Генетические варианты chr2 и chr16 в качестве маркеров для применения при оценке риска, диагностировании, прогнозировании и лечении рака молочной железы

ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ВАРИАНТЫ CHR2 И CHR16 В КАЧЕСТВЕ МАРКЕРОВ ДЛЯ ПРИМЕНЕНИЯ ПРИ ОЦЕНКЕ РИСКА, ДИАГНОСТИРОВАНИИ,ПРОГНОЗИРОВАНИИ И ЛЕЧЕНИИ РАКА МОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ Изобретение касается определенных генетических вариантов на Chr2q14, Chr2q35 и Chr16q12,являющихся маркерами подверженности раку молочной железы. Описываются способы оценки риска и диагностики повышенной и/или пониженной подверженности раку молочной железы с применением таких вариантов. Изобретение также относится к наборам для диагностики подверженности раку молочной железы.(71)(73) Заявитель и патентовладелец: ДЕКОУД ДЖЕНЕТИКС ЕХФ (IS) Область изобретения Рак молочной железы представляет собой наиболее распространенную форму рака, которым страдают женщины во всем мире. В настоящее время общая заболеваемость составляет более 1151000 новых случаев ежегодно (Parkin et al., 2005). Заболеваемость раком молочной железы является наиболее высокой в развитых странах, особенно среди населения, имеющего этническое происхождение из северной Европы, и неуклонно повышается. В Соединенных Штатах Америки ежегодная заболеваемость, стандартизованная по возрасту, составляет приблизительно 131 случай на 100000 населения, что более чем в три раза превышает среднее мировое значение. Показатели в странах северной Европы являются столь же высокими. По оценкам 2006 года в США ожидается ежегодное выявление 214650 новых случаев инвазивного рака молочной железы и гибель от заболевания 41430 человек [Jemal, et al., (2006), СА Cancer JClin, 56, 106-30]. К этим цифрам необходимо добавить дополнительно 61980 диагностированных случаев протоковой и дольковой карциномы in-situ, ожидаемых в 2006 г. В индивидуальной перспективе вероятность развития рака молочной железы составляет 13,2% у женщин в США (т.е. у 1 из 8 женщин в течение жизни разовьется рак молочной железы). Как при большинстве форм рака, важными факторами являются ранняя диагностика и соответствующее лечение. В общем, вероятность прожить следующие 5 лет при раке молочной железы составляет 88%. Однако, у лиц, имеющих местную инвазию или заболевание с метастазами, этот показатель снижается до 81 и 26% соответственно [Jemal, et al., (2006), СА Cancer J. Clin, 56, 106-30]. Все большее и большее значение придается выявлению индивидов, имеющих высокий риск первичного или рецидивирующего рака молочной железы. С такими индивидами может проводиться более интенсивный скрининг, превентивная химиотерапия, гормональная терапия и, в случае чрезвычайно высокого риска, превентивное оперативное вмешательство. Программы массового скрининга ложатся огромным экономическим бременем на систему здравоохранения, тогда как превентивная терапия ассоциирована с риском и снижением качества жизни. Генетическая предрасположенность к раку молочной железы Две основные группы известных факторов риска рака молочной железы - это эндокринные и генетические факторы. Что касается последних, приблизительно 12% пациентов с раком молочной железы имеют одного или более 5 родственников первой степени с раком молочной железы [(2001), Lancet, 358,1389-99]. Хорошо известные доминантные гены, предрасполагающие к раку молочной железы, BRCA1 иBRCA2 обусловливают значительно повышенный риск рака молочной железы у носителей, с оценками пенетрантности на протяжении всей жизни, варьирующими от 40 до 80%. Наличие мутаций BRCA1 иBRCA2 обнаруживается у большинства семей с 6 или более случаями рака молочной железы и в большой части семей, в которых встречается рак молочной железы и яичников или рак молочной железы у мужчин. Однако такие семьи в действительности встречаются очень редко. Мутации BRCA1 и BRCA2 обнаруживаются гораздо реже в семьях с меньшим количеством случаев рака или в семьях, где встречается только рак молочной железы. В общей сложности мутации BRCA1 и BRCA2 отвечают за 15-20% риска семейного рака молочной железы. Если было бы возможно детектировать все часто встречающиеся мутации BRCA в популяциях, не имеющих "эффекта основателя", от 2 до 3% пациентов с раком молочной железы имели бы мутацию [Gorski, et al., (2005), Breast Cancer Res Treat, 92, 19-24; (2000), Br JCancer, 83, 1301-8]. Такая низкая вероятность обнаружения мутации препятствует грамотному проведению тестирования на наличие мутации BRCA в семьях, не имеющих явной генетической предрасположенности (Anon[(2003), J. Clin. Oncol., 21, 2397-406]). Известно, что редкие мутации с высокой пенетрантностью возникают в генах ТР 53 и PTEN, однако вместе они отвечают менее чем за 5% всего наследственно-обусловленного риска рака молочной железы [Easton, (1999), Breast Cancer Res, 1, 14-7]. В исследованиях по сцеплению не удалось выявить другие широко распространенные мутации, обусловливающие риск рака молочной железы [Smith, et al., (2006), Genes Chromosomes Cancer, 45, 646-55]. Проведенные недавно эпидемиологические исследования указали на то, что большинство случаев рака молочной железы возникает среди предрасположенного или подверженного к нему меньшинства населения [Antoniou, et al., (2002), Br J Cancer, 86, 76-83; Pharoah, et al., (2002), Nat Genet, 31, 33-6]. Данные исследований на близнецах и наблюдение постоянной высокой заболеваемости контралатеральным раком молочной железы пациентов, выживших после первичного рака молочной железы, указывают на то, что значительная часть неохарактериованного риска рака молочной железы относится к эндогенным факторам, вероятнее всего, генетическим [Lichtenstein et al., (2000), N Engl J. Med, 343, 78-85; Peto иMack, (2000), Nat Genet, 26, 411-4]. Сведения о генетических факторах, лежащих в основе этого широкораспространенного риска, очень ограничены. Сегрегационный анализ позволяет предположить, что неохарактеризованный генетический риск рака молочной железы вероятнее всего имеет полигенную природу, а связанные с риском аллели обусловливают степень риска от низкой до средней и могут взаимодействовать между собой и гормональными факторами риска. Тем не менее, данные исследования прогнозируют почти 40-кратное различие в относительных рисках между верхним и нижним квинтилем в распределении, которое можно выявить при генетическом профилировании, охватывающем подобные аллели низкого и умеренного риска [Antoniou et al., (2002), Br J Cancer, 86, 76-83; Pharoah, et al., (2002),Nat Genet, 31, 33-6]. Предполагается, что 88% всех случаев рака молочной железы возникают среди 50%-1 019953 населения, у которых имеется предрасположенность, а на долю 12% населения, имеющего наиболее высокий риск, приходится 50% всех случаев рака молочной железы (Pharoah et al., (2002), Nat Genet, 31, 336; Pharoah, (2003), Recent Results Cancer Res, 163, 7-18; discussion 264-6). Особое внимание, таким образом, сосредоточено на выявлении таких индивидов, имеющих генетическую предрасположенность, и разработку для них стратегий индивидуального лечения. Нами и другими исследователями было показано, что существует значительный наследственный риск рака молочной железы в Исландии, который распространяется, по меньшей мере, на родственников 5 степени [Amundadottir, et al., (2004), PLoS Med, 1, e65; Tulinius, et al., (2002), J Med Genet, 39, 457-62]. Предполагалось, что вклад мутаций BRCA1 в наследственный риск в Исландии минимален [Arason, etal., (1998), J Med Genet, 35, 446-9; Bergthorsson et al., (1998), Hum Mutat, Suppl 1, S195-7]. Единственная мутация, связанная с эффектом основателя в гене BRCA2 (999del5), присутствует в общей исландской популяции с частотой носительства 0,6-0,8% и среди женщин с раком молочной железы с частотой 7,78,6% (Thorlacius, et al., (1997), Am J Hum Genet, 60, 1079-84; Gudmundsson, et al., (1996), Am J Hum Genet,58, 749-56). Считается, что эта единственная мутация отвечает приблизительно за 40% наследуемого риска рака молочной железы у родственников первой-третьей степени (Tulinius et al., (2002), J Med Genet,39, 457-62). Несмотря на то, что данная оценка выше, чем уровень наследственного риска, приписываемого всем мутациям BRCA 1 и 2 в сочетании в популяциях, не имеющих "эффекта основателя", остается еще 60% наследственного риска рака молочной железы в Исландии, которое требуется объяснить. Родственники первой степени пациентов, у которых результаты тестов на наличие BRCA2 999del5 отрицательны, имеют риск рака молочной железы в 1,72 раза выше популяционного риска (95% CI 1.49-1.96)(Tulinius, et al., (2002), J Med Genet, 39, 457-62). Сведения о том, какие генетические факторы отвечают за резидуальный генетический риск рака молочной железы, очень ограничены. Были получены точные подтверждения, что варианты двух генов,СНЕК 2 и ATM, являются генами риска рака молочной железы с низкой пенетрантностью (Renwick et al.,(2006), Nat Genet, 38, 873-5; (2004), Am J Hum Genet, 74, 1175-82). Изучалась роль многих других генов,однако их вклад в риск рака молочной железы не был подтвержден в анализе с использованием очень больших выборок [Breast Cancer Association, (2006), J Natl Cancer Inst, 98, 1382-96]. Генетический риск обусловливается небольшими различиями в генах индивидов в составе популяции. Чаще всего различия в генах между индивидами обусловлены однонуклеотидными полиморфизмами (ОНП), хотя и другие вариации также имеют важное значение. В человеческом геноме ОНП располагаются в среднем в каждой 1000 пар оснований. Соответственно, обычный человеческий ген, содержащий 250000 пар оснований, может содержать 250 различных ОНП. Только небольшая часть ОНП располагается в экзонах и приводит к изменению аминокислотной последовательности белка, кодируемого геном. Большинство ОНП оказывают небольшое влияние или не оказывают влияния на функцию генов, в то время как некоторые могут изменять транскрипцию, сплайсинг, трансляцию или стабильность кодируемой геном мРНК. Кроме того, генетический полиморфизм в человеческом геноме бывает связан с инсерциями, делециями, транслокациями или инверсиями либо коротких, либо длинных участков ДНК. Генетические полиморфизмы, обусловливающие риск заболеваний, таким образом, могут напрямую изменять аминокислотную последовательность белков, могут приводить к повышению количества белка,производимого геном, или могут вызывать уменьшение количества белка, производимого геном. Поскольку генетические полиморфизмы, обусловливающие риск заболеваний, раскрыты, для клинической медицины становится важным генетическое тестирование на наличие подобных факторов риска. Примерами являются тестирование аполипопротеина Е для идентификации носительства полиморфизма гена апоЕ 4 среди пациентов с деменцией для дифференциальной диагностики болезни Альцгеймера и тестирование на фактор V Лейден для выяснения предрасположенности к тромбозу глубоких вен. Более того, при лечении рака определение генетических вариантов опухолевых клеток испольуется для выбора наиболее подходящего режима лечения для конкретных пациентов. При раке молочной железы генетическая вариация в экспрессии эстрогеновых рецепторов или экспрессии тирозин киназы рецептора херегулина 2 типа определяет, будут ли включены в план лечения анти-эстрогеновые препараты (тамоксифен) или антитела anti-Her2 (герцептин). При хроническом миелоидном лейкозе (ХМЛ) обнаружение Филадельфийской хромосомы, появляющейся вследствие генетической транслокации, приводящей к объединению генов, кодирующих тирозиновые киназы Всг и Abl указывает на то, что в лечении рака должен использоваться препарат Гливек (Gleevec, STI571), специфический ингибитор киназ Bcr-Abl. У пациентов с ХМЛ, имеющих подобное генетическое нарушение, ингибирование киназ Bcr-Abl приводит к быстрой элиминации опухолевых клеток и ремиссии лейкоза. В настоящее время не существует универсального