассоциации. Другим следствием существования НС является то, что между многими полиморфизмами прослеживается сигнал, указывающий на ассоциацию, поскольку между этими полиморфизмами существует сильная корреляция. Были разработаны генетические карты НС в геноме, и такие карты НС были предложены для использования в качестве основы для картирования генов, связанных с заболеваниями (Risch, N.(2002); Reich, D.E. et al., Nature 411:199-204 (2001. На данный момент установлено, что многие части человеческого генома могут быть разбиты на серии отдельных блоков гаплотипов, содержащих несколько общих гаплотипов; в этих блоках данные неравновесия по сцеплению не демонстрируют значительных свидетельств рекомбинации (см., например,Wall., J.D. and Pritchard, J.K., Nature Reviews Genetics 4:587-597 (2003); Daly, M. et al., Nature Genet. 29:229-232 (2001); Gabriel, S.B. et al., Science 296:2225-2229 (2002); Patil, N. et al., Science 294:1719-1723(2001); Dawson, E. et al., Nature 418:544-548 (2002); Phillips, M.S. et al., Nature Genet. 33:382-387 (2003. Существует два основных способа определения таких блоков гаплотипов: блоки могут быть определены как участки ДНК, имеющие ограниченное разнообразие по гаплотипам (см., например, Daly, M.et al., Nature Genet. 29:229-232 (2001); Patil, N. et al., Science 294:1719-1723 (2001); Dawson, E. et al., Nature 418:544-548 (2002); Zhang, K. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99:7335-7339 (2002, или как участки между зонами с интенсивным темпом обмена, демонстрирующими значительную рекомбинацию в истории человечества, на что указывает неравновесие по сцеплению (см., например, Gabriel, S.B. et al., Science 296:2225-2229 (2002); Phillips, M.S. et al., Nature Genet 33:382-387 (2003); Wang, N. et al., Am. J. Hum.Genet. 71:1227-1234 (2002); Stumpf, M.P., and Goldstein, D.B., Curr. Biol. 13:1-8 (2003. Недавно была разработана подробная карта частот рекомбинации и соответствующих горячих точек в человеческом геноме (Myers, S., et al., Science 310:321-32324 (2005); Myers, S. et al., Biochem. Soc. Trans 34:526530 (2006. Карта отражает огромную вариацию по рекомбинации в геноме, с частотами рекомбинации, доходящими до 10-60 сМ/Мб в горячих точках и приближающимися к 0 в участках между ними, что, таким образом,отражает участки ограниченного разнообразия по гаплотипам и высокое НС. Следовательно, карта может быть использована для определения блоков гаплотипов/блоков НС как участков, ограниченных горячими точками рекомбинации. В данном описании термин "блок гаплотипа" или "блок неравновесия по сцеплению" включает блоки, определенные согласно любым из вышеописанных характеристик или другими альтернативными способами, применяемыми специалистами для определения таких участков. Таким образом, очевидно, что при наличии какой-либо ассоциации с полиморфным маркером генома вероятно, что ассоциация обнаружится и между дополнительными маркерами генома. Это является естественным следствием неравного распределения НС по геному, что выражается в виде большой вариации частот рекомбинации. Маркеры, использованные для выявления ассоциации, таким образом являются "ярлыками" для участка генома (т.е. блока гаплотипа или блока НС), для которого обнаружена ассоциация с заданным заболеванием или признаком заболевания. Внутри участка, имеющего ассоциацию с заболеванием или признаком заболевания, может существовать один или более "причинных"(функциональных) вариантов или мутаций. Функциональный вариант может представлять собой другой ОНП, полиморфизм тандемных повторов (например, минисателлит или микросателлит), мобильный генетический элемент или вариацию числа копий, например инверсию, делецию или инсерцию. Такие варианты, находящиеся в НС с вариантами, описываемыми здесь, могут обусловливать более высокий относительный риск (RR) или отношение шансов (OR) по сравнению с маркерами-"ярлыками", использованными для обнаружения ассоциации. Данное изобретение, таким образом, касается маркеров, применяемых для обнаружения ассоциации с заболеванием, по данному описанию, а также маркеров в неравновесии по сцеплению с маркерами. Так, в определенных воплощениях изобретения маркеры, находящиеся в НС с маркерами и/или гаплотипами по изобретению, согласно данному описанию могут использоваться как суррогатные маркеры. Суррогатные маркеры в одном воплощении имеют значения относительного риска (RR) и/или отношения шансов (OR) меньше, чем для маркеров или гаплотипов, для которых исходно была обнаружена ассоциация с заболеванием, по данному описанию. В других воплощениях суррогатные маркеры имеют показатели RR или OR выше тех, что были исходно обнаружены для маркеров, для которых исходно была обнаружена ассоциация с заболеванием, по данному описанию. Примером такого воплощения может быть редкий или относительно редкий (например, с частотой аллеля в популяции 10%) вариант в НС с более распространенным вариантом (частота встречаемости в популяции 10%), для которого исходно была обнаружена ассоциация с заболеванием, например, с описанными здесь вариантами. Идентификация и использование таких маркеров для выявления ассоциации,обнаруженной авторами изобретения, согласно данному описанию может выполняться с помощью рутинных методов, хорошо известных специалистам, и, таким образом, находится в рамках данного изобретения. Определение частот гаплотипов. Частоты гаплотипов в контрольной группе и группе пациентов могут быть оценены с применением алгоритма максимизации ожидания (Dempster A. et al., J. R. Stat. Soc. В, 39:1-38 (1977. Применение данного алгоритма позволяет работать при отсутствующих генотипах и неопределенности гаплотипа. При нулевой гипотезе принимается, что пациенты и контроли имеют одинаковые частоты. С помощью метода правдоподобия проверяется альтернативная гипотеза, при которой допускается, что связанный с риском кандидатный гаплотип, который может включать описанные здесь маркеры, может иметь более высокую частоту у пациентов по сравнению с контролями, в то время как соотношения частот других гаплотипов в обоих группах считаются одинаковыми. Максимизация правдоподобия проводится раздельно для обеих гипотез и статистическая достоверность оценивается с помощью соответствующей статистики отношения правдоподобия с 1 степенью свободы. Для рассмотрения связанных с риском и протективных маркеров и гаплотипов в составе региона,связанного с предрасположенностью, например в составе региона блока НС, исследуется ассоциация всех возможных комбинаций генотипированных маркеров в составе региона. Объединенные группы пациентов и контролей могут быть случайным образом поделены на две группы, равные по размеру исходным группам пациентов и контролей. Затем анализ маркеров и гаплотипов повторяется и определяется наиболее статистически достоверное значение Р из всех определенных. Такая процедура рандомизации может быть повторена, например, более 100 раз для получения эмпирического распределения значений Р. В предпочтительном воплощении значение Р 0,05 указывает на достоверную ассоциацию маркера и/или гаплотипа. Анализ гаплотипов. Один из общих подходов к анализу гаплотипов включает их выведение, основанное на правдоподобии, которое применяется в NEsted MOdels (Gretarsdottir S., et al., Nat. Genet. 