Полиморфизм человеческого гена nbs1 полезный для диагностики наследственной предрасположенности к раку
Номер патента: 11608
Опубликовано: 28.04.2009
Авторы: Поморска Академя Медычна, Глиневич Бартломей, Горский Бохдан, Любинский Ян, Цыбульский Цезарий, Сикорский Андржей
Формула / Реферат
1. Полинуклеотид, связанный с повышенной наследственной предрасположенностью к раку простаты или инвазивному раку молочной железы долькового подтипа, выбранный из группы, состоящей из: (а) полинуклеотида, кодирующего молекулярный вариант полипептида NBS1, при этом указанный полинуклеотид содержит замену нуклеотида, делецию нуклеотида, дополнительный нуклеотид или дополнительный нуклеотид и замену нуклеотида в позиции, соответствующей позиции 18155, 18156, 18157, 18158 или 18159 гена NBS1 (регистрационный номер в Genbank: AB013139); (б) полинуклеотида, кодирующего молекулярный вариант полипептида NBS1, при этом указанный полинуклеотид содержит делецию нуклеотида в позиции, соответствующей позиции 18155, 18156, 18157, 18158 или 18159 гена NBS1 (регистрационный номер в Genbank: AB013139); (в) полинуклеотида, кодирующего молекулярный вариант пептида NBS1, при этом указанный полипептид имеет делецию аминокислоты в позиции от 234 до 754 полипептида NBS1 (SEQ ID NO: 2) и, возможно, по меньшей мере одну замену, выбранную из замены Lys на Asn в позиции 219, Gln на Leu в позиции 220, Ile на Gln в позиции 221, Phe на Arg в позиции 222, Lys на Glu в позиции 223, Gly на Asn в позиции 224, Lys на Ile в позиции 225, Thr на Tyr в позиции 226, Phe на Ile в позиции 227, Ile на Phe в позиции 228, Phe на Glu в позиции 229, Leu на Cys в позиции 230, Asn на Gln в позиции 231, Ala на Thr в позиции 232, Lys на Ala в положении 233 полипептида NBS1 (SEQ ID NO: 2); (г) полинуклеотида, кодирующего молекулярный вариант полипептида NBS1, имеющего аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 4.
2. Полинуклеотид по п.1, где результатом нуклеотидной делеции, вставки и/или замены является измененная экспрессия варианта гена NBS1 по сравнению с соответствующим геном дикого типа.
3. Вектор, содержащий полинуклеотид по п.1 или 2.
4. Вектор по п.3, где полинуклеотид функциональным образом сцеплен с регуляторными последовательностями экспрессии, дающими возможность экспрессии в прокариотических или эукариотических клетках.
5. Клетка-хозяин, полученная генно-инженерным путем, содержащая полинуклеотид по п.1 или 2 или вектор по п.3 или 4.
6. Способ получения молекулярного варианта белка NBS1 или его фрагмента, связаного с повышенной наследственной предрасположенностью к раку простаты или инвазивному раку молочной железы долькового подтипа, при котором: (а) культивируют клетку-хозяина по п.5 и (б) выделяют указанный белок или фрагмент из культуры.
7. Способ получения клеток, способных к экспрессии молекулярного варианта гена NBS1, связанного с повышенной наследственной предрасположенностью к раку простаты или инвазивному раку молочной железы долькового подтипа, включающий получение генно-инженерным путем клеток, содержащих полинуклеотид по п.1 или 2 или вектор по п.3 или 4.
8. Белок NBS1 или его фрагмент, связанный с повышенной наследственной предрасположенностью к раку простаты или инвазивному раку молочной железы долькового подтипа, который кодируется полинуклеотидом по п.1 или 2 или получен способом по п.6 или из клеток, полученных способом по п.7.
9. Антитело, которое специфично связывается с белком по п.8.
10. Антитело по п.9, которое специфично распознает эпитоп, содержащий одну или более аминокислотных замен, как они определены в п.1 или 2.
11. Молекула нуклеиновой кислоты, комплементарная полинуклеотиду по п.1 или 2.
12. Молекула нуклеиновой кислоты, способная к специфичному распознаванию и расщеплению полинуклеотида по п.1 или 2.
13. Вектор, содержащий молекулу нуклеиновой кислоты по п.11 или 12.
14. Трансгенное животное, отличное от человека, содержащее по меньшей мере один полинуклеотид по п.1 или 2 или вектор по п.3 или 4.
15. Трансгенное животное, отличное от человека, по п.14, дополнительно содержащее по меньшей мере один инактивированный аллель дикого типа гена NBS1.
16. Трансгенное животное, отличное от человека, по п.14 или 15, представляющее собой мышь или крысу.
17. Способ идентификации и получения модулятора NBS1, способного модулировать активность молекулярного варианта гена NBS1 или его генного продукта, при котором: (а) приводят в контакт белок по п.8 или клетку, экспрессирующую молекулярный вариант гена NBS1, содержащего полинуклеотид по п.1 или 2, в присутствии компонентов, способных давать обнаружимый сигнал в ответ на активность белка NBS1, с соединением, подлежащим скринингу, в условиях, позволяющих проявиться активности белка NBS1, и (б) устанавливают наличие, отсутствие сигнала или возрастание сигнала, генерируемого активностью белка NBS1, где наличие или возрастание сигнала является показателем присутствия предполагаемого модулятора.
18. Способ по п.17, где указанная клетка представляет собой клетку по п.5, получена способом по п.7 или содержится в трансгенном животном, отличном от человека, по любому из пп.14-16.
19. Способ идентификации и получения модулятора NBS1, способного модулировать активность молекулярного варианта гена NBS1 или его генного продукта, при котором: (а) приводят в контакт белок по п.8 с первой молекулой, про которую известно, что она связывается с белком NBS1, с образованием первого комплекса, включающего указанный белок и указанную первую молекулу, (б) указанный первый комплекс приводят в контакт с соединением, подлежащим скринингу, и (в) определяют, вытесняет ли указанное соединение указанную первую молекулу из указанного первого комплекса.
20. Способ по п.19, где указанная стадия определения включает определение образования второго комплекса указанного белка и указанного соединения.
21. Способ по п.19 или 20, где указанная стадия определения включает определение количества указанной первой молекулы, не связанной с указанным белком.
22. Способ по любому из пп.19-21, где указанная первая молекула является одной из частей нуклеазного комплекса hMRE11/hRAD50/NBS1.
23. Способ по любому из пп.19-22, где указанная первая молекула является меченой.
24. Способ диагностики повышенной наследственной предрасположенности к раку простаты или инвазивному раку молочной железы долькового подтипа, при котором: (а) определяют присутствие полинуклеотида по п.1 или 2 в образце, взятом от субъекта, и/или (б) определяют присутствие белка по п.8.
25. Способ по п.24, включающий проведение полимеразной цепной реакции (ПЦР), лигазной цепной реакции, рестрикционного ферментативного гидролиза, прямого секвенирования, процедур амплификации нуклеиновых кислот, микрочипов, гибридизации или иммунологических анализов.
26. Способ по любому из пп.24-25, при котором субъекту дополнительно вводят лекарство для уничтожения или ослабления указанного рака.
27. Способ по любому из пп.24-26, дополнительно включающий введение в клетки: (i) функционального и экспрессируемого гена NBS1 дикого типа или (ii) молекулы нуклеиновой кислоты по п.11 или 12 или вектора по п.13.
28. Способ приготовления фармацевтической композиции, включающий стадии способа по любому из пп.17-23 и (в) синтез соединения, идентифицированного и полученного на стадии (б), либо его производного и/или приготовление из него препарата в фармацевтически приемлемой форме.
29. Способ изготовления фармацевтической композиции, при котором готовят препарат лекарства или пролекарства в форме, пригодной для терапевтического применения и предупреждения или ослабления рака у субъекта, у которого провели диагностику способом по п.24.
30. Способ по п.28 или 29, где указанное соединение-лекарство или пролекарство представляет собой производное лекарства, указанного в п.26.
31. Ингибитор, идентифицированный или полученный способом по любому из пп.17-23.
32. Ингибитор по п.31, который специфично связывается с белком по п.8.
33. Олигонуклеотид для генотипирования индивидуальных аллелей NBS1, где указанный олигонуклеотид составляет примерно от 15 до 50 нуклеотидов в длину и содержит последовательность нуклеотидов, включенную в одну из SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5-SEQ ID NO: 12, или последовательность, комплементарную любой из них.
34. Способ обнаружения предрасположенностш ъ раку простаты или раку молочной железы у субъекта, включающий: (а) обнаружение в биологическом образце, взятом от субъекта, изменения в последовательности гена NBS1, где указанное изменение вызывает потерю функции гена NBS1; и (б) связывание изменения с предрасположенностью к раку простаты или раку молочной железы у субъекта, тем самым обнаруживая указанную предрасположенность.
35. Способ по п.34, где изменение представляет собой наследуемое изменение.
36. Способ по п.34, где наследуемое изменение представляет собой изменение 657del5.
37. Способ по п.34, где субъект представляет собой человека.
38. Способ по п.34, где человек имеет славянское происхождение.
39. Способ по п.34, где изменение обнаруживают с помощью ПЦР с аллель-специфичными олигонуклеотидами (ASO-ПЦР), анализов на обнаружение полиморфизма однонитевой конформации (SSCP), прямого секвенирования, аллель-специфичной амплификации (ASA), микрочипов или ПЦР с использованием полиморфизма длин рестрикционных фрагменттов (RFLP-ПЦР).
40. Способ по п.34, где указанная предрасположенность является наследственной.
41. Способ по п.34, где биологический образец представляет собой образец ткани.
42. Способ по п.41, где образец ткани представляет собой кровь.
43. Способ по п.34, где биологический образец содержит лейкоциты.
44. Способ по п.34, где рак молочной железы представляет собой инвазивный рак молочной железы долькового подтипа.
45. Применение наследуемого изменения в последовательности гена NBS1 для обнаружения наследственной предрасположенности к раку простаты или к раку молочной железы у субъекта.
46. Применение по п.45, где указанное наследуемое изменение представляет собой мутацию 657del5.
47. Применение по п.45, где субъект представляет собой человека.
48. Применение по п.47, где человек имеет славянское происхождение.
49. Применение по п.45, где рак молочной железы представляет собой инвазивный рак молочной железы долькового подтипа.
50. Применение по любому из пп.45-49, где наличие наследуемого изменения обнаруживают с использованием по меньшей мере одного из методов, выбранных из ASO-ПЦР, SSCP, микрочипов, прямого секвенирования, ASA или RFLP-ПЦР.
51. Диагностический набор для идентификации предрасположенности к раку молочной железы или к раку простаты у субъекта, включающий упаковочный материал и по меньшей мере два разных полинуклеотида, позволяющих амплифицировать по меньшей мере часть гена NBS1.
52. Набор по п.51, где амплифицируемая часть содержит мутацию 657del5.
53. Набор по п.51, содержащий полинуклеотиды Nbsex6f (SEQ ID NO: 6), Nbsex6r (SEQ ID NO: 7) и Nbsdel5 (SEQ ID NO: 8).