способа, позволяющего проводить успешную профилактику или лечение рака молочной железы. Ведение больных с раком молочной железы в настоящее время основано на сочетании первичной профилактики, ранней диагностики, соответствующего лечения и вторичной профилактики. Существуют четкие клинические показания для включения генетического тестирования по всем перечисленным направлениям. Выявление генов, предрасполагающих к развитию рака, может также обнаружить ключевые молекулярные механизмы, которыми можно управлять (например, с применением препаратов с низким или высоким молекулярным весом) и может обес-2 019953 печить более эффективное лечение. Сущность изобретения Данное изобретение касается способов оценки риска развития рака молочной железы. Они включают способы определения повышенной подверженности индивида к развтиию рака молочной железы, а также способы определения пониженной подверженности к развитию рака молочной железы или диагностирования устойчивости индивида к раку молочной железы путем определения конкретных маркеров или гаплотипов, для которых обнаружена ассоциация с раком молочной железы, по данному описанию. В первом аспекте изобретение касается способа определения подверженности к развитию рака молочной железы у человеческого индивида, включающего определение наличия или отсутствия по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера в образце нуклеиновой кислоты, взятом у индивида или в массиве данных генотипа, полученном у индивида, где по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из полиморфных маркеров, указанных в любой из табл. 10, 15 и 19, и маркеров, находящихся в неравновесии по сцеплению с ними, и где наличие по меньшей мере одного аллеля указывает на подверженность индивида к развитию рака молочной железы. В одном вопощении способ может касаться определения наличия или отсутствия по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера в образце нуклиновой кислоты, взятом у индивида. В другом воплощении способ касается определения наличия или отсутствия по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера в массиве данных генотипа, полученном у индивида. Массив данных генотипа может, в определенных воплощениях, быть получен у конкретного индивида на основе информации, содержащейся в массиве данных генотипа, относящегося к матрице определенной нуклеиновой кислоты образца, где образец нуклеиновой кислоты содержит нуклеиновую кислоту одного индивида. Определение наличия конкретного алалеля подверженности полиморфного маркера напрямую указывает на существование определенной подверженности, обуславливаемой этим аллелем. С другой стороны, определение отсутствия такого аллеля подверженности указывает на отсутствие определенной подверженности у индивида, у которого получен образец генетического материала или массив данных генотипа. В конкретных случаях, когда у полиморфного маркера, например, ОНП или полиморфизма вызванного инсерцией/делецией, существует два возможных алелля, выявление отсутствия конкретного аллеля означает наличие у индивида двух копий варианта аллеля (за исключением случаев, когда определенный регион генома индивида содержит делецию или дупликацию, когда может существовать либо единственная копия или более двух копий определенного региона генома индивида). Во втором аспекте данное изобретение касается способа диагностирования подверженности человеческого индивида к развитию рака молочной железы, включающего определение наличия или отсутствия по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера в образце нуклеиновой кислоты, взятом у индивида, где по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из группы маркеров, ассоциированных с блоком неравновесия по сцеплению rs4848543, блоком неравновесия по сцеплению rs3803662 и блоком неравновесия по сцеплению rs13387042, где наличие по меньшей мере одного аллеля указывает на подверженность к развитию рака молочной железы. В одном воплощении маркеры, ассоциированные с блоком неравновесия по сцеплению rs4848543, блоком неравновесия по сцеплению rs3803662 и/или блоком неравновесия по сцеплению rs13387042 LD являются маркерами,находящимися в неравновесии по сцеплению по меньшей мере с одним маркером в составе одного или более из этих блоков. В следующем аспекте изобретение касается способа диагностирования подверженности человеческого индивида к развитию рака молочной железы, включающего определение наличия или отсутствия по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера в образце нуклеиновой кислоты, взятом у индивида, где по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из группы маркеров, состоящей из маркеров, приведенных в табл. 10, табл. 15 и табл. 19, и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними. В одном конкретном воплощении маркеры, находящиеся в неравновесии по сцеплению с маркерами, указанными в табл. 10, табл. 15 и табл. 19, являются маркерами со значениями r2 выше 0,2. В другом воплощении маркеры, находящиеся в неравновесии по сцеплению с маркерами, указанными в табл. 10, табл. 15 и табл. 19, являются маркерами со значениями r2 выше 0,2 в европеоидной популяции, такой как популяции НарМар СЕРН. В другом аспекте изобретение относится к способу выявления маркера для использования в оценке подверженности к развитию рака молочной железы, способ включает: а) выявление по меньшей мере одного полиморфного маркера, находящегося в неравновесии по сцеплению по меньшей мере с одним из маркеров в составе геномного сегмента, последовательность которого приведена в SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5 и SEQ ID NO:6; б) определение генотипического статуса в выборке индивидов с диагностированным раком молочной железы или подверженными к нему; и в) определение генотипического статуса в выборке контрольных индивидов, где достоверная разница в частоте по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфизма у индивидов с диагностированным раком молочной железы или подверженных к нему, по сравнению с частотой по-3 019953 меньшей мере одного аллеля в контрольной выборке указывает на то, что по меньшей мере один полиморфизм может применяться для оценки подверженности к развитию рака молочной железы. В другом воплощении пониженная частота по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфизма у индивидов с диагностированным раком молочной железы или подверженных к нему, по сравнению с частотой по меньшей мере одного аллеля в контрольной выборке указывает на то, что полиморфизм может применяться для оценки пониженной подверженности, или устойчивости к раку молочной железы. В одном воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер, находящийся в неравновесии по сцеплению по меньшей мере с одним полиморфным маркером в составе геномных сегментов, имеющих последовательность, приведенную в SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5 и SEQ ID NO:6, выбран из rs4848543(SEQ ID NO:1), rs3803662 (SEQ ID NO:3) и rs13387042 (SEQ ID NO:2). Изобретение также касается способа генотипирования образца нуклеиновой кислоты, взятого у человеческого индивида, имеющего риск развития или с диагностированным раком молочной железы,включающего определение наличия или отсутствия по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера в образце, где по меньшей мере один маркер выбран из группы, состоящей из маркеров, приведенных в табл. 10, табл. 15 и табл. 19, и маркеров, находящихся в неравновесии по сцеплению с ними, и где наличие или отсутствие по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера указывает на подверженность к раку молочной железы. В одном воплощении по меньшей мере один маркер выбран из rs4848543 (SEQ ID NO:1), rs3803662 (SEQ ID NO:3) иrs13387042 (SEQ ID NO:2). В другом воплощении генотипирование включает амплификацию сегмента нуклеиновой кислоты, включающего по меньшей мере один полиморфный маркер, в ходе полимеразной цепной реакции (ПЦР) с применением пары нуклеотидных праймеров, фланкирующих по меньшей мере один полиморфный маркер. В другом воплощении генотипирование проводится посредством процесса,выбранного из аллель-специфической гибридизации зондов, аллель-специфического удлинения праймеров, аллель-специфической амплификации, секвенирования нуклеиновых кислот, расщепления 5'экзонуклеазами, использования "молекулярных маячков" (молекулярных беконов), лигирования олигонуклеотидов, анализа размера фрагментов и анализа однонитевой конформации. В одном предпочтительном воплощении процесс включает аллель-специфическую гибридизацию зондов. В другом предпочтительном воплощении процесс включает секвенирование ДНК. В особо предпочтительном воплощении способ включает этапы: 1) инкубации копий нуклеиновой кислоты с детектирующим олигонуклеотидным зондом и усиливающим олигонуклеотидным зондом в условиях для специфической гибридизации олигонуклеотидного зонда с нуклеиновой кислотой; где а) детектирующий олигонуклеотидный зонд имеет длину 5-100 нуклеотидов и специфически гибридизуется с первым сегментом нуклеиновой кислоты, нуклеотидная последовательность которой представлена в SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5 or SEQ ID NO:6; б) детектирующий олигонуклеотидный зонд содержит детектируемую метку на своем 3' конце и гасящий компонент на своем 5' конце; в) усиливающий олигонуклеотид имеет длину 5-100 нуклеотидов и является комплементарным второму сегменту нуклеотидной последовательности, расположенному в положении 5' по отношению к олигонуклеотидному зонду, так что усиливающий олигонуклеотид располагается в положении 3' по отношению к детектирующему олигонуклеотидному зонду, когда оба олигонуклеотида гибридизованы с нуклеиновой кислотой; и г) между первым сегментом и вторым сегментом существует пробел в одно основание, так что когда олигонуклеотидный зонд и усиливающий олигонуклеотидный зонд оба гибридизованы с нуклеиновой кислотой, между олигонуклеотидами существует пробел в одно основание; 2) обработки нуклеиновой кислоты эндонуклеазой, которая будет отщеплять детектируемую метку от 3' конца детектирующего зонда с высвобождением свободной детектируемой метки при гибридизации детектирующего зонда с нуклеиновой кислотой; и 3) измерения свободной детектируемой метки, когда присутствие свободной детектируемой метки указывает на то, что детектирующий зонд специфически гибридизован с первым сегментом нуклеиновой кислоты и указывает на то, что последовательность полиморфного сайта комплементарна детектирующему зонду Следующий аспект изобретения касается способа оценки у индивида возможности ответа на терапевтический агент для лечения рака молочной железы, включающему: определение наличия или отсутствия по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера в образце нуклеиновой кислоты, взятом у индивида, где по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из группы, состоящей из полиморфных маркеров, приведенных в табл. 10, табл. 15 и табл. 19, и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними, где определение наличия по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного маркера указывает на вероятность благоприятного ответа на терапевтический агент. В одном воплощении терапевтический агент представляет собой химиотерапевтический агент или агент для гормональной терапии. В одном воплощении агент для гормональной терапии представляет собой селективный модулятор эстрогеновых рецепторов или ингибитор ароматазы. В предпочтительных воплоще-4 019953 ниях селективный модулятор эстрогеновых рецепторов выбран из тамоксифена и ралоксифена. В определеннных воплощениях ингибитор ароматазы выбран из экземестана, анастразола и летрозола. В других воплощениях селективный модулятор эстрогеновых рецепторов вводят в комбинации с ингибитором ароматазы. Следующий аспект изобретения касается способа определения прогноза у индивида с диагностированным раком