35:131-38 (2003. Данный способ используется в программе NEMO, позволяющей анализировать множество полиморфных маркеров, ОНП и микросателлитов. Способ и программное обеспечение специально разработаны для исследований случай-контроль, целью которых является идентификация групп гаплотипов, которые обусловливают различный риск. Он также является инструментом для изучения структур НС. В NEMO оценки максимального правдоподобия, отношения правдоподобия и значения Р подсчитываются напрямую при обработке имеющихся данных с помощью алгоритма максимизации правдободобия (от англ. ExpectationMaximization, EM), позволяющего решить проблему недостающих данных. Несмотря на то что тест отношения правдоподобия, основанный на правдоподобии, подсчитанном напрямую для наблюдаемых данных, зафиксировавших потерю информации из-за неопределенности гаплотипов и пропусках генотипов, достаточно надежен для получения достоверных значений Р, все же представляет интерес узнать, какое количество информации было потеряно из-за неполноты информации. Измерение количества информации для анализа гаплотипа описано у Nicolae и Kong (Technical Report 537, Department of Statistics, University of Statistics, University of Chicago; Biometrics, 60(2):368-75(2004 как естественное обобщение определения мер количества информации, используемого при анализе сцепления, и применяется в NEMO. В случае ассоциации с заболеванием одного маркера для расчета двусторонних значений Р для каждого отдельного аллеля может применяться точный тест Фишера. Обычно, при отсутствии специальных оговорок, все значения Р представлены без коррекции на множественность сравнений. Представленные частоты (для микросателлитов, ОНП и гаплотипов) являются аллельными частотами, а не частотами носительства. Для уменьшения возможной систематической ошибки, обусловленной родством пациентов, рекрутированных целыми семьями, из списка пациентов могут быть исключены родственники первой и второй степени. Кроме этого, тест может быть повторен для корректирования ассоциации, обусловленной возможно оставшимися родственными связями между пациентами, путем обобщения процедуры уточнения дисперсии, описанной ранее для сибсов (Risch, N.Teng, J. (Genome Res., 8:1273-1288(1998, таким образом, что ее можно применить для родственных связей вообще, и представить для сравнения как скорректированные, так и нескорректированные значения р. Для поправки на родство между индивидами и возможную стратификацию может также применяться так называемый "метод геномных контролей" (Devlin, В.Roeder, K. Biometrics 55:997 (1999. Как и предполагается, различия обычно бывают очень малы. Для оценки значимости ассоциации одного маркера, скорректированной на большое количество тестов, можно провести рандомизирующий тест с использованием тех же генотипических данных. Когорты пациентов и контролей могут быть рандомизированы и ассоциативный анализ проведен заново множество раз (например, до 500000 раз), тогда значение Р будет долей реплик, давших значение Р для некоторого аллеля маркера, меньшее или равное значению Р, наблюдавшемуся в исходных когортах пациентов и контролей. Как для анализа одиночных маркеров, так и гаплотипов, можно подсчитать относительный риск и(RR) популяционный атрибутивный риск (PAR) с применением мультипликативной модели (модели относительного риска гаплотипов) (Terwilliger, J.D.Ott, J., Hum. Hered. 42:337-46 (1992) and Falk, C.T.Rubinstein, P, Ann. Hum. Genet. 51 (Pt 3):227-33 (1987, т.е. предположении, что при носительстве двух аллелей/гаплотипов риск мультиплицируется. Например, если риск "А" по сравнению с "а" равен RR, то риск у гомозиготного "АА" человека будет в RR раз больше по сравнению с гетерозиготой "Аа" и в RR2 раз больше по сравнению с гомозиготой "аа". Мультипликативная модель имеет допущение, которое упрощает анализ и подсчеты - о том, что гаплотипы независимы, т.е. соответствуют равновесию ХардиВайнберга, как в популяции "пораженных", так и в контрольной популяции. В результате, частоты гаплотипов "пораженных" и контролей имеют мультиномиальное распределение, но при альтернативных гипотезах частоты гаплотипов различаются. В частности, для двух гаплотипов, hi и hj,риск(hi)/риск(hj)=(fi/pi)/(fj/pj), где f и р обозначают соответственно частоты в популяции "пораженных" и в популяции "контролей". Хотя в случае, если истинная модель не является мультипликативной, происходит некоторое снижение мощности, это снижение оказывается умеренным, за исключением некоторых крайних случаев. Наиболее важно то, что значения Р всегда валидны, поскольку они подсчитаны для нулевой гипотезы. Сигнал, указывающий на ассоциацию, выявленный в одном ассоциативном исследовании, может быть воспроизведен на другой когорте, предпочтительно из другой популяции (например, из другого региона той же страны или из другой страны) той же самой или другой этнической принадлежности. Преимущество дублирующих исследований состоит в том, что число тестов, проводимых в дублирующих исследованиях, меньше и, следовательно, применяется менее строгий статистический показатель. Например, при общегеномном поиске вариантов, обусловливающих предрасположенность к определенному заболеванию или признакам, с применением 300000 ОНП, может проводиться коррекция на 300000 проведенных тестов (по одному для каждого ОНП). Поскольку между многими ОНП на матрицах, используемых обычно, наблюдается корреляция (т.е. неравновесие по сцеплению), они не являются независимыми. Таким образом, коррекция является консервативной. Однако при применении подобного корректирующего фактора требуется, чтобы наблюдающееся значение Р составляло менее 0,05/300000=1,710-7 для того, чтобы сигнал можно было считать значимым после применения этого консервативного теста к результатам, полученным на одной исследуемой когорте. Очевидно, что сигналы, выявленные в общегеномных ассоциативных исследованиях, у которых значения Р меньше такого консервативного порогового уровня, являются показателями истинного генетического эффекта, и с точки зрения статистики, воспроизведение на дополнительных когортах не является необходимым. Однако поскольку корректирующий фактор зависит от количества проведенных статистических тестов, в случае,если один сигнал (один ОНП) из первоначального исследования воспроизводится на второй когорте случай-контроль, соответствующим статистическим тестом на достоверность является тест, проводимый при единственном сравнении, т.е. значение Р должно быть менее 0,05. Дублирующие исследования на одной или даже нескольких когортах случай-контроль имеют дополнительное преимущество в том, что проводится оценка сигнала, указывающего на ассоциацию, в дополнительных популяциях, таким образом одновременно подтверждаются первоначальные результаты и проводится оценка общей значимости генетического варианта(ов), протестированного(ых) в человеческих популяциях в целом. Результаты по нескольким когортам случай-контроль могут также объединяться для получения общей оценки основополагающего эффекта. Методика, обычно применяемая для объединения результатов,полученных в нескольких генетических ассоциативных исследованиях, представляет собой метод Мантеля-Хензеля (Mantel and Haenszel, J. Natl Cancer Inst 22:719-48 (1959. Метод разработан для ситуаций,при которых объединяются результаты по ассоциации в различных популяциях, в каждой из которых возможно наблюдается различная популяционная частота генетического варианта. Метод позволяет объединять результаты при допущении, что эффект варианта на риск развития заболевания, измеряемый показателями OR или RR, во всех популяциях является одинаковым, тогда как частота варианта может различаться между популяциями. Объединение результатов по нескольким популяциям имеет дополнительное преимущество, заключающееся в том, что общая мощность при выявлении истинного основополагающего сигнала, указывающего на ассоциацию, повышается благодаря повышению статистической мощности, обусловленной объединением когорт.