Текст
011608 Область изобретения Настоящее изобретение относится, в общем, к средствам и способам диагностики и лечения наследственной предрасположенности к раку, в частности к раку простаты и/или дольковому инвазивному раку молочной железы, а также к использованию наследуемого изменения в гене NBS1 для диагностики такой предрасположенности. В частности, объекты изобретения позволяют синтезировать фрагменты ДНК и идентифицировать геномные аномалии, связанные с повышенной предрасположенностью к упомянутым видам рака. В частности, настоящее изобретение относится к полинуклеотидам молекулярных вариантов генаNBS1, которые связаны с наследственной предрасположенностью к раку простаты и/или дольковому инвазивному раку молочной железы, а также к векторам, содержащим такие варианты (полинуклеотиды). Кроме того, настоящее изобретение относится к клеткам-хозяевам, содержащим такие варианты или векторы, и к их применению для продуцирования вариантов белка NBS1. Кроме того, настоящее изобретение относится к вариантам белка NBS1 и к антителам, специфично распознающим такой белок. Настоящее изобретение также касается трансгенных животных, не являющихся человеком, содержащих вышеописанные варианты или векторы. Кроме того, настоящее изобретение относится к способам нахождения и производства лекарств для терапии видов рака, связанных с нарушением функции гена NBS1. Согласно настоящему изобретению, кроме того, предложены фармацевтические и диагностические композиции, содержащие вышеописанные варианты ДНК, векторы, белки, антитела и лекарства, которые могут быть получены вышеупомянутыми способами. Указанные композиции, в частности, полезны для диагностики и лечения различных заболеваний, в частности рака, лекарствами, которые представляют собой субстраты, ингибиторы или модуляторы гена NBS1 или его продукта. Некоторые документы цитируются на протяжении всего текста данного описания. Каждый из документов, упоминаемых здесь (включая любые спецификации фирм-производителей, инструкции и т.д.),включен в данное описание изобретения путем ссылки; однако, не допускается, чтобы какой-либо упоминаемый документ, в действительности, представлял собой предшествующий уровень техники в отношении настоящего изобретения. Предшествующий уровень техники Биохимический путь передачи сигнала повреждения ДНК играет критическую роль в поддержании целостности генома в ответ на повреждение ДНК и вовлечен в патогенез рака. Индивидуумы с редкими наследственными рецессивными клиническими синдромами, такими как Ниймегенский синдром (NBS. Nijmegen breakage syndrome), синдром Блума, анемия Фанкони и атаксиятелеангиэктазия (которые характеризуются спонтанной хромосомной нестабильностью, иммунодефицитом и предрасположенностью к раку), несут мутацию в одном из генов биохимического пути передачи сигнала повреждения ДНК (1, 2). Ген Ниймегенского синдрома локализован на хромосоме 8q21 (3, см. также US6458534). Продукт гена NBS1 (нибрин, также называемый р 95) представляет собой компонент нуклеазного комплекса hMRE11/hRAD50/NBS1 (4). Этот комплекс является частью BRCA1-ассоциированного комплекса контроля генома (BASC, BRCA1-associated genome surveillance complex), который ответственен за репарацию повреждений ДНК (2). Делеция пяти пар нуклеотидов в экзоне 6 NBS1(657del5) присутствует у большинства пациентов с NBS из Восточной Европы (5). Следует подчеркнуть,что упомянутые пациенты являются гомозиготными носителями мутации-основателя Ниймегенского синдрома (аллеля 657del5). Гетерозиготные носители мутации NBS1 распространены в Восточной Европе (0,6% всего населения). Несмотря на давние усилия исследователей, направленные на разработку способа диагностики повышенной предрасположенности к раку различной локализации, потребность в таких диагностических способах все еще остается. Соответственно, средства и способы диагностики и, возможно, лечения повышенной наследственной предрасположенности к раку все же весьма желательны. Таким образом, технической задачей настоящего изобретения является удовлетворение описанных выше потребностей. Эта техническая задача решается предложением объектов, охарактеризованных в формуле изобретения. Краткое изложение сущности изобретения Настоящее изобретение основано на открытии новой, до сих пор неизвестной корреляции между одной из форм гена NBS1 и повышенной наследственной предрасположенностью к некоторым видам рака. Неожиданно согласно изобретению, определенному в формуле изобретения, установлено, что генNBS1 может играть роль в патогенезе рака простаты (9) или инвазивной карциномы молочной железы долькового подтипа. Неожиданно было установлено, что гетерозиготные носители мутации-основателя Ниймегенского синдрома (аллеля 657del5) могут присутствовать при повышенном риске рака, особенно рака простаты и рака молочной железы. На основании открытия этого явления разработаны диагностические тесты и реагенты таких тестов для специфичного обнаружения и генотипирования аллелей NBS1 у людей. Определение аллельного-1 011608 состояния гена NBS1 у людей с использованием таких тестов может быть полезно для предупреждения или терапии различных заболеваний, особенно рака, лекарствами, которые представляют собой субстраты, ингибиторы или модуляторы продукта гена NBS1. Согласно первому воплощению в изобретении предложены полинуклеотиды молекулярных вариантов гена NBS1, коррелирующих с наследственной предрасположенностью к раку, в частности к раку простаты или дольковому инвазивному раку молочной железы, и относящиеся к ним воплощения изобретения, такие как векторы, клетки-хозяева, варианты белков NBS1 и способы их получения. Согласно еще одному воплощению изобретения предложены способы идентификации и получения лекарств-кандидатов и модуляторов, таких как ингибиторы NBS1, для терапии или предупреждения рака, а также способы диагностики состояния таких расстройств/предрасположенности. Согласно следующему воплощению изобретения предложены фармацевтические и диагностические композиции, содержащие вышеописанные полинуклеотиды, содержащие их векторы, белки, антитела к ним, а также лекарства и ингибиторы, которые могут быть получены вышеупомянутым способом. Фармацевтические и диагностические композиции, способы и применения изобретения полезны для диагностики и лечения/предупреждения наследственной предрасположенности к раку. Подробное описание изобретения Обнаружение вариаций в гене NBS1, коррелирующих с наследственной предрасположенностью к раку, в частности к раку простаты или дольковому инвазивному раку молочной железы, и диагностические тесты для распознавания различных аллелей NBS1 у человеческих индивидуумов дают эффективный инструмент для усовершенствования терапии и/или предупреждения рака. Соответственно, изобретение относится к полинуклеотиду, связанному с повышенной наследственной предрасположенностью к раку, в частности к раку простаты или инвазивному раку молочной железы долькового подтипа, причем этот полинуклеотид выбран из группы, состоящей из: (а) полинуклеотида,имеющего нуклеиново-кислотную последовательность любой из SEQ ID NO:, либо (б) полинуклеотида,кодирующего полипептид, имеющий аминокислотную последовательность любой из SEQ ID NO:, либо(в) полинуклеотида, кодирующего молекулярный вариант полипептида NBS1, где указанный полинуклеотид содержит замену нуклеотида, делецию нуклеотида, дополнительный нуклеотид или дополнительный нуклеотид и замену нуклеотида в положении, соответствующем позиции 18155, 18156, 18157,18158 или 18159 гена NBS1 (Genbank, регистрационный номер: АВ 013139); (г) полинуклеотида, кодирующего молекулярный вариант полипептида NBS1, где указанный полинуклеотид содержит делецию нуклеотида в положении, соответствующем позиции 18155, 18156, 18157, 18158 или 18159 гена NBS1(Genbank, регистрационный номер: АВ 013139); (д) полинуклеотида, кодирующего молекулярный вариант пептида NBS1, где указанный полипептид содержит делецию аминокислоты в положении от 234 до 754 полипептида NBS1 (SEQ ID NO: 2) и, возможно, по меньшей мере одну замену, выбранную из замены Lys на Asn в позиции 219, Gln на Leu в позиции 220, Ile на Gln в позиции 221, Phe на Arg в позиции 222, Lys на Glu в позиции 223, Gly на Asn в позиции 224, Lys на Ile в позиции 225, Thr на Tyr в позиции 226, Phe на Ile в позиции 227, Ile на Phe в позиции 228, Phe на Glu в позиции 229, Leu на Cys в позиции 230, Asn на Gln в позиции 231, Ala на Thr в позиции 232, Lys на Ala в позиции 233 полипептида NBS1(SEQ ID NO: 2) и (е) полинуклеотида, кодирующего молекулярный вариант полипептида NBS1, имеющий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 4. В контексте настоящего изобретения термин молекулярный вариант гена или белка NBS1, как его используют здесь, означает, что указанный ген или белок NBS1 отличается от гена или белка NBS1 дикого типа (геномные последовательности гена NBS1 описаны, например, под регистрационным номером АВ 013139) нуклеотидной(ными) заменой(ами), инсерцией(ями) и/или делецией(ями). Предпочтительно результатом указанной замены нуклеотида является присутствие иной аминокислоты в аминокислотной последовательности белка NBS1, предсказуемым результатом чего является нарушение функции этого белка. Термин соответствующий, как его используют здесь, означает, что позиция определяется не только числом предшествующих нуклеотидов и аминокислот, соответственно. Позиция нуклеотида или аминокислоты, которые могут отсутствовать, быть заменены или содержать один или более чем один дополнительный нуклеотид, в соответствии с настоящим изобретением может быть разной за счет делеций или дополнительных нуклеотидов или аминокислот где-либо в другом месте гена или полипептида. Следовательно, под соответствующей позицией согласно изобретению следует понимать то, что нуклеотиды или аминокислоты могут различаться по указанному номеру, но могут при этом иметь такие же соседние нуклеотиды или аминокислоты. Указанные нуклеотиды или аминокислоты, которые могут быть заменены, отсутствовать или содержать дополнительные нуклеотиды или аминокислоты, также включены в термин соответствующая позиция. Такие нуклеотиды или аминокислоты могут, например,вместе с их соседями образовать последовательности, которые могут быть вовлечены в регуляцию экспрессии гена, стабильности соответствующей РНК или сплайсинга РНК, а также кодировать функциональные домены или мотивы белка по изобретению. В соответствии с настоящим изобретением генетический вариант гена NBS1 исследован путем анализа последовательности релевантных районов гена NBS1 человека. Хорошо известным фактом является-2 011608 то, что геномная ДНК индивидуумов, которые несут индивидуальную генетическую структуру всех генов, включая NBS, может быть легко выделена из индивидуальных образцов крови. Затем эти индивидуальные образцы ДНК используют для анализа последовательности аллелей гена NBS1, которые присутствуют у индивидуума, предоставившего образец крови. Анализ последовательности можно проводить с помощью ПЦР-амплификации релевантных районов гена NBS1, последующей очистки продуктов ПЦР с последующим автоматическим секвенированием традиционными методами (циклическое секвенирование с красителем на терминатор АВ 1). Одним из важных параметров, которые следует учитывать при попытке определения индивидуального генотипа NBS1 (и, возможно, идентифицировать новые варианты гена NBS1), является тот факт,что каждый человек несет (за очень небольшими аномальными исключениями) две копии гена NBS1 два аллеля NBS1 (диплоидия), один, унаследованный от матери, и другой от отца. В связи с этим некоторые индивидуумы несут мутацию только в одной копии (аллеле) гена (гетерозитотные носители мутации). Эти пациенты здоровы и не имеют аномальный фенотип. Редкие индивидуумы имеют, наоборот,мутации в обоих аллелях (гомозиготные носители мутации NBS1). Они поражены синдромом NBS, который характеризуется фенотипическими аномалиями, иммунодефицитом, а также предрасположенностью к раку, прежде всего злокачественным опухолям лимфатической системы. Следует отметить, что настоящее изобретение фокусируется на обнаружении предрасположенности к ракам среди гетерозиготных носителей мутации NBS1. Примером мутации в гене NBS1, идентифицированной как коррелирующая с наследственной предрасположенностью к раку, в частности раку простаты или дольковому инвазивному раку молочной железы в соответствии с настоящим изобретением, является 657del5. Анализы на мутации осуществляются с использованием стандартных методик и подробно описаны в примерах. Генетическое тестирование вариабельности популяции в отношении генетических маркеров наследственной предрасположенности к раку предлагается в качестве инструмента, полезного для идентификации и отбора пациентов, которые могут обладать такой предрасположенностью. Эта идентификация/отбор могут быть основаны на молекулярной диагностике генетического полиморфизма путем генотипирования ДНК, выделенной, например, из лейкоцитов крови пациента, и определении характеристики возможной предрасположенности. Для учредителей здравоохранения, таких как организации здравоохранения США и правительственные службы здравоохранения многих европейских стран, этот фармакогенетический подход может быть как способом усовершенствования здравоохранения, так и путем, позволяющим уменьшить расходы, поскольку терапия рака является дорогостоящей. Результатом мутаций в вариантах генов NBS1 иногда является(ются) аминокислотная(ные) делеция(и), инсерция(и) и, в частности, замена(ы) либо по отдельности, либо в сочетании. Конечно, возможно также создание таких мутаций генно-инженерным путем в генах дикого типа или в других мутантных формах. Способы введения таких модификаций в последовательность ДНК гена NBS1 хорошо известны специалистам в данной области; см., например, Sambrook, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, ColdSpring Harbor Laboratory (1989) N.Y. В предпочтительном воплощении изобретения вышеописанный полинуклеотид кодирует вариант белка NBS1 или его фрагмент, например, содержащий один или более чем один эпитоп аминокислотной последовательности, кодируемой SEQ ID NO: 4. Для исследования природы изменений в аминокислотной последовательности белка NBS1 можно использовать компьютерные программы, такие как BRASMOL, которые можно достать в Интернете. Кроме того, модели сборки и компьютерную реконструкцию структурных мотивов можно осуществить,используя другие подходящие компьютерные программы (Olszewski, Proteins 25 (1996) 286-299; Hoffman,Comput. Appl. Biosci. 