Генетические маркеры для предотвращения риска аритмии сердца

ГЕНЕТИЧЕСКИЕ МАРКЕРЫ ДЛЯ ПРЕДОТВРАЩЕНИЯ РИСКА АРИТМИИ СЕРДЦА Изобретение относится к процедуре и способам определения подверженности к аритмии сердца, включая фибрилляцию предсердий, трепетание предсердий и инсульт, путем оценки наличия или отсутствия аллелей полиморфных маркеров,для которых обнаружена ассоциация с фибрилляцией предсердий, трепетанием предсердий и инсультом. Изобретение также относится к наборам, включающим реагенты для оценки таких маркеров, диагностическим методам, применениям и процедурам для использования таких маркеров подверженности. 017529 Аритмии сердца представляют собой группу расстройств, при которых электрическая активность сердца является нерегулярной или замедленной по сравнению с нормой. Некоторые аритмии являются угрожающими жизни состояниями и могут вызвать остановку сердца или внезапную смерть. Другие вызывают иные осложнения или заболевания, включая инсульт, или предрасполагают к ним. Фибрилляция является серьезной формой аритмии, при которой сердечная мышца обладает нерегулярной или нескоординированной двигательной активностью из-за отсутствия единства функционирования сократительных клеток. Фибрилляция может затрагивать предсердия (Фибрилляция Предсердий (ФП) или Трепетание Предсердий (ТП, или желудочки (Фибрилляция Желудочков (ФЖ. Фибрилляция Предсердий (ФП) представляет собой аномальный ритм сердца (аритмию сердца), которая затрагивает две небольших верхних камеры сердца (предсердия). Сердечные сокращения в нормальном сердце начинаются после того, как электрический импульс, генерируемый в предсердиях синусо-предсердным узлом, распространяется по сердцу и вызывает сокращения сердечной мышцы и нагнетание крови. При ФП регулярные электрические импульсы синусо-предсердного узла замещаются разрозненными быстрыми электрическими импульсами, приводящими к нерегулярным сердечным сокращениям. Фибрилляция предсердий является наиболее распространенной аритмией сердца. Риск развития фибрилляции предсердий увеличивается с возрастом - ФП поражает 4% лиц старше 80 лет. У человека ФП может спонтанно чередоваться с нормальным ритмом (пароксизмальная фибрилляция предсердий) или оставаться преобладающим сердечным ритмом без возвращения к нормальному ритму (хроническая фибрилляция предсердий). Фибрилляция предсердий часто бывает бессимптомной, но может вызывать симптомы сердцебиения, обмороки, боли в груди, или даже сердечную недостаточность. Эти симптомы особенно часто встречаются когда фибрилляция предсердий приводит к ускорению или замедлению частоты сердечных сокращений. Кроме того, нарушенная двигательная активность предсердий приводит к застою крови (стазу), который повышает риск возникновения в крови тромбов, которые могут перемещаться от сердца к мозгу и другим областям. Таким образом, ФП является важным фактором риска инсульта, наиболее грозного осложнения фибрилляции предсердий. Симптомы фибрилляции предсердий можно устранять с помощью препаратов, замедляющих частоту сердечных сокращений. Для конверсии ФП в нормальный сердечный ритм можно использовать различные препараты, а также электроимпульсную кардиоверсию. Некоторым лицам для предотвращения фибрилляции предсерий можно применять хирургическое лечение и катетеризацию. Лицам с ФП для того, чтобы защитить их от инсульта, часто назначают антикоагулянты, такие как варфарин. Любой пациент с 2 или более идентифицированными эпизодами фибрилляции предсердий считается имеющим рецидивирующую фибрилляцию предсердий. Она далее подразделяется на пароксизмальную и персистирующую в зависимости от того, когда приступ прекращается без лечения. Фибрилляция предсердий считается пароксизмальной, если она прекращается спонтанно в течение 7 дней, чаще всего в течение 24 ч. Персистирующей или хронической фибрилляцией предсердий является ФП, продолжающаяся более 7 дней. Дифференциальная диагностика пароксизмальной и хронической, или устойчивой ФП основывается на наличии рецидивирующих эпизодов в анамнезе и продолжительности настоящего эпизода ФП(Levy S., J Cardiovasc Electrophysiol. 8 Suppl, S78-82(1998. Изолированная фибрилляция предсердий (ИФП) определяется как фибрилляция предсердий в отсутствие клинических или эхокардиографических признаков заболеваний сердца и органов грудной клетки. Фибрилляция предсердий часто сопровождается симптомами, имеющими отношение либо к увеличенной частоте сердечных сокращений, либо к эмболизации. Быстрые и нерегулярные сердечные сокращения могут ощущаться как сердцебиение, непереносимость нагрузки, и в ряде случаев вызывать стенокардию и застойные симптомы одышки или отека. Иногда аритмия диагностируется при развитии инсульта или транзиторной ишемической атаки (ТИА). Зачастую фибрилляция предсердий диагностируется при рутинном физическом осмотре или электрокардиографии (ЭКГ), т.к. в ряде случаев она может протекать бессимтомно. Пароксизмальная фибрилляция предсердий является эпизодическим проявлением аритмии и представляет трудности в диагностике. Приступы могут возникать во сне или при нагрузке и их эпизодическая природа может требовать для постановки диагноза пролонгированного мониторирования ЭКГ (например, Холтеровского мониторирования). Фибрилляция предсердий диагностируется электрокардиографически, исследование проводится на рутинной основе в случае подозрения на нерегулярные сердечные сокращения. Характерные признаки включают отсутствие зубцов Р, неорганизованную электрическую активность на их месте и нерегулярные интервалы R-R из-за нерегулярной проводимости импульсов к желудочкам. При подозрении на пароксизмальную ФП приступы могут быть документированы с помощью Холтеровского мониторирования (продолжительное записывание ЭКГ в течение 24 ч или более). Хотя во многих случаях ФП не имеет определенной причины, она может быть следствием множества других нарушений (см. ниже). Поэтому рутинному определению подлежат почечная функция и электролиты, а также тиреотропный гормон и общий анализ крови. Как правило, проводят и рентгено-1 017529 графию грудной клетки. При остром начале ФП, ассоциированном с болью в груди, можно назначить исследование сердечных тропонинов или других маркеров повреждения сердечной мышцы. Обычно проводят коагуляционные исследования (МНО/АПТВ), поскольку может быть начато лечение антикоагулянтами. Чреспищеводная эхокардиография может быть показана для обнаружения возможных внутрисердечных тромбов (Fuster V., et al., Circulation.; 104, 2118-2150(2001. Трепетание предсердий (ТП) характеризуется аномально быстрым сердечным ритмом в предсердиях. Пациенты, имеющие Трепетание предсердий, часто имеют Фибрилляцию предсердий и наоборот(Waldo, A., Progr Cardiovasc Disease, 48:41-56 (2005. Таким образом, с механической и биологической точки зрения ФП и ТП сильно взаимосвязаны. ФП (и ТП) связаны с несколькими кардиогенными нарушениями, но могут развиться и при отсутствии органической патологии сердца. Установлена взаимосвязь с высоким кровяным давлением, митральным стенозом, (например, из-за ревматической болезни сердца или пролапса митрального клапана), митральной регургитацией, операциями на сердце, ишемической болезнью сердца, гипертрофической кардиомиопатией, избыточным потреблением алкоголя (эпизодическое злоупотребление алкоголем или синдром праздничного сердца), гипертироидозом, гиперстимуляцией блуждающего нерва, как правило, при переедании (беспорядочный прием пищи), патологией легких (например, пневмонией, раком легких, эмболией легких, саркоидозом), перикардитом, сильным эмоциональным возбуждением и врожденным пороком сердца. Нормальная электрическая проводящая система сердца обеспечивает распространение импульса,генерируемого в синусо-предсердном узле (СП узел) сердца и стимуляцию миокарда (сердечной мышцы). При стимуляции миокард сокращается. Эффективные сокращения сердца обеспечиваются упорядоченной стимуляцией миокарда, таким образом обусловливающим ток крови к телу. При фибрилляции предсердий регулярные импульсы, вырабатываемые синусовым узлом для обеспечения ритмичных сокращений сердца, подавляются быстрыми случайно генерируемыми разрядами, производимыми большими площадями ткани предсердий. Организованный электрический импульс в предсердиях вызывает сокращение предсердий; отсутствие такого импульса, как при фибрилляции предсердий, вызывает застой тока крови, особенно в ушке предсердия и предрасполагает к тромбообразованию. Перемещение тромба из предсердий является причиной эмболизации, и вызываемое повреждение возникает там, куда его относит кровотоком. Эмболизация мозга приводит к наиболее грозному осложнению фибрилляции предсердий инсульту, однако эмбол может также застрять в мезентериальных сосудах (сосудах, снабжающих органы брюшной полости) или сосудах конечностей, вызывая органо-специфическое повреждение. Лечение фибрилляции предсердий нацелено на решение двух основных задач: (1) предупреждение временной циркуляторной нестабильности; (2) предупреждение инсульта. Наиболее часто применяемый способ для решения первой задачи включает контролирование частоты сердечных сокращений и сердечного ритма, а антикоагулянтная терапия является методом выбора для решения второй задачи. (Prystowsky E.N., Am J Cardiol.; 85, 3D-11D (2000); van Walraven C, et al., Jama. 288, 2441-2448 (2002. Обычные способы контролирования частоты сокращений, т.е. снижения частоты сердечных сокращений к нормальной включают бета-блокаторы (например, метопролол), сердечные гликозиды (например, дигоксин) и блокаторы кальциевых каналов (например, верапамил). Все эти препараты вызывают замедление генерации импульсов предсердиями и проведение от предсердий к желудочкам. Другие часто используемые препараты включают хинидин, флекаинид, пропафенон, дизопирамид, соталол и амиодарон. Контролирование ритма может быть осуществлено с помощью электроимпульсной кардиоверсии, т.е. путем нанесения электрического разряда постоянного тока, или химической кардиоверсии с применением таких препаратов, как амиодарон, пропафенон и флекаинид. Меры профилактики инсульта включают антикоагулянты. Типичными примерами применяемых антикоагулянтов являются дальтепарин (например, фрагмин), данапароид (например, оргаран), эноксапарин (например, ловенокс), гепарин (различный), тинзапарин (например, инногеп), варфарин (например, кумадин). Некоторых пациентов с изолированной фибрилляцией предсердий иногда лечат аспирином или клопидогрелем. Показана эффективность аспирина и клопидогреля при их совместном использовании, хотя такая комбинация все же менее эффективна по сравнению с варфарином. (Connolly S., et al.Lancet.; 367, 1903-1912 (2006. (2) Было показано, что новый антикоагулянт ксимелагатран предупреждает инсульт так же эффективно, как варфарин, но не имеет сложностей в мониторировании, характерных для варфарина и возможно вызывает меньше побочных геморрагических эпизодов. К сожалению,ксимелагатран и другие подобные ему антикоагулянты (обычно обозначаемые прямыми ингибиторами тромбина), еще нуждаются в широком лицензировании. Определение, кто должен получать в качестве антикоагулянта варфарин, а кто нет, не является однозначным. Наилучшим утвержденным способом определения риска инсульта (и, следовательно, потребности в антикоагулянтах) является индекс CHADS2. Рекомендации UK NICE предлагают другой алгоритм. Проблема кроется в том, что если пациент имеет годовой риск инсульта менее 2%, то в этом случае риск, связанный с приемом варфарина, превышает риск развития инсульта (Gage B.F. et al. Stroke 29, 1083-1091 (1998.-2 017529 В ряде случаев фибрилляция предсердий поддается контролю при лечении. Однако естественная тенденция фибрилляции предсердий - это переход в хроническое заболевание. Хроническая ФП приводит к увеличению риска смерти. Пациенты с фибрилляцией предсердий имеют существенно более высокие шансы развития инсульта. Фибрилляция предсердий часто встречается среди пожилых лиц. В развитых странах число пациентов с фибрилляцией предсердий может повыситься в течение последующих 50 лет из-за увеличения пропорции пожилого населения (Go A. S. et al., Jama., 285, 2370-2375 (2001(3). В исследовании Framingham риск развития ФП в течение жизни составил 1 к 4 для мужчин и женщин в возрасте 40 лет и старше. Пожизненный риск ФП является высоким (1 к 6). По данным National Hospital Discharge Survey (1996-2001) по случаям, включающим ФП как первичный диагноз при выписке, оказалось, что 45% пациентов являются мужчинами, средний возраст мужчин составляет 66,8 лет, а для женщин 74,6 лет. По расовой принадлежности 71,2% госпитализированных составило белое население, 5,6% черное, 2% другие расы, и в 20% случаев раса не указывалась. Более того, афроамериканские пациенты были в среднем гораздо моложе по сравнению с другими расами. Заболеваемость среди мужчин составила от 20,58/100000 человек в год для пациентов в возрасте 15-44 лет до 1203/100000 человек в год для лиц в возрасте от 85 лет и старше. С 1996-2001 гг. число госпитализаций с ФП как с первичным диагнозом увеличилось на 34%. Инсульт является распространенным и серьезным заболеванием. Каждый год в Соединенных Штатах более 600000 лиц страдают от инсульта и более 160000 погибают от связанных с инсультом нарушений(Sacco, R.L. et al., Stroke 28, 1507-17 (1997. Кроме того, в США ежегодно более 300000 лиц имеют транзиторные ишемические атаки, легкую форму инсульта. В западных странах инсульт является ведущей причиной тяжелой инвалидности и третьей ведущей причиной смертности (Bonita, R., Lancet 339, 342-4(1992. Пожизненный риск для тех, кто достиг 40 летнего возраста, превышает 10%. Клинический фенотип инсульта сложный, он обычно подразделяется на ишемический (отвечает за 80-90%) и геморрагический инсульт (10-20%) (Caplan, L.R. Caplan 's Stroke: A Clinical Approach, 1-556 (Butterworth-Heinemann,2000. Ишемический инсульт далее подразделяется на окклюзивные заболевания крупных сосудов(здесь обозначаемый как каротидный инсульт), обычно вызванный атеросклеротическим поражением общих и внутренних сонных артерий, окклюзивные заболевания мелких сосудов, которые считают неатеросклеротическим сужением мелких артериальных окончаний мозга, и на кардиогенный инсульт, вызванный кровяными сгустками, происходящими из сердца, как правило на фоне фибрилляции предсердий или ишемической болезни сердца (атеросклероза) (Adams, H. P., Jr. et al., Stroke 24, 35-41 (1993. Следовательно, оказывается, что инсульт является не одним заболеванием, а гетерогенной группой нарушений, имеющих различия в патогенетическом механизме (Alberts, M.J. Genetics of CerebrovascularDisease, 386 (Futura Publishing Company, Inc., New York, 1999); Hassan, A.Markus, H. S. Brain 123, 1784812 (2000. Однако все формы инсульта имеют общие факторы риска, такие как гипертензию, диабет,гиперлипидемию и курение (Sacco, R.L. et al., Stroke 28, 1507-17 (1997); Leys, D. et al., J. Neural. 249, 50717 (2002. Семейный анамнез инсульта также является независимым фатором риска, предполагающим существование генетических факторов, которые могут взаимодействовать с внешними факторами (Hassan, A.Markus, H. S. Brain 123, 1784-812 (2000); Brass, L.M.Alberts, M.J. Baillieres Clin. Neurol. 4,221-45 (1995. Генетические детерминанты распространенных форм инсульта все еще в значительной степени не известны. Известны примеры мутаций специфических генов, вызывающих редкие Менделеевские формы инсульта, например гена Notch3 при CADASIL (от англ., cerebral autosomal dominant arteriopathy with(1993); Joutel, A. et ah, Nature 383, 707-10 (1996, цистатина С при Исландском типе наследственной церебральной геморрагии с амилоидозом (Palsdottir, A. et al., Lancet 2, 603-4 (1988, белка предшественника амилоида при наследственной церебральной геморрагии датского типа (Levy, E. et al., Science 248,1124-6 (1990 и гена KRITI у пациентов с кавернозными врожденными ангиомами (Gunel, M. et al., Proc.Natl. Acad. Sci. USA 92, 6620-4 (1995); Sahoo, T. et al., Hum. Mol. Genet. 8, 2325-33 (1999. Ни одна из этих редких форм инсульта не возникает на основе атеросклероза и, следовательно, соответствующие гены предположительно не играют роли в развитии распространенных форм инсульта, которые чаще всего возникают при атеросклерозе. Для системы здравоохранения очень важно разработать подходы к лечению инсульта. При развитии инсульта происходит необратимая гибель клеток в значительной части мозга, снабжаемого кровеносными сосудами, пораженными при инсульте. К сожалению, погибшие нейроны невозможно восстановить или заменить стволовыми клетками. Таким образом, прежде всего необходимо предотвратить развитие инсульта. Несмотря на то, что уже известны определенные клинические факторы, увеличивающие риск инсульта (приведены выше), существует медицинская необходимость определить генетические факторы,связанные с инсультом, чтобы более точно оценить риск инсульта. Более того, если предрасполагающие аллели в общей популяции распространены широко, а специфичность прогнозирования заболевания при их наличии невысока, для обоснованного прогнозирования предрасположенности к заболеванию потребуются дополнительные локусы, например протективные локусы. Существует также большая потреб-3 017529 ность в терапевтических агентах для предупреждения первого инсульта или последующих инсультов у лиц, пострадавших от предыдущего инсульта или транзиторных ишемических атак. ФП является независимым фактором риска инсульта, увеличивающим риск примерно в 5 раз. Риск инсульта, обусловленного ФП, увеличивается с возрастом. ФП отвечает приблизительно за 15-20% всех случаев инсульта. ФП является также независимым фактором риска рецидива инсульта и тяжести инсульта. Недавно исследования показали, что у лиц с ФП, не получающих антикоагулянтную терапию,риска рецидивирующего инсульта возрастает в 2,1 раза, а риск тяжелого инсульта возрастает в 2,4 раза. Было показано, что лица с инсультом, возникшим в результате ФП, имеют в 2,23 больше вероятность остаться прикованными к постели по сравнению с теми, у кого инсульт развился по другим причинам. Необходимо знать факторы, связанные с подверженностью, обусловливающие повышенную предрасположенность к ФП и инсульту. Идентификация вариантов, связанных с риском ФП, может, например, оказаться полезной, чтобы оценить, кто имеет наиболее высокий риск возникновения ФП и, впоследствии, инсульта. Более того, профилактические меры могут быть назначены лицам, страдающим от ФП и являющимся носителями вариантов, связанных с риском в отношении ФП и/или инсульта. Наконец, идентификация вариантов, связанных с риском ФП и/или инсульта, может привести к идентификации новых мишеней для лекарственной терапии, а также разработки новых терапевтических мероприятий. Сущность изобретения Данное изобретение относится к открытию, показавшему, что определенные генетические маркеры ассоциированы с аритмией сердца, в частности с фибрилляцией предсердий и трепетанием предсердий и инсультом. Данное открытие может применяться в различных способах, процедурах, оборудовании, носителях и наборах так, как это описано здесь, в отношении способов и процедур диагностики и/или определения подверженности, способов генотипирования ассоциированных вариантов, способов прогнозирования ответа на терапевтические агенты, способов определения прогноза, способов мониторинга хода лечения и систем и наборов для использования в таких способах. Один аспект изобретения относится к способу определения подверженности человеческого индивида к сердечной аритмии или инсульту, способ включает определение наличия или отсутствия по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера в образце нуклеиновой кислоты индивида, когда по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из полиморфных маркеров, приведенных в табл. 5, и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними, когда определение наличия или отсутствия по меньшей мере одного аллеля указывает на подверженность индивида к аритмии сердца или инсульту. В одном воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер расположен внутри блока неравновесия по сцеплению С 04, приведенного здесь в SEQ ID NO:50. В другом воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из маркеров, приведенных в табл. 9 и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними. В одном воплощении по меньшей мере один маркер выбран из маркера rs2220427 (SEQ ID NO:1) и маркера rs10033464 (SEQ ID NO:41), и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними. В другом воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из маркеров,приведенных в табл. 19. В одном воплощении способ также включает этап оценки по меньшей мере одного гаплотипа, содержащего по меньшей мере два полиморфных маркера индивида. В другом аспекте изобретение относится к способу определения подверженности человеческого индивида к аритмии сердца или инсульту, включающему определение существует ли в массиве данных генотипа, установленного у индивида, по меньшей мере один связанный с риском аллель в составе по меньшей мере одного полиморфного маркера, когда по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из маркеров, приведенных в табл. 5 и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними, и когда определение наличия по меньшей мере одного связанного с риском аллеля указывает на повышенную подверженность индивида к аритмии сердца или инсульту. В одном воплощении массив данных генотипа включает сведения по идентификации маркера и аллельном статусе индивида по меньшей мере по одному полиморфному маркеру, т.