молочной железы, способ включает определение наличия или отсутствия по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера в образце нуклеиновой кислоты, взятом у индивида, где по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из группы, состоящей из полиморфных маркеров, приведенных в табл. 10, 15 и 19, и маркеров, находящихся в неравновесии по сцеплению с ними, где наличие по меньшей мере одного аллеля указывает на неблагоприятный прогноз рака молочной железы у индивида. Прогноз у индивида может в принципе касаться любого характера прогрессирования заболевания, включая формирование вторичной опухоли, быстрого распространения опухоли, степени злокачественности опухоли (от стадии 0 до стадии IV) и рецидивирования опухоли, но не ограничиваться ими. Изобретение также касается способа мониторинга за ходом лечения у индивида, которому проводится лечение рака молочной железы, способ включает определение наличия или отсутствия по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера в образце нуклеиновой кислоты,взятом у индивида, где по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из маркеров, приведенных в табл. 10, табл. 15 и табл. 19, и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними, где наличие по меньшей мере одного аллеля указывает на исход лечения у индивида. Лечение может представлять собой хирургическое лечение, химиотерапевтическое лечение, радиотерапию, генную терапию или иммунотерапию. Любой из этих способов лечения может применяться самостоятельно или в комбинации. Например, после хирургического лечения может следовать химиотерапевтическое лечение и/или радиотерапевтическое лечение. Исход лечения индивида касается прогрессирования опухоли у индивида в конце лечения. Показатели такого исхода включают степень или возможность рецидивирования опухоли, распространение опухоли и формирование вторичной опухоли, но не ограничиваются ими. Следующий аспект изобретения относится к набору для оценки подверженности к раку молочной железы у человеческого индивида, набор включает реагенты для селективной детекции по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера в геноме индивида, где полиморфный маркер выбран из маркеров, приведенных в табл. 10, табл. 15 и табл. 19, и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними, и где наличие по меньшей мере одного аллеля указывает на подверженность к раку молочной железы. В одном воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер представляет собой rs4848543 (SEQ ID NO:1), rs3803662 (SEQ ID NO:3) или rs13387042 (SEQ ID NO:2). В другом воплощении реагенты включают по меньшей мере один примыкающий нуклеотид, гибридизующийся с фрагментом генома индивида, содержащим по меньшей мере один полиморфный маркер, буфер и детектируемую метку. В другом воплощении реагенты включают по меньшей мере одну пару олигонуклеотидов,гибридизующихся с противоположными нитями сегмента геномной нуклеиновой кислоты, полученной у субъекта, где каждая пара олигонуклеотидных праймеров создана для селективной амплификации фрагмента генома индивида, включающего один полиморфный маркер, и где фрагмент имеет размер по меньшей мере 30 пар оснований. В следующем воплощении по меньшей мере один олигонуклеотид является полностью комплементарным геному индивида. В другом воплощении олигонуклеотид имеет размер от 18 до 50 нуклеотидов. В другом воплощении олигонуклеотид имеет размер от 20 до 30 нуклеотидов. В предпочтительном воплощении набор содержит: а) детектирующий олигонуклеотидный зонд, имеющий длину 5-100 нуклеотидов; б) усиливающий олигонуклеотидный зонд, имеющий длину 5-100 нуклеотидов; и в) фермент эндонуклеазу; где детектирующий олигонуклеотидный зонд специфически гибридизуется с первым сегментом нуклеиновой кислоты, нуклеотидная последовательность которой приведена в SEQ ID NO:4, SEQ IDNO:5 или SEQ ID NO:6, и где детектирующий олигонуклеотидный зонд содержит детектируемую метку на своем 3' конце и гасящий компонент на своем 5' конце; где усиливающий олигонуклеотид имеет длину 5-100 нуклеотидов и является комплементарным второму сегменту нуклеотидной последовательности,расположенному в положении 5' по отношению к олигонуклеотидному зонду, так что усиливающий олигонуклеотид располагается в положении 3' по отношению к детектирующему олигонуклеотидному зонду, когда оба олигонуклеотида гибридизованы с нуклеиновой кислотой; где между первым сегментом и вторым сегментом существует пробел в одно основание, так что когда олигонуклеотидный зонд и усиливающий олигонуклеотидный зонд оба гибридизованы с нуклеиновой кислотой, между олигонуклеотидами существует пробел в одно основание; и где при обработке нуклеиновой кислоты эндонуклеазой от 3' конца детектирующего зонда будет отщепляться детектируемая метка, так что высвобождение свободной детектируемой метки будет иметь место при гибридизации детектирующего зонда с нуклеиновой кислотой.-5 019953 Следующий аспект изобретения касается устройств для определения у человеческого индивида генетического индикатора рака молочной железы, включающих компьютерную память и программы, хранящиеся в компьютерной памяти; где программы адаптированы для выполнения на процессорах для анализа информации о маркерах и/или гаплотипах по меньшей мере для одного человеческого индивида в отношении по меньшей мере одного полиморфного маркера, выбранного из маркеров, приведенных в табл. 10, табл. 15 и табл. 19, и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними, и для генерирования выходных данных на основании информации о маркере или гаплотипе, где выходные данные включают показатель риска по меньшей мере по одному маркеру или гаплотипу в качестве генетического индикатора рака молочной железы у человеческого индивида. В одном воплощении программа также включает показатель риска развития рака молочной железы, ассоциированный с по меньшей мере одним аллелем маркера и/или гаплотипом,где показатель риска основан на сравнении частоты по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера и/или гаплотипа у большинства индивидов с диагностированным раком молочной железы и индикатора частоты по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера и/или гаплотипа у большинства референсных индивидов, и где индивидуальный риск для человеческого индивида основан на сравнении статуса носительства индивидом по меньшей мере одного аллеля маркера и/или гаплотипа и показателя риска по меньшей мере для одного аллеля маркера и/или гаплотипа. В одном воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из rs4848543(SEQ ID NO:1), rs3803662 (SEQ ID NO:3) или rs13387042 (SEQ ID NO:2) и маркеров, находящихся в неравновесии по сцеплению с ними. Изобретение также касается применения олигонулеотидного зонда в производстве реагента для диагностирования и/или оценки подверженности к развитию рака молочной железы у человеческого индивида, где зонд гибридизуется с сегментом нуклеиновой кислоты, нуклеотидная последовательность которого приведена в SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5 или SEQ ID NO:6, где зонд имеет длину 15-500 нуклеотидов. Изобретение также касается компьютерных носителей, на которых хранится: а) идентификатор по меньшей мере для одного полиморфного маркера; б) индикатор частоты по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного указанного полиморфного маркера у большинства индивидов с диагностированным раком молочной железы и в) индикатор частоты по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного указанного полиморфного маркера у большинства референсных индивидов; где по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из полиморфных маркеров, приведенных в табл. 10, табл. 15 и табл. 19, и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними. В определенных воплощениях изобретения также оценивается частота по меньшей мере одного гаплотипа у индивида, где гаплотип включает по меньшей мере два маркера, и где наличие по меньшей мере одного гаплотипа указывает на подверженность к развитию рака молочной железы. В одном воплощении гаплотип представляет собой гаплотип, связанный с риском рака молочной железы, т.е. гаплотип обусловливает повышенный риск развития рака молочной железы. В одном воплощении гаплотип выбран из группы гаплотипов, указанных в табл. 7, табл. 8, табл. 9, табл. 13, табл. 14 и табл. 18. В другом воплощении изобретения по меньшей мере один аллель по меньшей мере одного полиморфного маркера присутствует в составе гаплотипа, выбранного из группы состава гаплотипов, определенного гаплотипами, указанными в табл. 9 и 13. В другом воплощении способ по данному изобретению касается также выполнения этапа оценки высоко пенетрантных генетических факторов, связанных с раком молочной железы. Таким высоко пенетрантным генетическим фактором в одном воплощении является BRCA2 999del5. Недавно полученные свидетельства позволяют предположить, что риск, ассоциированный с вариантами BRCA1 и BRCA2, в некоторых случаях модифицирован другими генетическими факторами или факторами окружающей среды, которые концентрируются в семьях (Antoniou А.С., et al.BRCA1 и BRCA2, которые хорошо документированы и известны специалистам (см, например, BreastCancer Mutation Data Base at: http://research.nhgri.nih.gov/bic/; см. также Fackenthal, J.D.Olopade, O.I.,Nature Reviews Cancer 7:937-48 (2007) и ссылки, приводимые здесь) могут также оцениваться и использоваться в сочетании с вариантами по данному описанию ассоциированными с раком молочной железы. В одном воплощении изобретения также выполняется этап оценки статуса эстрогеновых рецепторов или прогестероновых рецепторов индивида. В одном таком воплощении положительный эстрогеновый статус или положительный прогестероновый статус ассоциирован с повышенным риском, ассоциированным с аллелем A rs13387042 и аллелем Т rs3803662 и ассоциированными с ними маркерами, например, маркерами, приведенными в табл. 15 и 19. В другом аспекте данное изобретение касается способа оценки риска развития по меньшей мере второй первичной опухоли у индивида с диагностированным ранее раком молочной железы, способ включает определение наличия или отсутствия по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного-6 019953 полиморфного маркера в образце нуклеиновой кислоты, взятом у индивида, где по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из группы маркеров, ассоциированных с блоком неравновесия по сцеплению rs4848543, блоком неравновесия по сцеплению rs13387042 и блоком неравновесия по сцеплениюrs3803662, где наличие по меньшей мере одного аллеля указывает на риск развития по меньшей мере второй первичной опухоли. В одном воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из маркеров, приведенных в любой из табл. 10, 15 и 19. В другом воплощении по меньшей мере один маркер ассоциирован с блоком неравновесия по сцелпению rs4848543. В одном воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из группы, состоящей из полиорфных маркеров, указанных в табл. 10, 15, 19, 20, 21 и 22, и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними. В другом воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из группы маркеров, находящихся в сильном неравновесии по сцеплению, характеризуемом значениями r2 выше 0,2, с маркером rs4848543. В следующем воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из группы маркеров, указанных в табл. 7,8 и 10. В следующем воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из группы маркеров, указанных в табл. 10. В следующем воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер ассоциирован с геном STEAP3/TSAP6. В предпочтительном воплощении маркером является rs4848543. В других воплощениях выполняются дополнительные этапы оценки частоты по меньшей мере одного гаплотипа индивида. Этот по меньшей мере один гаплотип в одном воплощении выбран из группы гаплотипов, указанных