Кроме того, любые недостатки в отдельных исследованиях, например, из-за недостаточного соответствия между случаями и контролями или стратификации популяции будут уравновешиваться при объединении результатов по нескольким когортам, также позволяя лучше оценить истинный основополагающий генетический эффект. Оценка риска и диагностика. В составе любой заданной популяции существует абсолютный риск развития заболевания или признака, определяемый как вероятность развития у лица определенного заболевания или признака за определенный промежуток времени. Например, для женщины абсолютный пожизненный риск развития рака молочной железы составляет 1 из 9, т.е. у одной женщины из 9 в какой-то момент их жизни разовьется рак молочной железы. Риск обычно определяется при рассмотрении очень большого количества людей, а не отдельных индивидов. Риск чаще всего выражается в терминах абсолютного риска (AR) и относительного риска (RR). Относительный риск используется для сравнения рисков, ассоциированных с двумя вариантами, или рисков по двум различным группам людей. Например, он может применяться для сравнения группы людей с конкретным генотипом и другой группы людей, имеющих отличный генотип. В случае заболевания относительный риск, равный 2, означает, что в одной группе вероятность развития заболевания в два раза выше, чем в другой группе. Представленный риск, как правило, является относительным риском для лица, или для определенного генотипа лица, в сравнении с популяцией, сопоставимой по полу и возрасту. Риск для двух индивидов одного пола и возраста можно сравнить простым способом. Например, если при сравнении с популяцией первый индивид имеет относительный риск 1,5, а второй индивид имеет относительный риск 0,5, то риск первого индивида по сравнению со вторым индивидом составляет 1,5/0,5=3. Согласно данному описанию определенные полиморфные маркеры и гаплотипы, включающие такие маркеры, могут применяться для оценки риска рака молочной железы. Оценка риска может включать применение маркеров для диагностики предрасположенности к раку молочной железы. Определенные аллели полиморфных маркеров обнаруживаются у индивидов с раком молочной железы чаще, чем у индивидов без диагностированного рака молочной железы. Следовательно, эти аллели маркеров имеют прогностическую значимость для выявления у индивида рака молочной железы или предрасположенности к раку молочной железы. Маркеры-"ярлыки" в составе блоков гаплотипов или блоков НС, включающие связанные с риском маркеры, такие как маркеры по данному изобретению, могут применяться в качестве суррогатов для других маркеров и/или гаплотипов в составе блока гаплотипов или блока НС. Маркеры со значениями r2, равными 1, являются идеальными суррогатами для связанных с риском вариантов, т.е. генотипы одного маркера позволяют идеально спрогнозировать генотипы другого. Маркеры со значениями r2 менее 1 также могут служить суррогатами для связанных с риском вариантов или, кроме того, представлять варианты с такими же высокими значениями относительного риска или, возможно,даже более высокими, чем у связанного с риском варианта. Идентифицированный связанный с риском вариант сам по себе может не быть функциональным вариантом, но в этом случае может находиться в неравновесии по сцеплению с истинно функциональным вариантом. Функциональный вариант может,например, представлять собой тандемный повтор, такой как минисателлит или микросателлит, мобильный генетический элемент (например, Alu элемент), или изменение структуры, такое как делеция, инсерция или инверсия (иногда также обозначаемое вариациями числа копий, или CNV). Данное изобретение включает оценку таких суррогатных маркеров для маркеров по данному описанию. Такие маркеры описаны, картированы и приведены в общедоступных базах данных, известных специалистам, или могут быть легко идентифицированы путем секвенирования участка или его части, идентифицированного маркерами по данному изобретению у группы индивидов, и идентифицируют полиморфизмы в полученной группе последовательностей. В результате, специалисты могут легко и без чрезмерных усилий генотипировать суррогатные маркеры, находящиеся в неравновесии по сцеплению с маркерами и/или гаплотипами по данному описанию. Маркеры-"ярлыки", или суррогатные маркеры, находящиеся в НС с обнаруженными связанными с риском вариантами, также имеют прогностическое значение для выявления ассоциации с раком молочной железы или предрасположенности индивида к раку молочной железы. Такие маркеры-"ярлыки", или суррогатные маркеры, находящиеся в НС с маркерами по данному изобретению,могут также включать и другие маркеры, которые характеризуют гаплотипы, поскольку они также имеют прогностическое значение для выявления предрасположенности к раку молочной железы. Данное изобретение в некоторых воплощениях может осуществляться посредством оценки образца,содержащего геномную ДНК индивида, на наличие вариантов, согласно данному описанию ассоциированных с раком молочной железы. Такая оценка включает этапы определения наличия или отсутствия по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного маркера, с помощью способов, хорошо известных специалистам и описываемых здесь, и определения на основе такой оценки существования повышенного или пониженного риска рака молочной железы (повышенной или пониженной предрасположенности) у индивида, от которого получен образец. Кроме того, изобретение может осуществляться с применением массива данных, содержащего информацию о генотипическом статусе по меньшей мере одного полиморфного маркера, согласно данному описанию ассоциированного с раком молочной железы (или маркерами, находящимися в неравновесии по сцеплению с по меньшей мере одним маркером, который, как здесь показано, ассоциирован с раком молочной железы). Другими словами, массив данных, содержащий информацию о таком генетическом статусе, например, в форме частот генотипа по определенному полиморфному маркеру или множеству маркеров (например, указания на наличие или отсутствие определенных связанных с риском аллелей), или реальные генотипы по одному маркеру или более, может быть исследован на наличие или отсутствие определенных связанных с риском аллелей определенных полиморфных маркеров, для которых авторами изобретения продемонстрирована ассоциация с раком молочной железы. Положительный результат по варианту (например, аллелю маркера), ассоциированному с повышенным риском рака молочной железы согласно данному описанию, указывает на то, что индивид,для которого получен массив данных, имеет повышенную предрасположенность к раку молочной железы (повышенный риск). В определенных воплощениях изобретения корреляция полиморфного маркера с раком молочной железы выявляется при сравнении данных генотипа полиморфного маркера с переводной таблицей, показывающей корреляцию между по меньшей мере одним аллелем полиморфизма и раком молочной железы. В некоторых воплощениях таблица показывает корреляцию по одному полиморфизму. В других воплощениях таблица показывает корреляцию по множеству полиморфизмов. В обоих случаях по ссылкам на переводную таблицу, указывающую на наличие корреляции между маркером и раком молочной железы, для индивида, у которого получен образец, можно определить риск развития рака молочной железы или предрасположенность к раку молочной железы. В некоторых воплощениях корреляция отражена в виде статистического показателя. Статистический показатель может быть выражен в виде показателя риска, например относительного риска (RR), абсолютного риска (AR) или отношения шансов (OR). Маркеры по изобретению, например полиморфные маркеры на хромосоме 5 р 12 и хромосоме 10q26,- 22018444 маркеры, представленные в табл. 12-14, маркеры rs7703618, rs4415084, rs2067980, rs10035564,rs11743392, rs7716600, rs10941679, rs1219648, могут применяться в целях оценки риска и диагностики как по отдельности, так и в сочетании. Так, даже в случаях, когда увеличение риска по отдельным маркерам относительно умеренное, т.