е. сведения по идентификации двух аллелей индивида по маркеру и/или информации о том, является ли индивид носителем определенного связанного с риском аллеля по меньшей мере по одному полиморфному маркеру. Массив данных генотипа может включать сведения по аллелям одного или более маркеров, включая два и более маркеров, три и более маркеров, пять и более маркеров, сто и более маркеров и т.д. В некоторых воплощениях массив данных генотипа включает сведения об исследовании всего генома индивида, включая сотни тысяч маркеров или даже один миллион или более маркеров. В другом аспекте изобретение относится к процедуре, включающей этап анализа нуклеиновой кислоты человеческого индивида для определения наличия или отсутствия по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера или гаплотипа, ассоциированного с геномной последовательностью, имеющей последовательность, приведенную в SEQ ID NO:50; и этап определения статуса генетического индикатора аритмии сердца или инсульта у индивида по наличию или отсутствию по меньшей мере одного маркера или гаплотипа. Таким образом, генотип и/или статус гаплотипа индивида используется в качестве индикатора аритмии сердца у индивида, включая фибрилляцию предсердий и трепетание предсердий, а также инсульт.-4 017529 Изобретение также относится к способу оценки подверженности человеческого индивида к аритмии сердца или инсульту, включая скрининг нуклеиновой кислоты индивида по меньшей мере по одному полиморфному маркеру или гаплотипу в SEQ ID NO:50, имеющему корреляцию с повышенной встречаемостью аритмии сердца или инсульта в человеческой популяции; когда определение наличия связанного с риском маркерного аллеля по меньшей мере по одному полиморфизму или связанного с риском гаплотипа в составе нуклеиновой кислоты позволяет идентифицировать индивида как имеющего повышенную подверженность к аритмии сердца и/или инсульту и когда отсутствие по меньшей мере одного связанного с риском маркерного аллеля или связанного с риском гаплотипа в составе нуклеиновой кислоты позволяет идентифицировать индивида как не имеющего повышенную подверженность. Процедуры или способы по изобретению в одном воплощении закрепляют права на по меньшей мере один полиморфный маркер или гаплотип, включающий прилегающий фрагмент нуклеиновой кислоты блока неравновесия по сцеплению С 04, приведенный в SEQ ID NO:50, или комплементарный ему,когда фрагмент имеет размер менее 500 нуклеотидов и специфически гибридизуется с комплементарным сегментом блока неравновесия по сцеплению С 04. В одном воплощении фрагмент имеет размер более 15 нуклеотидов и менее 400 нуклеотидов и специфически гибридизуется с комплементарным сегментом блока неравновесия по сцеплению С 04, показанном в SEQ ID NO:50. В альтернативных воплощениях подверженность, обусловленная полиморфными маркерами или гаплотипами, представляет собой сниженную подверженность, т.е. маркеры и гаплотипы по изобретению обусловливают сниженный риск развития у индивида аритмии сердца, включая фибрилляцию предсердий и трепетание предсердий и/или инсульт. В одном из таких воплощений сниженная подверженность характеризуется отношением шансов (OR) или относительным риском (RR) менее 0,8. В другом воплощении сниженная подверженность характеризуется отношением шансов (OR) менее 0,7. В другом воплощении пониженная подверженность характеризуется OR или RR менее 0,6. В другом воплощении пониженная подверженность характеризуется OR или RR менее 0,5. Другие воплощения подразумевают другие значения OR или RR, включая значения 0,9, 0,85, 0,75, 0,65, 0,55 и т.д. Другой аспект изобретения относится к способу идентификации маркера для применения в оценке подверженности симптомам, ассоциированным с аритмией сердца и/или инсультом у человеческого индивида, способ включает по меньшей мере один полиморфный маркер в составе SEQ ID NO:50, или по меньшей мере один полиморфный маркер в неравновесии по сцеплению с по меньшей мере одним маркером в составе SEQ ID NO:50, определяющими генотипический статус в выборке индивидов с диагностированной аритмией сердца и/или инсультом и генотипический статус в выборке контрольных индивидов, когда достоверная разница в частоте по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфизма у индивидов с диагностированной аритмией сердца и/или инсультом в сравнении с частотой по меньшей мере одного аллеля в контрольной выборке указывает на то, что по меньшей мере один полиморфизм может применяться для оценки подверженности к аритмии сердца и/или инсульту. В одном воплощении повышение частоты по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфизма у индивидов с диагностированной аритмией сердца и/или инсультом в сравнении с частотой по меньшей мере одного аллеля в контрольной выборке указывает на то, что по меньшей мере один полиморфизм может применяться для оценки повышенной подверженности к аритмии сердца. В другом воплощении снижение частоты по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфизма у индивидов с диагностированной аритмией сердца и/или инсультом в сравнении с частотой по меньшей мере одного аллеля в контрольной выборке указывает на то, что по меньшей мере один полиморфизм может применяться для оценки подверженности к аритмии сердца и/или инсульту или защищенности от них. В предпочтительных воплощениях достоверная разница в частоте характеризуется статистическими показателями. В одном воплощении статистическим показателем является величина Р. В конкретных воплощениях значимая величина Р составляет менее 0,05, менее 0,01, менее 0,001, менее 0,0001, менее 0,00001, менее 0,000001, менее 0,0000001 или менее 0,00000001. В других воплощениях достоверная разница характеризуется отношением шансов (OR) или относительным риском (RR) с конкретными значениями доверительных интервалов (СЕ). В другом аспекте изобретение относится к способу генотипирования образца нуклеиновой кислоты,полученной у человеческого индивида, включающиему определение наличия или отсутствия в образце по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера, предсказывающего повышенный риск аритмии сердца и/или инсульта, когда по меньшей мере один маркер выбран из маркеров, приведенных в табл. 5, и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними, и когда определение наличия или отсутствия по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера является прогностическим в отношении повышенного риска у индивида аритмии сердца и/или инсульта. В одном воплощении генотипирование производится в ходе процесса, выбранного из аллельспецифической гибридизации зондов, аллель-специфического удлинения праймеров, аллельспецифический амплификации, секвенирования нуклеиновых кислот, расщепления 5'-экзонуклеазами,использования молекулярных маячков (молекулярных беконов), лигирования олигонуклеотидов, анализа размера фрагментов и анализа одноцепочечной конформации. В предпочтительном воплощении процесс включает аллель-специфическую гибридизацию зонда. Процесс генотипирования предпочти-5 017529 тельно включает амплификацию сегмента нуклеиновой кислоты, содержащего по меньшей мере один полиморфный маркер, с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР), с применением пары нуклеотидных праймеров, фланкирующих по меньшей мере один полиморфный маркер. В предпочтительном способе генотипирования проводятся следующие этапы: 1) инкубацию копий нуклеиновой кислоты с детектирующим олигонуклеотидным зондом и усиливающим олигонуклеотидным зондом в условиях для специфический гибридизации олигонуклеотидного зонда с нуклеиновой кислотой, где а) детектирующий олигонуклеотидный зонд имеет длину 5-100 нуклеотидов и специфически гибридизуется с первым фрагментом нуклеиновой кислоты, нуклеотидная последовательность которой представлена в SEQ ID NO:50, включающей по меньшей мере один полиморфный сайт; б) детектирующий олигонуклеотидный зонд содержит детектируемую метку на своем 3' конце и гасящий компонент на своем 5' конце; в) усиливающий олигонуклеотид имеет длину 5-100 нуклеотидов и является комплементарным второму сегменту нуклеотидной последовательности, расположенному в положении 5' по отношению к олигонуклеотидному зонду, так что усиливающий олигонуклеотид располагается в положении 3' по отношению к детектирующему олигонуклеотидному зонду, когда оба олигонуклеотида гибридизованы с нуклеиновой кислотой; и г) между первым сегментом и вторым сегментом существует пробел в одно основание, так что когда олигонуклеотидный зонд и усиливающий олигонуклеотидный зонд оба гибридизованы с нуклеиновой кислотой, между олигонуклеотидами существует пробел в одно основание; 2) обработку нуклеиновой кислоты эндонуклеазой, которая будет отщеплять детектируемую метку от 3' конца детектирующего зонда с высвобождением свободной детектируемой метки при гибридизации детектирующего зонда с нуклеиновой кислотой; и измерение свободной детектируемой метки, когда присутствие свободной детектируемой метки указывает на то, что детектирующий зонд специфически гибридизован с первым сегментом нуклеиновой кислоты и указывает на то, что последовательность полиморфного сайта комплементарна детектирующему зонду. Другой аспект изобретения относится к способу определения подверженности человеческого индивида к аритмии сердца или инсульту, способ включает идентификацию по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера в образце нуклеиновой кислоты, полученной у индивида, когда по меньшей мере один маркер выбран из группы маркеров, ассоциированных с геном PITX2,когда наличие по меньшей мере одного аллеля указывает на подверженность индивида к аритмии сердца или инсульту. Некоторые воплощения изобретения относятся к дальнейшему этапу оценки по меньшей мере одного дополнительного биомаркера фибрилляции предсердий, трепетания предсердий или инсульта, когда сочетание генетической информации по маркерам обеспечивает оценку риска фибрилляции предсердий,трепетания предсердий или инсульта. В некоторых из этих воплощений биомаркер представляет собой генетический маркер или гаплотип, т.е. генетический фактор риска, в отношении которого показана или предполагается связь с повышенным или пониженным риском фибрилляции предсердий, трепетания предсердий или инсульта. В других воплощениях биомаркер представляет собой белковый биомаркер. Белковый биомаркер в некоторых воплощениях выбран из Д-димеров фибрина, фрагмента активации протромбина 1.2 (F1.2), комплексов тромбин-антитромбин III (ТАТ), фибринопептида A (FPA), липопротеин-ассоциированной фосфолипазы А 2 (Ip-PLA2), бета-тромбоглобулина, тромбоцитарного фактора 4,Р-селектина, фактора Виллебранда, про-натриуретического пептида (BNP), матриксной металлопротеиназы-9 (ММР-9), гена PARK7, нуклеозид дифосфат киназы (NDKA), тау-белка, нейрон-специфической енолазы, нейротрофического фактора роста типа В, белка астроглии S-100b, глиального фибриллярного кислого белка, С-реактивного белка, сывороточного амилоида А, матриксной металлопротеиназы-9, сосудистых и внутриклеточных молекул клеточной адгезии, фактора некроза опухоли альфа и интерлейкинов, включая интерлейкин-1, -6 и -8. В одном воплощении по меньшей мере один биомаркер включает прогениторные клетки. В конкретных воплощениях определяется более чем один биомаркер. В предпочтительном воплощении биомаркер определяется в плазме индивида. Другие воплощения касаются комбинирования не-генетической информации для оценки риска, диагностики или прогноза у индивида фибрилляции предсердий, трепетания предсердий или инсульта. He-генетическая информация может включать возраст, возраст при начале заболевания, пол, этническую принадлежность, диагноз предыдущего заболевания, например, диагноз аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий) и инсульта, медицинский анамнез индивида, семейный анамнез заболевания, биохимические показатели и клинические показатели (например, кровяное давление, уровень липидов сыворотки). Анализировать такую сочетанную информацию по различным генетическим маркерам или генетическим и негенетическим маркерам можно при помощи способов, известных специалистам. В одном воплощении анализ производится путем подсчета совокупного риска методом логистической регрессии. Изобретение также относится к способу диагностики повышенной подверженности к инсульту у человеческого индивида и включает этапы (а) определения, отмечались ли у индивида симптомы, свя-6 017529 занные с фибрилляцией предсердий, трепетанием предсердий или транзиторными ишемическими атаками; (б) определения, содержит ли образец нуклеиновой кислоты индивида по меньшей мере одну копию связанного с риском аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера, выбранного из маркеров,приведенных в табл. 5, и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними; когда наличие симптомов, связанных с фибрилляцией предсердий, трепетанием предсердий и/или транзиторными ишемическими атаками и наличие по меньшей мере одной копии связанного с риском аллеля указывает на повышенную подверженность к инсульту. В следующем аспекте изобретение относится к способу оценки у индивида вероятности ответа на терапевтический агент для предупреждения и/или облегчения симптомов, связанных с аритмией сердца и/или инсультом, включающему: определение наличия или отсутствия по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера в образце нуклеиновой кислоты, полученном у индивида, когда по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из маркеров, приведенных в табл. 9, и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними, когда определение наличия по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного маркера указывает на вероятность благоприятного ответа на терапевтический агент, используемый при аритмии сердца и/или инсульте. В одном воплощении терапевтический агент представляет собой антикоагулянт, антиаритмический препарат, препараты для контролирования частоты сердечных сокращений, препарат для кардиоверсии или препарат для контролирования сердечного ритма. В другом воплощении терапевтический агент выбран из варфарина, гепарина, низкомолекулярных гепаринов, ингибиторов фактора Ха и ингибиторов тромбина, блокаторов натриевых каналов, бета блокаторов, блокаторов калиевых каналов и блокаторов кальциевых каналов. В другом воплощении терапевтический агент выбран из варфарина, ксимелагатрана, гепарина,эноксапарина, дальтепарина, тинзапарина, ардепарина, надропарина, ревипарина, фондапаринукса, идрапаринукса, лепирудина, бивалирудина, аргатробана, данапароида, дизопирамида, морицизина, прокаинамида, хинидина, лидокаина, мексилетина, токаинида, фенитоина, энкаинида, флекаинида, пропафенона, аймалина, цибензолина, detajmium (детажмий), эсмолола, пропранолола, метопролола, альпренолола,атенолола, карведилола, бисопролола, ацебутолола, надолола, пиндолола, лабеталола, окспренолола,пенбутолола, тимолола, бетаксолола, картеолола, соталола, левобунолола, амиодарона, азимилида, бретилиума, дофетилида, тедисамила, ибутилида, сематилида, N-ацетил прокаинамида, нифекаланта гидрохлорида, вернакаланта, амбазилида, верапамила, мибефрадила, дилтиазема, дигоксина, аденозина, ибутилида, амиодарона, прокаинамида, пропафенона и флекаинида. Еще один аспект изобретения относится к способу определения прогноза для индивида с диагностированной аритмией сердца и/или инсультом, способ включает определение наличия или отсутствия по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера в образце нуклеиновой кислоты, полученном у индивида, когда по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из маркеров, приведенных в табл. 9, и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними, когда определение наличия по меньшей мере одного аллеля указывает на худший прогноз по аритмии сердца и/или инсульту у индивида. Способы мониторирования хода лечения индивида, проходящего лечение по поводу аритмии сердца и/или инсульта, также находятся в рамках изобретения, способы включают определение наличия или отсутствия по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера в образце нуклеиновой кислоты, полученном у индивида, когда по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из маркеров, приведенных в табл. 9, и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними, когда определение наличия по меньшей мере одного аллеля указывает на исход лечения у индивида. В конкретных воплощениях изобретения, например, в различных способах, применениях, процедурах, оборудовании и наборах по изобретению фенотип аритмии сердца характеризуется как фибрилляция предсердий или трепетание предсердий. Авторы изобретения установили, что риск, обусловленный описанными здесь вариантами, связанными с риском ФП, выше у индивидов с началом заболевания в раннем возрасте по сравнению с индивидами с началом заболевания в позднем возрасте. Так, в одном воплощении фибрилляция предсердий или трепетание предсердий характеризуются тем, что возраст индивидов, в котором началось заболевание, составляет менее 80 лет. В другом воплощении фибрилляция предсердий или трепетание предсердий характеризуются тем, что возраст индивидов, в котором началось заболевание, составляет менее 70 лет. В следующем воплощении фибрилляция предсердий или трепетание предсердий характеризуются тем, что возраст индивидов, в котором началось заболевание, составляет менее 60 лет. В альтернативных воплощениях изобретения возможны другие возрастные границы, и они также рассматриваются в рамках изобретения, включая возрастные границы менее 75 лет, менее 65 лет и менее 55 лет, но не ограничиваясь ими. Кроме того, возраст при начале заболевания или постановке диагноза старше возраста 55, 60, 65, 70, 75 или 80 лет также рассматривается и находится в рамках изобретения, как и возрастные границы, в которых происходит постановка диагноза, проявление симптомов или начало заболевания, включая возраст 50-80 лет, возраст 55-75 лет, возраст 60-80 лет, возраст 65-75 лет и т.