11 (1995), 675-679). Компьютеры можно использовать для конформационного и энергетического анализа подробных белковых моделей (Monge, J. Mol. Biol. 247 (1995), 995-1012; Renouf,Adv. Exp. Med. Biol. 376 (1995), 37-45). Эти анализы можно использовать для идентификации влияния конкретной мутации на связывание и/или взаимодействие с другими членами нуклеазного комплексаhMRE11/hRAD50/NBS1. Обычно указанная аминокислотная делеция, вставка или замена в аминокислотной последовательности белка, кодируемого полинуклеотидом по изобретению, является следствием одной или более нуклеотидных замен, инсерций или делеций либо любых их сочетаний. Предпочтительно результатом указанной нуклеотидной делеций, вставки или замены является делеция аминокислоты в позиции от 234 до 754 полипептида NBS1 (SEQ ID NO: 2) и, возможно, по меньшей мере одна замена аминокислоты, выбранная среди замены Lys на Asn в позиции 219, Gln на Leu в позиции 220, Ile на Gln в позиции 221, Phe на Arg в позиции 222, Lys на Glu в позиции 223, Gly на Asn в позиции 224, Lys на Ile в позиции 225, Thr на Tyr в позиции 226, Phe на Ile в позиции 227, Ile на Phe в позиции 228, Phe на Glu в позиции 229, Leu наCys в позиции 230, Asn на Gln в позиции 231, Ala на Thr в позиции 232, Lys на Ala в позиции 233 полипептида NBS1 (SEQ ID NO: 2). Полинуклеотид по изобретению может дополнительно содержать по меньшей мере одну иную, чем указанные выше, нуклеотидную и, возможно, аминокислотную делецию,вставку и/или замену, например делеции вставки и замены, описанные и известные из уровня техники. Данное воплощение настоящего изобретения дает возможность исследования синергических эффектов мутаций гена NBS1 в отношении наследственной предрасположенности к раку у пациентов, несущих-3 011608 такие мутантные формы этого гена или подобные мутантные формы, которые можно имитировать вышеописанными белками. Ожидают, что анализ указанных синергических эффектов обеспечит более глубокое понимание механизма возникновения наследственной предрасположенности к раку. На основании указанного более глубокого понимания разработка диагностических и фармацевтических композиций,относящихся к раку, значительно выиграет. Еще более примечательно, что при NBS-зависимых видах рака отсутствует функциональная копия гена (см. пример 3: LOH). Таким образом, в раковой клетке остается только мутантная копия. Поэтому,например, ингибирование мутантного аллеля может привести к полной потере белка NBS1 из клетки. Это должно вызвать гибель раковой клетки. Это является одной из возможных терапевтических целей воплощения настоящего изобретения. Таким образом, в предпочтительном воплощении настоящее изобретение относится к полинуклеотидам молекулярных вариантов гена NBS1, где результатом нуклеотидной делеции, вставки и/или замены является измененная экспрессия варианта гена NBS1 по сравнению с соответствующим геном дикого типа. Полинуклеотид по изобретению может представлять собой, например, ДНК, кДНК, геномную ДНК,РНК или полученную синтетическим путем ДНК или РНК либо продуцируемую рекомбинантным путем химерную молекулу нуклеиновой кислоты, содержащую любой из этих полинуклеотидов, либо один,либо в сочетании. Предпочтительно указанный полинуклеотид является частью вектора, в частности,традиционно используемых в генетической инженерии плазмид, космид, вирусов и бактериофагов, которые содержат полинуклеотид по изобретению. Такие векторы могут содержать дополнительные гены,например маркерные гены, которые дают возможность селекции указанного вектора в подходящей клетке-хозяине и в подходящих условиях. В следующем предпочтительном воплощении вектора по изобретению полинуклеотид по изобретению функциональным образом связан с регуляторными последовательностями экспрессии, дающими возможность экспрессии в прокариотических или эукариотических клетках. Экспрессия указанного полинуклеотида включает транскрипцию этого полинуклеотида, предпочтительно в транслируемую мРНК. Регуляторные элементы, обеспечивающие экспрессию в эукариотических клетках, предпочтительно в клетках млекопитающих, хорошо известны специалистам в данной области. Они обычно содержат регуляторные последовательности, обеспечивающие инициацию транскрипции и, возможно, поли-А сигналы, обеспечивающие терминацию транскрипции и стабилизацию транскрипта. Дополнительные регуляторные элементы могут включать как транскрипционные, так и трансляционные энхансеры. Возможные регуляторные элементы, обеспечивающие экспрессию в прокариотических клетках-хозяевах, включают, например, lac, trp или tac промотор в Е. coli, а примерами регуляторных элементов, обеспечивающих экспрессию в эукариотических клетках-хозяевах, являются промотор АОХ 1 или GAL1 в дрожжах или CMV-, SV40-, RSV-промотор (вируса саркомы Рауса), cMV-энхансер, SV40-энхансер или глобиновый интрон в клетках млекопитающих и других животных. Помимо элементов, ответственных за инициацию транскрипции, такие регуляторные элементы могут также включать сигналы терминации транскрипции, такие как поли-А сайт SV40 или поли-А сайт tk, вниз по течению от полинуклеотида. Подходящие в данном контексте экспрессионные векторы известны в данной области, они представляют собой,например, экспрессионный вектор кДНК Okayama-Berg pcDV1 (Pharmacia), pCDM8, pRc/CMV, pcDNA1,pcDNA3 (Invitrogen), pSPORTl (GIBCO BRL). Предпочтительно указанный вектор представляет собой экспрессионный вектор и/или вектор переноса гена или направляющий вектор. Экспрессионные векторы, полученные из вирусов, такие как ретровирусы, вирус осповакцины, аденоассоциированный вирус,вирусы герпеса или вирус бычьей папилломы, можно использовать для доставки полинуклеотидов или вектора по изобретению в популяцию клеток-мишеней. Для конструирования рекомбинантных вирусных векторов можно использовать способы, хорошо известные специалистам в данной области; см., например,методики, описанные в Sambrook, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor LaboratoryInterscience, N.Y. (1994). Или же полинуклеотиды и векторы по изобретению можно поместить в липосомы для доставки в клетки-мишени. Настоящее изобретение, кроме того, относится к клеткам-хозяевам, трансформированным полинуклеотидом или вектором по изобретению. Такая клетка-хозяин может представлять собой прокариотическую или эукариотическую клетку, см. выше. Полинуклеотид или вектор по изобретению, находящийся в такой клетке-хозяине, может быть либо интегрированным в геном этой клетки-хозяина, либо может поддерживаться экстрахромосомно. В этом отношении также должно быть понятно, что рекомбинантную молекулу ДНК по изобретению можно использовать для направления гена и/или замещения гена, для восстановления мутантного гена или для создания мутантного гена посредством гомологичной рекомбинации; см., например, Mouellic, Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1990) 4712-4716; Joyner, Gene Targeting,A Practical Approach, Oxford University Press. Клетка-хозяин может представлять собой прокариотическую или эукариотическую клетку, такую как клетка бактерий, насекомых, грибов, растений, животных или человека. Предпочтительными клетками грибов являются, например, клетки грибов рода Saccharomyces, в частности вида S. cerevisiae. Термин прокариотический означает включающий все бактерии, которые можно трансформировать или транс-4 011608 фицировать полинуклеотидом для экспрессии варианта белка NBS1 или его фрагмента. Прокариотические хозяева могут включать как грамотрицательные, так и грамположительные бактерии, такие как, например, Е. coli, S. typhimurium, Serratia marcescens и Bacillus subtilis. Полинуклеотид, кодирующий мутантную форму вариантов белков NBS1, можно использовать для трансформации или трансфекции хозяина с помощью любой из методик, общеизвестных обычным специалистам в данной области. Способы получения слитых, функциональным образом связанных генов и их экспрессии в бактериальных или животных клетках хорошо известны в данной области (Sambrook, см. выше). Генетические конструкции и способы, описанные здесь, могут быть использованы для осуществления экспрессии белков-вариантовNBS1, например, в прокариотических хозяевах. В целом, экспрессионные векторы, содержащие промоторные последовательности, которые способствуют эффективной транскрипции полинуклеотида вставки, используют в связке с хозяином. Экспрессионный вектор обычно содержит точку начала репликации,промотор и терминатор, а также специфичные гены, которые способны обеспечивать фенотипическую селекцию трансформированных клеток. Трансформированные прокариотические хозяева можно выращивать в ферментерах и культивировать по методикам, известным в данной области для достижения оптимального клеточного роста. Затем белки по изобретению можно выделить из ростовой среды, из клеточных лизатов или клеточных мембранных фракций. Выделение и очистку полипептидов по изобретению, экспрессируемых в микробах или в других организмах, можно осуществлять любыми традиционными способами, такими как, например, разделение препаративной хроматографией, в которое, например, вовлечено использование моноклональных или поликлональных антител. Таким образом, в следующем воплощении изобретение относится к способу получения вариантов белков NBS1 и их фрагментов, при котором культивируют клетку-хозяина, как определено выше, в условиях,дающих возможность экспрессии белка, и выделяют продуцированный белок или его фрагмент из культуры. В другом воплощении изобретение относится к способу получения клеток, способных к экспрессии варианта гена NBS1, включающему создание генноинженерными методами клеток, включающих в себя полинуклеотид или с вектор по изобретению. Клетки, полученные способом по изобретению, можно использовать, например, для тестирования лекарств способами, описанными D.L. Spector, R.D. Goldman,L.A. Leinwand, Cells, a Lab manual, CSH Press 1998. Кроме того, эти клетки можно использовать для исследования известных лекарств и их неизвестных производных на их способность к комплементации расстройства, вызванного мутациями в гене NBS1 (например, предрасположенности к злокачественным образованиям). Для этих воплощений в клетках-хозяевах предпочтительно отсутствует аллель дикого типа, предпочтительно оба аллеля гена NBS1 и/или по меньшей мере один из них - мутированный. Или же сильную сверхэкспрессию мутированного аллеля по отношению к нормальному аллелю и сравнение с рекомбинантной клеточной линией, экспрессирующей нормальный аллель на подобном уровне, можно использовать в качестве системы скрининга и анализа. Клетки, которые могут быть получены вышеописанным способом, можно также использовать для скрининга способами, описанными ниже. Кроме того, изобретение относится к варианту белка NBS1 или его фрагментам, кодируемым полипептидом по изобретению, либо получаемым вышеописанными способами, либо получаемым из клеток,сконструированных вышеописанным способом. В данном контексте также понятно, что варианты белков NBS1 согласно изобретению можно дополнительно модифицировать традиционными способами, известными в данной области. С использованием вариантов белков NBS1 по настоящему изобретению можно также определить участки, релевантные по их биологической активности или ее ингибированию, а именно по их участию в образовании правильного нуклеазного комплекса hMRE11/hRAD50/NBS1. Настоящее изобретение, далее, относится к антителам, специфично распознающим вариант белкаNBS1 по изобретению. Предпочтительно это антитело специфично распознает эпитоп, содержащий одну или более чем одну аминокислотную замену, как описано выше. Антитела против варианта белка NBS1 по изобретению могут быть получены хорошо известными способами с использованием очищенного белка по изобретению или его (синтезированного) фрагмента в качестве антигена. Моноклональные антитела могут быть получены, например, с помощью методик, которые впервые были описаны в Kohlerand Milstein, Nature 256 (1975)7 495, и Galfr6, Meth. Enzymol. 73 (1981)9 3, и включают слияние клеток миеломы мыши с клетками селезенки, выделенными из иммунизированных животных. Антитела могут представлять собой моноклональные антитела, поликлональные антитела или синтезированные антитела,а также фрагменты антител, такие как Fab, Fv или scFv фрагменты и т.д. Кроме того, антитела к вышеупомянутым полипептидам или их фрагменты могут быть получены способами, которые описаны, например, в Harlow and Lane "Antibodies, A Laboratory Manual", CSH Press, Cold Spring Harbor, 1988. Эти антитела можно использовать, например, для иммунопреципитации и иммунолокализации вариантов белков NBS1 по изобретению, а также для мониторинга на присутствие таких вариантов белковNBS1, например, в рекомбинантных организмах, а также для идентификации соединений, взаимодействующих с белками по изобретению. Например, поверхностный резонанс плазмона, который используют в системе BIAcore, можно использовать для усиления эффективности фаговых антител, которые связываются с эпитопом белка по изобретению (Schier, Human Antibodies Hybridomas 7 (1996), 97-105; Malmborg,J. Immunol. Methods 183 (1995) t 7-13). Кроме того, настоящее изобретение относится к молекулам нук-5 011608 леиновых кислот, которые представляют собой или содержат комплементарную нить любого из вышеописанных полинуклеотидов или ее часть, таким образом, имея отличие по меньшей мере на один нуклеотид по сравнению с соответствующими нуклеотидными последовательностями гена NBS1 дикого типа, а именно имея вышеописанные нуклеотидные замены, делеции и вставки. Такая молекула может либо представлять собой дезоксирибонуклеиновую кислоту, либо рибонуклеиновую кислоту. Такие молекулы включают, например, антисмысловую РНК. Эти молекулы могут, кроме того, быть сцепленными с последовательностями, которые при транскрипции кодируют рибозим, продуцируя, таким образом,рибозим, который специфично расщепляет транскрипты полинуклеотидов по изобретению. Кроме того,настоящее изобретение относится к вектору, содержащему молекулу нуклеиновой кислоты по изобретению. Примеры таких векторов описаны выше. Предпочтительно молекула нуклеиновой кислоты, присутствующая в векторе, функциональным образом сцеплена с регуляторными элементами, дающими возможность экспрессии в прокариотических или эукариотических клетках-хозяевах; см. выше. Настоящее изобретение также относится к способу создания трансгенного животного, не представляющего собой человека, предпочтительно трансгенной мыши, при котором вводят полинуклеотид или вектор по изобретению в зародышевую клетку, эмбриональную клетку, стволовую клетку, или яйцеклетку, или клетку, производную от них. Животное, не представляющее собой человека, может быть использовано в способе по изобретению, описанном ниже, и может представлять собой нетрансгенное здоровое животное либо может иметь расстройство, предпочтительно расстройство, вызванное по меньшей мере одной мутацией в гене NBS1. Такие трансгенные животные хорошо подходят, например, для фармакологических исследований лекарств в связи с вариантными формами вышеописанных вариантов белковNBS1, поскольку эти белки или, по меньшей мере, их функциональные домены являются консервативными между видами у высших эукариот, в частности у млекопитающих. Получение трансгенных эмбрионов и их скрининг можно осуществить, например, как описано A. L. Joyner Ed., Gene Targeting, APractical Approach (1993), Oxford University Press. ДНК эмбрионов можно анализировать, проводя, например, Саузерн-блоттинги с соответствующим зондом. Изобретение также относится к трансгенным животным, не представляющим собой человека, таким как, например, трансгенные мыши, крысы, хомячки, собаки, обезьяны, кролики, свиньи, С. elegans и рыбы, такие как, например, электрические скаты, содержащие полинуклеотид или вектор по изобретению,или полученные вышеописанным способом, предпочтительно где указанный полинуклеотид или вектор стабильно интегрирован в геном указанного животного, не представляющего собой человека, предпочтительно таким образом, что присутствие указанного полинуклеотида или вектора приводит к экспрессии варианта белка MDR по изобретению. Животное может иметь одну или несколько копий этого или других полинуклеотидов варианта гена NBS1. Это животное может иметь различные применения, включая применение в качестве исследовательской модели злокачественного процесса, и, следовательно, представляет собой новое и ценное животное при разработке путей терапии, лечения и т.