в табл. 7, 8 и 9. В других воплощениях также проводится оценка факторов риска рака молочной железы, имеющих высокую пенетрантность, таких как BRCA2 999del5. Фенотип рака молочной железы, по изобретению, согласно данному описанию, в определенных воплощениях может быть выбран из всех форм рака молочной железы всех форм, первичномножественного рака молочной железы, рака молочной железы с ранним началом заболевания или другого принятого в медицине определения рака молочной железы. В другом воплощении фенотипом, ассоциированным с раком молочной железы, является суммарный семейный анамнез (от англ. summed familyhistory). В конкретных воплощениях способов, применений, наборов или устройств по изобретению, по данному описанию, человеческим индивидом, которому проводится оценка, является женщина. Все маркеры по данному описанию, подходящие для оценки предрасположенности к раку молочной железы, могут применяться в различных способах, наборах, устройствах и применениях по данному описанию. Таким образом, в определенных воплощениях по меньшей мере один полиморфный маркер,подходящий для осуществления изобретения, может быть выбран из группы, состоящей из полиморфных маркеров, указанных в табл. 20, 21 и 22, и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними. В другом воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из группы маркеров, указанных в табл. 10, 15 и 19, и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними. В определенных воплощениях по меньшей мере один полиморфный маркер расположен в составе геномного сгемента с последовательностью, приведенной в любой из SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5 и SEQ ID NO:6. В одном предпочтительном воплощении по меньшей мере один маркер в составе SEQ ID NO:4 выбран из маркеров, приведенных в табл. 20. В другом предпочтительном воплощении по меньшей мере один маркер в составе SEQ ID NO:5 выбран из маркеров, приведенных в табл. 21. В следующем предпочтительном воплощении по меньшей мере один маркер в составе SEQ ID NO:6 выбран из маркеров, приведенных в табл. 22. В следующем воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из группы маркеров, указанных в табл. 7, 8,10, 14, 15, 18 и 19. В другом воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из группы маркеров, находящихся в сильном неравновесии по сцеплению, характеризуемом значениями r2 выше 0,2, с маркером rs4848543 (SEQ ID NO:1), rs3803662 (SEQ ID NO:3) или rs13387042 (SEQ ID NO:2). В предпочтительном воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из rs4848543 (SEQID NO:1), rs3803662 (SEQ ID NO:3) и rs13387042 (SEQ ID NO:2). В другом предпочтительном воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер представляет собой rs4848543 (SEQ ID NO:1). В другом предпочтительном воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер представляет собой isrs3803662 (SEQ ID NO:3). В следующем предпочтительном воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер представляет собой 13387042 (SEQ ID NO:2). В следующем воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер ассоциирован (т.е. находится в неравновесии по сцеплению) с геномSTEAP3/TSAP6, геном LOC643714 и/или геном TNRC9. В одном таком воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер расположен в составе гена STEAP3/TSAP6, гена LOC643714 и/или генаTNRC9. В другом предпочтительном воплощении по меньшей мере один полиморфный маркер выбран из rs4848543, rs13387042, rs3803662, rs12922061, rs4784227 и rs17271951. В определенных способах, применениях, наборах или устройствах по изобретению наличие по меньшей мере одного аллеля или гаплотипа указывает на повышенную предрасположенность к раку молочной железы. В других способах по изобретнию наличие по меньшей мере одного гаплотипа указывает на пониженную предрасположенность к раку молочной железы. Повышенная предрасположенность к раку молочной железы в одном воплощении обусловлена составом гаплотипа, выбранного из группы состава гаплотипов, состоящей из:(vi) rs8955398 аллель 2, rs4848543 аллель 1, rs6759589 аллель 1, rs838066 аллель 2, rs838100 аллель 3, rs838086 аллель 1, rs12711924 аллель 1 и rs3731603 аллель 4. В другом воплощении повышенная предрасположенность к раку молочной железы обусловлена составом гаплотипа, выбранного из группы состава гаплотипов, состоящей из:(x) rs10191184 аллель 3, rs6435957 аллель 2, rs10171745 аллель 3, rs6716542 аллель 3, rs4491709 аллель 4, rs12621130 аллель 1, rs6735174 аллель 1, rs6435959 аллель 2, rs2372943 аллель 3, rs13387042 аллель 1, rs10490444 аллель 1, rs13011060 аллель 3. В предпочтительном воплощении по меньшей мере один аллель или гаплотип, обусловливающий повышенный риск рака молочной железы, представляет собой аллель 1 rs4848543. В следующих воплощениях повышенный риск характеризуется значениями относительного риска или отношения шансов по меньшей мере 1,2, включая риск по меньшей мере 1,25, риск по меньшей мере 1,3, риск по меньшей мере 1,4, риск по меньшей мере 1,5, риск по меньшей мере 1,6, риск по меньшей мере 1,7 и риск по меньшей мере 2,0. В других определенных воплощениях изобретения наличие по меньшей мере одного аллеля или гаплотипа указывает на пониженную предрасположенность (пониженный риск) к раку молочной железы. По меньшей мере один аллель или гаплотип может, например, быть выбран из группы аллелей маркеров и гаплотипов, указанных в табл. 8, 9, 13, 14 и 18, имеющих значения относительного риска (RR) или отношения шансов (OR) менее одного. В одном воплощении по меньшей мере один аллель указывающий на пониженную предрасположенность к раку молочной железы, представлен в составе гаплотипов, выбранном из группы состава гаплотипов, состоящей из:(ix) rs895398 аллель 2, rs4848543 аллель 2, rs6759589 аллель 3, rs838066 аллель 2, rs838100 аллель 1,rs838086 аллель 1, rs12711924 аллель 1 и rs3731603 аллель 4. В другом воплощении пониженная предрасположенность к раку молочной железы обусловлена составом гаплотипа, выбранного из группы состава гаплотипов, состоящей из:(xi) rs10191184 аллель 3, rs6435957 аллель 4, rs10171745 аллель 3, rs6716542 аллель 3, rs4491709 аллель 4, rs12621130 аллель 1, rs6735174 аллель 1, rs6435959 аллель 4, rs2372943 аллель 3, rs13387042 аллель 3, rs10490444 аллель 3, rs13011060 аллель 1. В определенных воплощениях пониженная подверженность характеризуется значениями риска (относительного риска или отношения шансов) менее 0,9, включая риск менее 0,8, а риск менее 0,7, риск менее 0,6 и риск менее 0,5. В принципе, оценка маркеров и гаплотипов, для которых здесь была показана ассоциация с раком молочной железы, может использоваться в комбинации с анализом образца, содержащего геномную ДНК человеческого индивида или массива данных генотипа, полученного у человеческого индивида, на наличие или отсутствие по меньшей мере одного связанного с риском алелля по меньшей мере одного варианта, связанного с риском рака молочной железы, не находящегося в неравновесии по сцеплению с каким-либо из маркеров, приведенных в табл. 10, 15 и 19. Другими словами, генетические факторы риска, не сцепленные с какими-либо факторами риска, описываемыми здесь, могут использоваться в комбинации с факторами риска по данному изобретению для получения оценки совокупного риска индивида на основании множества факторов риска. Более того, анализ более чем одного фактора риска, ассоциированного по данному описанию с раком молочной железы, может использоваться в комбинации для получения совокупного общего риска. В одном таком воплощении анализ rs4848543 (SEQ ID NO:1),rs3803662 (SEQ ID NO:3) и rs13387042 (SEQ ID NO:2) выполняется для индивида или образца, взятого у-9 019953 индивида и производится анализ совокупного риска. В другом воплощении производится анализrs3803662 (SEQ ID NO:3) и rs13387042 (SEQ ID NO:2). Способы, применения, наборы и устройства по изобретению могут в некоторых воплощениях также включать анализирование информации, не относящейся к генетической, для оценки риска, диагностики или определения прогноза у индивида. Подобная информация, не относящаяся к генетической, в определенных воплощениях может включать возраст, пол, этническую принадлежность, социоэкономический статус, предшествующий диагноз заболевания, медицинский анамнез субъекта, семейный анамнез рака молочной железы, биохимические показатели и/или клинические показатели. Оценка общего риска по генетическим и негенетическим факторам риска может осуществляться с применением способов, известных специалистам. Неравновесие по сцеплению (НС) между сегментами генома (например, маркерами) в определенных воплощениях изобретения характеризуется определенными значениями показателя неравновесия по сцеплению. Согласно описанию ниже, неравновесие по сцеплению может характеризоваться конкретными численными значениями показателей НС, r2 и D'. В одном предпочтительном воплощении неравновесие по сцеплению характеризуется значениями r2 выше 0,1. В другом предпочтительном воплощении неравновесие по сцеплению характеризуется значениями r2 выше 0,2. Также возможны другие пороговые значения r2, включая 0,3, 0,4, 0,5, 0,6, 0,7, 0,8, 0,9, 0,95, 0,96, 0,97, 0,98, 0,99, но не ограничиваясь ими. В другом предпочтительном воплощении неравновесие по сцеплению характеризуется значениями D' выше 0,5. В другом предпочтительном воплощении неравновесие по сцеплению характеризуется значениями D' выше 0,8. Также возможны другие пороговые значения D', включая 0,2, 0,3, 0,4, 0,6, 0,7, 0,8,0,9, 0,95, 0,96, 0,97, 0,98 и 0,99, но не ограничиваясь ими. В определенных воплощениях неравновесие по сцеплению характеризуется численными пороговыми значениями либо для D', либо для r2. В одном таком воплощении неравновесие по сцеплению характеризуется численными пороговыми значениями выше 0,8 для D' и выше 0,2, для r2 или обоими. В определенных воплощениях НС определяется в конкретной популяции. В некоторых таких воплощениях популяция выбрана из европеоидной, китайской, японской и африканской популяций. В одном воплощении популяцией является европеоидная популяция СЕРН. В некоторых других воплощениях способов, применений, устройств или наборов по изобретению индивид имеет определенное происхождение. В одном воплощении происхождение выбрано из черного африканского происхождения, европеоидного происхождения и китайского происхождения. В другом воплощении происхождение представляет собой происхождение от черных африканцев. В другом воплощении происхождение представляет собой происхождение от афроамериканцев. В другом воплощении происхождение представляет собой европеоидное происхождение. В определенном воплощении происхождение указывается самостоятельно индивидом, проходящим генетический анализ или генотипирование. В других воплощениях происхождение определяется с помощью генетического тестирования, включающего определение по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного полиморфного маркера в образце нуклеиновой кислоты индивида, где наличие или отсутствие аллеля указывает на происхождение индивида. Краткое описание графических материалов Описанные выше и другие объекты, признаки и преимущества данного изобретения будут очевидны из следующего далее более подробного описания предпочтительных воплощений данного изобретения Фиг 1 отображает геномную структуру региона хромосомы 2, включающего маркер rs4848543, который, как здесь показано, ассоциирован с раком молочной железы. Маркеры в неравновесии по сцеплению с rs4848543 также находятся в составе этого региона, обозначаемого здесь как блок неравновесия по сцеплению rs4848543. Регион характеризуется выраженным неравновесием по сцеплению (высокое НС),а его границы характеризуются участками с высокой рекомбинацией. Маркеры в неравновесии по сцеплению с rs4848543, характеризуемом значениями показателя НС r2 выше 0,2 в европеоидной популяцииCEU НарМар, охватывают