д., но не ограничивается ими. В определенных воплощениях изобретения инсульт характеризуется как ишемический инсульт. В-7 017529 других воплощениях фенотип инсульта может быть охарактеризован как один или более субфенотипов ишемического инсульта: атеросклероз крупных артерий (АКА), кардиоэмболический инсульт (КЭИ) и поражение мелких сосудов (ПМС). В конкретных воплощениях изобретения неравновесие по сцеплению (НС) определяется конкретным количественным пороговым значением. Как здесь подробно описано, неравновесие по сцеплению может быть количественно определено такими показателями как r2 и D'. Как следствие, определенные воплощения изобретения касаются маркеров неравновесия по сцеплению с показателями в определенном диапазоне, обозначенном конкретными значениями г 2 и/или D'. В одном таком воплощении НС характеризуется численными значениями r2 более 0,1. В другом воплощении НС характеризуется численными значениями r2 более 0,5. В еще одном воплощении воплощении НС характеризуется численными значениями r2 более 0,8. Также рассматриваются другие пороговые значения r2, в соответствии с более подробным описанием. В определенных воплощениях НС характеризуется определенными пороговыми значениями для r2 и/или D'. В одном таком воплощении НС характеризуется значениями r2 и/или D' более 0,2 и 0,8, соответственно. Для применения изобретения возможны и другие комбинации и преобразования этих или других показателей НС, и они также рассматриваются и находятся в рамках изобретения. Процедуры, применения или способы по изобретению в некоторых воплощениях также включают этап введения индивиду, у которого установили повышенный риск развития аритмии сердца или инсульта, композиции, включающей по меньшей мере один терапевтический агент, эффективный для лечения или предупреждении аритмии сердца или инсульта или для предупреждения симптомов, связанных с аритмией сердца или инсультом. Таким образом, изобретение может применяться для определения, подходит ли индивиду конкретный способ лечения. Наборы для применения при различных способах и процедурах, описанных здесь, также находятся в рамках изобретения. Так, в одном аспекте изобретение касается набора для оценки подверженности человеческого индивида к аритмии сердца и/или инсульту, набор включает реагенты для избирательного детектирования по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера в геноме индивида, когда полиморфный маркер выбран из группы, состоящей из полиморфных маркеров в составе сегмента, последовательность которого приведена в SEQ ID NO:50, и маркеров неравновесия по сцеплению с ними, и когда наличие по меньшей мере одного аллеля указывает на подверженность к аритмии сердца и/или инсульту. В одном воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из маркеров, приведенных в табл. 5. В другом воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из группы маркеров, приведенных в табл. 9, и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними. В другом воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из маркера rs2220427 (SEQ ID NO:1) иrs10033464 (SEQ ID NO:41), и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними. В одном предпочтительном воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из маркеров, приведенных в табл. 19. В другом предпочтительном воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер выбран изNO:1), rs10033464 (SEQ ID NO:41) и rs13143308 (SEQ ID NO:51). В одном воплощении реагенты включают по меньшей мере один прилежащий олигонуклеотид, который гибридизуется с фрагментом генома индивида, включая по меньшей мере один полиморфный маркер, буфер и детектируемую метку. В другом воплощении реагенты включают по меньшей мере одну пару олигонуклеотидов, которые гибридизуются с противоположными цепочками сегмента геномной нуклеиновой кислоты, полученной у субъекта, где каждая пара олигонуклеотидных праймеров создана для избирательной амплификации фрагмента генома индивида, включающего один полиморфный маркер, и где фрагмент имеет размер по меньшей мере 30 пар оснований. В предпочтительных воплощениях по меньшей мере один олигонуклеотид полностью комплементарен геному индивида. В одном воплощении олигонуклеотид имеет длину от 18 до 50 нуклеотидов. В другом воплощении олигонуклеотид имеет длину 20-30 нуклеотидов. В одном предпочтительном воплощении набор включает: а) детектирующий олигонуклеотидный зонд длиной 5-100 нуклеотидов; б) усиливающий олигонуклеотидный зонд длиной 5-100 нуклеотидов и в) фермент эндонуклеазу; где детектирующий олигонуклеотидный зонд специфически гибридизуется с первым сегментом нуклеиновой кислоты, нуклеотидная последовательность которой дана в SEQ ID NO: 2, включающей по меньшей мере один полиморфный сайт, где детектирующий олигонуклеотидный зонд включает детектируемую метку на своем 3' конце и гасящий компонент на своем 5' конце; где усиливающий олигонуклеотид имеет длину 5-100 нуклеотидов и комплементарен второму сегменту нуклеотидной последовательности, которая находится в положении 5' относительно олигонуклеотидного зонда, так что, когда оба олигонуклеотида гибридизованы с нуклеиновой кислотой, усиливающий олигонуклеотид располагается в положении 3' относительно детектирующего олигонуклеотидного зонда; где между первым сегментом и вторым сегментом существует зазор в одно основание, так что когда олигонуклеотидный зонд и усиливающий олигонуклеотидный зонд оба гибридизованы с нуклеиновой кислотой, между олигонуклеотида-8 017529 ми существует зазор в одно основание; и где обработка нуклеиновой кислоты эндонуклеазой приводит к отщеплению детектируемой метки от 3' конца детектирующего зонда с высвобождением свободной детектируемой метки, когда детектирующий зонд гибридизован с нуклеиновой кислотой. Полиморфные маркеры, описываемые здесь как прогностические в отношении риска аритмии сердца (например, ФП и Трепетания предсердий) и инсульта могут применяться в качестве диагностических маркеров. В одном аспекте изобретение таким образом касается применения олигонуклеотидного зонда в производстве диагностического реагента для диагностики и/или оценки подверженности человеческого индивида к аритмии сердца и/или инсульту, когда зонд гибридизуется с сегментом нуклеиновой кислоты, нуклеотидная последовательность которой дана в SEQ ID NO:50 и которая включает по меньшей мере один полиморфный сайт, когда фрагмент имеет длину 15-500 нуклеотидов. В одном из таких воплощении полиморфный сайт выбран из полиморфных маркеров, приведенных в табл. 5, и полиморфизмов в неравновесии по сцеплению с ними. В другом воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из D4S406 (SEQ ID NO:45), rs2634073 (SEQ ID NO:33),rs2200733 (SEQ ID NO:28), rs2220427 (SEQ ID NO:1), rs10033464 (SEQ ID NO:41) и rs13143308 (SEQ IDNO:51),Компьютерные носители для хранения информации об описанных здесь ассоциированных с заболеваниями маркеров, также находятся в рамках данного изобретения. В одном из таких аспектов изобретение относится к компьютерным носителям, на которых хранится идентифицирующая информация для по меньшей мере одного полиморфного маркера; индикатор частоты по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного упомянутого полиморфного маркера у большинства индивидов с диагностированными фибрилляцией предсердий, трепетанием предсердий и/или инсультом; индикатор частоты по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного упомянутого полиморфного маркера у большинства индивидов референсной группы; когда по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из полиморфных маркеров, приведенных в табл. 5, и полиморфизмов в неравновесии по сцеплению с ними. В предпочтительном воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из D4S406 (SEQ ID(SEQ ID NO:41) и rs13143308 (SEQ ID NO:51). Изобретение также относится к устройству для определения у человеческого индивида генетического индикатора аритмии сердца и/или инсульта, включающему: компьютерную память и алгоритмы,хранящиеся в компьютерной памяти; где алгоритмы адаптированы для выполнения на процессоре для анализа данных генотипа и/или гаплотипа для по меньшей мере одного человеческого индивида в отношении по меньшей мере одного полиморфного маркера, выбранного из маркеров, приведенных в табл. 5,и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними, и генерирования выходных данных на основании данных по маркеру или гаплотипу, где выходные данные включают показатель степени риска по меньшей мере по одному маркеру или гаплотипу в качестве генетического индикатора аритмии сердца и/или инсульта у человеческого индивида. В предпочтительном воплощении алгоритмы также включают определение индикатора частоты по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера и/или по меньшей мере одного гаплотипа у большинства индивидов с диагностированной аритмией сердца и/или инсультом, и индикатора частоты по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера или по меньшей мере одного гаплотипа у большинства индивидов референсной группы, и вслед за этим подсчет показателя степени риска для по меньшей мере одного аллеля и/или гаплотипа; где показатель степени риска индивида рассчитывается на основе сравнения статуса по меньшей мере одного маркера и/или статуса гаплотипа индивида с рассчитанным риском по информации по меньшей мере об одном маркере и/или гаплотипе для большинства индивидов с диагностированной фибрилляцией предсердий, трепетанием предсердий и/или инсультом. В определенных воплощениях степень риска характеризуется отношением шансов (OR) или относительным риском (RR), как здесь более детально описано. Полиморфные маркеры, описанные в данном изобретении в качестве прогностических в отношении подверженности к аритмии сердца и инсульту, а также маркеры в неравновесии по сцеплению с ними,все могут применяться для осуществления различных аспектов данного изобретения. Так, хотя конкретные полиморфные маркеры были использованы данными авторами изобретения для выявления ассоциации конкретного участка на хромосоме 4 с аритмией сердца (например, фибрилляцией предсердий и трепетанием предсердий) и инсультом, также возможно оценивать маркеры, находящиеся в сильном неравновесии по сцеплению с данными маркерами. Вследствие этого, в одном воплощении способов, применений, наборов, процедур, устройств и носителей по изобретению, по меньшей мере один полиморфный маркер или гаплотип, применяемый в способах или процедуре по изобретению, включает по меньшей мере один из маркеров, приведенных в табл. 5 (например, табл. 5 А и 5 Б) и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними. В другом воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер или гаплотип включает по меньшей мере один из маркеров, приведенных в табл. 9, и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними. В одном воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер или гаплотип включает по меньшей мере один из маркеров, приведенных в табл. 5. В другом воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер или гаплотип включает по меньшей мере один из маркеров, приведенных в-9 017529 табл. 9. В другом воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из маркеров, приведенных в табл. 4. В одном воплощении по меньшей мере один маркер выбран из маркера rs2220427 (SEQ IDNO:1) и маркера rs10033464 (SEQ ID NO:41) и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними. В другом воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из маркеров, приведенных в табл. 19. В одном воплощении по меньшей мере один маркер или гаплотип включает по меньшей мере один из маркеров D4S406 (SEQ ID NO:45), rs2723296 (SEQ ID NO:35), rs16997168 (SEQ ID NO:36), rs2723316NO:41), rs13141190 (SEQ ID NO:42), rs3853444 (SEQ ID NO:43) и rs4576077 (SEQ ID NO:44). В другом воплощении по меньшей мере один маркер или гаплотип включает по меньшей мере один из маркеровNO:1), rs10033464 (SEQ ID NO:41) и rs13143308 (SEQ ID NO:51). Еще в одном воплощении по меньшей мере один маркер выбран из rs10033464, rs2200733, rs13143308 и rs2220427 и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними. В следующем воплощении наличие аллелей -2, -4 и/или -8 маркера D4S406, аллели G маркераrs2220427, аллели С маркера rs13105878, аллели Т маркера rs10033464, аллели А маркера rs13141190,аллели А маркера rs3853444, и/или аллели Т маркера rs4576077 указывает на повышенную подверженность индивида к аритмии сердца или инсульту. В конкретных воплощениях изобретения подверженность, обусловленная связанными с риском вариантами (например, конкретным аллелем полиморфного маркера (например, однонуклеотидного полиморфизма, или ОНП) или конкретным гаплотипом) является повышенной подверженностью, т.е. маркеры и гаплотипы по изобретению обусловливают повышенный риск развития у индивида аритмии сердца,включая фибрилляцию предсердий и трепетание предсердий, и инсульта. Подверженность обычно характеризуется показателями Отношения Шансов (OR) или, в альтернативном варианте, значениями Относительного Риска (RR). В одном воплощении повышенная подверженность характеризуется отношением шансов (OR) по меньшей мере 1,3. В другом воплощении повышенная подверженность характеризуется отношением шансов (OR) по меньшей мере 1,4. В другом воплощении повышенная подверженность характеризуется отношением шансов (OR) по меньшей мере 1,5. В другом воплощении воплощении повышенная подверженность характеризуется отношением шансов (OR) или относительным риском по меньшей мере 1,6. В еще одном воплощении повышенная подверженность характеризуется отношением шансов (OR) или относительным риском (RR) по меньшей мере 1,8. Другие воплощения касаются других значений OR, или сравнимых значений RR включая значения 1,25, 1,35, 1,45, 1,55 и т.д. Определенные воплощения изобретения касаются индивидов определенной этнической принадлежности или происхождения. В одном из таких воплощений человеческий индивид имеет происхождение, выбранное из этнической принадлежности к черным африканцам, этнической принадлежности к азиатам, этнической принадлежности к европеоидам, этнической принадлежности к латиноамериканцам и этнической принадлежности к арабам. В конкретных воплощениях происхождение сообщалось самостоятельно. В других воплощениях происхождение определяется по оценке конкретных генетических маркеров, специфических для этнической принадлежности. Краткое описание графических материалов Нижеперечисленные и другие объекты, характеристики и преимущества изобретения будут более наглядны при рассмотрении следующего более конкретного описания предпочтительных воплощений изобретения. Фиг. 1 изображает карту неравновесия по сцеплению (НС) в участке, включающем варианты данного изобретения для популяции СЕРН (от франц. Centre d'Etude du Polymorphisme Humain, Центр Изучения Полиморфизмов Человека) (данные НарМар). Блок неравновесия по сцеплению С 04 (111,954,811 112,104,250 на хромосоме 4, позиции по NCBI Build 35) отмечен на фигуре черным квадратом. На карте показаны два показателя НС, т.е. D' в верхней левой части фигуры и r2 в нижней правой части фигуры. Фиг. 2 схематически отображает структуру гаплотипа в ассоциированном участке в составе блока НС. Площади темных (слева) кружков пропорциональны частотам гаплотипов среди гаплотипов в Исландии, а площади светлых (справа) кружков пропорциональны частотам гаплотипов в Гонконге. Промежуточный гаплотип, показанный в середине графика, несомненно больше не существует ни в одной из двух популяций (его расчетная частота составляет менее 0,2%, что не отличается от ошибок генотипирования). Фиг. 3 отображает участок генома размером 200 килобаз по соседству с rs2200733 и rs10033464. Сюда вошли предсказанные маркерные экспрессирующиеся последовательности EST, расположение трех основных классов эквивалентных ОНП в выборках CEU НарМар (так обозначены жители Юты(США), происходящие из северной и западной Европы) и обзор структуры неравновесия по сцеплению участка в выборках НарМар различной этнической принадлежности. Фиг. 4. отображает анализ экспрессии PITX2 в человеческом сердце и аорте с помощью Нозерн- 10017529 блоттинга. В качестве зонда использовали клон PITX2 cDNA HU3p983E0327D и детектировали транскрипты размером 1,8, 2 и 3 килобазы и транскрипты PITX2 размером 2,2 и 3 килобазы в левом предсердии и аорте, соответственно. Дорожка 1: фетальное сердце, дорожка 2: цельное сердце, дорожка 3: аорта,дорожка 4: верхушка сердца, дорожка 5: левое предсердие, дорожка 6: правое предсердие, дорожка 7: левый желудочек, дорожка 8: правый желудочек. Блот инкубировали с клоном PITX2 cDNA(HU3p983E0327D). Сведения, подтверждающие возможность осуществления изобретения Ниже следует описание предпочтительных воплощений изобретения. Определения Нижеприведенные термины в данном контексте будут иметь следующие значения. Фибрилляция предсердий (ФП) в данном описании означает фибрилляцию предсердий в общепринятом определении согласно установленным медицинским критериям. ФП относится к классу 148 по международной классификации болезней ICD-10 и к классу 427.3 по международной классификации болезней ICD-9. Трепетание предсердий (ТП) в данном описании означает ТП в общепринятом определении согласно установленным медицинским критериям. ТП относится к классу 148 по международной классификации болезней ICD-10 и к классу 427.32 по международной классификации болезней ICD-9."Полиморфный маркер", иногда обозначаемый как "маркер", в данном описании означает полиморфный сайт генома. Каждый полиморфный маркер имеет по меньшей мере два варианта последовательности, характерные для конкретных аллелей полиморфного сайта. Следовательно, генетическая ассоциация с полиморфным маркером подразумевает, что существует ассоциация по меньшей мере с одним специфическим аллелем этого конкретного полиморфного маркера. Маркер может включать любой аллель любого типа варианта, обнаруженного в геноме, включая ОНП, микросателлиты, инсерции, делеции, дупликации и транслокации."Аллель" означает последовательность нуклеотидов заданного локуса (позиции) на хромосоме. Аллель полиморфного маркера, таким образом, означает состав (т.е. последовательность) маркера на хромосоме. Геномная ДНК индивида содержит два аллеля любого полиморфного маркера, представленные каждой копией маркера на каждой хромосоме. Нуклеотидная позиция, по которой в популяции (либо естественной популяции либо искусственной популяции, например, в библиотеке синтетических молекул) может существовать более одной последовательности, обозначается здесь как "полиморфный сайт". Однонуклеотидный полиморфизм или ОНП представляет собой вариацию последовательности ДНК, появляющуюся в случае когда один нуклеотид в определенной позиции генома отличается у представителей одного вида или в паре хромосом индивида. Большинство однонуклеотидных полиморфизмов имеют два аллеля. Каждый индивид в этом случае является либо гомозиготным по одному аллелю полиморфизма (т.е. обе хромосомные копии индивида имеют одинаковые нуклеотиды в области ОНП),или индивид является гетерозиготным (т.е. две сестринские хромосомы индивида содержат различные нуклеотиды). Номенклатура ОНП, представленная здесь, указана согласно официальным референсным номерам ОНП (Reference SNP (rs) ID), приписанных каждому уникальному ОНП Национальным Центром Биотехнологической Информации (от англ. National Center for Biotechnological Information, NCBI)."Вариант" в данном описании означает сегмент ДНК, отличающийся от референсной ДНК. "Маркер" или "полиморфный маркер" в данном описании представляет собой вариант. Аллели, отличающиеся от референсного, обозначаются как аллели варианта."Микросателлит" представляет собой полиморфный маркер, который имеет множественные малые повторы оснований, имеющие длину 2-8 нуклеотидов (например, повторы СА) в конкретном сайте, у которых число повторяющихся мотивов варьирует в общей популяции. "Индели" представляют собой распространенную форму полиморфизма, включающую небольшую инсерцию или делецию, которая обычно имеет длину всего несколько нуклеотидов."Гаплотип" в данном описании означает сегмент геномной ДНК, характеризующийся специфической комбинацией последовательно расположенных аллелей. У диплоидных организмов, таких как человек, гаплотип включает одного представителя из пары аллелей по каждому полиморфному маркеру или локусу. В определенном воплощении гаплотип может включать два или более аллелей, три или более аллелей, четыре или более аллелей, или пять или более аллелей. Термин "подверженность" в данном описании включает как повышенную подверженность, так и пониженную подверженность. Так, определенные полиморфные маркеры и/или гаплотипы по изобретению могут характеризовать повышенную подверженность (т.е. повышенный риск) фибрилляции предсердий или инсульта, которая характеризуется относительным риском (RR) или отношением шансов(OR) более одного. В альтернативном варианте, маркеры и/или гаплотипы по изобретению характеризуют пониженную подверженность (т.е. пониженный риск) фибрилляции предсердий или инсульта, которая характеризуется относительным риском менее одного."Образец нуклеиновой кислоты" является образцом, полученным у индивида и содержащим нук- 11017529 леиновую кислоту. В определенных воплощениях, т.