е. порядка 10-30%, ассоциация может иметь существенное значение. Так,относительно распространенные варианты могут вносить существенный вклад в совокупный риск (иметь высокий популяционный атрибутивный риск) либо комбинация маркеров может применяться для выделения групп индивидов, которые в случае комбинации риска по маркерам будут иметь значительный суммарный риск развития заболевания. Например, оценка общего риска может быть основана на результатах генотипирования по маркерам на хромосоме 5 р 12 и хромосоме 10q26, например маркеру rs10941679 и маркеру rs1219648. Кроме того,могут оцениваться маркеры в НС с любым из эти маркеров. Другие маркеры, о которых известно, что они обусловливают риск рака молочной железы, также могут оцениваться совместно с описываемыми здесь маркерами, например маркеры на хромосоме 2q14 (например, маркер rs4848543 или маркеры в неравновесии по сцеплению с ним), 2q35 (например, маркер rs13387042 или маркеры в неравновесии по сцеплению с ним) и на хромосоме 16 (например, маркер rs3803662 или маркеры в неравновесии по сцеплению с ним). Так, в одном воплощении изобретения для оценки совокупного риска применяется несколько вариантов (маркеров и/или гаплотипов). В одном воплощении эти варианты выбирают из вариантов по данному описанию. Другие воплощения включают применение вариантов по данному изобретению в комбинации с другими вариантами, применяющимися в диагностике предрасположенности к раку молочной железы. В ходе такого анализа могут быть объединены результаты по двум или более маркерам, например результаты по трем маркерам, четырем маркерам, пяти маркерам, шести маркерам, семи маркерам,восьми маркерам, девяти маркерам или десяти либо более маркерам. В таких воплощениях у индивида определяется генотипический статус нескольких маркеров и/или гаплотипов и статус индивида сравнивается с популяционной частотой ассоциированных вариантов или с частотой вариантов у клинически здоровых лиц, например лиц, сопоставимых по полу и возрасту. Известные способы, например многофакторный анализ или анализ общего риска, могут применяться для определения совокупного риска,обусловленного генотипическим статусом по множественным локусам. Оценка риска на основании такого анализа может впоследствии использоваться в способах и наборах по изобретению согласно данному описанию. Согласно вышеописанному структура блока гаплотипа человеческого генома имеет такую особенность, что большое число вариантов (маркеров и/или гаплотипов) в неравновесии по сцеплению с вариантом, для которого исходно была отмечена ассоциация с заболеванием или признаком заболевания, может использоваться в качестве суррогатных маркеров для оценки ассоциации с заболеванием или признаком заболевания. Количество таких суррогатных маркеров будет зависеть от таких факторов, как интенсивность рекомбинации в участке в ходе истории человечества, частота мутаций в участке (т.е. число полиморфных сайтов или маркеров в участке) и степенью НС (размером блока НС) в участке. Эти маркеры обычно располагаются внутри физических границ изучаемого блока НС или блока гаплотипов, что определяется с помощью описываемых здесь способов или с помощью других способов, известных специалистам. Однако иногда ассоциация маркеров и гаплотипов оказывается выходящей за пределы физических границ блока гаплотипов согласно определению. Такие маркеры и/или гаплотипы могут в таких случаях использоваться также в качестве суррогатных маркеров и/или гаплотипов для маркеров и/или гаплотипов, физически находящихся в составе блока гаплотипов согласно определению. Вследствие этого, маркеры и гаплотипы в НС (обычно характеризующиеся r2 более 0,1, например r2 более 0,2, включаяr2 более 0,3, а также включая r2 более 0,4) с маркерами и гаплотипами по данному изобретению, также находятся в рамках данного изобретения, даже если они физически располагаются вне границ блока гаплотипов согласно определению. Сюда входят описанные здесь маркеры (например, в табл. 1 и 3, например rs4415084, rs10941679, rs1219648), но могут также входить и другие маркеры, находящиеся в сильном НС (характеризующемся r2 более 0,1 или 0,2 и/или D'0,8) с одним маркером или более, приведенными в табл. 1 и 3. В случае описываемых здесь маркеров ОНП аллель, противоположный аллелю, частота которого повышена у пациентов (связанному с риском аллелю), обнаруживается с пониженной частотой у пациентов с раком молочной железы. Следовательно, такие маркеры и гаплотипы в НС и/или включающие такие маркеры являются протективными в отношении рака молочной железы, т.е. они обусловливают пониженный риск или предрасположенность индивидов, несущих такие маркеры и/или гаплотипы, к развитию рака молочной железы. Определенные варианты по данному изобретению, в том числе определенные гаплотипы, включают в некоторых случаях комбинации нескольких генетических маркеров, например ОНП и микросателлиты. Детектирование гаплотипов может проводиться способами определения последовательностей полиморфных сайтов, известными в данной области техники, и/или описываемыми здесь. Кроме того, корреляция между определенными гаплотипами или группами маркеров и фенотипом заболевания может быть верифицирована с помощью стандартных методик. Репрезентативным примером простого теста на кор- 23018444 реляцию является точный тест Фишера в таблице два на два. В определенных воплощениях аллель маркера или гаплотип, ассоциированный с раком молочной железы (например, аллели маркеров, приведенные в табл. 1 и 3, маркеры, приведенные в табл. 12-14,SEQ ID NO:1-237), представляет собой аллель маркера или гаплотип, встречающийся у индивидов с риском развития рака молочной железы ("пораженных") чаще по сравнению с частотой его встречаемости у здоровых индивидов (в контроле), и наличие аллеля маркера или гаплотипа указывает на рак молочной железы или предрасположенность к раку молочной железы. В других воплощениях связанные с риском маркеры, находящиеся в неравновесии по сцеплению с одним или более маркерами, ассоциированными с раком молочной железы являются маркерами-"ярлыками", встречающимися у индивидов с риском развития рака молочной железы ("пораженных") чаще по сравнению с частотой их встречаемости у здоровых индивидов (в контроле), и наличие маркеров-"ярлыков" указывает на повышенную предрасположенность к раку молочной железы. В следующем воплощении связанные с риском аллели маркеров (т.е. обусловливающие повышенную предрасположенность), находящиеся в неравновесии по сцеплению с одним или более маркерами, ассоциированными с раком молочной железы, являются маркерами, включающими один или более аллелей, которые встречаются у индивидов с риском развития рака молочной железы чаще по сравнению с частотой их встречаемости у здоровых индивидов (в контроле), и наличие маркеров указывает на повышенную предрасположенность к раку молочной железы. Исследуемая популяция. В общепринятом смысле способы и наборы по изобретению могут применяться на образцах, содержащих геномную ДНК из любого источника, т.