позиции 120,023,583 - 120,117,062 на хромосоме 2 в NCBI Build 34, и позиции 119,644,908-119,738,387 пн в NCBI Build 36. В обоих этих формах последовательностей, регион, охватываемый этими маркерами, составляет 93,479 пн. Фиг. 2 отображает геномную структуру региона на хромосоме 2, включающего маркер rs13387042. Маркеры в неравновесии по сцеплению с rs13387042 также находятся в составе данного региона, обозначаемого здесь как блок неравновесия по сцеплению rs13387042. Регион характеризуется выраженным неравновесием по сцеплению (высокое НС), а его границы характеризуются участками с высокой рекомбинацией. Маркеры в неравновесии по сцеплению с rs13387042, характеризуемом значениями показателя НС r2 выше 0,2 в европеоидной популяции CEU НарМар, охватывают позиции 218,059,508 -218,141,061 на хромосоме 2 в NCBI Build 34, и позиции 217,565,211-217,646,764 пн в NCBI Build 36. В обоих этих формах последовательностей, регион охватывает 81,553 пн. Фиг. 3 отображает геномную структуру региона хромосомы 16, включающего маркер rs3803662. Маркеры в неравновесии по сцеплению с rs3803662 также находятся в составе данного региона, обозначаемого здесь как блок неравновесия по сцеплению rs3803662. Регион характеризуется выраженным не- 10019953 равновесием по сцеплению (высокое НС), а его границы характеризуются участками с высокой рекомбинацией. Маркеры в неравновесии по сцеплению с rs3803662, характеризуемом значениями показателя НС r2 выше 0,2 в европеоидной популяции CEU НарМар, охватывают позиции 52,314,403 - 52,413,602 на хромосоме 16 в NCBl Build 34 и позиции 51,093,311-51,192,501 пн в NCBl Build 36. В обеих этих формах последовательностей регион охватывает 99,190 пн. Сведения, подтверждающие возможность осуществления изобретения Ниже следует описание предпочтительных воплощений изобретения. Данное изобретение описывает полиморфные варианты и гаплотипы, для которых была обнаружена ассоциация с раком молочной железы. Было установлено, что определенные аллели конкретных полиморфных маркеров (например, маркера rs4848543, маркера rs13387042 и маркера rs3803662, и маркеров в неравновесии по сцеплению с ними, маркеров, ассоциированных с блоком неравновесия по сцеплению rs4848543, блоком неравновесия по сцеплению rs13387042 и блоком неравновесия по сцеплениюrs3803662, маркеры по табл. 10, 15, 19, 20, 21 и 22, например, маркеры, указанные в таблице 10, 15 и 19) и гаплотипы, включающие такие аллели, ассоциированы с раком молочной железы. Такие маркеры и гаплотипы могут применяться для контроля за риском рака молочной железы, как будет более подробно описано далее. Следующие воплощения изобретения включают наборы для оценки наличия или отсутствия определенных аллелей данных маркеров. Определения Последовательности нуклеиновых кислот изображены слева направо в направлении от 5' к 3', если не указано иначе. Численные диапазоны, перечисленные в спецификации, включают значения, определяющие диапазон, и включают каждое целое значение или дробное значение в составе определенного диапазона. Если не указано иначе, все используемые здесь технические и научные термины имеют то же значение, в котором они обычно используются специалистами в области, к которой относится изобретение. Следующие термины будут в настоящем контексте иметь указанные значения:"Полиморфный маркер," иногда обозначаемый как "маркер" в данном описании, относится к полиморфному сайту генома. Каждый полиморфный маркер имеет по меньшей мере две разновидности последовательности, характерные для определенных аллелей полиморфного сайта. Таким образом, генетическая ассоциация с полиморфным маркером подразумевает, что существует ассоциация по меньшей мере с одним специфическим аллелем этого конкретного полиморфного маркера. Маркер может включать любой аллель любого вида варианта, обнаруженного в геноме, включая ОНП, микросателлиты, инсерции, делеции, дупликации и транслокации."Аллель" относится к нуклеотидной последовательности заданного локуса (позиции) на хромосоме. Аллель полиморфного маркера таким образом относится к составу (т.е. последовательности) маркера на хромосоме. Геномная ДНК индивида содержит два аллеля (например, аллель-специфичные последовательности) для любого заданного полиморфного маркера, репрезентативного для каждой копии маркера на каждой хромосоме. Коды нуклеотидов, используемые здесь в последовательностях, следующие: А = 1, С = 2, G = 3, Т = 4. Для аллелей микросателлитов в качестве референсной использована выборка СЕРН(Centre d'Etudes du Polymorphisme Humain, генобанк, выборка СЕРН 1347-02), наиболее короткий аллель каждого микросателлита в данной выборке обозначен как 0, а все другие аллели в других выборках пронумерованы относительно данной последовательности. Так, например, аллель 1 является на 1 пн длиннее, чем самый короткий аллель в выборке СЕРН, аллель 2 является на 2 пн длиннее, чем самый короткий аллель в выборке СЕРН, аллель 3 является на 3 пн длиннее, чем самый короткий аллель в выборке СЕРН, и т.д., а аллель -1 является на 1 пн короче, чем самый короткий аллель в выборке СЕРН, аллель -2 является на пн короче, чем самый короткий аллель в выборке СЕРН и т.д. Возможные вариации в последовательности, приведенные здесь, находятся в соответствии с предложенными IUPAC-IUB. Данные коды совместимы с кодами, используемыми в базах данных EMBL,GenBank и PIR. Позиция нуклеотида, по которой возможно существование более одной последовательности в популяции (либо в естественной популяции, либо в искусственной популяции, например библиотеке синтетических молекул), обозначается здесь как "полиморфный сайт"."Однонуклеотидный полиморфизм" или ОНП представляет собой вариацию последовательности ДНК, возникающую, когда единичный нуклеотид в определенном положении в геноме отличается между представителями вида или между парами хромосом у индивида. Большинство ОНП имеют два аллеля. Каждый индивид в этом отношении является либо гомозиготным по одному аллелю полиморфизма (т.е. обе хромосомные копии индивида имеют одинаковые нуклеотиды в месте ОНП) или индивид является гетерозиготным (т.е. две сестринские хромосомы индивида содержат разные нуклеотиды). Номенклатура ОНП по данному описанию соответствует официальным идентификационным кодам (от англ. ReferenceSNP (rs) ID identification tag), приписанным каждому уникальному ОНП Национальным Центром по Биотехнологической Информации (от англ. National Center for Biotechnological Information, NCBl)."Вариант" по данному описанию относится к сегменту ДНК, отличающемуся от референсной ДНК."Маркер" или "полиморфный маркер" по данному описанию представляет собой вариант. Аллели, отличающиеся от референсных, обозначаются здесь как аллели "вариантов"."Микросателлит" является полиморфным маркером, имеющим множественные малые повторы длиной от 2 до 8 нуклеотидов (например, повторы СА) в конкретном сайте, у которых число повторяющихся мотивов варьирует в общей популяции."Индели" представляют собой распространенную форму полиморфизма, включающую небольшую инсерцию или делецию, которая обычно имеет длину всего несколько нуклеотидов."Гаплотип" в данном описании относится к сегменту геномной ДНК, в пределах одной ната-ДНК,характеризующемуся специфической комбинацией последовательно расположенных аллелей. У диплоидных организмов, таких как человек, гаплотип включает одного представителя из пары аллелей по каждому полиморфному маркеру или локусу. В определенном воплощении гаплотип может включать два или более аллелей, три или более аллелей, четыре или более аллелей, или пять или более аллелей. Гаплотипы описываются здесь в контексте названия маркера и аллеля маркера в данном гаплотипе, например"1 rs4848543" или "1-rs4848543" означает 1 аллель (аллель А) маркера rs4848543, входящего в гаплотип,и является эквивалентом " аллель 1 rs4848543 " или " аллель А rs4848543). Кроме того, коды аллелей в гаплотипе являются такими же, как в отдельных маркерах, т.е. 1 =А, 2 = С, 3 = G и 4 = Т. Термин "подверженность" по данному описанию относится к индивиду (или группе индивидов),склонных к развитию рака молочной железы или способных в меньшей степени противостоять развитию рака молочной железы по сравнению со среднестатистическим индивидом. Термин включает как повышенную подверженность, так и пониженную подверженность. Так, определенные полиморфные маркеры и/или гаплотипы по изобретению в данном описании могут быть характерны для повышенной подверженности (т.е. повышенного риска) раку молочной железы, характеризуемой относительным риском(ОР) более одного или отношением шансов (ОШ) более одного. Возможно, маркеры и/или гаплотипы по изобретению характерны для пониженной подверженности (т.е. пониженного риска) сердечнососудистых заболеваний, характеризуемых относительным риском менее одного. Термин "и/или" в данном контексте следует трактовать как указание на то, что подразумеваются либо один, либо оба из пунктов, соединенных таким термином. Другими словами, данный термин здесь нужно воспринимать в значении "один или другой, или оба". Термин "ассоциированный с" в данном описании сцепления генетических элементов (генов и/или маркеров) означает элементы, находящиеся в неравновесии по сцеплению. Предпочтительно термин должен использоваться для обозначения элементов, нахдящихся в неравновесии по сцеплению, характеризуемом значениями показателя неравновесия по сцеплению r2 выше 0,2. Термин "переводная таблица" в данном описании означает таблицу, приводящую в соответствие одну форму данных с другой или одну или более форм данных с прогнозируемым исходом, к которому относятся данные, например фенотип или признак. Например, переводная таблица может включать соответствие между аллельными данными по меньшей мере для одного маркера и определенным признаком или фенотипом, например диагнозом определенного заболевания, которое вероятно проявится у индивида, имеющего определенные аллельные данные или которое может проявиться у него с большей вероятностью, чем у индивида, не имеющего определенные аллельные данные. Переводные таблицы могут быть многомерными, т.е. они могут содержать информацию одновременно по нескольким аллелям отдельных маркеров или они могут содержать информацию о множестве маркеров, и они также могут включать другие факторы, например подробности о диагнозе заболеваний, информацию о расовой при- 12019953 надлежности, биомаркерах, биохимических показателях, способах терапии или лекарственных препаратах и т.д."Компьютерные носители" представляют собой носители для хранения информации, к которой можно получить доступ при помощи компьютера с использованием коммерчески доступных или созданных по заказу программ. Примеры компьютерных носителей включают блоки памяти (например, RAM,ROM, флэш-память, и т.д.), оптические носители информации (например, CD-ROM), магнитные носители (например, компьютерные жестие диски, гибкие диски и т.д.), перфокарты или другие коммерчески доступные носители. Для хранения или доступа к хранящейся информации, информация может быть перенесена между системой, представляющей интерес, и носителем, между компьютерами, либо между компьютерами и компьютерными носителями. Такое перенесение может быть электронным или с помощью других доступных методов, например ИК-связи, беспроводных соединений и т.д."Образец нуклеиновой кислоты" представляет собой образец, полученный у индивидов и содержащий нуклеиновую кислоту. В определенных воплощениях, т.