е. при детекции специфических полиморфных маркеров и/или гаплотипов образец нуклеиновой кислоты включает геномную ДНК. Такой образец нуклеиновой кислоты может быть получен из любого источника, содержащего геномную ДНК, включая как образец крови, образец амниотической жидкости, образец цереброспинальной жидкости, так и образец ткани кожи, мышцы, буккальной слизистой или конъюнктивы, плаценты, желудочно-кишечного тракта или других органов. Термин "препарат, используемый при фибрилляции предсердий и/или инсульте" означает агент, который может применяться для облегчения или предупреждения симптомов, ассоциированных с фибрилляцией предсердий (ФП), трепетанием предсердий (ТП) или инсультом, согласно данному более детальному описанию. Термин "нуклеиновая кислота, ассоциированная с аритмией сердца (например, фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий) и/или инсультом" в данном описании означает нуклеиновую кислоту, которая, как было показано, ассоциируется с аритмией сердца, например, фибрилляцией предсердий(ФП), трепетанием предсердий (ТП) или инсультом. Термин включает описанные здесь маркеры и гаплотипы, а также маркеры и гаплотипы в сильном неравновесии по сцеплению (НС) с ними. В одном воплощении нуклеиновая кислота, ассоциированная с фибрилляцией предсердий, трепетанием предсердий или инсультом означает блок неравновесия по сцеплению С 04, который, как было показано, ассоциируется с фибрилляцией предсердий и инсультом. В другом воплощении нуклеиновая кислота, ассоциированная с фибрилляцией предсердий, трепетанием предсердий или инсультом относится к гену PITX2. Термин "блок неравновесия по сцелению С 04" в данном описании означает блок неравновесия по сцеплению (НС) на хромосоме 4 между позициями 111,954,811 и 112,104,250 по NCBI Build 35 (от англ.National Center for Biotechnology Information, Национальный Центр Биотехнологической Информации), с геномной последовательностью, представленной в SEQ ID NO:50. Термин "фрагмент" в данном описании означает сегмент нуклеиновой кислоты или последовательности белка. Фрагменты имеют размер меньше, чем их эталоны, т.е. фрагмент молекулы референсной нуклеиновой кислоты размером 1000 нуклеотидов имеет размер меньше 1000 нуклеотидов. Фрагменты нуклеиновой кислоты по изобретению обычно имеют размер более 5 нуклеотидов, и часто более 15 нуклеотидов, с верхней границей определяемой либо их референсным нуклеотидом или практическим применением нуклеотидного фрагмента. Например, нуклеотидные фрагменты, применяемые в качестве гибридизующихся зондов в некоторых воплощениях изобретения, имеют размер более 15 нуклеотидов и менее 500 нуклеотидов. Для других нуклеотидных фрагментов и белковых или пептидных фрагментов по изобретению могут применяться другие границы размеров. Термин "PITX2" в данном описании относится к гену гомеодоменного фактора транскрипции 2(paired-like homeodomain transcription factor 2) на хромосоме 4q25. Этот ген также обозначается как гипофизарный гомеобокс 2 (pituitary homeobox 2, РТХ 2), гомеобоксный транскрипционный фактор 1 (rieg(all-1 responsive gene 1, ARP1). Данное изобретение касается наблюдения о том, что определенные полиморфные маркеры на хромосоме 4q25 человеческого генома оказались ассоциированными с аритмией сердца и инсультом. В конкретных воплощениях изобретения полиморфные маркеры на хромосоме 4q25 ассоциируются с аритмиями сердца: фибрилляцией предсердий (ФП) и трепетанием предсердий (ТП), а также с инсультом. Данные наблюдения имеют важное и непредвиденное значение для разработки способов диагностики и лечения, применений, наборов и систем, согласно данному более детальному описанию. При общегеномном сканировании генетических вариантов, обусловливающих подверженность к ФП, с ФП оказались ассоциированными несколько маркеров на хромосоме 4q25. Наиболее существенная ассоциация была обнаружена для маркеров rs2220427 и rs2220733 с ФП, со значениями Р близкими к 10-9 для обоих маркеров (табл. 2), и меньшая, но номинально достоверная ассоциация с инсультом (табл. 3). Большое количество маркеров были идентифицированы в качестве идеальных суррогатов для этих маркеров, включая микросателлитный маркер D4S406 (табл. 1) и несколько ОНП маркеров (табл. 4). Дальнейшая обработка результатов обнаружила, что на языке генетики ассоциативный сигнал концентрируется у маркеров rs2200733 и rs10033464 (табл. 7) и маркеров неравновесия по сцеплению с этими маркерами (включая ОНП маркеры, приведенные в табл. 9, но не ограничиваясь ими). Исходное наблюдение, выполненное на исландской популяции, было воспроизведено на независимой исландской когорте ФП/ТП, шведской когорте ФП и когорте ФП США (табл. 7). При объединении с выборками из Исландии ассоциация с rs2200733 была очевидна (OR = 1,72, Р = 3,310-41), а достоверность для rs10033464 была значительно ниже порогового значения достоверности на уровне всего генома(OR = 1,39, Р = 6,910-11). Если принять мультипликативную модель, популяционный атрибутивный риск(ПАР) при объединении двух вариантов составляет приблизительно 20% в популяциях европейского происхождения. Более того, наличие ассоциации было воспроизведено в китайской когорте ФП из Гонконга (табл. 7). Авторы изобретения также обнаружили, что возраст при постановке диагноза ФП/ТП в исландских- 12017529 выборках коррелирует с двумя ОНП: rs2200733 и rs10033464. Так, диагноз ставится на 2,28 года ранее при носительстве Т аллели rs2200733 и на 1,1 года ранее при носительстве Т аллели rs10033464 (суммарное значение Р = 1,2910-6). Данный эффект проявлялся по ассоциации с двумя вариантами, которая оказывалась наиболее сильной у лиц, которым диагноз был поставлен в более молодом возрасте, хотя риск оставался достоверным даже у тех лиц, которым диагноз был поставлен после достижения 80 летнего возраста (табл. 8). Аналогичный эффект для возраста при начале заболевания наблюдался и в когорте США (табл. 8). Авторы изобретения также обнаружили сильную ассоциацию между вариантами и ТП, которая оказалась даже более сильной, чем для ФП. Это проявлялось по ассоциации в подгруппе (N=116) исландских пациентов с диагнозом ТП (OR = 2,60, 95% доверительный интервал (Cl) = 1,83-3,68, Р=7,510-8 дляrs2200733, OR = 1,94, 95% Cl = 1,26-3,00, Р = 0,0028 для rs10033464). Действительно, для rs2200733 OR для этих установленных случаев ТП достоверно выше, чем для случаев с фенотипом ФП (Р = 0,0026), и почти достоверно выше для rs10033464 (P = 0,084). Данные результаты, свидетельствующие, что и при ФП, и при ТП существуют значимые генетические факторы риска, проиллюстрированы ассоциацией с ОНП rs2200733 и rs10033464. Авторы изобретения также установили, что варианты, ассоциированные с ФП/ТП, также ассоциированы с инсультом, в частности с ишемическим инсультом (табл. 21). Ассоциация с маркером rs2200733 достоверно воспроизводилась при ишемическом инсульте (ИИ) и субфенотипе ишемического инсульта кардиоэмболическом инсульте (КЭИ). При генотипировании дополнительных случаев с ишемическим инсультом и контролей из Исландии (общее количество 1943 случая/25708 контролей) и четырех больших групп случай с ишемическим инсультом/контроль (4294 случая/3709 контролей) было обнаружено, что и данный маркер, и маркер rs10033464 ассоциируются наиболее сильно с КЭИ, при котором первопричиной является ФП (rs2200733: OR=1,53, Р=1,510-12; rs10033464: OR=1,27, Р=5,910-4)(табл. 21). В блоке НС, содержащем rs2200733 и rs10033464, не существует известных генов (фиг. 3). Блок НС содержит один сплайсированный EST-маркер (DA725631) и два EST-маркера с одним экзоном(DB324364 и AF017091). ОТ-ПЦР библиотек кДНК из различных тканей не обнаружила экспрессии этихEST-маркеров (табл. 16). Ген PITX2, расположенный на прилегающем расположенном выше блоке НС,является геном наименее удаленным от вариантов, связанных с риском. Как показано в табл. 18, несколько маркеров внутри блока НС, содержащего ген PITX2, коррелируют с маркерами, имеющими ассоциацию с ФП и ТП. Таким образом, возможно, что варианты в составе гена PITX2 являются причинными вариантами. Также возможно, что варианты по данному изобретению в данном описании влияют на функцию, стабильность, экспрессию, посттрансляционную модификацию, сплайсинг, стабильность мРНК PITX2, или другими способами влияют на ген так, что предрасполагают к появлению симптомов,ассоциированных с фибрилляцией предсердий, трепетанием предсердий и/или инсультом. Белок, кодируемый данным геном, гомеодоменный фактор транскрипции 2, является интересным кандидатом для ФП/ТП, т.к. известно, что он играет важную роль в развитии сердца, направляя асимметричный морфогенез сердца (Franco, D., Trends Cardiovasc Med 13: 157-63 (2003. Кроме того, на модели с мышами с нокаутом данного гена было показано, что Pitx2 подавляет путь формирования по умолчанию синусопредсердного узла в левом предсердии. Экспрессия мРНК PITX2 во всех легко доступных тканях, таких как кровь и жировая ткань, очень незначительна, что затрудняет изучение корреляции между генотипами и уровнями экспрессии. Следующий ген, расположенный выше PITX2, это ENPEP, аминопептидаза, отвечающая за метаболизм ангиотензина II в сосудистом эндотелии. Этот ген экспрессируется более широко, но варианты, ассоциированные с ФП, не имеют корреляции с его экспрессией в крови или жировой ткани. Других описанных генов, расположенных в районе на 400 килобаз выше или 1,5 мегабазы ниже ассоциированных вариантов, не существует. Оценка маркеров и гаплотипов Когда проводится сравнение индивидов, геномная последовательность в популяциях оказывается не идентичной. Скорее, геном отражает вариабельность последовательности между индивидами во многих участках генома. Такие вариации в последовательности обычно обозначаются как полиморфизмы, и в геноме существует множество таких сайтов. Например, человеческий геном имеет вариации последовательности, которые появляются в среднем на каждые 500 пар оснований. Наиболее распространенный вариант последовательности состоит из вариаций оснований по одной позиции в геноме, и такие варианты последовательности, или полиморфизмы, обычно называют однонуклеотидными полиморфизмами(ОНП). Полагают, что данные ОНП появились в результате единственной мутации, таким образом обычно существует два возможных аллеля в каждом сайте ОНП; исходный аллель и мутировавший аллель. Благодаря естественному генетическому дрейфу и, возможно, также благодаря давлению отбора исходная мутация превратилась в полиморфизм, характеризующийся определенной частотой его аллелей в любой заданной популяции. В человеческом геноме найдены многие другие виды вариантов последовательностей, включая микросателлиты, инсерции, делеции, инверсии и вариации числа копий. Полиморфный микросателлит имеет множество коротких повторов оснований (таких как СА повторы, на компле- 13017529 ментарной цепи TG) в определенном участке, число повторяющихся мотивов варьирует в общей популяции. В общих словах, каждая версия последовательности в отношении полиморфного сайта представляет собой определенный аллель полиморфного сайта. Такие варианты последовательностей могут все обозначаться полиморфизмами, возникающими в определенных полиморфных сайтах, характерных для обсуждаемого варианта последовательности. В общих словах, полиморфизмы могут включать любое число специфических аллелей. Так, в одном воплощении изобретения полиморфизм характеризуется наличием двух или более аллелей в любой заданной популяции. В другом воплощении полиморфизм характеризуется наличием трех или более аллелей. В других воплощениях полиморфизм характеризуется четырьмя или более аллелями, пятью или более аллелями, шестью или более аллелями, семью или более аллелями,девятью или более аллелями или десятью или более аллелями. Все такие полиморфизмы могут применяться в способах и наборах по данному изобретению, и таким образом находятся в рамках изобретения. В некоторых случаях делается ссылка на разные аллели в полиморфных сайтах без выбора референсной аллели. В других случаях для конкретного полиморфного сайта может быть обозначена референсная последовательность. Референсная аллель в некоторых случаях обозначается как аллель "дикого типа" и обычно выбирается либо как первая секвенированная аллель или как аллель "не пораженного" индивида (например, индивида, не имеющего признаков или фенотипа заболевания). Аллели маркеров ОНП в данном описании означают основания А, С, G или Т, обнаруживаемые в полиморфных сайтах в ходе детекции ОНП. В данном описании использовали следующие коды аллелей ОНП: 1=А, 2=С, 3=G, 4=T. Специалисту очевидно, что при исследовании или чтении противоположной цепи ДНК можно в каждом случае определить комплементарную аллель. Следовательно, для полиморфного сайта (полиморфного маркера), характеризуемого полиморфизмом A/G, проводимый анализ может быть использован для специфической детекции наличия как одного из двух возможных оснований, так и обоих, т.е. А и G. Также возможно, что в ходе анализа, разработанного для детекции противоположной цепи ДНК-матрицы, может быть определено наличие комплементарных оснований Т и С. В количественном отношении (например, в терминах относительного риска) идентичные результаты будут получены при определении любой из цепей ДНК (+ цепи или - цепи). Обычно референсная последовательность относится к определенной последовательности. Аллели,отличающиеся от референсной, иногда обозначаются как "варианты" аллелей. Вариант последовательности в данном описании означает последовательность, отличающуюся от референсной последовательности, но в остальном существенно схожую. Аллели полиморфных генетических маркеров, описываемые здесь, являются вариантами. Другие варианты могут включать изменения, затрагивающие полипептид. Отличия в последовательностях при сравнении с референсной нуклеотидной посделовательностью могут включать инсерции или делеции единичного нуклеотида, или более чем одного нуклеотида, приводящие к сдвигу рамки считывания; замену по меньшей мере одного нуклеотида, приводящую к замене кодируемой аминокислоты; замену по меньшей мере одного нуклеотида, приводящую к образованию преждевременного стоп-кодона; делецию нескольких нуклеотидов, приводящую к делеции одной или более аминокислот, кодируемых нуклеотидами; инсерции одного или нескольких нуклеотидов, такие как при неравной рекомбинации или конверсии генов, приводящие к прерыванию кодирующей последовательности рамки считывания; дупликации всей или части последовательности; транспозиции; или перестройки нуклеотидной последовательности. Такие изменения поседовательности могут изменять полипептид,кодируемый нуклеиновой кислотой. Например, если изменения в последовательности нуклеиновых кислот вызывают сдвиг рамки считывания, сдвиг рамки считывания может привести к изменению кодируемых аминокислот и/или привести к образованию преждевременного стоп-кодона, вызывая образование укороченного полипептида. Возможно, что полиморфизм, ассоциированный с заболеванием или его признаками, может быть молчащей заменой одного или нескольких нуклеотидов (т.е. замена, которая не приводит к изменению аминокислотной последовательности). Такой полиморфизм может, например,изменять сайты сплайсинга, влиять на стабильность транспортной мРНК или иначе влиять на транскрипцию или трансляцию кодируемого полипептида. Он может также изменять ДНК, так что увеличивается вероятность появления на соматическом уровне таких структурных изменений, таких как амплификации или делеции. Полипептид, кодируемый референсной нуклеотидной последовательностью является "референсным" полипептидом с определенной референсной последовательностью аминокислот, а полипептиды, кодируемые вариантами аллелей обозначаются "вариантными" полипептидами с вариантами последовательности аминокислот. Последовательность или референсная последовательность может представлять либо (+) или (-) направление двуцепочечной ДНК. Такие последовательности обозначаются как обратно-комплементарные друг другу, что хорошо известно специалистам. Гаплотип означает сегмент ДНК, характеризующийся специфический комбинацией последовательно расположенных аллелей. У диплоидных организмов, таких как человек, гаплотип включает одного представителя из представителя пары аллелей по каждому полиморфному маркеру или локусу. В определенном воплощении гаплотип может включать два или более аллелей, три или более аллелей, четыре или более аллелей, или пять или более аллелей, каждый аллель соответствует определенному полиморфному маркеру в составе сегмента. Гаплотипы могут включать комбинацию различных полиморфных маркеров, например, ОНП и микросателлиты, имеющие конкретные аллели в полиморфных сайтах. Гап- 14017529 лотипы таким образом включают комбинацию аллелей различных генетических маркеров. Детекция специфических полиморфных маркеров и/или гаплотипов может выполняться известными способами детекции последовательностей в полиморфных сайтах. Например, могут использоваться такие стандартные способы генотипирования наличия ОНП и/или микросателлитных маркеров, как флуоресцентные методики (Chen, X. et al., Genome Res. 9(5): 492-98 (1999, применяющие ПЦР, ЛЦР,гнездной ПЦР и другие методики амплификации нуклеиновых кислот. Определенные методики, используемые для генотипирования ОНП, включают генотипирующие системы TaqMan и платформы SNPlex(Applied Biosystems), масс-спектрометрию (например, систему MassARRAY от Sequenom), методы минисеквенирования, ПЦР в реальном времени, систему Bio-Plex (BioRad), системы CEQ и SNPstream (Beckman), технологию Molecular Inversion Probe array (например, Affymetrix GeneChip), и технологии BeadArray (например, Illumina GoldenGate и Infinium assays), но не ограничиваются ими. С помощью этих или других методов, используемых специалистами, можно идентифицировать один или более аллелей полиморфных маркеров, включая микросателлиты, ОНП или другие виды полиморфных маркеров. В некоторых из описанных здесь методов индивид с повышенной подверженностью (т.е. с повышенным риском) к любому исследуемому определенному заболеванию или его признакам, является индивидом, у которого идентифицирован по меньшей мере один специфический аллель одного или более полиморфных маркеров или гаплотипов, обусловливающих повышенную подверженность к заболеванию или его признакам (т.е. связанный с риском аллель маркера или гаплотип). В одном аспекте, связанный с риском маркер или гаплотип является тем, который обусловливает достоверно повышенный риск(или подверженность) к заболеванию или его признакам. В одном воплощении достоверность, ассоциированная с маркером или гаплотипом, измеряется относительным риском (RR). В другом воплощении достоверность, ассоциированная с маркером или гаплотипом, измеряется/выражается отношением шансов (OR). В следующем воплощении достоверность выражается в процентах. В одном воплощении достоверно повышенный риск выражается как риск (относительный риск и/или отношение шансов) равный по меньшей мере 1,2, что включает, но не ограничивается значениями по меньшей мере 1,2, по меньшей мере 1,3, по меньшей мере 1,4, по меньшей мере 1,5, по меньшей мере 1,6, по меньшей мере 1,7, 1,8, по меньшей мере 1,9, по меньшей мере 2,0, по меньшей мере 2,5, по меньшей мере 3,0, по меньшей мере 4,0,и по меньшей мере 5,0. В конкретном воплощении достоверным является риск (относительный риск и/или отношение шансов) по меньшей мере 1,2. В другом конкретном воплощении достоверным является риск по меньшей мере 1,3. В еще одном воплощении достоверным является риск по меньшей мере 1,4. В следующем воплощении достоверным является относительный риск по меньшей мере около 1,5. В следующем воплощении достоверным увеличением риска является по меньшей мере 1,7. Однако также рассматриваются и другие пороговые значения, например, по меньшей мере 1,15, 1,25, 1,35, и так далее,и такие пороговые значения также находятся в рамках данного изобретения. В других воплощениях достоверным является увеличение риска по меньшей мере около 20%, включая, но не ограничиваясь значениями 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 150, 200, 300 и 500%. В одном конкретном воплощении достоверным является увеличение риска по меньшей мере на 20%. В других воплощениях достоверным является увеличение риска по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 60%, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 90% и по меньшей мере на 100%. Другие пороговые значения или диапазоны, которые специалисты сочтут подходящими для характеристики изобретения, также рассматриваются, и они также находятся в рамках данного изобретения. Связанный с риском полиморфный маркер или гаплотип по данному изобретению представляет собой по меньшей мере один аллель по меньшей мере одного маркера или гаплотип, встречающийся более часто у индивида с риском заболевания или его признаками (например, аритмии сердца или инсульта)(пораженного), по сравнению с частотой его встречаемости в группе сравнения (в контроле) и где наличие маркера или гаплотипа указывает на подверженность к заболеванию или его признакам. Контрольная группа в одном воплощении может быть популяционной выборкой, т.