е. от любого индивида. В предпочтительных воплощениях индивид является человеческим индивидом. Индивид может быть взрослым, ребенком или плодом. Данное изобретение также предусматривает оценку маркеров и/или гаплотипов у индивидов, являющихся членами целевой популяции. Такая целевая популяция в одном воплощении является популяцией или группой индивидов, имеющих риск развития заболевания на основании других генетических факторов,биомаркеров, биофизических параметров (например, веса, BMD, кровяного давления) или общих показателей здоровья и/или образа жизни (например, онкологического заболевания в анамнезе, рака молочной железы в анамнезе, предшествующего диагноза заболевания, семейного анамнеза онкологического заболевания, семейного анамнеза рака молочной железы). Изобретение предусматривает воплощения, которые включают индивидов из определенных возрастных подгрупп, таких как в возрасте старше 40, в возрасте старше 45, в возрасте старше 50, 55, 60, 65, 70,75, 80 или 85 лет. Другие воплощения изобретения относятся к другим возрастным группам, например группам индивидов в возрасте менее 85, в возрасте менее 80, в возрасте менее 75 или в возрасте менее 70, 65, 60, 55, 50, 45, 40, 35 или 30 лет. Другие воплощения относятся к индивидам с развитием заболевания в возрасте, приходящимся на любой из возрастных диапазонов, приведенных выше. Также предполагается, что в определенных воплощениях может быть уместным возрастной диапазон, например возраст при начале заболевания более 45, но менее 60 лет. Однако рассматриваются и другие возрастные диапазоны, включая все возрастные диапазоны, ограниченные возрастными значениями, приведенными выше. Изобретение также касается индивидов любого пола, мужчин или женщин. В некоторых воплощениях оно касается оценки субъектов мужского пола. В предпочтительных воплощениях оно касается оценки субъектов женского пола. Исландская популяция представляет собой европеоидную популяцию северо-европейского происхождения. За последние годы было опубликовано большое число исследований, представляющих результаты генетического сцепления и ассоциации в Исландской популяции. Во многих из этих исследований ассоциация вариантов с определенным заболеванием, первоначально идентифицированная на исландской популяции, была воспроизведена и в других популяциях (Styrkarsdottir, U., et al. N Engl J. MedGenet. 39:631-37 (2007); Frayling, T.M., Nature Reviews Genet 8:657-662 (2007); Amundadottir, L.T., et al.,Nat Genet. 38:652-58 (2006); Grant, S.F., et al., Nat Genet. 38:320-23 (2006. Таким образом, генетические находки в исландской популяции в общем были воспроизведены в других популяциях, включая популяции из Африки и Азии. Считается, что маркеры по данному изобретению, для которых была обнаружена ассоциация с раком молочной железы, демонстрируют схожую ассоциацию в других человеческих популяциях. Определенные воплощения, включающие отдельные человеческие популяции, также рассматриваются и находятся в рамках изобретения. Такие воплощения касаются человеческих субъектов, происходящих более чем из одной человеческой популяции, включая европеоидные популяции, популяции Европы, популяции Америки, популяции Евразии, популяции Азии, популяции Центральной и Южной Азии, популяции Восточной Азии, популяции Среднего Востока, популяции Африки, популяции Латинской Америки и популяции Океании, но не ограничиваются ими. Популяции Европы включают шведскую, норвежскую,финскую, русскую, датскую, исландскую, ирландскую, кельтскую, английскую, шотландскую, голландскую, бельгийскую, французскую, немецкую, испанскую, португальскую, итальянскую, польскую, бол- 24018444 гарскую, славянскую, сербскую, боснийскую, чешскую, греческую и турецкую популяции, но не ограничиваются ими. Кроме того, в других воплощениях изобретение может осуществляться на определенных человеческих популяциях, включая Банту, Манденка, Иоруба, Сан, Пигмеев Мбути, жителей Оркнейских островов, Адыгов, Русских, Сардинцев, Тосканцев, Мозабитов, Бедуинов, Друзов, Палестинцев, Белуджей, Брагуев, Макрани Синдхов, Пуштунов, Буришей, Хазарейцев, Уйгуров, Калашей, Хань, Дай, Дауров, Хэчже, Лаху, Мяо, Орочонов, Шэ, Туцзя, Ту, Сибо, И, Монголов, Наси, Камбоджийцев, Японцев,Якутов, Меланезийцев, Папуасов, Каритиана, Суруи, Колумбийцев, Майя и Пима. В определенных воплощениях изобретение касается популяций, имеющих происхождение от черных африканцев, например популяций, включающих лиц с африканским происхождением или родословной. Происхождение от черных африканцев может определяться при обозначении себя американцами африканского происхождения, афро-американцами, черными американцами, принадлежности к черной расе или принадлежности к негроидной расе. Например, американцы африканского происхождения, или черные американцы, - это люди, живущие в Северной Америке и происходящие из любой группы черной расы из Африки. В другом примере лица, сообщившие о происхождении от черных африканцев, могут иметь по меньшей мере одного родителя черного африканского происхождения или по меньшей мере одного прародителя черного африканского происхождения. Расовый вклад индивидов может также определяться с помощью генетического анализа. Генетический анализ происхождения можно провести с помощью несцепленных микросателлитных маркеров,например, как описано у Smith et al. (Am J. Hum Genet 74, 1001-13 (2004. В определенных воплощениях изобретение относится к маркерам и/или гаплотипам, идентифицированным в конкретных популяциях, согласно описанию выше. Специалистам известно, что показатели неравновесия по сцеплению (НС) могут дать различные результаты на разных популяциях. Это объясняется различиями в популяционной истории у разных человеческих популяций, а также различным давлением отбора, которое могло привести к различиям в НС в определенных участках генома. Специалистам также хорошо известно, что определенные маркеры, например маркеры ОНП, являются полиморфными в одной популяции, но не в другой. Специалисты будут использовать доступные и рекомендуемые здесь способы для применения данного изобретения в любой заданной человеческой популяции. Сюда может входить оценка полиморфных маркеров в участке НС по данному изобретению для идентификации тех маркеров, которые имеют наиболее сильную ассоциацию в определенной популяции. Так, связанные с риском варианты по данному изобретению в различных человеческих популяциях могут встречаться в различных гаплотипах и с различной частотой. Однако используя способы, известные в данной области техники, и маркеры по данному изобретению, изобретение можно применять в любой данной человеческой популяции. Модели, позволяющие прогнозировать риск рака молочной железы, обусловленный наследственностью. Оценка риска рака молочной железы осуществляется для того, чтобы обосновать разработку персонализированного подхода в лечении всех женщин с целью увеличения продолжительности и качества жизни у женщин, имеющих высокий риск, при одновременной минимизации расходов, ненужных вмешательств и обеспокоенности у женщин, имеющих более низкий риск. В моделях, прогнозирующих риск, производится попытка оценить риск рака молочной железы у индивида, имеющего определенный набор наследственных характеристик риска (например, семейный анамнез, имевшееся ранее доброкачественное поражение молочной железы, имевшаяся ранее опухоль молочной железы). Наиболее часто применяющиеся в клинической практике модели оценки риска рака молочной железы, учитывают наследственные факторы риска, принимая во внимание семейный анамнез. Оценки риска основываются на обнаружении повышенного риска у индивидов, имеющих одного или более близких родственников с ранее диагностированным раком молочной железы. Они не учитывают сложные структуры родословных. Еще один недостаток таких моделей - это невозможность отличить носителей генов с мутациями, предрасполагающими к раку молочной железы, от лиц, не являющихся носителями. Более сложные модели оценки риска имеют усовершенствованные подходы, позволяющие учитывать определенный семейный анамнез, и способны принимать в расчет статус носительства мутацийAlgorithm (BOADICEA) (Antoniou et al., 2004) учитывает семейный анамнез, основанный на индивидуальных структурах родословных, с помощью программы анализа родословных MENDEL. Кроме того,учитывается и информация об известном статусе по BRCA1 и BRCA2. Основными недостаткамиBOADICEA и других моделей оценки риска рака молочной железы, применяемых в настоящее время,является то, что они не включают информацию