д. заболеваний, вызванных дефицитом или недостаточностью правильной репарации повреждений ДНК в клетке. Соответственно, в данном случае животное предпочтительно представляет собой лабораторное животное, такое как мышь или крыса. Предпочтительно трансгенное животное, не представляющее собой человека, по изобретению дополнительно содержит по меньшей мере один инактивированный аллель дикого типа гена NBS1. Это воплощение дает возможность, например, исследовать взаимодействие различных вариантных форм белков NBS1. Также может быть желательно инактивировать экспрессию или функцию гена NBS1 на определенной стадии развития и/или жизни этого трансгенного животного. Это можно осуществить, например, используя тканеспецифичные, регулируемые развитием и/или клеткой и/или индуцибельные промоторы, направляющие экспрессию, например, антисмысловой РНК или рибозима, направленного против транскрипта РНК гена NBS1; см. также выше. Подходящей индуцибельной системой является,например, генная экспрессия, регулируемая тетрациклином, как описано, например, Gossen and Bujard(Proc. Natl. Acad. Sci. 89 USA (1992), 5547-5551 и Gossen et al. (Trends Biotech. 12 (1994), 58-62). Подобным образом экспрессию варианта гена NBS1 можно регулировать такими регуляторными элементами. При наличии вариантов полинуклеотидов NBS1, а также белков и векторов по изобретению теперь возможно исследовать in vivo и in vitro эффективность репарации повреждений ДНК в отношении конкретных мутаций в гене NBS1. Кроме того, варианты белков NBS1 можно использовать для определения фармакологического профиля противоопухолывых лекарств и для идентификации и получения дополнительных лекарств,которые могут быть более эффективными для лечения рака, в частности для ослабления некоторых фенотипов, вызванных соответствующими мутациями, такими, как описаны выше. Следующее воплощение изобретения относится к способу идентификации и получения модулятораNBS1, способного к модулированию активности молекулярного варианта гена NBS1 или его генного продукта, при котором: (а) приводят в контакт белок по п.8 или клетку, экспрессирующую молекулярный вариант гена NBS1, содержащий полинуклеотид по п.1 или 2, в присутствии компонентов, способных обеспечивать детектируемый сигнал в ответ на активность белка NBS1, с соединением, подлежащим-6 011608 скринингу, в условиях, дающих возможность проявления активности белка NBS1; и (б) определяют наличие или отсутствие сигнала или возрастание сигнала, генерируемого активностью белка NBS1, где наличие или возрастание сигнала является показателем предполагаемого модулятора. Термин соединение в способе по изобретению включает одно вещество или множество веществ,которые могут быть одинаковыми или разными. Указанное(ые) соединение(я) может быть синтезировано химическим путем или продуцироваться при ферментации микроорганизмов, а также может содержаться, например, в образцах, например в клеточных экстрактах, например, растений, животных или микроорганизмов. Кроме того, указанные соединения могут быть известны в данной области, но до сих пор неизвестны как полезные в качестве ингибитора, соответственно. Множество соединений можно, например, добавлять в культуральную среду или инъецировать им клетку или животного по изобретению, не представляющего собой человека. Если образец, содержащий (а) соединение(я), идентифицирован в способе по изобретению, тогда возможно либо выделить это соединение из исходного образца, идентифицированного как содержащий интересующее соединение, либо можно далее разделить исходный образец, например, если он состоит из множества разных соединений, так чтобы уменьшить число разных веществ на образец, и повторить этот способ с частями, полученными разделением исходного образца. Затем можно определить, проявляет ли указанный образец или соединение желаемые свойства, например, способами, описанными в данном документе или в литературе (Spector et al., Cells manual; см. выше). В зависимости от сложности образцов вышеуказанные стадии можно проводить несколько раз,предпочтительно до тех пор, пока образец, идентифицированный способом по изобретению, не будет содержать только ограниченное число веществ или только одно вещество. Предпочтительно указанный образец содержит вещества с подобными химическими и/или физическими свойствами, и наиболее предпочтительно указанные вещества идентичны. Способы по настоящему изобретению могут быть легко осуществлены и спланированы специалистом в данной области, например, с использованием других анализов на клеточной основе, описанных на уровне техники, или путем использования и модификации описанных в данном документе способов. Кроме того, специалист в данной области может легко понять, какие дополнительные соединения и/или ферменты можно использовать для осуществления способов по изобретению, например ферменты, если необходимо, которые превращают определенное соединение в его предшественник, который, в свою очередь, представляет собой субстрат для белка NBS1. Такая адаптация способа по изобретению входит в компетенцию специалиста в данной области и может быть осуществлена без излишнего экспериментирования. Соединения, которые можно использовать в соответствии с настоящим изобретением, включают пептиды, белки, нуклеиновые кислоты, антитела, небольшие органические соединения, лиганды, пептидомиметики, PNA и т.п. Способы получения химических производных и аналогов хорошо известны специалистам в данной области и описаны, например, в Beilstein, Handbook of Organic Chemistry, SpringerYork, USA. Кроме того, указанные производные и аналоги можно тестировать на их эффекты способами,известными в данной области, или как описано в данном документе. Кроме того, пептидомиметики и/или компьютерный дизайн производных и аналогов соответствующих лекарств можно использовать, например, в способах, описанных ниже. Такие аналоги включают молекулы, имеющие в своей основе структуры известных MDR-субстратов, и/или ингибиторов, и/или модуляторов, см. ниже. Соответствующие компьютерные программы можно использовать для идентификации интерактивных сайтов предполагаемого модулятора/ингибитора и белка NBS1 по изобретению с помощью компьютерных программ поиска комплементарных структурных мотивов (Fassina, Immunomethods 5 (1994), 114120). Дополнительные подходящие компьютерные системы для компьютерного дизайна белков и пептидов описаны в уровне техники, например, в Berry, Biochem. Soc. Trans. 22 (1994) 7 1033-1036; Wodak,Ann. N.Y. Acad. Sci. 501 (1987) 2 1-13; Pabo, Biochemistry 25 (1986), 5987. Результаты, полученные на основании вышеописанного компьютерного анализа, можно использовать в сочетании со способом по изобретению, например, для оптимизации известных модуляторов/ингибиторов. Подходящие пептидомиметики и другие ингибиторы могут быть также идентифицированы путем синтеза комбинаторных библиотек пептидомиметиков с помощью последовательной химической модификации и тестирования полученных в результате соединений, например, описанными здесь способами. Способы получения и применения комбинаторных библиотек пептидомиметиков описаны в уровне техники, например, вOstresh, Methods in Enzymology 267 (1996), 220-234, и Domer, Bioorg. Med. Chem. 4 (1996), 709. Кроме того, для дизайна пептидомиметических лекарств можно использовать трехмерную и/или кристаллографическую структуру ингибиторов и белка NBS1 по изобретению (Rose, Biochemistry 35 (1996), 1293312944; Rutenber, Bioorg. Med. Chem. 4 (1996), 1545-1558). В кратком изложении настоящего изобретения предложены способы идентификации и получения соединений, которые могут быть использованы для лечения/предупреждения рака. В следующем воплощении настоящее изобретение относится к способу идентификации и получения модулятора NBS1, способного к модулированию активности молекулярного варианта гена NBS1 или его генного продукта, при котором: (а) приводят в контакт белок по п.8 с первой молекулой, известной-7 011608 как связываемая белком NBS1, с образованием первого комплекса, содержащего указанный белок и указанную первую молекулу, (б) приводят в контакт указанный первый комплекс с соединением, подлежащим скринингу, и (в) измеряют, вытесняет ли указанное соединение указанную первую молекулу из указанного первого комплекса. Предпочтительно в данном способе указанная стадия измерения включает измерение образования второго комплекса указанного белка с указанным соединением-кандидатом в модуляторы. Предпочтительно указанная стадия измерения включает измерение количества указанной первой молекулы, которая не связалась с указанным белком. Кроме того, предпочтительно, чтобы в способе по изобретению указанная первая молекула была меченной, например, радиоактивной или флуоресцентной меткой. Еще в одном воплощении настоящее изобретение относится к способу диагностики повышенной наследственной предрасположенности к раку, при котором: (а) определяют присутствие полинуклеотида по изобретению в образце, взятом от субъекта, и/или (б) определяют присутствие варианта белка NBS1,например, с антителом по изобретению. В соответствии с данным воплощением настоящего изобретения способ тестирования состояния наследственной предрасположенности к раку можно осуществлять путем использования полинуклеотида или молекулы нуклеиновой кислоты по изобретению, например, в форме Саузерн- или Норзерн-блоттинга или анализа in situ. Указанную последовательность нуклеиновой кислоты можно гибридизовать с кодирующим районом любого из генов или с некодирующим районом, например с интроном. В случае,когда комплементарную последовательность используют в способе по изобретению, указанную молекулу нуклеиновой кислоты можно снова использовать в Норзерн-блоттингах. Кроме того, указанное тестирование можно проводить в связи с действительным блокированием, например, транскрипции гена, и, следовательно, ожидают, что оно обладает терапевтической релевантностью. Кроме того, праймер или олигонуклеотид можно также использовать для гибридизации с одним из вышеупомянутых генов NBS1 или соответствующих мРНК. Нуклеиновые кислоты, используемые для гибридизации, конечно, могут быть для удобства меченными путем включения или присоединения, например, радиоактивного или другого маркера. Такие маркеры хорошо известны в данной области. Мечение указанных молекул нуклеиновых кислот можно осуществить традиционными способами. Кроме того, мониторинг наличия или экспрессии вариантов генов NBS1 можно осуществлять с использованием пары праймеров, которые специфично гибридизуются с любой из соответствующих последовательностей нуклеиновой кислоты, и проводя реакции ПЦР по стандартным методикам. Специфичная гибридизация вышеупомянутых зондов или праймеров предпочтительно происходит в жестких условиях гибридизации. Термин жесткие условия гибридизации известен в данной области, см., например, Sambrook et al., "Molecular Cloning, A Laboratory Manual" second ed., CSH Press, Cold Spring Harbor,1989; "Nucleic Acid Hybridisation, A Practical Approach", Hames and Higgins eds., IRL Press, Oxford, 1985. Кроме того, мРНК, кРНК, кДНК или геномную ДНК, полученную от субъекта, можно секвенировать для идентификации мутаций, которые могут быть характеристическими фингерпринтами мутаций генаNBS1. Далее, настоящее изобретение включает способы, где такой фингерпринт можно создать с использованием полиморфизма длин рестрикционных фрагментов (RFLP) ДНК или РНК, полученной от субъекта, возможно, ДНК или РНК можно амплифицировать перед анализом хорошо известными в данной области способами. Получить фингерпринты РНК можно, например, путем ферментативного гидролиза образца РНК, полученного от субъекта, подходящим для РНК ферментом, например РНКазой Т 1, РНКазой Т 2 и т.п., или рибозимом и, например, электрофоретическими разделением и детекцией фрагментов РНК,как описано выше. Дальнейшие модификации вышеприведенного воплощения изобретения могут быть легко предприняты специалистом в данной области без излишнего экспериментирования на основании данного описания изобретения; см., например, примеры. Дополнительное воплощение настоящего изобретения относится к способу, в котором указанное определение осуществляют с использованием антитела по изобретению или его фрагмента. Антитело, используемое в способе по изобретению, может быть меченным детектируемыми метками, такими как гистидиновые флажки или молекулы биотина. В предпочтительном воплощении настоящего изобретения вышеописанные способы включают ПЦР, лигазную цепную реакцию, рестрикционный ферментативный гидролиз, прямое секвенирование,методики амплификации нуклеиновых кислот, микрочипы, методики гибридизации или иммунологические анализы (Sambrook et al., loc. cit. CSH cloning, Harlow and Lane loc. cit. CSH antibodies). В предпочтительном воплощении способа по настоящему изобретению указанный рак представляет собой рак простаты или инвазивный рак молочной железы долькового подтипа. Еще в одном воплощении вышеописанного способа следующая стадия включает введение субъекту лекарства, предназначенного для удаления или ослабления указанного рака. В предпочтительном воплощении способа по изобретению указанное лекарство представляет собой химиотерапевтический агент, таком как адриамицин, доксорубицин, паклитаксол (таксол) и другиеMDR-субстраты, Ambudkar SV. et al., Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 39 (1999) 9 361. В другом предпочтительном воплощении вышеописанных способов указанный способ дополнительно включает введение в-8 011608 клетки: (i) функционального и экспрессируемого гена NBS1 дикого типа или (ii) молекулы нуклеиновой кислоты или вектора по изобретению. В данном контексте, а также как используется по ходу всего описания изобретения, термин функциональный ген NBS1 означает ген, где кодируемый белок имеет часть или всю первичную структурную конформацию белка NBS1 дикого типа, то есть обладает биологическим свойством участия в нуклеазном комплексе hMRE11/hRAD50/NBS1 с правильной активностью. Данное воплощение настоящего изобретения подходит для терапии/предупреждения рака. Обнаружение экспрессии варианта гена NBS1 позволит сделать вывод, что указанная экспрессия взаимосвязана с предрасположенностью или с поддержанием соответствующего фенотипа рака. Соответственно, эта стадия будет использоваться для снижения уровня экспрессии до низких уровней или для прекращения экспрессии. Это можно сделать, например, путем, по меньшей мере, частичной элиминации экспрессии мутантного гена биологическими способами, например, используя ферменты, антисмысловые молекулы нуклеиновых кислот, внутриклеточные антитела или вышеописанные ингибиторы против вариантных форм этих белков NBS1. Кроме того, можно разработать фармацевтические продукты, которые снижают уровень экспрессии соответствующих мутантных белков и генов. В следующем воплощении изобретение относится к способу приготовления фармацевтической композиции, включающему стадии любого из вышеописанных способов и стадии синтеза и/или включения в препарат соединения, идентифицированного на стадии (б), или его производного или гомолога в фармацевтически приемлемой форме. Терапевтически полезные соединения, идентифицированные согласно способу по изобретению, можно включать в препарат и вводить пациенту, как обсуждается выше. Применения и терапевтические дозировки, определенные специалистом в данной области как пригодные, см. ниже. Далее, настоящее изобретение относится к способу приготовления фармацевтической композиции,включающему стадии любого из вышеописанных способов и стадии включения в препарат лекарства или пролекарства в форме, пригодной для терапевтического применения и предупреждения или ослабления расстройства у субъекта, которому проводили диагностику способом по изобретению. Лекарства или пролекарства после их введения in vivo претерпевают превращение в ходе процессов обмена веществ с целью удаления либо путем выделения, либо путем превращения в один или более активных или неактивных метаболитов (Meyer, J. Pharmacokinet. Biopharm. 