е. случайной выборкой из общей популяции. В другом воплощении контрольная группа представлена группой индивидов, не имеющих заболевания. Такие не имеющие заболевания контроли могут в одном воплощении характеризоваться отсутствием одного или более специфических симптомов, ассоциированных с заболевнием. В другом воплощении контрольная группа лиц, не имеющих заболевания, характеризуется отсутствием одного или более факторов риска, специфических для заболевания. Такие факторы риска в одном воплощении представляют собой по меньшей мере один фактор риска окружающей среды. Примерами факторов окружающей среды являются натуральные продукты, минералы или химические вещества, для которых известна или предполагается способность влиять на риск развития определенного заболевания или его признаки. Другие факторы риска окружающей среды являются факторами риска, относящимися к образу жизни, включая особенности питания и питья, географическое расположение места проживания,и профессиональные факторы риска, но не ограничиваются ими. В другом воплощении факторы риска представляют собой по меньшей мере один генетический фактор риска. Примером простого теста на корреляцию может быть точный тест Фишера в таблице два на два. Для заданной когорты хромосом таблица два на два строится, исходя из числа хромосом, которые вклю- 15017529 чают оба маркера или гаплотипа, один из маркеров или гаплотипов, но не хромосом, которые не включают ни один из маркеров или гаплотипов или хромосом, которые включают другие маркеры или гаплотипы. В других воплощениях по изобретению индивид с пониженной подверженностью (т.е. со сниженным риском) к заболеванию или его признакам является индивидом, у которого идентифицирован по меньшей мере один специфический аллель одного или более полиморфного маркера или гаплотипа, обусловливающий пониженную предрасположенность к заболеванию или его признакам. Аллели маркеров и/или гаплотипы, обусловливающие пониженный риск, также называются протективными. В одном аспекте протективный маркер или гаплотип - это тот, который обусловливает достоверно пониженный риск (или подверженность) заболевания или его признаков. В одном воплощении достоверно пониженный риск выражается как относительный риск менее чем 0,9, включая, но не ограничиваясь значениями менее чем 0,9, менее чем 0,8, менее чем 0,7, менее чем 0,6, менее чем 0,5, менее чем 0,4, менее чем 0,3,менее чем 0,2 и менее чем 0,1. В одном конкретном воплощении достоверно пониженный риск составляет менее 0,7. В другом воплощении достоверно пониженный риск составляет менее 0,5. В еще одном воплощении достоверно пониженный риск составляет менее 0,3. В другом воплощении снижением риска(или подверженности) является снижение по меньшей мере на 25%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 35%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 45%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 55%, по меньшей мере на 60%, по меньшей мере на 65%, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 75%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95% и по меньшей мере на 98%. В одном конкретном воплощении достоверным снижением риска является снижение по меньшей мере около 30%. В другом воплощении достоверным является снижение риска по меньшей мере около 50%. В другом воплощении снижением риска является снижение по меньшей мере около 70%. Другие пороговые значения или диапазоны, которые специалисты сочтут подходящими для характеристики изобретения, также находятся в рамках данного изобретения. Специалистам в данной области известно, что для маркеров, присутствующих в исследуемой популяции в двух аллелях, если один аллель обнаруживается в популяции в группе индивидов с признаками заболевания или заболеванием с повышенной частотой по сравнению с контролем, другой аллель или маркер будет обнаруживаться в группе индивидов с признаками заболевания или заболеванием с пониженной частотой по сравнению с контролем. В таком случае один аллель маркера (тот, что обнаруживается с повышенной частотой среди индивидов с признаками заболевания или заболеванием) будет аллелем, связанным с риском, а другой аллель будет протективным аллелем. Неравновесие по сцеплению Естественный феномен рекомбинации, происходящей в каждой паре хромосом в среднем один раз во время каждого мейоза, представляет один из способов, с помощью которого природой обеспечиваются вариации последовательностей (и вследствие этого, биологической функции). Обнаружено, что рекомбинация в геноме происходит не случайным образом, а скорее существуют большие вариации в частотах рекомбинации, что обусловливает существование небольших участков с высокой частотой рекомбинации (также называемых горячими точками рекомбинации) и больших участков с низкой частотой рекомбинации, обычно обозначаемыми блоками неравновесия по сцеплению (Myers, S. et al., BiochemGenet 31: 272-275 (2002. Неравновесие по сцеплению (НС) относится к неслучайному распределению двух генетических элементов. Например, если конкретный генетический элемент (например, аллель полиморфного маркера или гаплотип) встречается в популяции с частотой 0,25 (25%) и другой элемент встречается с частотой 0,25 (25%), то расчетная встречаемость обоих элементов у человека составит 0,125 (12,5%), учитывая случайное распределение элементов. Однако, если обнаружится, что оба элемента встречаются вместе с частотой выше, чем 0,125, то говорят, что элементы находятся в неравновесии по сцеплению, т.к. они имеют тенденцию наследоваться совместно с более высокой частотой, чем можно ожидать при независимости частот их встречаемости (например, частоты аллеля или гаплотипа). Грубо говоря, НС обычно коррелирует с частотой рекомбинации между двумя элементами. Частота аллеля или гаплотипа в популяции может быть определена путем генотипирования индивидов в популяции и определения частоты встречаемости в популяции каждого аллеля или гаплотипа. В популяциях диплоидных организмов, например, человеческой популяции, индивиды обычно имеют по два аллеля каждого генетического элемента (например, маркера, гаплотипа или гена). Для оценки силы неравновесия по сцеплению (НС) были предложены различные показатели. Большинство из них оценивают силу ассоциации между парами диаллельных сайтов. Двумя важными попарными показателями НС являются r2 (иногда изображаемый как 2) и D'. Оба показателя изменяются от 0(отсутствие неравновесия) до 1 (полное неравновесие), но их интерпретация несколько различается. D' определяется таким образом, что он равен 1 только если существуют два или три из возможных гаплотипов и он 1 если существуют все четыре возможных гаплотипа. Таким образом, значение D' 1 указыва- 16017529 ет на то, что в ходе эволюции между двумя сайтами могла произойти рекомбинация (повторная мутация также может обусловливать значения D'1, но для однонуклеотидных полиморфизмов (ОНП) это обычно считается менее вероятным, чем рекомбинация). Показатель r2 отражает статистическую корреляцию между двумя сайтами и принимает значение 1 только если существуют два гаплотипа. Показатель r2, возможно, является наиболее подходящим показателем картирования сцепления, поскольку существует простое обратное отношение между r2 и размером выборки, необходимым для обнаружения ассоциации между подверженность к заболеванию и ОНП. Эти показатели определяются для двух сайтов, но в некоторых случаях может требоваться определение того, насколько сильным является НС по всему участку, содержащему множество полиморфных сайтов (например, определение достоверно ли отличается сила НС между локусами или между популяциями, или является ли НС в участке более сильным или слабым по сравнению с предсказанным по определенной модели). Измерение НС в участке не является простым, одним из подходов является применение разработанного в популяционной генетике показателя r. Грубо говоря, r показывает, какой должна быть рекомбинация в конкретной популяционной модели для возникновения НС, наблюдаемого в результатах. Данный способ дает возможность использования статистического подхода для оценки того, что данные НС демонстрируют свидетельства существования горячих точек рекомбинации. Для описанных здесь способов и процедур значимой величиной r2 может быть по меньшей мере 0,1, например, по меньшей мере 0,1, 0,15, 0,2, 0,25, 0,3, 0,35, 0,4,0,45, 0,5, 0,55, 0,6, 0,65, 0,7, 0,75, 0,8, 0,85, 0,9, 0,91, 0,92, 0,93, 0,94, 0,95, 0,96, 0,97, 0,98, 0,99 или 1,0. В одном предпочтительном воплощении значимой величиной r2 может быть по меньшей мере 0,2. Кроме того, неравновесие по сцеплению в данном описании означает неравновесие по сцеплению, характеризуемое значениями D' по меньшей мере 0,2, например 0,3, 0,4, 0,5, 0,6, 0,7, 0,8, 0,85, 0,9, 0,95, 0,96, 0,97,0,98, 0,99. Таким образом, неравновесие по сцеплению отражает корреляцию между аллелями отдельных маркеров. Оно измеряется коэффициентом корреляции или D' (r2 до 1,0 и D' до 1,0). Неравновесие по сцеплению может быть определено в одной человеческой популяции, согласно данному описанию, или оно может быть определено в нескольких выборках, составленных из индивидов, происходящих из более чем одной человеческой популяции. В одном воплощении изобретения НС определяется в выборке из одной или более популяций НарМар (европеоидной, африканской, японской, китайской), согласно описанию (http://www.hapmap.org). В одном из таких воплощений НС определяется в популяции CEU выборок НарМар. В другом воплощении НС определяется в популяции YRI. В еще одном воплощении НС определяется в выборках исландской популяции. Если бы все полиморфизмы в геноме были идентичными на уровне популяции, то в ассоциативных исследованиях необходимо было бы изучать каждый из них. Однако благодаря существованию неравновесия по сцеплению между полиморфизмами между тесно связанными полиморфизмами наблюдается сильная корреляция, что сокращает число полиморфизмов, которые требуется изучить в ассоциативном исследовании для обнаружения достоверной ассоциации. Другим следствием существования НС является то, что между многими полиморфизмами прослеживается ассоциативный сигнал, поскольку между этими полиморфизмами существует сильная корреляция. Были разработаны генетические карты НС в геноме, и такие карты НС были предложены для использования в качестве основы для картирования генов, связанных с заболеваниями (Risch, N.(2002); Reich, DE et al., Nature 411:199-204 (2001. На данный момент установлено, что многие части человеческого генома могут быть разбиты на серии отдельных блоков гаплотипов, содержащих несколько общих гаплотипов; в этих блоках данные неравновесия по сцеплению не демонстрируют значительных свидетельств рекомбинации (см., например,Wall., J.D. and Pritchard, J.K., Nature Reviews Genetics 4:587-597 (2003); Daly, M. et al., Nature Genet. 29:229-232 (2001); Gabriel, S.B. ef al., Science 296:2225-2229 (2002); Patil, N. ef al., Science 294:1719-1723(2001); Dawson, E. et al., Nature 478:544-548 (2002); Phillips, M.S. et al., Nature Genet. 33:382-387 (2003. Существует два основных способа определения таких блоков гаплотипов: блоки могут быть определены как участки ДНК, имеющие ограниченное разнообразие по гаплотипам (см., например, Daly, M.et al., Nature Genet. 29:229-232 (2001); Patil, N. ef al., Science 294:1719-1723 (2001); Dawson, E. ef al., Nature 478:544-548 (2002); Zhang, K. ef al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99:7335-7339 (2002, или как участки между зонами с интенсивным темпом обмена, демонстрирующими значительную рекомбинацию в истории человечества, на что указывает неравновесие по сцеплению (см., например, Gabriel, S.B. ef al., Science 296:2225-2229 (2002); Phillips, M.S. et al., Nature Genet. 33:382-387 (2003); Wang, N. et al., Am. J.Hum. Genet. 77:1227-1234 (2002); Stumpf, M.P., and Goldstein, D.B., Curr. Bid. 73:1-8 (2003. Недавно была разработана подробная карта частот рекомбинации и соответствующих горячих точек в человеческом геноме (Myers, S., et al., Science 310:321-32324 (2005); Myers, S. et al., Biochem Soc Trans 34:526530(2006. Карта отражает огромную вариацию по рекомбинации в геноме, с частотами рекомбинации, доходящими до 10-60 сМ/Мб в горячих точках и приближающимися к 0 в участках между ними, что таким образом отражает участки ограниченного разнообразия по гаплотипам и высокое НС. Следовательно,карта может быть использована для определения блоков гаплотипов/блоков НС как участков, ограничен- 17017529 ных горячими точками рекомбинации. В данном описании термин "блок гаплотипа" или "блок неравновесия по сцеплению" включает блоки, определенные согласно любым из вышеописанных характеристик или другими альтернативными способами, применяемыми специалистами для определения таких участков. Блоки гаплотипов могут использоваться для картирования ассоциативных связей между фенотипом и статусом гаплотипа с применением одиночных маркеров или гаплотипов, включающих несколько маркеров. В каждом блоке гаплотипов могут быть идентифицированы основные гаплотипы, а затем может быть определен набор ОНП или маркеров - ярлычков (минимальный набор ОНП или маркеров, требуемый для выделения гаплотипов). Такие ОНП или маркеры - ярлычки затем могут применяться для оценки выборок из групп индивидов для установления ассоциации между фенотипом и гаплотипом. При желании впоследствии можно оценить соседние блоки гаплотипов, поскольку между блоками гаплотипов также может существовать неравновесие по сцеплению. Таким образом, очевидно, что при наличии какой-либо ассоциации с полиморфным маркером генома вероятно, что ассоциация обнаружится и между дополнительными маркерами генома. Это является естественным следствием неравного распределения НС по геному, что выражается в виде большой вариации частот рекомбинации. Маркеры, использованные для выявления ассоциации, таким образом являются метками для участка генома (т.е. блока гаплотипа или блока НС), для которого обнаружена ассоциация с заданным заболеванием или признаком заболевания, и таким образом могут использоваться в способах и наборах по данному изобретению. Внутри участка, имеющего ассоциацию с заболеванием или признаком заболевания, может существовать один или более причинных (функциональных) вариантов или мутаций. Такие варианты могут обусловливать более высокий относительный риск (RR) или отношение шансов (OR) по сравнению с маркерами - ярлычками, использованными для обнаружения ассоциации. Данное изобретение таким образом касается маркеров, применяемых для обнаружения ассоциации с заболеванием, по данному описанию, а также маркеров в неравновесии по сцеплению с маркерами. Так, в определенных воплощениях изобретения маркеры, находящиеся в НС с маркерами и/или гаплотипами по изобретению, согласно данному описанию могут использоваться как суррогатные маркеры. Суррогатные маркеры в одном воплощении имеют значения относительного риска (RR) и/или отношения шансов (OR) меньше, чем для маркеров или гаплотипов, для которых исходно была обнаружена ассоциативная связь с заболеванием, по данному описанию. В других воплощениях суррогатные маркеры имеют показатели RR или OR выше тех, что были исходно обнаружены для маркеров для которых исходно была обнаружена ассоциативная связь с заболеванием, по данному описанию. Примером такого воплощения может быть редкий или относительно редкий (частота аллели в популяции 10%) вариант в НС с более распространенным вариантом (частота встречаемости в популяции 10%), для которого исходно была обнаружена ассоциативная связь с заболеванием, например с описанными здесь вариантами. Идентификация и использование таких маркеров для выявления ассоциации, обнаруженной авторами изобретения, согласно данному описанию, может выполняться с помощью рутинных методов, хорошо известных специалистам и, таким образом, находятся в рамках данного изобретения. Возможно, что определенные полиморфные маркеры в неравновесии по сцеплению с маркерами,для которых здесь установлена ассоциация с аритмией сердца (например, с фибрилляцией предсердий и трепетанием предсердий) и инсультом, расположены вне физических границ блока НС С 04, определяемых последовательностью, приведенной в SEQ ID NO:50. Это является следствием темпов рекомбинации в изучаемом участке, имевшей место в истории человечества, что могло привести к формированию участка сильного НС (блок НС) с маркерами, оставшимися вне блока, находящимися в НС с маркерами внутри блока. Такие маркеры также находятся в рамках данного изобретения, поскольку они также могут применяться для осуществления изобретения благодаряих генетическим взаимосвязям с маркерами, которые, как здесь было показано, ассоциированы с аритмией сердца и инсультом. Примеры таких маркеров приведены в табл. 18 (rs7668322 (SEQ ID NO:46), rs2197815 (SEQ ID NO:47), rs6831623 (SEQ IDNO:48), rs2595110 (SEQ ID NO:49. Определение частоты гаплотипа Частоты гаплотипов в контрольной группе и группе пациентов могут быть оценены с применением алгоритма максимизации ожидания (Dempster A. et al., J. R. Stat. Soc. B, 39:1-38 (1977. Применение данного алгоритма позволяет работать при пропущенных генотипах и неопределенности гаплотипа. При нулевой гипотезе принимается, что пациенты и контроли имеют одинаковые частоты. С помощью метода правдоподобия проверяется альтернативная гипотеза, при которой допускается, что связанный с риском кандидатный гаплотип, который может включать описанные здесь маркеры, может иметь более высокую частоту у пациентов по сравнению с контролями, в то время как соотношения частот других гаплотипов в обоих группах считаются одинаковыми. Максимизация правдоподобия проводится раздельно для обеих гипотез, и статистическая достоверность оценивается с помощью соответствующей статистики отношения правдоподобия с 1 степенью свободы. Для рассмотрения связанных с риском и протективных маркеров и гаплотипов в составе участка сцепления, например, исследуется ассоциация всех возможных комбинаций генотипированных марке- 18017529 ров, при условии, что эти маркеры охватывают настоящий участок. Объединенные группы пациентов и контролей могут быть случайным образом поделены на две группы, равные по размеру исходным группам пациентов и контролей. Затем повторяется анализ маркеров и гаплотипов и определяется наиболее статистически достоверное значение Р из всех определенных. Такая процедура рандомизации может быть повторена, например, более 100 раз для получения эмпирического распределения значений Р. В предпочтительном воплощении значение Р 0,05 указывает на достоверную ассоциацию маркера и/или гаплотипа. Анализ гаплотипов Один из общих подходов к анализу гаплотипов включает их выведение, основанное на правдоподобии, которое применяется в NEsted MOdels (Gretarsdottir S., et al., Nat. Genet. 