по другим генам предрасположенности. Существующие в настоящее время модели в значительной степени используют семейный анамнез в качестве суррогата для того, чтобы компенсировать отсутствие сведений о генетических детерминантах риска, отличных отBRCA. Таким образом, существующие модели привязаны к ситуациям, когда известен семейный анамнез заболевания. Гены, предрасполагающие к раку молочной железы, имеющие более низкую пенетрантность, могут быть довольно распространенными в популяции, но могут не обладать такой способностью вызывать семейную концентрацию, как гены BRCA1 и BRCA2. Пациенты с относительно большим гене- 25018444 тическим грузом аллелей предрасположенности могут иметь слабо выраженный семейный анамнез заболевания или не иметь его. Таким образом, существует необходимость создания моделей, которые бы учитывали данные о наследственной предрасположенности, полученные непосредственно при генетическом тестировании. Кроме того, что такой подход позволит сделать модели более точными, он также уменьшит зависимость от параметров семейного анамнеза и поможет определять риск в приложении к более широким популяциям, в которых семейный анамнез не является ключевым фактором. Внедрение усовершенствованных моделей оценки генетического риска при проведении первичной профилактики рака молочной железы в клинической практике. Существующие в клинике варианты первичной профилактики можно подразделить на проведение превентивной химиотерапии (или гормональной терапии) и превентивного хирургического вмешательства. Пациентам, у которых выявлен высокий риск, могут быть предписаны длительные курсы превентивной химиотерапии. Такой подход широко применяется в области сердечно-сосудистой медицины, но только начинает внедряться в клинической онкологии. Наиболее широко применяемым в онкологии агентом для превентивной химиотерапии является тамоксифен, селективный модулятор эстрогеновых рецепторов (СМЭР). Используемый изначально в качестве адъювантной терапии, направленной против рецидивирования рака молочной железы, в настоящее время тамоксифен доказал свою эффективность в качестве превентивного агента при раке молочной железы [Cuzick, et al. (2003), Lancet, 361, 296-300][Martino, et al.(2004), Oncologist, 9, 116-25]. Агентство по контролю за продуктами питания и лекарственными средствами FDA одобрило применение тамоксифена в качестве агента для превентивной химиотерапии у некоторых женщин с высоким риском. К сожалению, длительное применение тамоксифена повышает риск развития рака эндометрия приблизительно в 2,5 раза, риск венозного тромбоза приблизительно в 2 раза. Риск развития легочной эмболии, инсульта и катаракты также повышаются [Cuzick, et al. (2003), Lancet, 361, 296-300]. Следовательно,благоприятный эффект от применения тамоксифена для снижения заболеваемости раком молочной железы не обусловливает соответствующего снижения общей смертности. Другой селективный модулятор эстрогеновых рецепторов, ралоксифен, может оказаться более эффективным для профилактики, и он не связан с таким риском рака эндометрия. Однако у пациентов, принимающих длительное время ралоксифен, риск тромбоза остается повышенным [Cuzick, et al. (2003), Lancet, 361, 296-300; Martino, et al. (2004),Oncologist, 9, 116-25]. Более того, с приемом тамоксифена и ралоксифена связаны проблемы, касающиеся качества жизни. Для проведения разумного анализа соотношения риска и пользы применения СМЭР в качестве превентивной химиотерапии в клинике существует необходимость выявления индивидов,имеющих наиболее высокий риск рака молочной железы. Учитывая тот факт, что генетическая составляющая риска рака молочной железы является весьма значительной, в клинической практике существует явная необходимость проведения генетического тестирования для измерения подобного риска у индивидов. Можно предвидеть, что аналогичные проблемы возникнут в отношении любой химиотерапии для предупреждения рака, которая может появиться в будущем, например в отношении ингибиторов ароматазы. Более того, по мере того как превентивная химиотерапия становится более безопасной, нарастает необходимость выявления пациентов, имеющих генетическую предрасположенность, но не имеющих значительно повышенный риск, ассоциированный с носительством BRCA12. Для пациентов, у которых выявлен высокий риск развития рака молочной железы, рассматривается возможность проведения превентивного хирургического вмешательства; двусторонней мастэктомии или овариэктомии либо и того и другого. Очевидно, что подобные решительные меры рекомендуются только тем пациентам, у которых риск оценивается как чрезвычайно высокий. На практике, в настоящее время такой риск выявляется только у индивидов, имеющих мутации в генах BRCA1, BRCA2 или генах, отвечающих за редкие синдромы с предрасположенностью к раку молочной железы, например р 53 при синдроме Ли-Фромени, PTEN при синдроме Коудена. Оценки пенетрантности мутаций BRCA1 и BRCA2 оказываются более высокими, когда их получают для семей, в которых имеется несколько "случаев" рака молочной железы, чем оценки, полученные для популяции. Это объясняется тем, что в различных семьях с носительством мутаций отмечается различная пенетрантность в отношении рака молочной железы (для примера см. Thorlacius, et al. (1997), AmJ. Hum Genet, 60, 1079-84). Одним из основных факторов, вносящих вклад в подобную вариацию, является действие до сих пор не известных генов предрасположенности, эффект которых модифицирует пенетрантность мутаций BRCA1 и BRCA2. Следовательно, абсолютный риск для индивида, имеющего мутации в генах BRCA1 и BRCA2, невозможно точно определить при отсутствии сведений о существовании и действии, модифицирующих генов. Поскольку варианты лечения для носителей BRCA1 и BRCA2 могут быть агрессивными, важно проводить количественную оценку рисков у отдельных носителей BRCA с максимально возможной точностью. Таким образом, существует необходимость выявления генов предрасположенности, эффект которых изменяет степень пенетрантности рака молочной железы у носителей BRCA1 и BRCA2, и разработки усовершенствованных моделей оценки риска, основанных на использовании этих генов. Кроме того, существуют индивиды, у которых риск развития рака молочной железы расценивается как очень высокий, возможно из-за наличия выраженного семейного анамнеза рака молочной железы, но у которых не удалось выявить мутаций в известных генах предрасположенности. В таких случаях сложно рассматривать возможность проведения превентивного хирургического вмешательства, поскольку невозможно провести тестирование индивида для выяснения, унаследовала ли она ген предрасположенности, имеющий высокую пенетрантность. Соответственно, невозможно с точностью оценить риск индивида. Таким образом, в клинической практике существует очевидная необходимость идентификации генов предрасположенности с высокой пенетрантностью, которые остаются неизвестными, и разработки связанных с ними генетических тестов для применения в целях первичной профилактики. Таким генами,например, могут быть гены, которые по данному описанию ассоциированы с риском развития рака молочной железы (например, гены FGF10, MRPS30 и/или FGFR2). Несмотря на то что варианты, ассоциированные с риском развития рака молочной железы, по данному описанию достаточно широко распространены и обусловливают относительно низкий риск развития рака молочной железы, вполне возможно, что в составе одного или более из этих генов существуют варианты более высокого риска. Таким образом, предполагается, что варианты высокого риска, в составе одного или более из генов FGF10,MRPS30 и/или FGFR2 или ассоциированные с ними, могут применяться для выявления того, является ли индивид носителем генетического фактора, обусловливающего высокий