24 (1996), 449-459). Следовательно, вместо самого соединения или ингибитора, идентифицированного и полученного способами по настоящему изобретению, скорее, следует использовать соответствующий препарат в виде пролекарства,которое превращается в его активную форму в организме пациента. Меры предосторожности, которые могут быть приняты для применения пролекарств и лекарств, описаны в литературе; см. обзор в Ozama,J. Toxicol. Sci. 21 (1996), 323-329. В предпочтительном воплощении способа по настоящему изобретению указанное лекарство или пролекарство представляет собой производное лекарства, как определено выше. Еще в одном воплощении настоящее изобретение относится к ингибитору, идентифицированному или полученному способом, описанным выше. Предпочтительно этот ингибитор специфично связывается с вариантом белка NBS1 по изобретению. Антитела, молекулы нуклеиновых кислот и ингибиторы по настоящему изобретению предпочтительно обладают специфичностью, по меньшей мере, по существу,идентичной специфичности связывания природного лиганда или партнера связывания белка NBS1 по изобретению. Антитело или ингибитор может обладать связывающим сродством к белку NBS1 по изобретению по меньшей мере 105 М-1, предпочтительно выше чем 107 М-1 и наиболее предпочтительно вплоть до 1010 М-1 в случае, когда активность NBS1 должна быть подавлена. Следовательно, в предпочтительном воплощении супрессорное антитело или ингибитор по изобретению обладает сродством по меньшей мере примерно 10-7 М, предпочтительно по меньшей мере примерно 10-9 М и наиболее предпочтительно по меньшей мере примерно 10-11 М. Кроме того, настоящее изобретение относится к применению олиго- или полинуклеотида для обнаружения полинуклеотида по изобретению и/или для генотипирования соответствующих индивидуальных аллелей NBS1. Предпочтительно указанный олиго- или полинуклеотид представляет собой полинуклеотид или молекулу нуклеиновой кислоты по изобретению, описанную выше. В конкретном предпочтительном воплощении длина указанного олигонуклеотида составляет примерно от 10 до 100, более предпочтительно от 15 до 50 нуклеотидов, и он содержит нуклеотидную последовательность, входящую в одну из SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5-12 или последовательность, комплементарную любой из них. Следовательно, еще в одном следующем воплощении настоящее изобретение относится к праймеру или зонду, состоящему из олигонуклеотида, как он определен выше. В данном контексте термин состоящий из означает, что нуклеотидная последовательность, описанная выше и используемая для праймера или зонда по изобретению, не имеет каких-либо дополнительных нуклеотидных последовательностей гена NBS1, непосредственно прилежащих к ее 5' или 3' концу. Однако другие группировки, такие как метки, например молекулы биотина, гистидиновые флажки, фрагменты антител, коллоидное золото и т.д., а также нуклеотидные последовательности, которые не соответствуют гену NBS1, могут присутствовать в праймере и зондах по изобретению. Кроме того, также возможно использовать конкретные-9 011608 вышеописанные нуклеотидные последовательности и комбинировать их с другими нуклеотидными последовательностями, полученными из гена NBS1, где эти дополнительные нуклеотидные последовательности распределены между группировками, отличными от нуклеиновых кислот, или где нуклеиновая кислота не соответствует нуклеотидным последовательностям гена NBS1. Кроме того, настоящее изобретение относится к применению антитела или вещества, способного к специфичному связыванию с генным продуктом гена NBS1, для обнаружения варианта белка NBS1 по изобретению, экспрессии молекулярного варианта гена NBS1, содержащего полинуклеотид по изобретению, и/или для различия аллелей NBS1, содержащих полинуклеотид по изобретению. Также настоящее изобретение относится к композиции, предпочтительно фармацевтической композиции, содержащей антитело, молекулу нуклеиновой кислоты, вектор или ингибитор по настоящему изобретению и, возможно, фармацевтически приемлемый носитель. Эти фармацевтические композиции,содержащие, например, ингибитор или его фармацевтически приемлемые соли, можно удобно вводить любым из путей, общепринято используемых для введения лекарства, например перорально, местно,парентерально или путем ингаляции. Приемлемые соли включают ацетат, метиловый эфир, гидрохлорид,сульфат, хлорид и т.п. Соединения можно вводить в традиционных лекарственных формах, изготовленных путем объединения лекарств со стандартными фармацевтическими носителями согласно традиционным методикам. Эти методики могут включать смешивание, гранулирование и прессование или растворение ингредиентов, как пригодно, с получением желаемого препарата. Должно быть понятно, что форма и характер фармацевтически приемлемого носителя или разбавителя продиктованы количеством активного ингредиента, с которым его объединяют, а также с введением и другими хорошо известными переменными. Носитель(и) должен(ны) быть приемлемым(и) в смысле совместимости с другими ингредиентами препарата и безвредности для реципиента. Применяемый фармацевтический носитель может быть, например, твердым либо жидким. Примерами твердых носителей являются лактоза, магнезия,сахароза, тальк, желатин, агар, пектин, аравийская камедь, стеарат магния, стеариновая кислота и т.п. Примерами жидких носителей являются забуференный фосфатом физиологический раствор, сироп, масло, такое как арахисовое масло и оливковое масло, вода, эмульсии, различные типы увлажняющих агентов, стерильные растворы и т.п. Подобным образом, носитель или разбавитель может включать материал, замедляющий высвобождение, хорошо известный в данной области, например глицерилмоностеарат или глицерилдистеарат, один или в комбинации с воском. Режим дозирования лекарства будет определяться лечащим врачом и другими клиническими факторами, предпочтительно в соответствии с любым из вышеописанных способов. Как хорошо известно в медицине, дозировки для любого пациента зависят от многих факторов, включая размер пациента, площадь поверхности тела, возраст, конкретное соединение, которое нужно вводить, пол, время и путь введения, общее состояние здоровья и другие лекарства, которые вводят одновременно. Мониторинг прогресса проводят путем периодического обследования. Кроме того, применение фармацевтических композиций, содержащих антисмысловые олигонуклеотиды, специфично гибридизующиеся с РНК, которые кодируются мутированными вариантами генаNBS1 по изобретению, содержащих антитела, специфично распознающие мутированный белок NBS1, но не распознающие или, по существу, не распознающие функциональную форму дикого типа, возможно в случаях, в которых концентрация мутированной формы в клетках должна быть снижена. Кроме того, настоящее изобретение относится к диагностической композиции или к набору, содержащему любой из вышеупомянутых полинуклеотидов, векторов, клеток-хозяев, вариантов белков NBS1,антител, ингибиторов, молекул нуклеиновых кислот или соответствующих векторов по изобретению и,возможно, подходящие средства для обнаружения. Набор по изобретению может содержать дополнительные ингредиенты, такие как селективные маркеры и компоненты для селективных сред, пригодные для получения трансгенных клеток и животных. Набор по изобретению предпочтительно можно использовать для осуществления способа по изобретению, а также можно, среди прочего, использовать его для различного применения, например в области диагностики или в качестве исследовательского инструмента. Части набора по изобретению могут быть упакованы индивидуально во флаконах или в комбинации в контейнерах или устройствах из множества контейнеров. Производство этого набора предпочтительно осуществляют по стандартным методикам,которые известны специалистам в данной области. Набор или диагностические композиции можно использовать в способах обнаружения экспрессии мутантной формы гена NBS1 и в любом из вышеописанных способов по изобретению, применяя, например, методики иммунологического анализа, такие как радиоиммунологический анализ или ферментативный иммунологический анализ, либо, предпочтительно, гибридизацию нуклеиновых кислот и/или методики амплификации, такие, как описаны выше и в примерах, либо методики на основе микрочипов. Некоторые генетические изменения приводят к измененному конформационному состоянию белка. Восстановление нормальной или регулируемой конформации мутированных белков представляет собой наиболее изящный и специфичный путь исправления этих молекулярных дефектов, хотя он и труден. Фармакологические манипуляции, таким образом, могут иметь целью восстановление конформации белка дикого типа. Таким образом, полинуклеотиды и кодируемые белки по настоящему изобретению мож- 10011608 но также использовать для дизайна и/или идентификации молекул, которые способны активировать функцию дикого типа гена или белка NBS1. В другом воплощении настоящее изобретение относится к применению лекарства или пролекарства для изготовления фармацевтической композиции для лечения или предупреждения расстройства, диагностированного способом, описанным выше. Кроме того, настоящее изобретение относится к применению эффективной дозы последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей функциональный и экспрессируемый белок NBS1 дикого типа,для приготовления фармацевтической композиции для лечения, предупреждения и/или замедления расстройства, диагностированного способом по изобретению. Ген, кодирующий функциональный и экспрессируемый белок NBS1, можно вводить в клетки, которые, в свою очередь, продуцируют интересующий белок. Генотерапия, которая основана на введении терапевтических генов в клетки с помощьюex-vivo или in-vivo методик, является одним из наиболее важных применений переноса генов. Векторы и способы, пригодные для in-vitro или in-vivo генотерапии, описаны в литературе и известны специалистам в данной области; см., например, Giordano, Nature Medicine 2 (1996), 534-539; Schaper, Circ. Res. (1996),911-919; Anderson, Science 256 (1992), 808-813; Isner. Lancet 348 (1996), 370-374; Muhlhauser, Circ. Res. 77Opinion in Biotechnology 7 (1996) 3 635-640, a также источники, приводимые в настоящем документе. Ген может быть предназначен для прямого введения или введения посредством липосом или вирусных векторов (например, аденовирусных, ретровирусных) в клетку. Предпочтительно указанная клетка представляет собой зародышевую клетку, эмбриональную клетку или яйцеклетку или ее производное, наиболее предпочтительно указанная клетка представляет собой стволовую клетку. Как понятно из вышеописанного, предпочтительно, чтобы при применении согласно изобретению последовательность нуклеиновой кислоты была функциональным образом сцеплена с регуляторными элементами, дающими возможность экспрессии и/или направления белка NBS1 к конкретным клеткам. Подходящие системы доставки генов, которые можно использовать в соответствии с изобретением, могут включать липосомы, рецептор-опосредованные системы доставки, голую ДНК и вирусные векторы,такие как, среди прочего, вирусы герпеса, ретровирусы, аденовирусы и аденоассоциированные вирусы. Для генотерапии доставку нуклеиновых кислот в конкретный сайт в организме можно также осуществлять с использованием биолистической системы доставки, такой как описана Williams (Proc. Natl. Acad.Sci. USA 88 (1991), 2726-2729). Стандартные способы трансфекции клеток рекомбинантными ДНК хорошо известны специалистам в области молекулярной биологии, например они описаны в WO 94/29469,см. также выше. Генотерапию можно осуществлять путем непосредственного введения молекулы рекомбинантной ДНК или вектора по изобретению пациенту или путем трансфекции клеток полинуклеотидом или вектором по изобретению ex vivo и инфузии этих трансфицированных клеток пациенту. В предпочтительном воплощении применения и способов согласно изобретению расстройство представляет собой рак, как упомянуто выше. Другие пути применения полиморфизмов, описанных в связи с настоящим изобретением, а также средств и способов, которые можно использовать в соответствии с вышеописанными воплощениями,можно найти в уровне техники, например они раскрыты в US-A-5856104, где средства и способы, применяемые в судебной медицине, для тестирования отцовства, корреляции полиморфизмов с фенотипическими признаками, генетического картирования фенотипических признаков и т.