35:131-38 (2003. Данный способ используется в программе NEMO, позволяющей анализировать множество полиморфных маркеров, ОНП и микросателлитов. Способ и программное обеспечение специально разработаны для исследований случай-контроль, целью которых является идентификация групп гаплотипов, которые обусловливают различный риск. Он также является инструментом для изучения структур НС. В NEMO оценки максимального правдоподобия, отношения правдоподобия и значения Р подсчитываются напрямую при обработке имеющихся данных с помощью алгоритма максимизации правдободобия (от англ. ExpectationMaximization, EM), позволяющего решить проблему недостающих данных. Несмотря на то, что тест отношения правдоподобия, основанный на правдоподобии, подсчитанном напрямую для наблюдаемых данных, зафиксировавших потерю информации из-за неопределенности гаплотипов и пропусках генотипов, достаточно надежен для получения достоверных значений Р, все же представляет интерес узнать, какое количество информации было потеряно из-за неполноты информации. Количество информации для анализа гаплотипа описано у Nicolae и Kong (Technical Report 537, Department of Statistics, University of Statistics, University of Chicago; Biometrics, 60(2):368-75 (2004 естественное расширение количества информации, установленной при анализе сцепления, и применяется вNEMO. В случае ассоциации с заболеванием одного маркера для расчета двусторонних значений Р для каждого отдельного аллеля может применяться точный тест Фишера. Обычно, при отсутствии специальных оговорок, все значения Р бывают представлены без коррекции на множественность сравнений. Представленные частоты (для микросателлитов, ОНП и гаплотипов) являются частотами аллелей, а не частотами носительства. Для уменьшения возможной систематической ошибки, обусловленной родством пациентов, рекрутированных для анализа сцепления целыми семьями, из списка пациентов могут быть исключены родственники первой и второй степени. Кроме этого, тест может быть повторен для корректирования ассоциации, обусловленной возможно оставшимися родственными связями между пациентами, путем применения процедуры уточнения дисперсии, описанной Risch, N.Teng, J. (Genome Res.,8:1273-1288 (1998 при пулировании ДНК (там же) родных братьев и сестер, для родственных связей вообще и получения как скорректированных, так и нескорректированных значений Р для сравнения. Как и предполагается, разница обычно бывает очень малой. Для оценки достоверности ассоциации одного маркера, скорректированной на большое количество тестов, можно провести рандомизирующий тест с использованием тех же данных генотипа. Когорты пациентов и контролей могут быть рандомизированы и ассоциативный анализ проведен заново множество раз (например, до 500000 раз), тогда значение Р будет долей реплик, давших значение Р для некоторого аллеля маркера, меньшее или равное значению Р,наблюдавшемуся в исходных когортах пациентов и контролей. Как для анализа одиночных маркеров, так и гаплотипов, можно подсчитать относительный риск и(RR) популяционный атрибутивный риск (ПАР) с применением мультипликативной модели (модели относительного риска гаплотипов) (Terwilliger, J.D.Ott, J., Hum. Hered. 42:337-46 (1992) and Falk, C.T.Rubinstein, P., Ann. Hum. Genet. 51 (Pt 3):227-33 (1987, т.е. о том, что при носительстве двух аллелей/гаплотипов, риск мультиплицируется. Например, если риск А по сравнению с а равен RR, то риску гомозиготного АА человека будет в RR раз больше по сравнению с гетерозиготой Аа и в RR2 раз больше по сравнению с гомозиготой аа. Мультипликативная модель имеет допущение, которое упрощает анализ и подсчеты - что гаплотипы независимы, т.е. соответствуют равновесию Харди-Вайнберга, как в популяции пораженных, так и в контрольной популяции. В результате, частоты гаплотипов пораженных и контролей имеют мультиномиальное распределение, но при альтернативных гипотезах частоты гаплотипов различаются. В частности, для двух гаплотипов, hi и hj, риск(hi)/риск(hj) = (fi/pi)/(fj/pj), где f и р обозначают, соответственно частоты в популяции пораженных и в популяции контролей. Хотя в случае,если истинная модель не является мультипликативной, происходит некоторое снижение мощности, это снижение оказывается умеренным, за исключением некоторых крайних случаев. Наиболее важно то, что значения Р всегда валидны, поскольку они подсчитаны для нулевой гипотезы. Оценка неравновесия по сцеплению с применением NEMO НС между парами маркеров может быть рассчитано с применением стандартного определения D' и(1968. С применением NEMO частоты комбинаций аллелей двух маркеров оцениваются по максималь- 19017529 ному правдоподобию, а отклонение от равновесия по сцеплению оценивается по тесту отношения правдоподобия. Определения D' и r2 расширены и включают микросателлиты путем усреднения значений всех возможных комбинаций аллелей двух маркеров, взвешенных предельными вероятностями аллелей. При изображении всех комбинаций маркеров для выяснения структуры НС в определенном участке, мы откладываем D' в верхнем левом углу, а значения Р в правом нижнем углу. На картах НС при желании маркеры могут быть нанесены равноудалено, а не исходя из их физического расположения. Оценка риска и диагностика Согласно данному описанию определенные полиморфные маркеры и гаплотипы, включающие такие маркеры, могут применяться для оценки риска аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетания предсердий) или инсульта. Оценка риска может включать применение маркеров для диагностики подверженности к аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетанию предсердий) или инсульту. Определенные аллели полиморфных маркеров обнаруживаются у индивидов с аритмией сердца (например, фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий) или инсультом чаще, чем у индивидов без диагностированной аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетания предсердий) или инсульта. Следовательно, эти аллели маркеров имеют прогностическую значимость для выявления у индивида аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетания предсердий) и/или инсульта или подверженности к аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетанию предсердий) или инсульту. Маркеры - ярлычки в составе блоков гаплотипов или блоков НС, включающие связанные с риском маркеры, такие как маркеры по данному изобретению,могут применяться в качестве суррогатов для других маркеров и/или гаплотипов в составе блока гаплотипов или блока НС. Маркеры со значениями r2 равными 1 являются идеальными суррогатами для связанных с риском вариантов, т.е. генотипы одного маркера позволяют идеально спрогнозировать генотипы другого. Маркеры со значениями r2 менее 1 также могут служить суррогатами для связанных с риском вариантов, или, кроме того, представлять варианты с такими же высокими значениями относительного риска или возможно даже более высокими, чем у связанного с риском варианта. Идентифицированный связанный с риском вариант сам по себе может не быть функциональным вариантом, но в этом случае может находиться в неравновесии по сцеплению с истинно функциональным вариантом. Данное изобретение включает оценку таких суррогатных маркеров для маркеров по данному описанию. Такие маркеры описаны, картированы и приведены в общедоступных базах данных, известных специалистам, или могут быть легко идентифицированы путем секвенирования участка или его части, идентифицированного маркерами по данному изобретению у группы индивидов, и идентифицировать полиморфизмы в полученной группе последовательностей. В результате, специалисты могут легко и без чрезмерных усилий генотипировать суррогатные маркеры, находящиеся в неравновесии по сцеплению с маркерами и/или гаплотипами по данному описанию. Маркеры - ярлычки, или суррогатные маркеры, находящиеся в НС с обнаруженными связанными с риском вариантами, также имеют прогностическое значение для обнаружения ассоциации с аритмией сердца (например, фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий) и/или инсультом или подверженности индивида к аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетанию предсердий) или инсульту. Такие маркеры - ярлычки, или суррогатные маркеры, находящиеся в НС с маркерами по данному изобретению, могут также включать и другие маркеры,которые характеризуют гаплотипы, поскольку они также имеют прогностическое значение для выявления подверженности к аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетанию предсердий) и/или инсульту. Маркеры и галпотипы по изобретению, например маркеры, представленные в табл. 5 и 9, также как и маркеры в неравновесии по сцеплению с ними, могут применяться для оценки риска и диагностических целей либо по-отдельности, либо в комбинации. Так, даже в случаях когда увеличение риска по отдельным маркерам относительно умеренное, т.е. порядка 10-30%, ассоциация может иметь существенное значение. Так, относительно распространенные варианты могут вносить существенный вклад в совокупный риск (иметь высокий популяционный атрибутивный риск), либо комбинация маркеров может применяться для выделения групп индивидов, которые в случае комбинации риска по маркерам, будут иметь значительный суммарный риск развития заболевания. Так, в одном воплощении изобретения для оценки совокупного риска применяется несколько вариантов (маркеров и/или гаплотипов). В одном воплощении эти варианты выбирают из вариантов по данному описанию. Другие воплощения включают применение вариантов по данному изобретению в комбинации с другими вариантами, применяющимися в диагностике подверженности к аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетанию предсердий) и/или инсульту. В таких воплощениях у индивида определяется генотипический статус нескольких маркеров и/или гаплотипов и статус индивида сравнивается с популяционной частотой ассоциированных вариантов или с частотой вариантов у клинически здоровых лиц, например лиц, сопоставимых по полу и возрасту. Известные способы, например многофакторный анализ или анализ общего риска, могут применяться для определения совокупного риска, обусловленного генотипическим статусом по множественным локусам. Оценка риска на основании такого анализа может впоследствии использоваться в способах и наборах по изобретению, согласно дан- 20017529 ному описанию. Согласно вышеописанному структура блока гаплотипа человеческого генома имеет особенность,что большое число вариантов (маркеров и/или гаплотипов) в неравновесии по сцеплению с вариантом,для которого исходно была отмечена ассоциация с заболеванием или признаком заболевания, может использоваться в качестве суррогатных маркеров для оценки ассоциации с заболеванием или признаком заболевания. Количество таких суррогатных маркеров будет зависеть от таких факторов, как интенсивность рекомбинации в участке в ходе истории человечества, частота мутаций в участке (т.е. число полиморфных сайтов или маркеров в участке) и степенью НС (размером блока НС) в участке. Эти маркеры обычно располагаются внутри физических границ изучаемого блока НС или блока гаплотипов, что определяется с помощью описываемых здесь способов или с помощью других способов, известных специалистам. Однако, иногда ассоциация маркеров и гаплотипов оказывается выходящей за пределы физических границ блока гаплотипов согласно определению. Такие маркеры и/или гаплотипы могут в таких случаях использоваться также в качестве суррогатных маркеров и/или гаплотипов для маркеров и/или гаплотипов, физически находящихся в составе блока гаплотипов согласно определению. Вследствие этого, маркеры и гаплотипы в НС (обычно характеризующиеся r2 более 0,1, например, r2 более 0,2, включаяr2 более 0,3, а также включая r2 более 0,4) с маркерами и гаплотипами по данному изобретению, также находятся в рамках данного изобретения, даже если они физически располагаются вне границ блока гаплотипов согласно определению. Сюда входят описанные здесь маркеры (например, табл. 5 и 9), но могут также входить и другие маркеры, находящиеся в сильном НС (характеризующемся r2 более чем 0,1 или 0,2 и/или D' 0,8) с одним маркером или более, приведенными в табл. 5 и 9. В случае описываемых здесь маркеров ОНП, аллель противоположный аллелю, частота которого превышена у пациентов (связанному с рискомом аллелю), обнаруживается с пониженной частотой у пациентов с аритмией сердца (например, фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий) и/или с инсультом. Следовательно, такие маркеры и гаплотипы в НС и/или включающие такие маркеры, являются протективными в отношении аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетания предсердий) и/или инсульта, т.е. они обусловливают пониженный риск или подверженность индивидов,несущих такие маркеры и/или гаплотипы, к развитию аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетания предсердий) и/или инсульта. Определенные варианты по данному изобретению, в том числе определенные гаплотипы, включают, в некоторых случаях комбинации нескольких генетических маркеров, например, ОНП и микросателлиты. Детектирование гаплотипов может проводиться способами определения последовательностей полиморфных сайтов, известными в данной области техники, и/или описываемыми здесь. Кроме того, корреляция между определенными гаплотипами или группами маркеров и фенотипом заболевания может быть верифицирована с помощью стандартных методик. Репрезентативным примером простого теста на корреляцию является точный тест Фишера в таблице два на два. В определенных воплощениях маркер или гаплотип, ассоциированный с аритмией сердца (например, фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий) и/или инсультом, (например, маркеры,приведенные в табл. 5 (табл. 5 А и 5 Б), табл. 9 и/или 19, и маркеры в неравновесии по сцеплению с ними) представляет собой аллель маркера или гаплотип, встречающийся у индивидов с риском развития аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетания предсердий) и/или инсульта (пораженных) чаще по сравнению с частотой его встречаемости у здоровых индивидов (контроль), и наличие аллеля маркера или гаплотипа указывает на аритмию сердца (например, фибрилляцию предсердий или трепетание предсердий) и/или инсульт или подверженность к аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетанию предсердий) и/или инсульту. В других воплощениях связанные с риском маркеры, находящиеся в неравновесии по сцеплению с одним или более маркерами, ассоциированными с аритмией сердца (например, фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий) и/или инсультом,(например, аллели маркера, приведенные в табл. 5 А и 5 Б, и маркеры в неравновесии по сцеплению с ними), являются маркерами-ярлычками, встречающимися у индивидов с риском развития аритмии сердца(например, фибрилляции предсердий или трепетания предсердий) и/или инсульта (пораженных) чаще по сравнению с частотой их встречаемости у здоровых индивидов (контроль), и наличие маркеровярлычков указывает на повышенную подверженность к аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетанию предсердий) и/или инсульту. В следующем воплощении связанные с риском аллели маркеров (т.е. обусловливающие повышенную подверженность), находящиеся в неравновесии по сцеплению с одним или более маркерами, ассоциированными с аритмией сердца (например, фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий) и/или инсультом, (например, аллели маркеров, приведенных в табл. 5 А и 5 Б, и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними), являются маркерами, включающими один или более аллелей, которые встречаются у индивидов с риском развития аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетания предсердий) и/или инсульта чаще по сравнению с частотой их встречаемости у здоровых индивидов (контроль), и наличие маркеров указывает на повышенную подверженность к аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетанию предсердий) и/или инсульту.- 21017529 Исследуемая популяция В общепринятом смысле способы и наборы по изобретению могут применяться на образцах, содержащих геномную ДНК из любого источника, т.е. любого индивида. В предпочтительных воплощениях индивид является человеческим индивидом. Индивид может быть взрослым, ребенком или плодом. Данное изобретение также предусматривает оценку маркеров и/или гаплотипов у индивидов, являющихся членами целевой популяции. Такая целевая популяция в одном воплощении является популяцией или группой индивидов, имеющих риск развития заболевания на основании других генетических факторов,биомаркеров, биофизических параметров (например, веса, BMI, кровяного давления) или общих показателей здоровья и/или образа жизни (например, истории заболевания или сопутствующих заболеваний,предыдущего диагноза заболевания, семейным анамнезом заболевания). Изобретение предусматривает воплощения, которые включают индивидов из определенных возрастных подгрупп, таких как в возрасте старше 40, в возрасте старше 45, в возрасте старше 50, 55, 60, 65, 70,75, 80 или 85 лет. Другие воплощения изобретения относятся к другим возрастным группам, например,группам индивидов в возрасте менее 85, в возрасте менее 80, в возрасте менее 75 или в возрасте менее 70, 65, 60, 55, 50, 45, 40, 35 или 30 лет. Другие воплощения относятся к индивидам с началом заболевания в возрасте, приходящимся на любой из возрастных диапазонов, приведенных выше. Также предполагается, что в определенных воплощениях может быть уместным возрастной диапазон, например, возраст при начале заболевания более 45, но менее 60 лет. Однако рассматриваются и другие возрастные диапазоны, включая все возрастные диапазоны, ограниченные возрастными значениями, приведенными выше. Другие воплощения касаются индивидов с возрастом при начале заболевания в определенном возрасте или возрастном диапазоне. Так, известно, что предрасполагающие факторы, генетические и негенетические, могут повлиять на то, в каком возрасте у индивида разовьется заболевание. Для сердечнососудистых заболеваний, включая аритмии сердца и инсульт, сочетание факторов риска может повлиять на то, разовьется ли у индивида заболевание и в каком возрасте. Некоторые воплощения изобретения,таким образом, касаются определенного возраста при начале заболевания или возраста при диагностировании аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий и/или трепетания предсердий) или инсульта. В одном воплощении индивиды с риском развития аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий и/или трепетания предсердий) или инсульта имеют возраст при начале заболевания или возраст при постановке диагноза старше 40 лет. В других воплощениях индивиды имеют возраст при начале заболевания или возраст при диагностировании заболевания свыше 45 лет или свыше 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80 или 85 лет. Другие воплощения изобретения относятся к индивидам, имеющим возраст при начале заболевания или возраст при диагностировании заболевания менее 85, например менее 80 лет, менее 75 лет или менее 70, 65, 60, 55, 50, 45, 40, 35 или 30 лет. Одно предпочтительное воплощение включает индивидов с фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий или инсультом диагностированными в возрасте младше 80 лет. Другое предпочтительное воплощение относится к индивидам с фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий или инсультом диагностированными в возрасте младше 70 лет. Другое предпочтительное воплощение относится к индивидам с фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий или инсультом диагностированными в возрасте младше 60 лет. Еще одно предпочтительное воплощение относится к индивидам с фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий или инсультом, диагностированными в возрасте младше 50 лет. Другие воплощения касаются индивидов,имеющих возраст при начале заболевания в определенных возрастных границах, описанных выше. Также предполагается, что в определенных воплощениях может быть уместным возрастной диапазон, например возраст при начале заболевания более 45, но менее 60 лет, возраст при начале заболевания более 60, но менее 70 лет, возраст при начале заболевания более 70, но менее 80 лет, возраст при начале заболевания более 60, но менее 80 лет. Однако рассматриваются и другие возрастные диапазоны, включая все возрастные диапазоны, ограниченные возрастными значениями, приведенными выше. Изобретение также касается индивидов любого пола, мужчин или женщин. Оно также предусматривает воплощения, касающиеся человеческих индивидов, принадлежащих к одной или более человеческих популяций, включая Банту, Манденка, Иоруба, Сан, Пигмеев Мбути, жителей Оркнейских островов, Адыгов, Русских, Сардинцев, Тосканцев, Мозабитов, Бедуинов, Друзов, Палестинцев, Белуджей,Брагуев, Макрани Синдхов, Пуштунов, Буришей, Хазарейцев, Уйгуров, Калашей, Хань, Дай, Дауров,Хэчже, Лаху, Мяо, Орочонов, Шэ, Туцзя, Ту, Сибо, И, Монголов, Наси, Камбоджийцев, Японцев, Якутов, Меланезийцев, Папуасов, Каритиана, Суруи, Колумбийцев, Майя и Пима, но не ограничиваясь ими. Изобретение также относится к популяциям Европы, популяциям Америки, популяциям Евразии, популяциям Азии, популяциям Центральной и Южной Азии, популяциям Восточной Азии, популяциям Среднего Востока, популяциям Африки, популяциям Латинской Америки и популяциям