риск развития рака молочной железы (и имеющего высокую пенетрантность). Ранняя диагностика. Скрининг рака молочной железы в клинической практике большинства западных стран представляет собой периодическое клиническое обследование молочной железы и маммографию с помощью рентгеновского излучения. Существуют веские доказательства того, что клиническое обследование молочной железы имеет мало дополнительных преимуществ при использовании в сочетании с хорошей программой маммографического скрининга. В Великобритании женщинам в возрасте от 50 до 70 лет предлагается пройти скрининговую маммографию каждые три года. В Соединенных Штатах ситуация различается в зависимости от организаций, обеспечивающих медицинское обслуживание, но, тем не менее, Американское общество рака (American Cancer Society) рекомендует проводить ежегодный маммографический скрининг начиная с 40 лет. Доказана эффективность маммографического скрининга в снижении смертности среди прошедших скрининг женщин в возрасте старше 50 лет. Маловероятно, что генетическое тестирование когда-либо будет применяться в качестве средства,сокращающего доступ к существующим программам маммографического скрининга. Однако маммографический скрининг не лишен недостатков, и подразумевается, что генетическое тестирование должно применяться для отбора людей, нуждающихся в более интенсивных программах скрининга. Одним из недостатков маммографического скрининга является то, что до сих пор не удалось продемонстрировать значимый эффект на повышение выживаемости у женщин, проходящих скрининг в возрасте до 50 лет. Одной из причин, объясняющей меньшую эффективность маммографии у женщин в возрасте до 50 лет, может быть более высокая плотность тканей молочной железы у молодых женщин, что затрудняет выявление опухолей при маммографии. Тем не менее, рак молочной железы у предрасположенных индивидов имеет тенденцию развиваться в более молодых возрастных группах, и существует четкая зависимость между высокой плотностью ткани молочной железы и риском рака молочной железы.Следовательно, существуют затруднения с простой интенсификацией маммографического скрининга у индивидов с высокой предрасположенностью, поскольку к ним будет применяться технология, показывающая не самые оптимальные результаты в группе наиболее высокого риска. Последние исследования показали,что магнитно-резонансная маммография с контрастным усилением (МРМ-КУ) является более чувствительным методом и позволяет детектировать опухоли на более ранних стадиях в данной группе высокого риска по сравнению с маммографическим скринингом [Warner, et al. (2004), Jama, 292, 1317-25; Leach, etal. (2005), Lancet, 365, 1769-78]. Методика МРМ-КУ дает наилучшие результаты в комбинации с обыкновенной маммографией, использующей рентгеновское излучение [Leach, et al. (2005), Lancet, 365, 176978]. Поскольку для проведения МРМ-КУ требуются специализированные центры, что связано с высокими затратами, скрининг индивидов моложе 50 лет может быть ограничен теми, у кого риск наиболее высокий. В проводимых в настоящее время испытаниях МРМ-КУ набор пациентов ограничен индивидами,имеющими мутации BRCA1, BRCA2 или р 53, либо имеющими очень выраженный семейный анамнез заболевания. Применению данной скрининговой тактики к более широкому кругу пациентов, имеющих высокий риск, будет значительно способствовать создание средств для определения профиля риска, основанных на генетической информации. Существуют убедительные доказательства в пользу точки зрения, что рак молочной железы с ранним возникновением и рак, развивающийся у женщин с генетической предрасположенностью, прогрессирует быстрее, чем у женщин старшего возраста и с меньшей предрасположенностью. Об этом свидетельствует обнаружение более высоких показателей межскринингового рака у молодых женщин, т.е. рак,развивающийся в промежутках между скрининговыми визитами в популяциях, где проводится хороший скрининг, чаще наблюдается у молодых женщин. Вследствие этого предлагается сокращение интервалов скрининга, проводимого любым способом, для молодых женщин. В этой связи возникает парадокс, поскольку оказывается, что наиболее частый скрининг с применением более дорогих методик необходимо проводить в возрастной группе, в которой совокупные показатели рака молочной железы сравнительно низкие. В клинической практике существует очевидная необходимость выявления тех молодых индивидов, у которых имеется наибольшая предрасположенность к раннему возникновению заболевания, и направления их в более дорогие и подробные скрининговые программы. Варианты по данному описанию обусловливающие риск развития рака молочной железы, могут применяться для выявления индивидов,имеющих наиболее высокий риск развития рака молочной железы. Таким индивидам вероятно принесут наибольшую пользу программы ранней и агрессивной диагностики с целью повышения вероятности раннего выявления рака. Лечение. В настоящее время в лечении рака молочной железы используются хирургическое вмешательство,адъювантная химиотерапия, радиотерапия, с последующей длительной гормональной терапией. Зачастую применяются комбинации трех или четырех способов лечения. Пациенты с раком молочной железы, имеющие одинаковые стадии заболевания, могут по-разному отвечать на адъювантную химиотерапию, что приводит к большой вариации общего исхода лечения. Для определения того, подходит ли пациентам с раком молочной железы лечение с помощью адъювантной химиотерапии, были разработаны консенсусные рекомендации (критерии Сен-Галлен и Национального института здоровья). Однако даже наиболее выраженные клинические и гистологические предикторы метастазирования не позволяют с точностью предсказать клинический ответ при наличии опухолей молочной железы [Goldhirsch, et al. (1998), J. Natl Cancer Inst, 90, 1601-8; Eifel, et al. (2001), J. Natl CancerInst, 93, 979-89]. Химиотерапия или гормональная терапия сокращает риск метастазирования приблизительно только на 1/3, однако 70-80% пациентов, получающих такое лечение, выжили бы и без него. Таким образом, большинство пациентов с раком молочной железы в настоящее время получают лечение,которое является либо неэффективным, либо ненужным. В клинической практике существует очевидная необходимость разработки усовершенствованных прогностических показателей, которые позволили бы клиницистам назначать лечение, предназначенное для тех, кому оно принесет наибольшую пользу. Следует ожидать, что определение генетической предрасположенности у индивидов может выявить информацию, имеющую значение для исхода лечения и, таким образом, способствовать рациональному планированию лечения. Предполагается, что маркеры по данному изобретению, обусловливающие риск развития рака молочной железы, могут применяться в данном контексте. Примерами данной концепции могут служить несколько предыдущих исследований: пациенты с раком молочной железы, являющиеся носителями мутации BRCA, демонстрируют лучшие степени клинического ответа и выживаемость при применении адъювантной химиотерапии [Chappuis, et al. (2002), J.Med Genet, 39, 608-10; Goffin, et al. (2003), Cancer, 97, 527-36]. Носители мутации BRCA отвечают на химиотерапевтическое лечение рака яичников препаратами платины лучше, чем лица, не являющиеся носителями [Cass, et al. (2003), Cancer, 97, 2187-95]. Аналогичные соображения могут касаться пациентов,имеющих предрасположенность, у которых задействованные при этом гены не известны. Например, известно, что при инфильтрующей дольковой карциноме молочной железы существует значимый наследственный компонент, но задействованные в нем генетические варианты до сих пор не идентифицированы. Пациенты с инфильтрующей дольковой карциномой молочной железы хуже отвечают на общепринятые режимы химиотерапии [Mathieu, et