д. можно в равной степени воплощать в соответствии с настоящим изобретением. Кроме того, в настоящем изобретении предложен способ обнаружения предрасположенности к раку простаты у субъекта, включающий обнаружение в биологическом образце от субъекта изменения в последовательности гена NBS1, где это изменение является показателем предрасположенности к раку простаты. Субъект может представлять собой человека, например, славянского происхождения. Кроме того, в настоящем изобретении предложен способ обнаружения предрасположенности к раку молочной железы у субъекта, включающий обнаружение в биологическом образце от субъекта изменения в последовательности гена NBS1, где это изменение является показателем предрасположенности к раку молочной железы. В некоторых воплощениях изобретения рак молочной железы представляет собой инвазивный рак молочной железы долькового подтипа. Субъект может представлять собой человека,например, славянского происхождения. В некоторых воплощениях изобретения изменение представляет собой наследуемое изменение, например 657del5. Это изменение может присутствовать в последовательности одного аллеля гена NBS1,либо это изменение может присутствовать в последовательности двух аллелей гена NBS1. Изменение может представлять собой мутацию в гене NBS1, например мутацию, вызванную инсерцией в гене, делецией гена или заменой нуклеотида(ов) в гене. В некоторых воплощениях изменение в гене влияет на продуцирование белка, кодируемого геном NBS1, например ингибирует его. Результатом этого изменения может быть продуцирование отличающегося, например укороченного, белка по сравнению с белком,который должен продуцироваться геном NBS1. Такой белок может не обладать функциональными способностями, которыми обладает белок, кодируемый геном NBS1. В некоторых воплощениях изменение может быть обнаружено с помощью ПЦР с аллель-специфич- 11011608 ными олигонуклеотидами (ASO, allele-specific oligonucleotide), анализов на обнаружение полиморфизма однонитевой конформации (SSCP, single-stranded conformation polymorphism), прямого секвенирования,микрочипов, прямого секвенирования, аллель-специфичной амплификации (ASA, allele-specific amplification) или RFLP-ПЦР. Предрасположенность может представлять собой наследуемую предрасположенность. В некоторых воплощениях биологический образец может представлять собой образец ткани, такой как кровь, и биологический образец может включать лейкоциты. В некоторых воплощениях изобретения рак молочной железы представляет собой инвазивный рак молочной железы долькового подтипа. Далее, настоящим изобретением предложен диагностический набор для идентификации предрасположенности к раку молочной железы или к раку простаты у субъекта, включающий упаковочный материал и по меньшей мере два разных полинуклеотида, способных амплифицировать, по меньшей мере,район гена NBS1. В некоторых воплощениях изобретения амплифицированный район включает мутацию 657del5. В некоторых воплощениях изобретения набор может содержать полинуклеотиды Nbsex6f,Nbsex6r и Nbsdel5. Набор может также содержать инструкции, например инструкции по использованию набора для идентификации предрасположенности к раку молочной железы или к раку простаты у субъекта. Способы и наборы, предложенные здесь, полезны для обнаружения предрасположенности к раку,таким как рак простаты и дольковый инвазивный рак молочной железы, и они могут быть также полезны для диагностики рака, таких как рак простаты и молочной железы на самых ранних клинических стадиях. Изменение в гене NBS1, например изменение 657del5, может быть обнаружено с помощью любого анализа, доступного специалисту в данной области, который способен осуществить обнаружение изменения, например, с помощью анализа элонгации нуклеотидов, анализов последовательности, гибридизационных анализов и/или амплификационных анализов. Изменение можно обнаружить путем проведения анализов на любой форме ДНК или РНК, полученной от субъекта. Например, специалист в данной области может идентифицировать изменение, используя ПЦР с аллель-специфичными олигонуклеотидами,анализы на обнаружение полиморфизма однонитевой конформации (SSCP, single-stranded conformationpolymorphism), прямое секвенирование, аллель-специфичную амплификацию, аллель-специфичную гибридизацию и/или полиморфизм длин рестрикционных фрагментов после ПЦР амплификации (RFLPПЦР). Гибридизацию можно проводить в разных условиях, выбранных специалистом в данной области. Некоторые примеры описаны здесь ниже. Жесткие условия гибридизации и жесткие условия гибридизационной отмывки в контексте экспериментов по гибридизации полинуклеотида, таких как Саузерн- и Норзерн-блот-гибридизации, зависят от последовательности и различаются различными параметрами окружающей среды. Более длинные последовательности специфично гибридизуются при более высоких температурах. Tm означает температуру (при определенной ионной силе и рН), при которой 50% последовательности-мишени гибридизуется с высоко соответствующим зондом. Специфичность типично является функцией отмывок после гибридизации, причем критическими факторами являются ионная сила и температура конечного отмывочного раствора. Для ДНК-ДНК гибридов Tm можно аппроксимировать на основании уравненияMeinkoth и Wahl, Anal. Biochem., 138: 267 (1984); Tm 81,5 С+16,6 (log M)+0,41 (% GC) 0,61 (% form) 500/L; где M - молярность одновалентных катионов, % GC - процент нуклеотидов гуанозина и цитозина в ДНК, % form - процент формамида в гибридизационном растворе и L - длина гибрида в парах оснований. Tm снижют примерно на 1 С на каждый 1% неспаривания; таким образом, Tm, условия гибридизации и/или отмывки можно отрегулировать для гибридизации последовательностей желаемой идентичности. Например, если предполагают последовательности с идентичностью 90%, Tm может быть снижена на 10 С. Как правило, жесткие условия выбирают как температуру примерно на 5 С ниже точки плавления (Tm) для конкретной последовательности и ее комплемента при определенной ионной силе и рН. Однако при очень жестких условиях можно проводить гибридизацию и/или отмывку при температуре на 1, 2, 3 или 4 С ниже точки плавления (Tm); при умеренно жестких условиях можно проводить гибридизацию и/или отмывку при температуре на 6, 7, 8, 9 или 10 С ниже точки плавления (Tm); при условиях слабой жесткости можно осуществлять гибридизацию и/или отмывку при температуре на 11, 12, 13, 14,15 или 20 С ниже точки плавления (Tm). При использовании вышеприведенного уравнения, составов для гибридизации и отмывки и желаемой Т обычный специалист в данной области будет понимать, что вариации жесткости гибридизации и/или отмывочных растворов, естественно, описаны в литературе. Если желаемая степень неспаривания приводит в результате к Т менее 45 С (водный раствор) или 32 С (формамидный раствор), предпочтительно увеличить концентрацию SSC так, чтобы использовать более высокую температуру. Обширное руководство по гибридизации полинуклеотидов можно найти в Tijssen,Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology Hybridization with Nucleic Acid Probes, part Ichapter 2 "Overview of principles of hybridization and the strategy of polynucleotide probe assays", Elsevier,New York (1993). Как правило, жесткие условия выбирают так, чтобы температура была примерно на 5 С ниже точки плавления (Tm) для данной последовательности при заданной ионной силе и рН. Примером условий отмывки высокой жесткости является 0,15 М NaCl при 72 С в течение примерно 15 мин. Примером жестких условий отмывки является отмывка 0,2 Х SSC при 65 С в течение 15 мин (см. описание буфера SSC в Molecular Cloning: A Laboratory Manual; Sambrook et al., 3rd Ed., Cold Spring HarborLaboratory Press, (2001. Часто отмывке высокой жесткости предшествует отмывка низкой жесткости- 12011608 для удаления фонового сигнала зонда. Примером отмывки средней жесткости для дуплекса, например,более чем 100 нуклеотидов является IX SSC при 45 С в течение 15 мин. Примером отмывки слабой жесткости для дуплекса, например, более чем 100 нуклеотидов является 4-6 Х SSC при 40 С в течение 15 мин. Для коротких зондов (например, от примерно 10 до 50 нуклеотидов) жесткие условия типично включают концентрации соли менее чем примерно 1,5 М, более предпочтительно от примерно 0,01 до 1,0 М, концентрация иона натрия (или других солей) при рН от 7,0 до 8,3, а температура типично составляет по меньшей мере 30 С и по меньшей мере примерно 60 С для длинных зондов (например, 50 нуклеотидов). Жесткие условия могут быть также достигнуты добавлением дестабилизирующих агентов, таких как формамид. Как правило, отношение сигнала к шумовому фону 2 Х (или выше) сигнала, который наблюдается для несоответствующего зонда в конкретном гибридизационном анализе, показывает обнаружение специфичной гибридизации. Полинуклеотиды, которые не гибридизуются друг с другом в жестких условиях, все же являются, по существу, идентичными, когда белки, которые они кодируют, являются, по существу, идентичными. Это происходит, например, когда копия полинуклеотида создана с максимальной вырожденностью кодонов, допускаемой генетическим кодом. Очень жесткие условия гибридизации выбирают как равные Tm для конкретного зонда. Примером жестких условий гибридизации комплементарных нуклеиновых кислот, которые имеет более чем 100 комплементарных остатков, на фильтре в Саузерн- или Норзерн-блоттинге является 50% формамид, например, гибридизацию проводят в 50% формамиде, 1 М NaCl, 1% ДСН при 37 С и отмывку проводят в 0,1 Х SSC при температуре от 60 до 65 С. Примерные условия слабой жесткости включают гибридизацию с буферным раствором от 30 до 35% формамида, 1 М NaCl, 1% ДСН (додецилсульфат натрия) при 37 С и отмывку - в 1 Х-2 Х SSC (20 Х SSC=3,0 М NaCl/0,3 М тринатрия цитрат) при температуре от 50 до 55 С. Примерные условия умеренной жесткости включают гибридизацию в 40-45% формамиде, 1,0 МNaCl, 1% ДСН при 37 С и отмывку в 0,5 Х-1 Х SSC при температуре от 55 до 60 С. Здесь описаны некоторые полинуклеотиды, которые полезны для обнаружения изменений, и специалист в данной области сможет сконструировать другие полинуклеотиды, которые будут полезны при обнаружении изменения. Таким образом, в настоящем изобретении также предложены полинуклеотиды,содержащие любую из SEQ ID NO: 6-12, состоящие, по существу, из этих последовательностей или состоящие из этих последовательностей. Опухоли у человека часто связаны с геномной нестабильностью, и биохимический путь передачи сигнала о повреждении ДНК играет критическую роль в поддержании целостности генома в ответ на факторы, повреждающие ДНК. Этот биохимический путь может играть важную роль в патогенезе рака простаты. Передача сигнала о повреждении ДНК прерывается мутациями, вызывающими синдромы разрыва хромосом у человека, такие как Ниймегенский синдром (NBS), синдром Блума, анемия Фанкони и атаксия-телеангиэктазия (AT), которые характеризуются спонтанной хромосомной нестабильностью,иммунодефицитом и предрасположенностью к раку (Digweed, 1993; и Futaki et al., 2001). Ген Ниймегенского синдрома NBS1 картирован на хромосоме 8q21 и клонирован (см. Varon et al., 1998; патент США 6458534; и Genbank, регистрационный номер АВ 013139). Продукт гена NBS1, нибрин (также называемый р 95), представляет собой интегральный компонент нуклеазного комплексаhMRE11/hRAD50/NBS1, который является частью BRCA1-ассоциированного комплекса контроля генома (BASC), ответственного за репарацию повреждений ДНК (Futaki et al., 2001). Укорачивающая делеция 5 п.о. в экзоне 6 гена NBS1 была обнаружена у подавляющего большинства пациентов с NBS. Большинство пациентов с NBS, о которых сообщали, - славянского происхождения и несут мутацию-основатель 657del5. Эта мутация присутствует с неожиданно высокой частотой встречаемости в Польше, Украине и Чешской Республике (Varon et al., 2000). Роль гена NBS1 в развитии рака простаты и долькового инвазивного рака молочной железы еще не исследована. Как описано в данном документе, оказалось, что NBS1 действует как классический ген опухолевого супрессора, поскольку биаллельную инактивацию NBS1 наблюдают при большинстве опухолей. Однако не исключена некоторая степень гаплоидной недостаточности и возможного доминантно-негативного эффекта мутаций NBS1, поскольку не установлено, что гетерозиготные по NBS1 клетки обладают нарушенной способностью к репарации ДНК. Предсказано, что аллель-основатель NBS1 приводит в результате к укороченному белку из 219-754 аминокислот (р 26). В р 26 отсутствует критический домен, необходимый для взаимодействия MRE11. Неизвестно, обладает ли этот мутантный белок какой-либо остаточной активностью или проявляет доминантно-негативный эффект. Однако аллель 657del5 также создает аберрантный сайт инициации трансляции, который создает частично функциональный вариант белкаNBS1 (р 70). Белок р 70 содержит связывающий MRE11 домен, но не обеспечивает полную функцию внутри комплекса MRE11. В свете этого представляется возможным, что р 70 может производить доминантно-негативный эффект. Кроме того, настоящее изобретение относится к использованию наследуемого изменения в последовательности гена NBS1 для идентификации наследственной предрасположенности к раку простаты или инвазивному раку молочной железы долькового подтипа у человека. Предпочтительно указанное наследуемое изменение представляет собой мутацию 657del5, а исследуемый субъект человек представляет собой лицо славянского происхождения. Наличие этого наследуемого изменения может быть обна- 13011608 ружено по меньшей мере одним способом, выбранным из ASO ПЦР, SSCP, микрочипов, прямого секвенирования, ASA, RFLP ПЦР. Кроме того, настоящее изобретение относится к диагностическому набору для идентификации наследственной предрасположенности к раку простаты или инвазивному раку молочной железы долькового подтипа способом, основанным на ПЦР, который включает по меньшей мере два различных олигонуклеотида, дающих возможность амплификации района, включающего наследуемое изменение в последовательности гена NBS1, где возможно этот амплифицируемый район включает мутацию 657del5. Предпочтительно указанный набор содержит праймеры Nbsex6f, Nbsex6r и Nbsdel5. Настоящее изобретение также относится к протоколу для раннего обнаружения рака молочной железы, отличному от регулярных стандартов на основании встречаемости наследуемой мутации NBS1. Эти и другие воплощения описаны или очевидны из описания и примеров изобретения и охвачены ими. Дополнительную литературу, касающуюся любого из способов, применений и соединений для использования в соответствии с настоящим изобретением, можно найти в публичных библиотеках, используя, например, электронные устройства и базы данных, доступные в Интернете. Фармацевтические и диагностические композиции, пути применения, способы по изобретению можно использовать для диагностики и лечения всех видов заболеваний, до сих пор неизвестных, относящихся к вариантам генов NBS1 или зависимых от них. Композиции, способы и применения настоящего изобретения можно и желательно применять для людей, хотя лечение животных также охвачено способами и применениями, описанными здесь. Краткое описание фигур На фиг. 1 изображен LOH анализ полученных путем микрургии срезов тканей PC от пробанда семьи 8 (дорожки 1-5) и пробанда семьи 9 (дорожки 1b-5b) с использованием маркеров, фланкирующих генNBS1 (дорожки 1-3 и 1b-3b), и с использованием экзон-специфичной ПЦР (дорожки 4-5, 4b-5b). Потеря аллеля дикого типа в раковой ткани показана стрелками. Точки указывают на аллель с мутацией-основателем NBS1. На фиг. 2 изображено потомство семей с мутацией NBS1. Сегрегация мутации NBS1 с раком простаты показана в семьях 8, 9, 11, 12. Возраст индивидуума показан с правой стороны каждого случая рака. Точкав нижнем правом углу показывает, что анализировали образец крови. Плюс (+) в верхнем правом углу символа указывает на наличие мутации-основателя NBS1, а минус (-) указывает на родственников, отрицательных по этой мутации. Стрелками указаны пробанды. Полностью черные символы означают пациентов с раком, патологические результаты которых доступны; на 3/4 черные символы указывают на пациентов с раком, для которых гистопатология была недоступна. Тип рака указан под каждым символом. Дополнительная семья А, диагностированная в Центре раковой наследственности в Щецине, не принадлежит к группам наследственных случаев PC. На фиг. 3 изображен фрагмент геномной последовательности гена NBS1, включающий экзон 6. Последовательность экзона 6 показана жирным шрифтом, а мутация 657del5 показана курсивом (см. такжеGenbank, регистрационный номер АВ 013139; Matsura et al., 1998). Далее изобретение будет описано биологическими примерами, которые являются исключительно иллюстративными и не предназначены для ограничения объема настоящего изобретения. Пример 1. Установление корреляции между наследуемым изменением в последовательности генаNBS1 и наследственной предрасположенностью к раку простаты или раку молочной железы на примере анализа мутации-основателя 657del5 в гене NBS1. Связь между 657del5 и раком простаты Пациенты. Пациентов с подозрением на рак простаты госпитализируют в Клинику урологии в Щецине. Критериями подозрения на рак простаты являются повышенный уровень PSA - выше 4,0 нг/мл, или обнаружение аномалий в исследовании в лежачем положении. Рак простаты диагностируют в клинике на основании биопсии DRECUT при УЗИ-контроле, проводимом в подозрительных случаях. Ткани биопсии, окрашенные с использованием стандартных методик, оценивали патологи на Кафедре генетики и патологии в Щецине. Окончательный диагноз был подтвержден одним патологом - профессором Яном Лубински (Jan Lubinski). Все 359 мужчин, у которых диагностирован рак простаты в Университетской больнице в Щецине,Польша, между 1999 и 2002, были приглашены для участия в данном исследовании. Из них 340 (95%) дали согласие на участие. Всех пациентов рекрутировали для участия в исследовании в течение 6 месяцев от даты диагноза. Семейные истории случаев рака получали от каждого субъекта. 