Океании. Популяции Европы включают шведскую, норвежскую, финскую, русскую, датскую, исландскую, ирландскую,кельтскую, английскую, шотландскую, голландскую, бельгийскую, французскую, немецкую, испанскую,португальскую, итальянскую, польскую, болгарскую, славянскую, сербскую, боснийскую, чешскую, греческую и турецкую популяции, но не ограничивается ими. В одном предпочтительном воплощении изобретение касается популяций, включающих происхождение от черных африканцев, например популяций, включающих лиц с африканским происхождением- 22017529 или родословной. Происхождение от черных африканцев может определяться при обозначении себя африкано-американцами, афроамериканцами, черными американцами, принадлежности к черной расе или принадлежности к негроидной расе. Например, африкано-американцы или черные американцы - это люди, живущие в Северной Америке и происходящие из любой группы черной расы из Африки. В другом примере лица, сообщившие о происхождении от черных африканцев, могут иметь по меньшей мере одного родителя черного африканского происхождения или по меньшей мере дедушку или бабушку черного африканского происхождения. Расовый вклад индивидов может также определяться с помощью генетического анализа. Генетический анализ происхождения можно провести, с помощью несцепленых микросателлитных маркеров, например, как описано у Smith et al. (Am J Hum Genet 74,1001-13 (2004. В определенных воплощениях изобретение относится к маркерам и/или гаплотипам, идентифицированным в конкретных популяциях, согласно описанию выше. Специалистам известно, что показатели неравновесия по сцеплению (НС) могут дать различные результаты на разных популяциях. Это объясняется различиями в популяционной истории у разных человеческих популяций, а также различным давлением отбора, которое могло привести к различиям в НС в определенных участках генома. Специалистам в данной области также хорошо известно, что определенные маркеры, например маркеры ОНП, являются полиморфными в одной популяции, но не в другой. Специалисты будут использовать доступные и рекомендуемые здесь способы для применения данного изобретения в любой заданной человеческой популяции. Сюда может входить оценка полиморфных маркеров в участке НС по данному изобретению для идентификации тех маркеров, которые имеют наиболее сильную ассоциацию в определенной популяции. Так, связанные с риском варианты по данному изобретению в различных человеческих популяциях могут встречаться в различных гаплотипах и с различной частотой. Однако, используя способы, известные в данной области техники, и маркеры по данному изобретению, изобретение можно применять в любой данной человеческой популяции. Применение генетического тестирования Специалистам известно и понятно, что описанные здесь варианты, как правило, сами по себе не позволяют абсолютно точно идентифицировать индивидов, у которых разовьется аритмия сердца (например, фибрилляция предсердий или трепетание предсердий) и/или инсульт. Тем не менее, описанные здесь варианты указывают на повышенную и/или пониженную вероятность того, что у индивидов,имеющих связанные с риском или протективные варианты по изобретению, разовьются симптомы, ассоциированные с аритмией сердца (например, фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий) и/или инсультом. Такая информация чрезвычайно ценна сама по себе, как это будет подробно продемонстрировано ниже, поскольку она может применяться, например, для начала превентивных мероприятий на ранней стадии заболевания, для проведения регулярных физических тестов и/или тестов интеллекта для наблюдения за прогрессированием и/или появлением симптомов или для планирования регулярных тестов для идентификации обсуждаемого состояния, для возможности раннего начала лечения. Знание генетических вариантов, обусловливающих риск развития аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетания предсердий) и/или инсульта, дает возможность применения генетических тестов для дифференцирования между индивидами с повышенным риском развития заболевания (т.е. носителей связанных с риском вариантов) и тех, у кого риск развития заболевания понижен (т.е. носителей протективных вариантов). Основными достоинствами генетического тестирования индивидов,относящихся к обеим вышеупомянутым группам, является возможность диагностирования аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетания предсердий) и/или инсульта или предрасположенности к аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетанию предсердий) и/или инсульту на ранней стадии и получение клиницистом информации о прогнозе аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетания предсердий) и/или инсульта для возможности применения наиболее подходящего лечения. Индивиды с семейной историей аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетания предсердий) и/или инсульта и носители связанных с риском вариантов могут выиграть от генетического тестирования, поскольку знание о наличии генетических факторов риска или свидетельства о повышенном риске носительства одного или более факторов риска, обеспечит повышенную мотивацию для ведения здорового образа жизни, избегания или минимизации эффектов известных внешних факторов риска сердечно-сосудистых заболеваний, относящихся к аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетания предсердий) и/или инсульту. Генетическое тестирование пациентов с аритмией сердца (например, фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий) и/или инсультом может также дать ценную информацию о первопричине заболевания и помочь клиницисту в выборе для каждого индивида наилучших способов лечения и препаратов. Данное изобретение также относится к оценке риска развития аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетания предсердий) и/или инсульта, включая определение того, существует ли у индивида риск развития аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетания предсердий) и/или инсульта. Полиморфные маркеры по данному изобретению могут использоваться как поотдельности, так и в комбинации с другими факторами, включая другие генетические факторы риска или- 23017529 биомаркеры для оценки риска развития у индивида аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетания предсердий) и/или инсульта. Многие факторы, известные способностью влиять на предрасположенность индивида к развитию риска сердечно-сосудистых заболеваний, являются факторами,определяющими подверженность к аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетанию предсердий) и/или инсульту, они известны специалистам и могут применяться в такой оценке. Они включают возраст, пол, курение, физическую активность, отношение окружности талии и бедер, семейный анамнез аритмии сердца (в частности, фибрилляции предсердий и/или трепетания предсердий) и/или инсульта, ранее диагностированную аритмию сердца (например, фибрилляцию предсердий или трепетание предсердий) и/или инсульт, ожирение, гипертриглицеридемию, низкий холестерин ЛПВП, гипертензию, повышенное кровяное давление, уровень холестерина, холестерин ЛПВП, холестерин ЛПНП, триглицериды, уровни аполипопротеина AI и В, фибриноген, ферритин, С-реактивный белок и уровень лейкотриенов, но не ограничиваются ими. Конкретные биомаркеры, ассоциированные с фибрилляцией предсердий/трепетанием предсердий и инсультом, описаны у Allard et al. (Clin Chem 51:2043-2051 (2005) и Becker (J Thromb Thrombolys 19:71-75 (2005. Они включают Д-димеры фибрина, фрагмент активации протромбина 1.2 (F1.2), комплексы тромбин-антитромбин III (ТАТ), фибринопептид A (FPA), липопротеин-ассоциированную фосфолипазу А 2 (Ip-PLA2), бета-тромбоглобулин, тромбоцитарный фактор 4, Рселектин, фактор Виллебранда, про-натриуретический пептид (BNP), матриксную металлопротеиназу-9(ММР-9), ген PARK7, нуклеозид дифосфат киназу (NDKA), тау-белок, нейронспецифическую енолазу,нейротрофический фактор роста типа В, белок астроглии S-100b, глиальный фибриллярный кислый белок, С-реактивный белок, сывороточный амилоид А, матриксную металлопротеиназу-9, сосудистые и внутриклеточные молекулы клеточной адгезии, фактор некроза опухоли альфа и интерлейкины, включая интерлейкин-1, -6 и -8, но не ограничиваются ими. Циркулирующие прогениторные клетки также использовались как ценные биомаркеры для ФП. В конкретных воплощениях у индивида определяется более одного биомаркера и результаты используются в сочетании с результатами определения по меньшей мере одного полиморфного маркера по данному описанию. Предпочтительно биомаркер определяется в плазме или сыворотке индивида. Возможно также определение биомаркера в других подходящих тканях,содержащих измеримое количество биомаркера, и такие воплощения также находятся в рамках изобретения. Способы, известные в данной области техники, могут применяться для оценки совокупного риска,включая многофакторный анализ или логистическую регрессию. Фибрилляция предсердий является заболеванием, имеющим существенное значение как для отдельных пациентов, так и для системы здравохранения в целом. Она может представлять собой постоянное состояние, но может быть и пароксизмальной и рецидивирующей, и в этом случае представлять трудности для диагностики. Наиболее катастрофичным осложнением фибрилляции предсердий или трепетания предсердий является развитие инвалидизирующего инсульта. Важно отметить, что риск инсульта при постоянной и пароксизмальной фибрилляции предсердий одинаковый. Было неоднократно показано, что антикоагулянтная терапия варфарином может существенно снизить риск первого или последующих эпизодов инсульта при фибрилляции предсердий. Следовательно, антикоагулянтная терапия варфарином является стандартной терапией с целью предупреждения инсульта практически для всех пациентов с фибрилляцией предсердий как в случае постоянной, так и в случае пароксизмальной формы. Единственными пациентами, кому варфарин не рекомендуется, являются лица младше 65 лет, относящиеся к группе низкого риска, т.е. не имеющие органической патологии сердца, в том числе не имеющие гипертензии и ишемической болезни сердца, не имеющие в анамнезе инсульта или транзиторных ишемических атак и не имеющие диабета. Эта группа имеет более низкий риск инсульта или им для предупреждения инсульта рекомендуется аспирин. Из-за особенностей пароксизмальной фибрилляции предсердий ее может быть очень трудно диагностировать. Когда пациент обращается за медицинской помощью из-за таких симптомов заболевания как сердцебиение, боль за грудиной, одышка, сердечная недостаточность, транзиторные ишемические атаки или даже инсульт, нормальный сердечный ритм уже может быть восстановлен, что делает невозможным диагностирование аритмии. В таких случаях для диагностики патологии часто используется мониторирование сердечного ритма. Сердечный ритм обычно мониторируется на протяжении 24-48 ч. К сожалению, эпизоды фибрилляции предсердий непредсказуемы и часто могут быть пропущены при таком подходе. Возможность диагностировать аритмию, провести рекомендуемую терапию и вероятно предупредить первый или повторный инсульт, ведущий к инвалидизации, может быть упущена, что приведет к катастрофическим последствиям для пациента. Существуют мероприятия по пролонгированному и более сложному мониторированию сердечного ритма, они применяются в случаях, когда существует большое подозрение на фибрилляцию предсердий. Эти тесты дорогостоящие, диагностический "выход" при существующем подходе зачастую бывает низок, и по таким показаниям они применяются редко. В таких условиях дополнительная стратификация риска с помощью генетического тестирования может быть чрезвычайно ценной. Понимание того, что обсуждаемый индивид является носителем либо связанного с риском, либо протективного генетического варианта может внести неоценимый вклад в принятие решения о диагностике и/или лечении. Таким образом, в одних случаях можно избежать ненужного тес- 24017529 тирования и лечения, а в других случаях с помощью более агрессивного диагностического подхода можно диагностировать аритмию и/или начать соответствующее лечение и избежать поздних осложнений заболевания. Способы по изобретению Здесь описываются способы оценки риска аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетания предсердий) и/или инсульта, и они находятся в рамках изобретения. Изобретение также включает способы оценки возможности ответа индивида на терапевтический агент, применяемый при аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетании предсердий) и/или инсульте, а также способы прогнозирования эффективности терапевтического агента в лечении пациентов с аритмией сердца (например, фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий) и/или инсультом. Наборы для изучения образца, взятого у пациента для определения подверженности к аритмии сердца (например,фибрилляции предсердий или трепетанию предсердий) и/или инсульту, также находятся в рамках изобретения. Диагностические и скрининговые тесты по изобретению В определенных воплощениях данное изобретение относится к способам диагностики или помощи в диагностике аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетания предсердий) и/или инсульта или подверженности к аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетанию предсердий) и/или инсульту путем детектирования конкретных аллелей генетических маркеров, которые наиболее часто встречаются у пациентов с аритмией сердца (например, фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий) и/или инсультом или у пациентов, предрасположенных к аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетанию предсердий) и/или инсульту. В конкретном воплощении изобретение представляет собой способ диагностики подверженности к аритмии сердца (например,фибрилляции предсердий или трепетанию предсердий) и/или инсульту путем детектирования по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера (например, описанных здесь маркеров). Данное изобретение описывает способы, при которых детектирование конкретных аллелей конкретных маркеров или гаплотипов указывает на подверженность к аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетанию предсердий) и/или инсульту. Такие прогностические или предсказательные исследования могут также применяться для определения профилактических мероприятий для пациента до начала симптомов аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетания предсердий) и/или инсульта. Данное изобретение в некоторых воплощениях относится к способам клинического применения диагностики, например диагностике, проводимой медицинскими сотрудниками, которая может включать оценку или определение генетических вариантов риска и их интерпретацию. В других воплощениях изобретение относится к способам оценки риска (или диагностики), проводимой неспециалистом или специалистом не медиком. Последние технологические достижения в технологиях генотипирования, включая высокопроизводительное генотипирование маркеров ОНП, например технология Molecular InversionProbe array (например, в системе GeneChip компании Affymetrix) и технологии BeadArray (например, в системах Golden Gate и Infinium компании Illumina) обеспечили возможность одновременного проведения индивидам оценки их генома по большому количеству вариантов, вплоть до одного миллиона ОНП. Полученная информация о генотипе, выдаваемая пациенту, может сравниваться с информацией о риске заболевания или признаках заболевания, ассоциированном с различными ОНП, находящейся в открытом доступе в научной литературе. Диагностическую информацию по ассоциированным с заболеванием аллелям по данному описанию, таким образом, могут получать либо медицинские сотрудники на основании результатов клинического теста, либо неспециалисты или специалисты не медики, в том числе лица,выполняющие оценку ОНП путем генотипирования ОНП, либо по отдельным ОНП, либо с помощью широкомасштабных высокопроизводительных методик, например технологии микрочипов. Другими словами, диагностика или оценка подверженности, основанная на генетическом риске, может выполняться медицинскими сотрудниками, генетическими консультантами, сотрудниками, проводящими генотипирование или неспециалистами на основе информации о генотипе человека и публикаций по различным факторам риска. В данном контексте термин "диагностика" и "диагностировать подверженность" используются в отношении любого диагностического способа, включая те, которые были упомянуты выше. Кроме того, в других конкретных воплощениях данное изобретение относится к способам диагностики или помощи в диагностике пониженной подверженности к аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетанию предсердий) и/или инсульту путем детектирования определенных аллелей генетических маркеров или гаплотипов, которые встречаются у пациентов с аритмией сердца (например, фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий) и/или инсультом реже, чем у индивидов, у которых не диагностирована аритмия сердца (например, фибрилляция предсердий или трепетание предсердий) и/или инсульт, либо чем в общей популяции. Согласно данному описанию и примерам определенные аллели маркеров или гаплотипы (например,маркеры и гаплотипы, приведенные в табл. 5 (табл. 5 А и 5 Б), и маркеры в неравновесии по сцеплению с ними, например маркеры, приведенные в табл. 4 и/или 9, маркеры в неравновесии по сцеплению с ними,- 25017529 например маркеры, приведенные в табл. 19) ассоциированы с аритмией сердца (например, фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий) и/или инсультом. В одном воплощении аллель маркера или гаплотип обусловливает существенный риск или подверженность к аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетанию предсердий) и/или инсульту. В другом воплощении изобретение касается способа диагностики подверженности к аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетанию предсердий) и/или инсульту у человеческого индивида, способ включает определение наличия или отсутствия по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера в образце нуклеиновой кислоты, полученного у индивида, где по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из группы, состоящей из полиморфных маркеров, приведенных в табл. 5 А и 5 Б и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними. В другом воплощении изобретение относится к способам диагностики подверженности к аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетанию предсердий) и/или инсульту у человеческого индивида путем скрининга по меньшей мере одного аллеля маркера или гаплотипа, приведенных в табл. 5 А и 5 Б или маркеров в неравновесии по сцеплению с ними. В другом воплощении аллель маркера или гаплотип встречаются у лиц, имеющих или подверженных к аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетанию предсердий) и/или инсульту(пораженных) чаще по сравнению с частотой их встречаемости у здоровых лиц (в контроле, например,в популяционном контроле). В определенных воплощениях достоверность ассоциации по меньшей мере одного аллеля маркера или гаплотипа характеризуется значением Р 0,05. В других воплощениях достоверность ассоциации характеризуется меньшими значениями Р, такими как 0,01, 0,001, 0,0001,0,00001, 0,000001, 0,0000001, 0,00000001 или 0,000000001. В данных воплощениях, наличие по меньшей мере одного аллеля маркера или гаплотипа указывает на подверженность к аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетанию предсердий) и/или инсульту. Данные диагностические способы включают детекцию наличия или отсутствия по меньшей мере одного аллеля маркера или гаплотипа, ассоциированного с аритмией сердца (например, фибрилляций предсердий или трепетанием предсердий) и/или инсультом. Гаплотипы по данному описанию включают комбинации аллелей по разным генетическим маркерам (например, ОНП, микросателлитам). Детекция конкретных аллелей генетических маркеров, составляющих определенные гаплотипы, может выполняться при помощи разнообразных методов, описываемых здесь и/или известных в данной области техники. Например, генетические маркеры можно детектировать на уровне нуклеиновых кислот (например, с помощью прямого секвенирования нуклеотидов или с помощью других средств, известных специалистам) или на уровне аминокислот, если генетический маркер затрагивает кодирующую последовательность белка, кодируемого нуклеиновой кислотой, ассоциированной с аритмией сердца (например,фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий) и/или инсультом (например, путем секвенирования белка или с помощью иммунологических тестов с применением антител, распознающих такой белок). Аллели маркеров или гаплотипы по данному изобретению соответствуют фрагментам последовательности геномной ДНК, ассоциированной с аритмией сердца (например, фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий) и/или инсультом. Такие фрагменты включают последовательность ДНК обсуждаемого полиморфного маркера или гаплотипа, но также могут включать сегменты ДНК в сильном НС (неравновесии по сцеплению) с маркером или гаплотипом. В одном воплощении такие сегменты включают сегменты в НС с маркером или гаплотипом, которое характеризуется значениями r2 выше 0,2 и/или D'0,8. В одном воплощении диагностика подверженности к аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетанию предсердий) и/или инсульту может осуществляться с помощью методов гибридизации, например Саузерн анализу, Нозерн анализу, и/или гибридизации in situ (см. Current Protocols in Molecular Biology, Ausubel, F. et al., eds., John WileySons, включая все приложения). Биологический образец тестируемого субъекта или индивида (тестируемый образец) геномной ДНК, РНК или кДНК получают у субъекта с подозрением на наличие, предрасположенность или подверженность к аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетание предсердий) и/или инсульту (тестируемого субъектар). Субъект может быть взрослым, ребенком или плодом. Тестируемый образец может быть получен из любого источника, содержащего геномную ДНК, например образца крови, образца амниотической жидкости, образца цереброспинальной жидкости, или образца ткани кожи, мышцы, буккальной слизистой или конъюнктивы, плаценты, желудочно-кишечного тракта или других органов. Тестируемый образец ДНК из фатальных клеток или тканей может быть получен с помощью соответствующих способов, например амниоцентеза или обследования хорионических ворсинок. Затем проводится тестирование образца ДНК, РНК или кДНК. Наличие конкретного аллеля маркера может быть обнаружено при помощи специфической гибридизации зонда нуклеиновой кислоты, специфического в отношении определенного аллеля. Наличие более одного аллеля специфического маркера или специфического гаплотипа может быть обнаружено с помощью нескольких последовательность-специфических зондов нуклеиновых кислот, каждый из которых специфичен в отношении конкретного аллеля. В одном воплощении гаплотип может быть идентифицирован с помощью единственного зонда нуклеиновой кислоты,специфичного в отношении определенного гаплотипа (т.