е. для определения конкретных полиморфных маркеров и/или гаплотипов образец нуклеиновой кислоты содержит геномную ДНК. Такой образец нуклеиновой кислоты может быть получен из любого источника, содержащего геномную ДНК, включая как образец крови, образец амниотической жидкости, образец спинномозговой жидкости или образец ткани кожи, мышцы, буккальной слизистой или конъюнктивы, плаценты, желудочно-кишечного тракта или других органов. Термин "препарат, используемый при раке молочной железы" в данном описании означает агент,который может применяться для облегчения или предупреждения симптомов, ассоциированных с раком молочной железы. Термин "нуклеиновая кислота, ассоциированная с раком молочной железы" в данном описании означает нуклеиновую кислоту, которая, как было показано, ассоциируется с раком молочной железы. Термин включает описанные здесь маркеры и гаплотипы, а также маркеры и гаплотипы в сильном неравновесии по сцеплению (НС) с ними, но не ограничивается ими. В одном воплощении нуклеиновая кислота, ассоциированная с раком молочной железы, относится к определенному региону генома, например, блоку неравновесия по сцеплению, для которого обнаружена ассоциация с раком молочной железы по меньшей мере по одному полиморфному маркеру, расположенному в составе региона или ассоциированному (т.е. находящемуся в неравновесии по сцеплению) с регионом. Термин "все формы рака молочной железы" или "все формы РМЖ" относится к индивидам с диагностированным раком молочной железы, независимо от конкретного подтипа рака молочной железы. Термин "умеренная предрасположенность" к раку молочной железы или рак молочной железы"УмерПред" (от англ. "Medium Predisposition") относится к подтипу рака молочной железы. Чтобы фенотип подходил под это определение, требуется соответствие пробанда по меньшей мере одному из следующих критериев: 1. Пробанд является представителем группы случаев рака молочной железы, объединяющей 3 или более пораженных родственников, находящихся на генетическом расстоянии не более 3 мейотических делений (3 М). 2. Пробанд является одним из пары пораженных родственников, находящихся на расстоянии не более 3 М, у одного из которых диагноз был поставлен в возрасте 50 лет или младше. 3. Пробанд является одним из пары пораженных родственников, находящихся на расстоянии не более 3 М, у одного из которых была диагностирована вторая первичная опухоль любого типа. 4. У пробанда была диагностирована вторая первичная опухоль любого типа. Из 1600 исландских пациентов, вошедших в представленное здесь исследование, 653 отвечают критериям "УмерПред" (40,8%). Термин "первично-множественные опухоли молочной железы", или "ПМ ОМЖ" в данном описании означает случаи, когда наряду с постановкой первого диагноза рака молочной железы диагностируется по меньшей мере еще одна первичная опухоль, и как клинически, так и гистологически подтверждается, что две опухоли являются независимыми первичными опухолями, развивающимися одновременно или последовательно с первоначально диагностированной опухолью молочной железы, и возникают контралатерально или ипсилатерально. Термин "индекс семейного анамнеза" (ИСА) в данном описании определяется по количеству имеющих рак молочной железы родственников у пробанда с заболеванием. Для каждого пробанда индекс,равный 1, присваивается за каждого пораженного родственника первой степени, 0,5 за каждого пораженного родственника второй степени и 0,25 за каждого родственника третьей степени. Общая сумма, полученная таким образом, по всем пораженным родственникам, представляет суммированный индекс семейного анамнеза, или ИСА. Термин "блок НС rs4848543" или "блок неравновесия по сцеплению rs4848543" в данном описании означает регион генома на хромосоме 2 между позициями 119,987,002 и 120,129,001 по NCBI (NationalBuild 36. Блок НС rs4848543 имеет размер 141,999 пн. Термин "ген STEAP3" или "ген TSAP6" в данном описании означает ген 6-трансмембранного эпи- 13019953 телиального антигена простаты 3 (от англ. Six-transmembrane Epithelial Antigen of the Prostate илиSTEAP3), также обозначаемый геном пути активации опухолевых супрессоров 6 (от англ. Tumor Suppressor Activated Pathway 6 или TSAP6). Ген располагается на хромосоме 2q14.2 и охватывает позиции с 120076561 по 120118373 (NCBI Build 34). Термин "блок НС rs13387042", или "блок неравновесия по сцеплению rs13387042" в данном описании означает блок неравновесия по сцеплению (НС) на хромосоме 2 между позициями 218,062,001 и 218,141,002 по NCBI (National Center for Biotechnology Information) Build 34. Блок НС охватывает 79,001 пар оснований (Build 34). Термин "блок НС rs3803662", или "блок неравновесия по сцеплению rs3803662" в данном описании означает блок неравновесия по сцеплению (НС) на хромосоме 16 между позициями 52,291,041 и 52,436,127 по NCBI (National Center for Biotechnology Information) Build 34. Блок НС охватывает 145,086 пар оснований (Build 34). Термин "гаплотип Daly" в данном описании означает 2-маркерные гаплотипы в составе заданного блока НС (регион высокого НС), которые идентифицированы в качестве хороших суррогатов (r20,8) для дополнительного набора ОНП, типированных в проекте НарМар. Эти дополнительные ОНП имеют частоту минорного аллеля 5% в выборках UTAH СЕРН (CEU) НарМар, и они не представлены в составе чипа Нар 300 SNP и также они не маркируются ОНП, имеющимися на чипе [Pe'er, et al., (2006), Nat Genet,38, 663-7]. Термин "рак молочной железы, позитивный по эстрогеновым рецепторам", или "ЭР-позитивный рак молочной железы", в данном описании относится к образцу ткани опухоли молочной железы, который считается положительным по экспрессии эстрогенового рецептора. Экспрессия эстрогенового рецептора может, например, определяться в радиоиммуном анализе или методом иммуногистохимии. Положительным считается уровень 10 фмоль/мг, определенный радиоиммунометрически или 10% ядер,оцененных положительными при иммуногистохимическом определении. Термин "рак молочной железы, позитивный по прогестероновым рецепторам" или "ПР-позитивный рак молочной железы" в данном описании относится к образцу ткани опухоли молочной железы, который считается положительным по экспрессии прогестеронового рецептора. Экспрессия прогестеронового рецептора может, например, определяться в радиоиммуном анализе или методом иммуногистохимии. Положительным считается уровень 10 фмоль/мг, определенный радиоиммунометрически или 10% ядер, оцененных положительными при иммуногистохимическом определении. В ходе ассоциативного анализа популяции индивидов с диагностированным раком молочной железы было обнаружено, что конкретные аллели конкретных полиморфных маркеров ассоциированы с раком молочной железы. Общегеномный анализ вариантов, ассоциированных с раком, выявил ассоциацию рака молочной железы с двумя различными регионами на хромосоме 2 в составе сегментов Chr2q14 иChr2q35, а также в составе региона на хромосоме 16 (Chr16q12). Для определенных маркеров и гаплотипов в этих регионах была обнаружена ассоциация с повышенным риском рака молочной железы. Как показано в табл. 1, было обнаружено, что аллель А маркера rs4848543 на хромосоме 2q14.2(также обозначаемый аллель A rs4848543 или 1 аллель rs4848543 или A-rs4848543) ассоциирован с повышенным риском рака молочной железы. При анализе фенотипа рака молочной железы "УмерПред" у 1598 пациентов в сравнении с 4477 популяционными контролями, не имеющими рака, оцениваемое значение относительного риска (RR) составило 1,42, при значении р 8,310-8. После коррекции на множественность сравнений (317 089 ОНП маркеров, протестированных при помощи чипа для общегеномного сканирования, использованного в эксперименте, значение р составило 0,026, т.е. ассоциация является достоверной на общегеномном уровне. Ассоциация с более общим фенотипом "все формы РМЖ" несколько слабее, значение RR составляет 1,16 (см. Табл. 1). Данные результаты были воспроизведены на независимой исландской когорте лиц с раком молочной железы. Маркер rs4848543 расположен в составе региона, обозначаемого здесь как блок НС rs4848543. Данный маркер ОНП и маркеры, сцепленные с данным маркером (например, маркеры, указанные в табл. 10),могут применяться в способах по данному изобретению. Благодаря существованию паттерна локального неравновесия по сцеплению в человеческом геноме, существует множество полиморфных маркеров, находящихся в сильном НС с rs4848543, для которых здесь была продемонстрирована ассоциация с раком. Эти сцепленные маркеры (например, маркеры, указанные в табл. 10), включая известные ОНП или другие полиморфные маркеры, например, микросателлиты или индели, а также другие сцепленные ОНП или другие полморфные маркеры могут, таким образом, применяться поодиночке или в комбинации, в качестве суррогатных маркеров для выявления ассоциации с раком молочной железы, по данному описанию. В частности, ожидается, что другие полиморфные маркеры, расположенные в составе блока НСrs4848543, могут применяться в качестве суррогатных маркеров в способах по изобретению. Второй регион на хромосоме 2 (2q35) был идентифицирован в ходе общегеномного ассоциативного исследования. Было обнаружено, что аллель А маркера rs13387042 (также обозначаемый аллель Ars13387042 или 1 аллель rs13387042 или A-rs13387042) ассоциирован с повышенным риском рака молочной железы (см. табл. 11). Данный ОНП расположен на хромосоме 2q35, на определенном расстоянии от- 14019953 локуса STEAP3/TSAP6. Анализ 2181 индивида с раком молочной железы ("все формы РМЖ") и 12 441 популяционного контроля, показал, что аллель A rs13387042 обусловливает риск, равный 1,19, со значением р 4,010-5. Риск (RR) при раке молочной железы "УмерПред" оказался сравнимым с таковым приAny ВС. Суррогатные маркеры, которые также могли применяться для выявления ассоциации сrs13387042, указаны в табл. 15. Данные результаты были воспроизведены на второй независимой выборке из населения Исландии(583 "случая" и 7966 "контролей"), и была получена оценка значения относительного риска RR для аллеля A rs13387042, ассоциированного с фенотипом "все формы РМЖ" в этой второй группе, равная 1,20(значение Рсоrr = 3,810-3). Таким образом, исходные результаты были достоверно воспроизведены на независимой исландской выборке с очень близкой точечной оценкой относительного риска RR, и совокупным значением Рсоrr 2,010-7, что очень близко к уровню значимости после коррекции Бонферрони на 317089 протестированных ОНП. Наблюдаемая частота и относительный риск для варианта аллели Ars13387042 соответствует оцененному популяционному атрибутивному риску в исландской популяции,равному 15,6%. Исследование по воспроизведению на испанской и шведской выборках подтвердило данные результаты. При анализе 446 случаев с раком молочной железы и 977 контрольных образцов из Испании было получено значение RR, равное 1,21 (значение Р 1,810-2; табл. 11). Частота варианта A-rs13387042 была выше в контрольных образцах Испании, что позволило предположить, что более широкая распространенность варианта способствует большему генетическому грузу в отношении рака молочной железы в популяциях испанского происхождения. Кроме того, были проанализированы две шведские когорты"шведская семейственная" и "шведская консекутивная". В "шведской консекутивной" когорте был продемонстрирован значимый RR рака молочной железы, составлявший 1,31 (значение Р= 2,010-4), тогда как в "шведской семейственной" когорте оценка относительного риска составила 1,11, что было статистически недостоверно. Тем не менее, в совокупности на объединенных шведских когортах была получена значимая оценка относительного риска, равная 1,22 (значение Р= 8,110-4). Оценки у исландской, испанской и шведской когорт были объединены при совместном анализе, по методу Мантеля-Хензеля. В результате был получена оценка относительного риска, равная 1,20, и значение Р, равное 3,810-11. Это значительно ниже порогового уровня значимости на уровне генома при использовании метода Бонферрони для коррекции на 317 089 протестированных ОНП. Таким образом, было сделано заключение, что аллель A rs13387042 обусловливает достоверный и воспроизводимый риск рака молочной железы в нескольких популяциях европейского происхождения. Совокупный популяционный атрибутивный риск был оценен как равный 16,4%. Последующий общегеномный анализ ОНП по