35 пациентов(10,3%) имели одного или более родственников первой или второй степени родства с раком простаты(семейные случаи). Авторы изобретения также включили вторую группу из 21 семейного случая рака простаты от мужчин, которые были отправлены на исследование в Центр раковой наследственности семейными врачами или урологами в связи с объединением семейных случаев раков простаты. Всего было 56 семейных случаев и 305 несемейных случаев. Случайно отобранные семейные случаи содержали, в среднем, 2,1 случай рака простаты (средний возраст возникновения 67,3 лет), и семейные случаи, отобранные Наследственным Раковым Центром, содержали 2,6 случаев рака простаты (средний возраст возникновения 63,3 года). Число непораженных контролей составляло 1500. 1 тыс. контролей была отобрана- 14011608 случайным образом из компьютерного списка пациентов трех семейных практик в Щецине (508 женщин и 492 мужчины; возрастной интервал от 26 до 89 лет). Дополнительно включили вторую контрольную группу из 500 не отобранных новорожденных из Щецина, для которых были доступны образцы крови из пупочной нити. На фиг. 2 изображено потомство семей с мутацией NBS1. Связь между 657del5 и раком молочной железы долькового подтипа Пациенты. Исследуемая группа включала 2012 женщин с раком молочной железы, отобранных без учета природы рака. Случаи рака молочной железы рекрутировали из 8 больниц со всей Польши (табл. 1). Пациенты несколько раз подтверждались патологическими отделениями лечебных учреждений. Включали только первичный инвазивный рак молочной железы (случаи DCIS и LCIS исключали). Пациентов собирали в период с 2002 по 2003 гг. 2 тыс. контролей из общей популяции использовали для исследования связи между аллелем-основателем NBS1 (1000 не отобранных взрослых из Щецина и 1000 новорожденных детей в 2003 г. из шести больниц со всей Польши (Щецин, Белосток, Горзов, Катовице и Вроцлав). Целью контрольной группы была оценка частоты NBS1 657del5 в общей популяции. Таблица 1 Частота мутантного аллеля-основателя NBS1 среди пациентов с раком молочной железы в восьми районах Польши Пример 2. Обнаружение мутации 657del5 в гене NBS1. Авторы изобретения использовали ASO-ПЦР и секвенирование для обнаружения мутации-основателя NBS1 в ДНК, выделенной из лейкоцитов периферической крови. Получали 5 мл периферической крови и смешивали со 100 мкл 1 М ЭДТА, затем центрифугировали в 50 мл полипропиленовых пробирках в течение 10 мин при 3000 g при 4 С. Сыворотку в верхней фазе удаляли и осадок, содержащий клетки, смешивали с 45 мл буфера 2 Х (0,1 М NH4Cl, 0,25 М КНСО 3, 1 мМ ЭДТА) и оставляли на 15 мин при 4 С. Затем смесь центрифугировали при 3000 g в течение 10 мин при 4 С. Супернатант удаляли после центрифугирования. Оставшийся осадок с лейкоцитами суспендировали в 2 Х буфере и центрифугировали в течение 10 мин при 3000 g при 4 С. Эту очистку лейкоцитов в 2 Х буфере и центрифугирование повторяли 3 раза до получения чистого осадка лейкоцитов. Эти лейкоциты смешивали с 3 мл буфера для перевара (50 мМ NaCl, 25 мМ MgCl2, 1 мМ ЭДТА; рН 8,0) с 200 мкл 10% ДСН и 500 мкг протеиназы K. Перевар проводили в течение 24 ч при 37 С. ДНК очищали, используя фенол/хлороформ. Кратко, продукты перевара смешивали с 3 мл фенола,забуференного 0,5 М Трис HCl (рН 8,4), а затем с 3 мл смеси хлороформа и изоамилового спирта (в соотношении 1:25 об./об.). Смесь встряхивали в течение примерно 1 мин и центрифугировали в течение 10 мин при 8000 g при 20 С. После центрифугирования верхнюю фазу переносили в новую пробирку и смешивали с равным объемом хлороформа, а затем центрифугировали в течение 10 мин при 8000 g. Вышеописанную очистку хлороформом повторяли 3 раза до исчезновения белкового кольца в интерфазе. Очищенную водную фазу, содержащую ДНК, смешивали с 5 М NaCl в соотношении 10:1 (об./об.) и 96% этанолом в отношении водной фазы с NaCl к этанолу 1:10 (об./об.). Смесь оставляли на ночь при 20 С. Полученный в результате осадок ДНК помещали в новую пробирку и очищали 70% этанолом, центрифугировали при 3000 g в течение 5 мин и этанол сливали. Затем очищенный осадок ДНК сушили в открытой пробирке в течение 30 мин при 37 С. ДНК, ресуспендированную в 400 мкл ТЭ буфера (25 мМ Трис HCl, 1 мМ ЭДТА; рН 8,4), хранили при 4 С до использования. Аллель-специфичная ПЦР (ASO-ПЦР) Реакцию ASO-ПЦР проводили в аппарате DNA ThermalCycler 9600 (Perkin Elmer) в объеме 25 мкл,включающем 1 мкл (50 нг) геномной ДНК, 4 пмоль праймера Nbsex6f, 6 пмоль праймера Nbsex6r, 10 пмоль праймера Nbsdel5, 2,5 мкл ПЦР буфера (100 мМ Трис-HCl, 500 мМ KCl, 15 мМ MgCl2, 1 мг/мл желатина; рН 8,6), 200 мкМ каждого dATP, dCTP, dGTP и dTTP и 1 ед. Taq ДНК полимеразы. В каждой реакции использовали 2 положительных контроля (контроли с ДНК от гетерозиготы NBS1 и гомозиготы NBS1) и 2 отрицательных контроля (контрольная ДНК от пациента, отрицательного по мутации NBS1, и контроль без ДНК). Условия ASO-ПЦР: а) исходная денатурация - 95 С, 5 мин;- 15011608 б) 11 циклов, каждый из денатурации - 94 С, 30 с,отжига праймеров - от 62 до 56 С, 30 с,элонгации праймеров - 72 С, 30 с; в) 30 циклов, каждый из денатурации - 94 С, 30 с,отжига праймеров - 56 С, 30 с,элонгации праймеров - 72 С, 30 с. В течение первых 11 циклов температуру отжига праймеров снижали на 0,6 С в каждом цикле, начиная с 62 С в первом цикле и заканчивая 56 С в одиннадцатом цикле (подробно: 1-й цикл - 62 С, 2-й цикл - 61,4 С, 3-й цикл - 60,8 С, 4-й цикл - 60,2 С, 5-й цикл - 59,6 С, 6-й цикл - 59 С, 7-й цикл - 58,4 С,8-й цикл - 57,8 С, 9-й цикл - 57,2 С, 10-й цикл - 56,6 С, 11-й цикл - 56 С). Последовательность праймеров, использованных в ASO-ПЦР:Nbsdel5, 5' GGACGGCAGGAAAGAAATCTT (специфичный праймер для 657del5) (SEQ ID NO: 8) 5 мкл продуктов ПЦР смешивали с 10 мкл буфера загрузки и подвергали электрофорезу в агарозном геле (1,5% агарозный гель (SeaKem FMC), 1X буфер ТВЕ, 25 пг/мл бромистого этидия) при 6 В/см в течение 30 мин. Разделенные продукты визуализированы в УФ-свете. Все случаи, в которых наблюдали дополнительный более короткий продукт ПЦР, секвенировали с целью подтверждения наличия мутацииоснователя NBS1. Секвенирование Матричная ПЦР. Экзон 6 гена NBS1 амплифицировали с праймерами Nbsex6f и Nbsex6r в таких условиях, как описано для ASO-PCR, с тем единственным отличием, что в матричной ПЦР праймер Nbsdel5 не использовали. Очистка продуктов ПЦР. Продукты амплификации экзона 6 переносили пипеткой в резервуар для образцов Microcon-100(Amicon), помещенный во флакон, и добавляли в резервуар 400 мкл dH2O, и центрифугировали при 1850 g в течение 15 мин. После центрифугирования резервуар для образцов помещали в новый флакон, наполненный 400 мкл dH2O, и центрифугировали при 1850 g в течение 15 мин. Последнюю стадию повторяли 3 раза. Резервуар для образцов помещали вверх дном в новый флакон, а затем центрифугировали в течение 3 мин при 9000 g. Все центрифугирования проводили при 25 С. Во флаконе было видно примерно 5 мкл очищенного продукта ПЦР, и его разводили в 20 мкл dH2O. Секвенирующая ПЦР. Асимметричную секвенирующую ПЦР проводили в термоциклере Gene Amp PCR System 9600(Perkin Elmer) в объеме 20 мкл, содержащем 1 пмоль праймера Nbsexl6f, 4 мкл очищенного продукта ПЦР, 8 мкл BigDye Terminator Ready Reaction Kit v3.0 (Applied Biosystems). Кроме того, секвенирующую реакцию с праймером Nbsdel6r проводили для подтверждения результатов с прямым праймером. Условия секвенирования: исходная денатурация - 96 С, 30 с; 30 циклов, каждый из денатурации - 94 С, 30 с,отжига праймеров -56 С, 30 с,элонгации праймеров - 72 С, 30 с. 20 мкл продукта секвенирования помещали в 0,5 мл пробирку Эппендорф, добавляли 60 мкл 96% этанола и 2 мкл 3 М цитрата натрия (рН 4,6). Пробы центрифугировали в течение 20 мин при 3000 g при 25 С. Затем супернатант удаляли и добавляли 200 мкл 70% этанола для очистки осадка. После 5 мин центрифугирования при 3000 g при 25 С супернатант удаляли. Осадок высушивали в Eppendorf Concentrator 5301 в течение 20-30 мин, а затем ресуспендировали в 4 мкл буфера нанесения (150 мкл деионизованного формамида, 50 мкл 50 мМ ЭДТА, 0,05% Dextran Blue). Образцы денатурировали в течение 4 мин при 94 С, помещали на лед и наносили на денатурирующий полиакриламидный гель (4% 19:1 полиакриламидный гель, 1X ТВЕ, 6 М мочевина). Электрофорез проводили в ABI PRISM 377 DNA Sequencer (AppliedBiosystems). Сбор и анализ данных осуществляли, используя программное обеспечение ABI PRISM 377Collection Software и Sequencing Analysis Software Version 3.0 (Applied Biosystems). Пример 3. Анализ потери гетерозиготности (LOH) при раке простаты и молочной железы. Микроиссечение и выделение ДНК Чтобы проанализировать, потерян ли аллель NBS1 дикого типа при раке простаты и раке молочной железы, авторы изобретения провели LOH-анализ в опухолях после микроиссечения носителей мутацииNBS1 - в 9 случаях рака простаты и 5 случаях рака молочной железы. LOH проводили, используя маркеры, фланкирующие ген NBS1 - D8S88, D8S1811 и меченные флуоресцентной меткой праймеры, специфичные к экзону 6 NBS1 (9). Готовили срезы по 5 мкм фиксированных в формалине и заключенных в парафин тканей и разме- 16011608 щали их на стеклах. Для каждого пациента ткани резали для 6 стекол. Одно стекло окрашивали гематоксилином/эозином. Остальные стекла использовали для микроиссечения. Срезы освобождали от парафина в двух сменах ксилола в течение 5 мин. Срезы гидратировали с использованием серии градуированных спиртов (в 96% этаноле (2 раза), 70% этанол и dH2O, в каждом по 5 мин). Стекла окрашивали гематоксилином. Используя световой микроскоп, выбирали однородные поля раковых клеток в ГЕ-окрашенных срезах. Эти поля осторожно подвергали микроиссечению, используя иглу, со стекол, окрашенных только гематоксилином, под световым микроскопом, избегая загрязнения доброкачественными клетками. Срезы, полученные путем микроиссечения, помещали в пробирки Эппендорфа на 1,5 мл. Параллельно нормальные ткани вырезали из тех же стекол и помещали в другие отдельные пробирки. Затем ткани, подвергнутые микроиссечению, помещали в 1 мл буфера для ферментативного гидролиза (50 мМ Трис-HCl, 1 мМ СаС 2, рН 8,0) с 20 мкл 10% ДСН и 500 мкг протеиназы K. В каждой серии использовали отрицательные контроли без ткани. Ферментативный гидролиз проводили при 55 С в течение 2 недель. На 3-и и 6-е сутки гидролиза добавляли дополнительно 100 мкг протеиназы K. После гидролиза протеиназу инактивировали нагреванием при 96 С в течение 10 мин. 500 мкл продукта ферментативного гидролиза очищали в пробирках Microcon-100 (Amicon) согласно вышеописанной методике. После очистки примерно 5 мкл раствора, содержащего ДНК, разводили в 50 мкл dH2O.GGGTTTAGGGAAGTGCAGAA (SEQ ID NO: 12); 3) ПЦР 3 с праймерами Nbsex6f и Nbsex6r, фланкирующими экзон 6 NBS 1. содержащий 657del5. Реакцию ПЦР проводили в DNA ThermalCycler 9600 (Perkin Elmer) в объеме 25 мкл, который включал 4 мкл ДНК, выделенной из тканей, 2,5 мкл ПЦР буфера (100 мМ Трис-HCl, 500 мМ KCl, 15 мМ MgCl2,1 мг/мл желатина; рН 8,6), 200 пМ каждого dATP, dCTP, dGTP и dTTP, 1 ед. Taq ДНК полимеразы и 10 мкг бычьего сывороточного альбумина (БСА - Fermentas). Смесь ПЦР 1 включала дополнительно 5 пмоль праймеров D8S88f и D8S88r, ПЦР 2 - 5 пмоль праймеров D8S1811f и D8S1811r, ПЦР 3 - 5 пмоль праймеров Nbsex6f и Nbsex6r. В каждой реакции ПЦР использовали положительные и отрицательные контроли. Условия ПЦР: в) исходная денатурация - 95 С, 5 мин; г) 42 цикла, каждый из денатурации - 94 С, 30 с; отжига праймеров -56 С, 30 с; элонгации праймеров - 72 С, 30 с. 1 мкл продукта ПЦР разводили в 10 мкл буфера нанесения (150 мкл формамида, 50 мкл 50 мМ ЭДТА,0,05% Dextran Blue). После денатурации в течение 4 мин при 94 С образцы помещали в лед и наносили на денатурирующий полиакриламидный гель (4% 19:1 полиакриламидный гель, 1X ТВЕ, 6 М мочевина). Электрофорез проводили в ABI PRISM 377 DNA Sequencer (Applied Biosystems). Сбор и анализ данных осуществляли, используя программное обеспечение ABI PRISM 377 Collection Software и GenScan AnalysisSoftware Version 3.0 (Applied Biosystems). Снижение сигнала в одном аллеле по меньшей мере на 70% принимали за порог распознавания для LOH. Статистический анализ проводили, используя критерий Хи-квадрат. Мутация NBS1 присутствовала в 9 из 340 случайно отобранных случаев рака простаты (2,6%) по сравнению только с 9 из 1500 (0,6%) контрольных индивидуумов из общей популяции (отношениеodds=4,5; 95% CI=1,7 к 11,5; р=0,002). Наследуемая мутация 657del5 присутствовала в 5 из 56 (9%) семейных случаев (отношение odds=16; 95% CI=5,2 к 50; р 0,0001). Авторы изобретения исследовали сегрегацию мутантного аллеля NBS1 с раком простаты в четырех семьях. Авторам изобретения удалось установить состояние мутации у двух пораженных мужчин из каждой семьи. В каждой семье мутацияNBS1 присутствовала у обоих пораженных ее членов. Аллель 657del5 был обнаружен у 17 (0,8%) из 2012 прослеженных раков молочной железы по сравнению с 8 в 2000 контролях (отношение odds=1,9; 95% CI=0,8 к 4,2, р=0,17). Заключенные в парафин ткани получили из 12 случаев рака молочной железы от носителей мутации NBS1. Тип этих опухолей определяли два патолога после окрашивания гематоксилином/эозином (Г/Э) и иммуногистохимического окрашивания. 9 из 12 случаев рака молочной железы представляли собой крупноклеточные инфильтрирующие дольковые карциномы (см. табл. 2). Срезы Г/Э были доступны от 491 из 2012 исследованных случаев. Все эти случаи были из одного центра: районной онкологической больницы в Щецине. Двумя патологами был установлен тип рака молочной железы во всех 491 случаях. Дольковые карциномы были диагностированы в 53 из 491 прослеженных раков молочной железы. Из этих 53 пациентки с раком молочной железы мутации NBS1 были обнаружены в 4 (7,5%) случаях (OR 18,4, 95% CI=5,5-62, р 0,0001). Таким образом, мутация NBS1 связана с крупноклеточной инфильтрирующей дольковой карциномой молочной железы.