е. специфически гибридизующегося с цепочкой- 26017529 ДНК, содержащей аллели определенных маркеров, характерных для гаплотипа). Зонд, специфичный в отношении последовательности, может быть предназначен для гибридизации с геномной ДНК, РНК или кДНК. Зонд нуклеиновой кислоты в данном описании может представлять собой зонд ДНК или зонд РНК, который гибридизуется с комплементарной последовательностью. Специалистам известно, как создать такой зонд, чтобы гибридизация, специфичная в отношении последовательности, имела место только при наличии конкретного аллеля в геномной последовательности из тестируемого образца. Для диагностики подверженности к аритмии сердца (например, фибрилляции пресдердий или трепетанию предсердий) и/или инсульту, гибридизованный образец формируется при инкубации тестируемого образца, содержащего нуклеиновую кислоту, ассоциированную с фибрилляцией предсердий и/или инсультом, например, образца геномной ДНК, с по меньшей мере одним зондом нуклеиновой кислоты. Нелимитирующим примером зонда для детекции мРНК или геномной ДНК является меченый зонд нуклеиновой кислоты, способный гибридизоваться с описанными здесь последовательностями мРНК или геномной ДНК. Зонд нуклеиновой кислоты может быть, например, целой молекулой нуклеиновой кислоты или ее частью, например, олигонуклеотидом с длиной по меньшей мере 15, 30, 50, 100, 250 или 500 нуклеотидов, достаточной для специфической гибридизации с соответствующей мРНК или геномной ДНК в строгих условиях. Зонд нуклеиновой кислоты может быть длиной до 1000 нуклеотидов и более, в том числе до 500 нуклеотидов, 400 нуклеотидов, 300 нуклеотидов, 200 нуклеотидов или 100 нуклеотидов. В определенных воплощениях используются нуклеотидные зонды длиной от 15 до 1000 нуклеотидов. Другие воплощения относятся к использованию нуклеотидных зондов длиной от 15 до 500 нуклеотидов, от 15 до 400 нуклеотидов или от 20 до 400 нуклеотидов. Также рассматриваются и другие диапазоны размеров нуклеотидных зондов по изобретению, известные специалистам. В одном воплощении зонд нуклеиновой кислоты может включать всю или часть нуклеотидной последовательности блока неравновесия по сцеплению С 04, по данному описанию, возможно включая по меньшей мере один аллель описываемого здесь маркера или по меньшей мере один описываемый здесь гаплотип, или зонд может быть последовательностью, комплементарной к такой последовательности. В конкретном воплощении зонд нуклеиновой кислоты является частью нуклеотидной последовательности блока неравновесия по сцеплению С 04, приведенной в SEQ ID NO:50, или согласно данному описанию возможно включает по меньшей мере один аллель описываемого здесь маркера или по меньшей мере один аллель полиморфного маркера или гаплотипа, включающего по меньшей мере один описываемый здесь полиморфный маркер или зонд, может быть комлементарной последовательностью к такой последовательности. Здесь описываются и другие зонды, подходящие для применения в диагностических тестах по изобретению. Гибридизация может проводиться с помощью способов, хорошо известным специалистам (см., например,Current Protocols in Molecular Biology, Ausubel, F. et al., eds., John WileySons, включая все приложения). В одном воплощении гибридизация означает специфическую гибридизацию, т.е. гибридизацию без несовпадений (точную гибридизацию). В одном воплощении условия гибридизации при специфической гибридизации являются строгими. Специфическая гибридизация, если она имеет место, определяется с помощью стандартных методов. Если специфическая гибридизация происходит между зондом нуклеиновой кислоты и нуклеиновой кислотой в тестируемом образце, значит образец содержит аллель, комплементарный нуклеотиду, присутствующему в зонде нуклеиновой кислоты. Процесс можно повторить для любых маркеров по данному изобретению или маркеров, составляющих гаплотип по данному изобретению, или несколько зондов можно использовать параллельно для детекции аллелей более чем одного маркера одновременно. Возможно также создать единый зонд, содержащий аллели более чем одного маркера определенного гаплотипа (например, зонд, содержащий аллели, комплементарные к 2, 3, 4, 5 или всем маркерам, составляющим конкретный гаплотип). Детектирование конкретных маркеров гаплотипа в образце указывает на то,что источник, у которого был взят образец, имеет конкретный гаплотип (например, гаплотип) и таким образом является подверженным к аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетанию предсердий) и/или инсульту. При другом способе гибридизации, для идентификации наличия полиморфизма, ассоциированного с аритмией сердца (например, фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий) и/или инсультом,используется Нозерн анализ (см. Current Protocols in Molecular Biology, Ausubel, F. et al., eds., John WileySons, supra). Для Нозерн анализа тестируемый образец РНК получают у субъекта соответствующими способами. Согласно данному описанию специфическая гибридизация зонда нуклеиновой кислоты с РНК субъекта указывает на наличие конкретного аллеля, комплементарного к зонду. Репрезентативные примеры применения зондов нуклеиновых кислот приведены, например, в U.S. Patent Nos. 5288611 и 4851330. Кроме того, в описываемых здесь гибридизационных методах в дополнение к зонду нуклеиновой кислоты или вместо него можно использовать зонд пептидной нуклеиновой кислоты (ПНК). ПНК представляет собой ДНК, имитирующую наличие пептидоподобного неорганического скелета, например единиц N-(2-аминоэтил)глицина с органическими основаниями (A, G, С, Т или U), присоединенных к атому азота глицина через метиленовый карбонильный линкер (см, например, Nielsen, P., et al., Bioconjug. Chem. 5:3-7 (1994. Зонд ПНК может быть специально сконструирован для специфической гибриди- 27017529 зации в образце с молекулой, предположительно содержащей одну или более аллелей маркера или гаплотипа, ассоциированных с аритмией сердца (например, фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий) и/или инсультом. Таким образом, гибридизация зонда ПНК будет диагностичной в отношении аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетания предсердий) и/или инсульта или подверженности к аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетанию предсердий) и/или инсульту. В одном воплощении изобретения у субъекта берется тестируемый образец, содержащий геномную ДНК, и для амплификации фрагмента, содержащего один или более маркеров или гаплотипов по данному изобретению применяется полимеразная цепная реакция (ПЦР). Согласно данному описанию, идентификация конкретного аллеля маркера или гаплотипа, ассоциированного с аритмией сердца (например,фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий) и/или инсультом, может проводиться с помощью разнообразных методов (например, анализа последовательности, анализа с помощью рестрикционного расщепления, специфической гибридизации, анализа конформационного полиморфизма одноцепочечной ДНК (от англ. Single Stranded Conformation Polymorphism, SSCP), электрофоретического анализа и т.д. В другом воплощении диагностика выполняется с помощью анализа экспрессии с помощью количественной ПЦР (кинетический термоциклер). Для такой методики, например, могут применяться коммерческие доступные системы, такие как TaqMan (Applied Biosystems, Foster City, CA). Методика позволяет оценить наличие изменения в экспрессии или составе полипептида или варианта (вариантов) сплайсинга, кодируемых нуклеиновой кислотой, ассоциированной с аритмией сердца (например, фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий) и/или инсультом. Кроме того, экспрессия варианта(вариантов) может расцениваться как физическое или функциональное отличие. В другом способе по изобретению для детектирования определенного аллеля может применяться рестрикционный анализ, в том случае, если аллель обусловливает образование или исчезновение рестрикционного сайта референсной последовательности. Может быть проведен анализ полиморфизма длины рестрикционных фрагментов (от англ. Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP), например,согласно описанию в Current Protocols in Molecular Biology, supra. Профиль расщепления соответствующего фрагмента ДНК указывает на присутствие или отсутствие конкретного аллеля в образце. Анализ последовательности может также применяться для детекции определенных аллелей или гаплотипов, ассоциированных с аритмией сердца (например, фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий) и/или инсультом (например, полиморфных маркеров по табл. 5 (табл. 5 А и 5 Б), табл. 9 и/или табл. 19). Так, в одном воплощении определение наличия или отсутствия конкретных аллелей маркеров или гаплотипов включает анализ последовательности тестируемого образца ДНК или РНК, полученного у субъекта или индивида. Для амплификации части нуклеиновой кислты, ассоциированной с аритмией сердца (например, фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий) и/или инсультом, может применяться ПЦР или другой соответствующий метод, а наличие определенного аллеля затем может определяться непосредственно путем секвенирования полиморфного сайта (или множества полиморфных сайтов в гаплотипе) геномной ДНК в образце. Аллель-специфические олигонуклеотиды могут также применяться для детекции наличия конкретного аллеля нуклеиновой кислоты, ассоциированной с аритмией сердца (например, фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий) и/или инсультом (например, полиморфных маркеров по табл. 5(табл. 5 А и 5 Б), табл. 9 и/или табл. 19), с помощью дот-блот гибридизации амплифицированных олигонуклеотидов с аллель-специфическими олигонуклеотидными зондами (от англ. Allele-Specific Oligonucleotide, ASO) (см. для примера Saiki, R. et al., Nature, 324:163-166 (1986. "Аллель-специфический олигонуклеотид" (также обозначаемый здесь как "аллель-специфический олигонуклеотидный зонд") представляет собой олигонуклеотид состоящий примерно из 10-500 пар оснований, примерно из 15-400 пар оснований, примерно из 15-200 пар оснований, примерно из 15-100 пар оснований, примерно из 15-50 пар оснований, или примерно из 15-30 пар оснований, который специфически гибридизуется с нуклеиновой кислотой, ассоциированной с аритмией сердца (например, фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий) и/или инсультом, содержащей определенный аллель полиморфного сайта (например,маркер или гаплотип, согласно данному описанию). Аллель-специфический олигонуклеотидный зонд,специфичный к одной или более конкретной нуклеиновой кислоте, ассоциированной с аритмией средца,(например, фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий) и/или инсультом, может быть создан с применением стандартных способов (см., например, Current Protocols in Molecular Biology, supra). Для амплификации желаемого участка может использоваться ПЦР. Можно провести дот-блоттинг ДНК,содержащей амплифицированный участок, с помощью стандартных методов (см., например, Current Protocols in Molecular Biology, supra), и блот может быть инкубирован с олигонуклеотидным зондом. Затем можно определить наличие специфической гибридизации зонда с амплифицированным участком. Специфическая гибридизация аллель-специфического олигонуклеотидного зонда с ДНК субъекта указывает на наличие определенного аллеля полиморфного сайта, ассоциированного с аритмией сердца (например,фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий) и/или инсультом (см., например, Gibbs, R. et al.,Nucleic Acids Res., 77:2437-2448 (1989) и WO 93/22456). С добавлением таких аналогов, как закрытые нуклеиновые кислоты (от англ. Locked Nucleic Acids,- 28017529LNAs), размер праймеров и зондов может быть уменьшен всего до 8 оснований. LNAs являются новым классом бициклических аналогов ДНК, в которых 2' и 4' положения фуранозного кольца связаны через О-метиленовые (окси-LNA), S-метиленовые (тио-LNA), или амино-метиленовые (амино-LNA) группировки. Общим для всех этих вариантов LNA является аффинность к комплементарным нуклеиновым кислотам, которая является наиболее высокой среди всех известных аналогов ДНК. Например, было показано, что определенные нонамеры окси-LNA имеют температуры плавления (Tm) 64 С и 74 С будучи в комплексе, соответственно, с комплементарной ДНК или РНК, в противоположность 28 С для ДНК и РНК в случае соответствующего нонамера ДНК. Существенное повышение Tm также происходит, когда мономеры LNA используются в комбинации с мономерами стандартной ДНК или РНК. Tm для праймеров и зондов может быть существенно повышена в зависимости от того, куда включаются мономерыLNA (например, на 3' конце, на 5' конце или в середине). В другом воплощении панели олигонуклеотидных зондов, комплементарных к целевым сегментам последовательности нуклеиновой кислоты субъекта, могут применяться для идентификации полиморфизмов в нуклеиновой кислоте, ассоциированной с аритмией сердца (например, фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий) и/или инсультом (например, полиморфные маркеры по табл. 5 А и 5 Б и маркеры в неравновесии по сцеплению с ними). Например, могут быть использованы нуклеотидные панели. Олигонуклеотидные панели обычно содержат множество различных олигонуклеотидных зондов,связанных с поверхностью субстрата в разных известных положениях. Такие олигонуклеотидные панели,также обозначаемые как "Genechips", широко описаны в данной области техники (см. например, U.S.Patent No. 5143854, РСТ Patent Publication Nos. WO 90/15070 и 92/10092). Эти панели обычно производятся с помощью механических методов синтеза или методов синтеза с использованием светового потока, включающих сочетание фотолитографических методов и методов твердофазного синтеза олигонуклеотидов, или с помощью других методов, известных специалистам (см., например, Fodor S. et al., Science, 251:767-773 (1991); P'irrung et al., U.S. Patent No. 5143854 (см. также опубликованную заявку РСТNo. WO 90/15070); и Fodor S. et al., опубликованная заявка РСТ No. WO 92/10092 и U.S. Patent No. 5424186, описания которых включены сюда во всей их полноте путем ссылок). Технологии синтеза этих панелей с применением методов механического синтеза описаны, например, в U.S. Patent No. 5384261; описания которых включены сюда во всей их полноте путем ссылок. В другом примере могут применяться линейные панели. Дополнительные описания применения олигонуклеотидных панелей для детекции полиморфизмов могут быть найдены, например, в U.S. Patent Nos. 5858659 и 5837832, описания которых включены сюда во всей их полноте путем ссылок. Для детекции конкретного аллеля полиморфного сайта, ассоциированного с аритмией сердца (например, фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий) и/или инсультом (например, полиморфных маркеров по табл. 5 (табл. 5 А и 5 Б), табл. 9 и/или табл. 19), могут применяться другие методы анализа нуклеиновых кислот, доступные специалистам. Репрезентативные методы включают, например,прямое секвенирование вручную (Church and Gilbert, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81: 1991-1995 (1988);Sanger F., et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 74:5463-5467 (1977); Beavis et al., U.S. Patent No. 5,288,644); авоматизированное секвенирование с использованием флуоресценции; анализ конформационного полиморфизма одноцепочечной ДНК (single stranded conformation polymorhism assays, SSCP); электрофорез в денатурирующем геле с фиксацией GC (clamped denaturing gel electrophoresis, CDGE); электрофорез в градиентном денатурирующем геле (denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE) (Sheffield V., et al.,Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 86:232-236 (1989, анализ по сдвигу электрофоретической подвижности (mobility shift analysis) (Orita M., et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 86:2766-2770 (1989, рестрикционный анализ (Flavell R., et al., Cell, 15:25-41 (1978); Geever R., et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 78:5081-5085(1981; гетеродуплексный анализ; химическое расщепление некомплементарных сайтов (chemical mismatch cleavage, CMC) (Cotton R., ef al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 85:4397-4401 (1985; анализ с помощью защиты от рибонуклеазы (RNase protection assays) (Myers, R., et al., Science, 230:1242-1246 (1985); применение полипептидов, распознающих нуклеотидные несовпадения, таких, как белок Е. coli mutS; и аллель-специфическую ПЦР. В другом воплощении изобретения диагностика аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетания предсердий) и/или инсульта или подверженности к аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетанию предсердий) и/или инсульту может проводиться при изучении экспрессии и/или состава полипептида, кодируемого нуклеиновой кислотой, ассоциированной с аритмией сердца (например, фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий) и/или инсультом в тех случаях, когда генетический маркер (маркеры) или гаплотип (гаплотипы) по данному изобретению приводят к изменению состава или экспрессии полипептида. Так, диагностика подверженности к аритмии сердца (например, фибрилляции предсердий или трепетанию предсердий) и/или инсульту может проводиться при изучении экспрессии и/или состава одного из указанных полипептидов или другого полипептида, кодируемого нуклеиновой кислотой, ассоциированной с аритмией сердца (например, фибрилляцией предсердий или трепетанием предсердий) и/или инсультом в тех случаях, когда генетический маркер или гаплотип по данному изобретению приводит к изменению состава или экспрессии полипептида. Гаплотипы и маркеры по данному изобретению, ассоциированные с аритмией сердца, (например, фибрил- 29