данным, полученным для 1600 пациентов с раком молочной железы и 11563 контролей, обнаружил, что аллель Т ОНП rs3803662 (T-rs3803662; rs3803662 аллель Т) обусловливает 1,23-кратное оцениваемое повышение риска для Any ВС (табл. 16). Данные результаты были подтверждены на второй независимой когорте 594 исландских пациентов с раком молочной железы и 1433 контролей. При объединении данных по этим двум исландским выборкам была получена оценка относительного риска 1,23 и начение Р 2,810-7 при коррекции на родство между индивидами. Это соответствовало оцениваемому популяционному атрибутивному риску, равному 10,1% (табл. 16). Суррогатные маркеры, которые могут применяться для выявления ассоциации с rs3803662 указаны в табл. 19. Был проведен анализ воспроизводимости данных результатов в шведской и испанской когортах,описанных выше, а также анализ 558 случаев с раком молочной железы и 1384 контролей из г. Неймеген,Голландия. Как показано в табл. 16, достоверно повышенный риск для алелля Т rs3803662 наблюдался во всех трех из перечисленных дублирующих когорт. При совместном анализе этих трех не-исландских дублирующих когорт оценка совокупного относительного риска составила 1,35, а значение Р 5,110-12. При совместном анализе исландской и дублирующих когорт оценка совокупного относительного риска составила 1,28 при значении Р 2,710-17. Это значительно ниже порогового уровня значимости на уровне генома при коррекции на количество протестированных ОНП. Соответствующая оценка совокупного популяционного атрибутивного риска составила 13,4% (табл. 16). Была изучена ассоциация между аллелем A rs13387042 и аллелем Т rs3803662, статусом по эстрогеновым рецепторам (ЭР) и прогестероновым рецепторам (ПР). Значительный риск рака молочной железы,связанный с аллелем A rs13387042 и аллелем Т rs3803662, наблюдался в пределах группы пациентов с диагностированными ЭР-позитивными опухолями и разница между значениями отношения шансов OR для ЭР-позитивных и ЭР-негативных опухолей также была достоверной (табл. 25). Также наблюдалась тенденция к существованию риска рака молочной железы преимущественно среди пациентов с диагностированными ПР-позитивными опухолями. Биология STEAP3/TSAP6 ДНК STEAP3/TSAP6 была впервые получена из одной из мРНК, индуцированных активацией р 53 в клетках линии миеломы грызунов LTR6, содержащих температуро-чувствительный ген р 53 [Amson, etal., (1996), Proc Natl Acad Sci USA, 93, 3953-7]. Данная форма у грызунов получила название гена пути- 15019953 активации опухолевых супрессоров (от англ. Tumour Suppressor Activated Pathway 6 или TSAP6). Позднее было подтверждено, что данный ген включается при активации р 53 в клетках LTR6 [Passer et al.,(2003), Proc Natl Acad Sci USA, 100, 2284-9]. Его аналог у крыс, обозначенный pHyde, был выделен из клеточной линии опухоли простаты в ходе экспериментов, проводимых с целью выявления генов, поразному экспрессируемых в двух клеточных линиях с различной склонностью к метастазированию [Rinaldy и Steiner, (1999), DNA Cell Biol, 18, 829-36]. Было показано, что кДНК pHyde вызывает апоптоз в клеточных линиях простаты крысы и человека и ксенотрансплантатах [Rinaldy et al., (2000), Gan To Kagaku Ryoho, 27 Suppl 2, 215-22; Steiner et al., (2000), Cancer Res, 60, 4419-25]. Позже было показано, что апоптоз, вызванный pHyde, запускается через путь каспазы-3 [Zhang et al., (2001), Oncogene, 20, 5982-90]. Подавление STEAP3/TSAP6 также было связано с прогрессированием гепатоцеллюлярной карциномыPasser et al. выделили кДНК человеческого аналога STEAP3/TSAP6 и показали, что мРНК можно было индуцировать при активации р 53 в клетках линии карциномы молочной железы MCF7 [Passer et al.,(2003), Proc Natl Acad Sci USA, 100, 2284-9]. Индукция р 53 происходит на уровне транскрипции и опосредуется консервативным р 53-отвечающим элементом в промоторе STEAP3/TSAP6 между нуклеотидами -478 и -357 (последовательность получила кодом доступа AY214461)[Passer et al., (2003), Proc NatlAcad Sci USA, 100, 2284-9]. Белок был охарактеризован как состоящий из 488 аминокислот, имеющий размер 50-55 кДа, 6-кратно пронизывающий мембрану трансмембранный белок [Passer et al., (2003), ProcNatl Acad Sci USA, 100, 2284-9]. Антисенсовая РНК, прицельно воздействующая на STEAP3/TSAP6, ингибировала р 53-зависимый апоптоз, что также свидетельствовало в пользу того, что STEAP3/TSAP6 действует как эффектор апоптоза [Passer et al., (2003), Proc Natl Acad Sci USA, 100, 2284-9]. STEAP3/TSAP6 физически взаимодействует с двумя белками, задействованными в регуляции клеточного цикла и апоптоза; Nix и Myt1 [Passer et al., (2003), Proc Natl Acad Sci USA, 100, 2284-9]. Nix (также обозначаемыйBNIP3L) является митохондриальным проапоптотическим белком, связанным с Bcl2. Nix иSTEAP3/TSAP6 усиливают проапоптотические эффекты друг друга [Passer et al., (2003), Proc Natl AcadSci USA, 100, 2284-9]. Myt1 обладает двойной специфичностью (Ser/Thr и Tyr) киназы, блокирующей клеточный цикл в переходе G2/M путем фосфорилирования и таким образом, ингибирования циклинзависимой киназы p34cdc2. Взаимодействие между Myt1 и TSAP6 способствует Myt1-зависимому фосфорилированию p34cdc2 путем поддержания Myt1 в его фосфорилированном активированном состоянии[Passer et al., (2003), Proc Natl Acad Sci USA, 100, 2284-9]. Несколько неожиданно было обнаружено, что STEAP3/TSAP6 является геном, отвечающим за микроцитарную гипохромную анемию у мышей мутантной линии пт 1054 [Ohgami et al., (2005), Nat Genet,37, 1264-9]. Внеклеточное железо переносится трансферрином (Tf) из кишечника, ретикулоэндотелиальной системы и печени ко всем пролиферирующим клеткам организма. Tf-связанное железо поступает внутрь клетки посредством эндоцитоза, опосредованного рецептором к трансферрину (TfR1). Железо высвобождается из комплекса с Tf в эндосомах при окислении и затем доставляется в цитоплазму переносчиком двухвалентных ионов металлов Dmt1. Tf и TfR1 затем возвращаются во внеклеточное пространство. В окружающей среде и в связанном с Tf виде железо преимущественно находится в окисленном состоянии Fe3+ (трехвалентном) и должно быть восстановлено до Fe2+ (двухвалентного) состояния для транспортировки через цитоплазматическую мембрану. Благодаря наличию ассоциации с анемией,STEAP3/TSAP6 был идентифицирован в качестве основной редуктазы железа, осуществляющей эту реакцию в клетках эритроидного ряда, что подразумевает его важное значение в поступлении железа [Ohgami et al., (2005), Nat Genet, 37, 1264-9]. STEAP3/TSAP6 также обладает способностью восстанавливать ионы меди, и такая металлоредуктазная активность свойственна и другим представителям семействаSTEAP: STEAP2 и STEAP4 [Ohgami, et al., (2006), Blood, 108, 1388-94]. Было также показано, что STEAP3/TSAP6 участвует в стимуляции секреции белков альтернативным путем. Классическая секреция белков опосредована через NH2-концевую сигнальную последовательность на белках, подлежащих секреции. Сигнальная последовательнсть направляет белок через эндоплазматический ретикулум/аппарат Гольджи с последующим транспортом через плазматическую мембрану в секреторных везикулах. После слияния секреторной везикулы с плазматической мембраной секретированный белок высвобождается во внеклеточное пространство. Секреция белков может также осуществляться альтернативным путем, в ходе которого внутриклеточные везикулы отпочковываются в просвет эндосом, образуя так называемые мультивезикулярные тельца. Слияние мультивезикулярных телец с плазматической мембраной приводит к выбросу таких мембрано-инкапсулированных везикул во внеклеточное пространство. Такие везикулы известны как экзосомы. Было показано, что STEAP3/TSAP6 стимулирует образование экзосом р 53-зависимым способом [Amzallag et al., (2004), J Biol Chem, 279,46104-12; Yu et al., (2006), Cancer Res, 66, 4795-801]. Экзосомы могут быть вовлечены в противоопухолевый ответ, имеющий важное значение. Одним из белков, секретируемых в экзосомах в ответ на активацию пути p53-STEAP3/TSAP6, является маспин (Maspin, от англ. mammary serine protease inhibitor), обладающий ингибиторным эффектом в отношении ангиогенеза, опухолевой инвазии и метастазирования клеток опухоли молочной железы [Sheng et al., (1996), Proc Natl Acad Sci USA, 93, 11669-74; Shi, et al.,(2001), Cancer Res, 61, 6945-51; Zhang et al., (1997), Mol. Med., 3, 49-59; Zou et al., (1994), Science, 263,- 16019953 526-9]. Экзосомы могут содержать провоспалительные факторы, такие как опухолевый белок, регулируемый на уровне трансляции/фактор высвобождения гистамина (от англ. Translationally Controlled Tumour Protein (TCTP)/Histamine Releasing Factor) и опухоле специфичные антигены, такие как Her2/Neu и Marti [Amzallag, et al., (2004), J Biol Chem, 279, 4610412; Ure et al., (2002), Lancet, 360, 295-305]. Предполагается, что STEAP3/TSAP6-опосредованное формирование эндосом может отвечать за так называемый эффект постороннего, при котором клетки, в которых индуцирована экспрессия р 53, могут вызывать остановку клеточного цикла, проапоптотический ответ и гибель соседних клеток [Yu et al., (2006), Cancer Res, 66, 4795-801]. Почти ничего не известно о взаимоотношениях между возможными генетическими вариантамиSTEAP3/TSAP6 и риском рака. Скрининг мутаций в клеточных линиях карциномы простаты, ксенотрансплантатах и образцах опухолевой ткани позволил обнаружить 2 миссенс-мутации (Ala184Thr иlle305Thr) в ксенотрансплантатах при исследовании всего 4 клеточных линий, 8 ксенотрансплантатов и 56 образцов опухолей (всего 68 образцов). Авторы пришли к выводу, что STEAP3/TSAP6 не является классическим геном супрессии опухолей при раке простаты. До настоящего времени не было описано других исследований генетических вариантов STEAP3/TSAP6 при какой-либо другой форме рака. Возможность применения пути STEAP3/TSAP6 для разработки усовершенствованных способов лечения рака молочной железы Наше наблюдение позволяет предположить, что генетический вариант блока НС STEAP3/TSAP6 представляет собой распространенный фактора риска развития карциномы молочной железы. Таким образом, способы лечения, направленно воздействующие на STEAP3/TSAP6, его гомологи и другие компоненты пути STEAP3/TSAP6, могут считаться кандидатами для лечения или предупреждения рака молочной железы. Такие мишени включают: сам STEAP3/TSAP6 (OMIM 609671); его гомологи STEAP1(OMIM 164870), маспин (OMIM 154790); и другие представители пути STEP3/TSAP6, которые будут идентифицированы или о вовлечении которых станет известно. Способы лечения могут включать малые молекулы, являющиеся агонистами или антагонистами STEAP3/TSAP6, его гомологов или компонентов пути; макромолекулярные агенты, являющиеся агонистами или антагонистами STEAP3/TSAP6, его гомологов или компонентов пути; или применение STEAP3/TSAP6, гомологов или компонентов пути в качестве трансгенов в протоколах генной терапии или иммунотерапии. STEAP3/TSAP6, его гомологи или компоненты пути и/или молекулы, воздействующие на их активность, могут также быть использованы в качестве адъювантов для цитостатической или цитотоксической терапии (химиотерапии, радиотерапии, генной или иммунной терапии) посредством потенциации их "эффекта постороннего". Оценка маркеров и гаплотипов Когда проводится сравнение индивидов, геномная последовательность в популяциях оказывается не идентичной. Скорее, геном отражает вариабельность последовательности между индивидами во многих участках генома. Такие вариации в последовательности обычно обозначаются как полиморфизмы, и в геноме существует множество таких сайтов. Например, человеческий геном имеет вариации последовательности, которые появляются в среднем на каждые 500 пар оснований. Наиболее распространенный вариант последовательности представляет собой вариации оснований по одной позиции в геноме, и такие варианты последовательности, или полиморфизмы, обычно называют однонуклеотидными