- 17011608 Таблица 2 Гистопатологические данные носителей изменения 657del5 среди женщин с раком молочной железы Потерю аллеля NBS1 наблюдали в 7 из 8 случаев рака простаты (фиг. 1) и 5 из 5 случаев рака молочной железы. Данные по потере гетерозиготности позволяют предположить, что функции NBS1 являются классическими функциями гена подавления опухоли. Потеря гетерозиготности в локусе NBS1 также показана при раке яичника и злокачественной меланоме (8, 10). Клинически Ниймегенский синдром представляет собой рецессивное генетическое состояние. Гетерозиготное состояние может быть безвредным на клеточном уровне, но потеря гетерозиготности делает клетки гемизиготными по мутантному аллелю. Культивируемые клетки, гомозиготные по мутации NBS1, склонны к хромосомным аберрациям (10). Аллель-основатель NBS1, как оказалось, ответственен примерно за 1 из 11 семей с двумя или более чем двумя случаями рака простаты в Польше. На основании относительного риска 4,5 и частоты мутации 1 на 167 авторы изобретения оценивают, что этот ген ответственен примерно за 2% раков простаты в этой стране. Авторы изобретения не наблюдали статистически достоверного превышения аллеляоснователя NBS1 у женщин с раком молочной железы, отобранных без учета природы рака. Однако 657del5 сочеталась с повышенным риском дольковой карциномы молочной железы (OR 18,4, р 0,0001). Учитывая географическое распределение описанных клинических случаев Ниймегенского синдрома,мутация 657del5 может также вносить важный вклад в рак простаты и дольковый рак молочной железы у пациентов славянского происхождения из других стран (аллель 657del5 ответственен за все случаи Ниймегенского синдрома во всех славянских популяциях, описанные к настоящему времени). Таким образом, диагностике этих видов рака, особенно в данной этнической группе, может способствовать использование простого анализа ASO-ПЦР для главной мутации-основателя NBS1. Диагностика рака простаты и молочной железы в других неславянских популяциях может быть улучшена подобным образом. Риск рака простаты имеет примерно 3% населения Польши с 40 млн человек. Учитывая частоту 2,6% мутации-основателя NBS1 у субъектов с раком простаты, примерно у 15000 носителей NBS1 будет развиваться рак простаты, что составляет примерно 14% всех мужчин, пораженных мутацией-основателем NBS1. Поскольку имелось значимое отличие в частоте мутации 657del5 в семейных случаях в сравнении с прослеженными случаями (отношение odds=16; 95% CI=5,2 к 50; р 0,0001), риск рака простаты выше, если родственник носителя NBS1 поражен раком простаты. Это также первое сообщение, в котором показано, что мутация NBS1 наиболее вероятно предрасполагает к дольковому подтипу инвазивного рака молочной железы. Риск инвазивного долькового рака молочной железы составляет примерно 0,% среди 20 млн женского населения Польши. Учитывая частоту 8% аллеля-основателя NBS1 у субъектов с дольковым инвазивным раком молочной железы, примерно у 8000 женщин-носительниц NBS1 будет развиваться рак молочной железы, что составляет примерно 8% женщин с мутацией-основателем NBS1. Средний возраст диагноза рака простаты и молочной железы составляет, соответственно, 68 и 58 лет.- 18011608 Последний значительно ниже (50 лет) для рака молочной железы, диагностированного среди носительниц мутации NBS1. Следовательно, маммографию для женщин, положительных по мутации NBS1, следует начинать раньше, т.е., вероятно, не позже чем в возрасте 40 лет. Ссылки 1. Digweed, M. Human genetic instability syndromes: single gene defects with increased risk of cancer.expression in human ovarian tumours. Ann. Hum. Genet., 66: 353-9, 2002. ФОРМУЛА ИЗОБРЕТЕНИЯ 1. Полинуклеотид, связанный с повышенной наследственной предрасположенностью к раку простаты или инвазивному раку молочной железы долькового подтипа, выбранный из группы, состоящей из:(а) полинуклеотида, кодирующего молекулярный вариант полипептида NBS1, при этом указанный полинуклеотид содержит замену нуклеотида, делецию нуклеотида, дополнительный нуклеотид или дополнительный нуклеотид и замену нуклеотида в позиции, соответствующей позиции 18155, 18156, 18157,18158 или 18159 гена NBS1 (регистрационный номер в Genbank: AB013139); (б) полинуклеотида, кодирующего молекулярный вариант полипептида NBS1, при этом указанный полинуклеотид содержит делецию нуклеотида в позиции, соответствующей позиции 18155, 18156, 18157, 18158 или 18159 гена NBS1(регистрационный номер в Genbank: AB013139); (в) полинуклеотида, кодирующего молекулярный вариант пептида NBS1, при этом указанный полипептид имеет делецию аминокислоты в позиции от 234 до 754 полипептида NBS1 (SEQ ID NO: 2) и, возможно, по меньшей мере одну замену, выбранную из замены Lys на Asn в позиции 219, Gln на Leu в позиции 220, Ile на Gln в позиции 221, Phe на Arg в позиции 222, Lys на Glu в позиции 223, Gly на Asn в позиции 224, Lys на Ile в позиции 225, Thr на Tyr в позиции 226, Phe на Ile в позиции 227, Ile на Phe в позиции 228, Phe на Glu в позиции 229, Leu на Cys в позиции 230, Asn на Gln в позиции 231, Ala на Thr в позиции 232, Lys на Ala в положении 233 полипептида NBS1(SEQ ID NO: 2); (г) полинуклеотида, кодирующего молекулярный вариант полипептида NBS1, имеющего аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 4. 2. Полинуклеотид по п.1, где результатом нуклеотидной делеции, вставки и/или замены является измененная экспрессия варианта гена NBS1 по сравнению с соответствующим геном дикого типа. 3. Вектор, содержащий полинуклеотид по п.1 или 2. 4. Вектор по п.3, где полинуклеотид функциональным образом сцеплен с регуляторными последовательностями экспрессии, дающими возможность экспрессии в прокариотических или эукариотических клетках. 5. Клетка-хозяин, полученная генно-инженерным путем, содержащая полинуклеотид по п.1 или 2 или вектор по п.3 или 4. 6. Способ получения молекулярного варианта белка NBS1 или его фрагмента, связаного с повышенной наследственной предрасположенностью к раку простаты или инвазивному раку молочной железы долькового подтипа, при котором: (а) культивируют клетку-хозяина по п.5 и (б) выделяют указанный белок или фрагмент из культуры. 7. Способ получения клеток, способных к экспрессии молекулярного варианта гена NBS1, связанного с повышенной наследственной предрасположенностью к раку простаты или инвазивному раку молочной железы долькового подтипа, включающий получение генно-инженерным путем клеток, содержащих полинуклеотид по п.1 или 2 или вектор по п.3 или 4. 8. Белок NBS1 или его фрагмент, связанный с повышенной наследственной предрасположенностью- 19011608 к раку простаты или инвазивному раку молочной железы долькового подтипа, который кодируется полинуклеотидом по п.1 или 2 или получен способом по п.6 или из клеток, полученных способом по п.7. 9. Антитело, которое специфично связывается с белком по п.8. 10. Антитело по п.9, которое специфично распознает эпитоп, содержащий одну или более аминокислотных замен, как они определены в п.1 или 2. 11. Молекула нуклеиновой кислоты, комплементарная полинуклеотиду по п.1 или 2. 12. Молекула нуклеиновой кислоты, способная к специфичному распознаванию и расщеплению полинуклеотида по п.1 или 2. 13. Вектор, содержащий молекулу нуклеиновой кислоты по п.11 или 12. 14. Трансгенное животное, отличное от человека, содержащее по меньшей мере один полинуклеотид по п.1 или 2 или вектор по п.3 или 4. 15. Трансгенное животное, отличное от человека, по п.14, дополнительно содержащее по меньшей мере один инактивированный аллель дикого типа гена NBS1. 16. Трансгенное животное, отличное от человека, по п.14 или 15, представляющее собой мышь или крысу. 17. Способ идентификации и получения модулятора NBS1, способного модулировать активность молекулярного варианта гена NBS1 или его генного продукта, при котором: (а) приводят в контакт белок по п.8 или клетку, экспрессирующую молекулярный вариант гена NBS1, содержащего полинуклеотид по п.1 или 2, в присутствии компонентов, способных давать обнаружимый сигнал в ответ на активность белка NBS1, с соединением, подлежащим скринингу, в условиях, позволяющих проявиться активности белка NBS1, и (б) устанавливают наличие, отсутствие сигнала или возрастание сигнала, генерируемого активностью белка NBS1, где наличие или возрастание сигнала является показателем присутствия предполагаемого модулятора. 18. Способ по п.17, где указанная клетка представляет собой клетку по п.5, получена способом по п.7 или содержится в трансгенном животном, отличном от человека, по любому из пп.14-16. 19. Способ идентификации и получения модулятора NBS1, способного модулировать активность молекулярного варианта гена NBS1 или его генного продукта, при котором: (а) приводят в контакт белок по п.8 с первой молекулой, про которую известно, что она связывается с белком NBS1, с образованием первого комплекса, включающего указанный белок и указанную первую молекулу, (б) указанный первый комплекс приводят в контакт с соединением, подлежащим скринингу, и (в) определяют, вытесняет ли указанное соединение указанную первую молекулу из указанного первого комплекса. 20. Способ по п.19, где указанная стадия определения включает определение образования второго комплекса указанного белка и указанного соединения. 21. Способ по п.19 или 20, где указанная стадия определения включает определение количества указанной первой молекулы, не связанной с указанным белком. 22. Способ по любому из пп.19-21, где указанная первая молекула является одной из частей нуклеазного комплекса hMRE11/hRAD50/NBS1. 23. Способ по любому из пп.19-22, где указанная первая молекула является меченой. 24. Способ диагностики повышенной наследственной предрасположенности к раку простаты или инвазивному раку молочной железы долькового подтипа, при котором: (а) определяют присутствие полинуклеотида по п.1 или 2 в образце, взятом от субъекта, и/или (б) определяют присутствие белка по п.8. 25. Способ по п.24, включающий проведение полимеразной цепной реакции (ПЦР), лигазной цепной реакции, рестрикционного ферментативного гидролиза, прямого секвенирования, процедур амплификации нуклеиновых кислот, микрочипов, гибридизации или иммунологических анализов. 26. Способ по любому из пп.24-25, при котором субъекту дополнительно вводят лекарство для уничтожения или ослабления указанного рака. 27. Способ по любому из пп.24-26, дополнительно включающий введение в клетки: (i) функционального и экспрессируемого гена NBS1 дикого типа или (ii) молекулы нуклеиновой кислоты по п.11 или 12 или вектора по п.13. 28. Способ приготовления фармацевтической композиции, включающий стадии способа по любому из пп.17-23 и (в) синтез соединения, идентифицированного и полученного на стадии (б), либо его производного и/или приготовление из него препарата в фармацевтически приемлемой форме. 29. Способ изготовления фармацевтической композиции, при котором готовят препарат лекарства или пролекарства в форме, пригодной для терапевтического применения и предупреждения или ослабления рака у субъекта, у которого провели диагностику способом по п.24. 30. Способ по п.28 или 29, где указанное соединение-лекарство или пролекарство представляет собой производное лекарства, указанного в п.26. 31. Ингибитор, идентифицированный или полученный способом по любому из пп.17-23. 32. Ингибитор по п.31, который специфично связывается с белком по п.8. 33. Олигонуклеотид для генотипирования индивидуальных аллелей NBS1, где указанный олигонуклеотид составляет примерно от 15 до 50 нуклеотидов в длину и содержит последовательность нуклеотидов, включенную в одну из SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5-SEQ ID NO: 12, или после- 20011608 довательность, комплементарную любой из них. 34. Способ обнаружения предрасположенности к раку простаты или раку молочной железы у субъекта, включающий: (а) обнаружение в биологическом образце, взятом от субъекта, изменения в последовательности гена NBS1, где указанное изменение вызывает потерю функции гена NBS1; и (б) связывание изменения с предрасположенностью к раку простаты или раку молочной железы у субъекта, тем самым обнаруживая указанную предрасположенность. 35. Способ по п.34, где изменение представляет собой наследуемое изменение. 36. Способ по п.34, где наследуемое изменение представляет собой изменение 657del5. 37. Способ по п.34, где субъект представляет собой человека. 38. Способ по п.34, где человек имеет славянское происхождение. 39. Способ по п.34, где изменение обнаруживают с помощью ПЦР с аллель-специфичными олигонуклеотидами (ASO-ПЦР), анализов на обнаружение полиморфизма однонитевой конформации (SSCP),прямого секвенирования, аллель-специфичной амплификации (ASA), микрочипов или ПЦР с использованием полиморфизма длин рестрикционных фрагменттов (RFLP-ПЦР). 40. Способ по п.34, где указанная предрасположенность является наследственной. 41. Способ по п.34, где биологический образец представляет собой образец ткани. 42. Способ по п.41, где образец ткани представляет собой кровь. 43. Способ по п.34, где биологический образец содержит лейкоциты. 44. Способ по п.34, где рак молочной железы представляет собой инвазивный рак молочной железы долькового подтипа. 45. Применение наследуемого изменения в последовательности гена NBS1 для обнаружения наследственной предрасположенности к раку простаты или к раку молочной железы у субъекта. 46. Применение по п.45, где указанное наследуемое изменение представляет собой мутацию 657del5. 47. Применение по п.45, где субъект представляет собой человека. 48. Применение по п.47, где человек имеет славянское происхождение. 49. Применение по п.45, где рак молочной железы представляет собой инвазивный рак молочной железы долькового подтипа. 50. Применение по любому из пп.45-49, где наличие наследуемого изменения обнаруживают с использованием по меньшей мере одного из методов, выбранных из ASO-ПЦР, SSCP, микрочипов, прямого секвенирования, ASA или RFLP-ПЦР. 51. Диагностический набор для идентификации предрасположенности к раку молочной железы или к раку простаты у субъекта, включающий упаковочный материал и по меньшей мере два разных полинуклеотида, позволяющих амплифицировать по меньшей мере часть гена NBS1. 52. Набор по п.51, где амплифицируемая часть содержит мутацию 657del5. 53. Набор по п.51, содержащий полинуклеотиды Nbsex6f (SEQ ID NO: 6), Nbsex6r (SEQ ID NO: 7) и
МПК / Метки
МПК: A61K 48/00, C12Q 1/68, C12N 15/63, A61P 43/00, A01K 67/027
Метки: диагностики, человеческого, полезный, гена, наследственной, полиморфизм, раку, предрасположенности
Код ссылки
<a href="https://eas.patents.su/30-11608-polimorfizm-chelovecheskogo-gena-nbs1-poleznyjj-dlya-diagnostiki-nasledstvennojj-predraspolozhennosti-k-raku.html" rel="bookmark" title="База патентов Евразийского Союза">Полиморфизм человеческого гена nbs1 полезный для диагностики наследственной предрасположенности к раку</a>
Предыдущий патент: Способ лечения заболеваний, связанных с tweak
Следующий патент: Фунгицидные феноксифенилгидразиновые производные
Случайный патент: Новые модифицированные полиэтиленгликолем соединения и их применение