al. (2004), Eur J. Cancer, 40, 342-51]. Модели генетической предрасположенности могут не только способствовать выбору стратегий лечения, но могут играть важную роль в разработке таких стратегий. Например, было обнаружено, что клетки опухолей при мутациях BRCA1 и BRCA2 очень чувствительны к ингибиторам поли-(АДФрибоза)полимеразы (от англ. poly (ADP-ribose) polymerase, или PARP) вследствие дефекта у них пути репарации ДНК [Farmer, et al. (2005), Nature, 434, 917-21]. Это способствовало разработке препаратов малых молекул, направленно воздействующих на PARP, с целью их специфического применения у пациентов с носительством BRCA. Из данного примера следует, что информация о генетической предрасположенности может идентифицировать мишени для лекарственных препаратов, что позволит разработать индивидуальные режимы химиотерапии для применения в сочетании с определением профиля генетического риска. Аналогично, маркеры по данному изобретению могут способствовать выявлению новых препаратов, направленно воздействующих, например, на один или более генов FGF10, MRPS30 и/илиFGFR2. Химиотерапия рака имеет хорошо известные ограничивающие дозировку побочные эффекты на нормальные ткани, особенно на интенсивно пролиферирующие гемопоэтические клетки и эпителиальные клетки отделов кишечника. Можно ожидать, что в чувствительности нормальных тканей к цитотоксическим препаратам существуют индивидуальные различия, обусловленные генетически. Понимание этих факторов может способствовать рациональному планированию лечения и разработке лекарственных препаратов, предназначенных для защиты нормальных тканей от побочных эффектов химиотерапии. Изучение генетического профиля может также способствовать совершенствованию методов радиотерапии: в составе группы пациентов с раком молочной железы, которым радиотерапия проводится в стандартном режиме, часть пациентов будет иметь побочные эффекты в ответ на дозы радиации, которые обычно переносятся. Острые реакции включают эритему, влажную десквамацию, отек и радиацион- 28018444 ную пневмонию. Отдаленные реакции, включая телеангиэктазии, отек, фиброз легочный фиброз и фиброз молочной железы, могут развиваться много лет спустя после радиотерапии. Как острые, так и отдаленные реакции поражают значительный процент пациентов и могут вызывать летальный исход. В одном исследовании у 87% пациентов были обнаружены некоторые отрицательные побочные эффекты на радиотерапию, тогда как 11% имели серьезные побочные реакции (LENT/SOMA Grade 3-4); [Hoeller, etal. (2003), Int J. Radiat Oncol Biol Phys, 55, 1013-8]. Вероятность развития неблагоприятной реакции в ответ на радиотерапию обусловлена прежде всего конститутивными индивидуальными различиями в реакциях нормальной ткани, и существует подозрение, что они имеют существенный генетический компонент. Ряд известных генов предрасположенности к раку молочной железы (например, BRCA1, BRCA2,ATM) затрагивают пути репарации повреждений двойной цепи ДНК. Повреждения двойной цепи ДНК представляют собой первичные цитотоксические повреждения, вызываемые радиотерапией. Это вызвало обеспокоенность по поводу возможного существования повышенного риска избыточного повреждения нормальных тканей при радиотерапии у индивидов, генетически предрасположенных к раку молочной железы за счет носительства вариантов генов, принадлежащих этим путям. Предполагается, что генетические варианты по данному описанию обусловливающие риск развития рака молочной железы, например, опосредованно через один или более генов FGF10, MRPS30 и/или FGFR2, могут применяться для выявления индивидов с особым риском побочных реакций на радиотерапию. Существование в популяции индивидов с конститутивной чувствительностью к облучению означает, что для большей части пациентов дозы радиации при радиотерапии должны быть ограничены для поддержания частоты побочных реакций на приемлемом уровне. Таким образом, в клинической практике существует потребность в надежных тестах, которые позволили бы выявлять индивидов, имеющих повышенный риск развития побочных реакций в ответ на радиотерапию. Такие тесты позволили бы назначать консервативное или альтернативное лечение индивидам с чувствительностью к облучению и в то же время увеличивать дозы при радиотерапии большинству пациентов, являющихся относительно устойчивыми к облучению. Согласно расчетам, увеличение дозы, возможное на основании простого разделения пациентов на категории чувствительных к облучению, устойчивых к облучению и имеющих промежуточную чувствительность, позволило бы добиться улучшения локального контроля над опухолями на 35% и в результате повысить показатели выживаемости [Burnet, et al. (1996), Clin Oncol (R Coll Radiol), 8, 25-34]. Воздействие ионизирующей радиации является известным фактором, способствующим онкогенезу молочной железы [Dumitrescu and Cotarla (2005), J. Cell Mol Med, 9, 208-21]. Известные гены предрасположенности к раку молочной железы кодируют компоненты пути клеточного ответа на повреждение ДНК, индуцированное радиацией [Narod and Foulkes (2004), Nat Rev Cancer, 4, 665-76]. В этой связи существует обеспокоенность по поводу того, что риск развития второй первичной опухоли молочной железы может повышаться при воздействии радиации на нормальные ткани в ходе радиотерапии. Повидимому, не существует какого-либо измеримого повышения риска для носителей BRCA при радиотерапии, однако риск развития у них второй первичной опухоли уже чрезвычайно высок. Существуют основания полагать, что риск развития второй первичной опухоли повышен среди носителей аллелей геновATM и CHEK2, предрасполагающих к раку молочной железы, которым проводится радиотерапия [Bernstein, et al. (2004), Breast Cancer Res, 6, R199-214; Broeks, et al. (2004), Breast Cancer Res Treat, 83, 91-3]. Предполагается, что риск развития вторых первичных опухолей на фоне радиотерапии (и, возможно, на фоне интенсивного маммографического скрининга) будет возможно лучше рассчитать при получении точного профиля генетического риска у пациентов на этапе планирования лечения. Вторичная профилактика. Приблизительно у 30% пациентов, у которых была диагностирована 1 или 2 стадия рака молочной железы, возникает либо локо-региональный, либо дистантный метастатический рецидив их первоначальной опухоли. Пациенты, имевшие первичный рак молочной железы, имеют также значительно повышенный риск обнаружения второй первичной опухоли, либо в контралатеральной молочной железе, либо в ипсилатеральной молочной железе в случае проведения органосохраняющей операции. Вторичная профилактика касается способов, применяемых для предупреждения рецидивов или развития вторых первичных опухолей. Способы, применяемые в настоящее время, включают долгосрочное лечение тамоксифеном или другим СМЭР, либо отдельно, либо при чередовании с ингибитором ароматазы, снижающую риск мастэктомию контралатеральной молочной железы и снижающую риск овариэктомию (у пациентов, имеющих риск развития семейного рака молочной железы и яичников). Мнения насчет применения тамоксифена были изложены выше. При проведении снижающего риск хирургического вмешательства очевидно, что для выполнения квалифицированного анализа соотношения затрат и пользы, необходимо максимально точно проводить количественную оценку риска. Существуют некоторые данные, указывающие на то, что качество жизни у пациентов, имеющих генетическую предрасположенность к раку молочной железы, оказывается хуже, чем у основной массы пациентов. Пациенты с носительством варианта 1100delC гена CHEK2 имеют риск развития дистантных метастазов в 2,8 раза выше и риск рецидивирования заболевания в 3,9 раза выше, чем при отсутствии носительства [de Bock, et al. (2004), J. Med Genet, 41, 731-5]. Пациенты с носительством BRCA1 с опухо- 29