полиморфизмами (ОНП). Полагают, что данные ОНП появились в результате единственной мутации, таким образом, обычно существует два возможных аллеля в каждом сайте ОНП; исходный аллель и мутировавший аллель. Благодаря естественному генетическому дрейфу и, возможно, также благодаря давлению отбора исходная мутация превратилась в полиморфизм, характеризующийся определенной частотой его аллелей в любой заданной популяции. В человеческом геноме найдены многие другие виды вариантов последовательностей, включая микросателлиты, инсерции, делеции, инверсии и вариации числа копий. Полиморфный микросателлит имеет множество коротких повторов оснований (таких как СА повторы,или TG на комплементарной цепи) в определенном участке, число повторяющихся мотивов варьирует в общей популяции. В общих терминах, каждая версия последовательности полиморфного сайта представляет собой определенный аллель полиморфного сайта. Такие варианты последовательностей могут все обозначаться полиморфизмами, возникающими в определенных полиморфных сайтах, характерных для обсуждаемого варианта последовательности. В общих терминах полиморфизмы могут включать любое число определенных аллелей. Так, в одном воплощении изобретения полиморфизм характеризуется наличием двух или более аллелей в любой заданной популяции. В другом воплощении полиморфизм характеризуется наличием трех или более аллелей. В других воплощениях полиморфизм характеризуется четырьмя или более аллелями, пятью или более аллелями, шестью или более аллелями, семью или более аллелями, девятью или более аллелями или десятью или более аллелями. Все такие полиморфизмы могут применяться в способах и наборах по данному изобретению, и таким образом находятся в рамках изобретения. В некоторых случаях делается ссылка на разные аллели в полиморфных сайтах без выбора рефе- 17019953 ренсного аллеля. В других случаях для конкретного полиморфного сайта может быть обозначена референсная последовательность. Референсный аллель в некоторых случаях обозначается как аллель "дикого типа" и обычно выбирается либо как первый секвенированный аллель или как аллель "не пораженного" индивида (например, индивида, не имеющего признаков или фенотипа заболевания). Аллели маркеров ОНП в данном описании означают основания А, С, G или Т, обнаруживаемые в полиморфных сайтах в ходе детекции ОНП. В данном описании использовали следующие коды аллелей ОНП: 1 = А, 2=С, 3=G, 4=T. Специалисту очевидно, что при исследовании или чтении противоположной цепи ДНК можно в каждом случае определить комплементарный аллель. Следовательно, для полиморфного сайта (полиморфного маркера), характеризуемого полиморфизмом A/G, проводимый анализ может быть использован для специфической детекции наличия как одного из двух возможных оснований, так и обоих, т.е. А и G. Также возможно, что в ходе анализа, разработанного для детекции противоположной цепи ДНК-матрицы, может быть определено наличие комплементарных оснований Т и С. В количественном отношении (например, в терминах относительного риска) идентичные результаты будут получены при определении любой из цепей ДНК (+ цепи или - цепи). Обычно референсная последовательность относится к определенной последовательности. Аллели,отличающиеся от референсного, иногда обозначаются как "варианты" аллелей. Вариант последовательности в данном описании означает последовательность, отличающуюся от референсной последовательности, но в остальном существенно схожую. Аллели полиморфных генетических маркеров, описываемые здесь, являются вариантами. Другие варианты могут включать изменения, затрагивающие полипептид. Отличия в последовательностях при сравнении с референсной нуклеотидной последовательностью могут включать инсерции или делеции единичного нуклеотида, или более чем одного нуклеотида, приводящие к сдвигу рамки считывания; замену по меньшей мере одного нуклеотида, приводящую к замене кодируемой аминокислоты; замену по меньшей мере одного нуклеотида, приводящую к образованию преждевременного стоп-кодона; делецию нескольких нуклеотидов, приводящую к делеции одной или более аминокислот, кодируемых нуклеотидами; инсерции одного или нескольких нуклеотидов, такие как при неравной рекомбинации или конверсии генов, приводящие к прерыванию кодирующей последовательности рамки считывания; дупликации всей или части последовательности; транспозиции; или перестройки нуклеотидной последовательности. Такие изменения последовательности могут изменять полипептид,кодируемый нуклеиновой кислотой. Например, если изменения в последовательности нуклеиновых кислот вызывают сдвиг рамки считывания, сдвиг рамки считывания может привести к изменению кодируемых аминокислот и/или привести к образованию преждевременного стоп-кодона, вызывая образование укороченного полипептида. Возможно, что полиморфизм, ассоциированный с заболеванием или его признаками, может быть молчащей заменой одного или нескольких нуклеотидов (т.е. замена,которая не приводит к изменению аминокислотной последовательности). Такой полиморфизм может,например, изменять сайты сплайсинга, влиять на стабильность транспортной мРНК или иначе влиять на транскрипцию или трансляцию кодируемого полипептида. Он может также изменять ДНК, так что увеличивается вероятность появления на соматическом уровне таких структурных изменений, таких как амплификации или делеции. Полипептид, кодируемый референсной нуклеотидной последовательностью является "референсным" полипептидом с определенной референсной последовательностью аминокислот,а полипептиды, кодируемые вариантами аллелей обозначаются "вариантными" полипептидами с вариантами последовательности аминокислот. Гаплотип означает сегмент ДНК, характеризующийся специфический комбинацией последовательно расположенных аллелей. У диплоидных организмов, таких как человек, гаплотип включает одного представителя из представителя пары аллелей по каждому полиморфному маркеру или локусу. В определенном воплощении гаплотип может включать два или более аллелей, три или более аллелей, четыре или более аллелей, или пять или более аллелей, каждый аллель соответствует определенному полиморфному маркеру в составе сегмента. Гаплотипы могут включать комбинацию различных полиморфных маркеров, например, ОНП и микросателлиты, имеющие конкретные аллели в полиморфных сайтах. Гаплотипы таким образом включают комбинацию аллелей различных генетических маркеров. Детекция специфических полиморфных маркеров и/или гаплотипов может выполняться известными способами детекции последовательностей в полиморфных сайтах. Например, могут использоваться такие стандартные способы генотипирования наличия ОНП и/или микросателлитных маркеров, как флуоресцентные методики (Chen X. et al., Genome Res. 9(5): 492-98 (1999, применяющие ПЦР, ЛЦР, гнездной ПЦР и другие методики амплификации нуклеиновых кислот. Определенные методики, используемые для генотипирования ОНП, включают генотипирующие системы TaqMan и платформы SNPlex (Applied Biosystems), масс-спектрометрию (например, систему MassARRAY от Sequenom), методы минисеквенирования, ПЦР в реальном времени, систему Bio-Plex (BioRad), системы CEQ и SNPstream (Beckman), технологию Molecular Inversion Probe array (например, Affymetrix GeneChip), и технологии BeadArray (например, lllumina GoldenGate и Infinium assays), но не ограничиваются ими. С помощью этих или других методов, используемых специалистами, можно идентифицировать один или более аллелей полиморфных маркеров, включая микросателлиты, ОНП или другие виды полиморфных маркеров. В некоторых из описанных здесь методов индивид с повышенной подверженностью (т.е. с повы- 18019953 шенным риском) к любому исследуемому определенному заболеванию или его признакам (например,раком молочной железы), является индивидом, у которого идентифицирован по меньшей мере один специфический аллель одного или более полиморфных маркеров или гаплотипов, обусловливающих повышенную подверженность к заболеванию или его признакам (т.е. связанный с риском аллель маркера или гаплотип). В одном аспекте, связанный с риском маркер или гаплотип является тем, который обусловливает достоверно повышенный риск (или подверженность) к раку молочной железы. В одном воплощении достоверность, ассоциированная с маркером или гаплотипом, измеряется относительным риском (RR). В другом воплощении достоверность, ассоциированная с маркером или гаплотипом, измеряется/выражается отношением шансов (OR). В следующем воплощении достоверность выражается в процентах. В одном воплощении достоверно повышенный риск выражается как риск (относительный риск и/или отношение шансов) равный по меньшей мере 1,2, что включает, но не ограничивается значениями по меньшей мере 1,2, по меньшей мере 1,3, по меньшей мере 1,4, по меньшей мере 1,5, по меньшей мере 1,6, по меньшей мере 1,7, по меньшей мере 1,8, по меньшей мере 1,9, по меньшей мере 2,0, по меньшей мере 2,5, по меньшей мере 3,0, по меньшей мере 4,0 и по меньшей мере 5,0. В конкретном воплощении достоверным является риск (относительный риск и/или отношение шансов) по меньшей мере 1,2. В другом конкретном воплощении достоверным является риск по меньшей мере 1,3. В еще одном воплощении достоверным является риск по меньшей мере 1,4. В следующем воплощении достоверным является относительный риск по меньшей мере около 1,5. В следующем воплощении достоверным увеличением риска является по меньшей мере 1,7. Однако также рассматриваются и другие пороговые значения, например, по меньшей мере 1,15, 1,25, 1,35, и так далее, и такие пороговые значения также находятся в рамках данного изобретения. В других воплощениях достоверным является увеличение риска по меньшей мере около 20%, включая, но не ограничиваясь значениями 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75,80, 85, 90, 95, 100, 150, 200, 300 и 500%. В одном конкретном воплощении достоверным является увеличение риска по меньшей мере на 20%. В других воплощениях достоверным является увеличение риска по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 60%,по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 90% и по меньшей мере на 100%. Другие пороговые значения или диапазоны, которые специалисты сочтут подходящими для характеристики изобретения, также рассматриваются, и они также находятся в рамках данного изобретения. В определенных воплощениях достоверное увеличение риска характеризуется значением р, например значением р менее 0,05, менее 0,01, менее 0,001, менее 0,0001, менее 0,00001, менее 0,000001, менее 0,0000001, менее 0,00000001 или менее 0,000000001. Связанный с риском полиморфный маркер или гаплотип по данному изобретению представляет собой по меньшей мере один аллель по меньшей мере одного маркера или гаплотип, встречающийся более часто у индивида с риском рака молочной железы ("пораженного"), по сравнению с частотой его встречаемости в группе сравнения (в контроле), и где наличие маркера или гаплотипа указывает на подверженность к заболеванию или его признакам. Контрольная группа в одном воплощении может быть популяционной выборкой, т.е. случайной выборкой из общей популяции. В другом воплощении, контрольная группа представлена группой индивидов, не имеющих заболевания. Такие не имеющие заболевания контроли могут в одном воплощении характеризоваться отсутствием одного или более специфических симптомов, ассоциированных с заболевнием. В другом воплощении контрольная группа лиц, не имеющих заболевания, характеризуется отсутствием одного или более факторов риска, специфических для заболевания. Такие факторы риска в одном воплощении представляют собой по меньшей мере один фактор риска окружающей среды. Примерами факторов окружающей среды являются натуральные продукты,минералы или химические вещества, для которых известна или предполагается способность влиять на риск развития определенного заболевания или его признаки. Другие факторы риска окружающей среды являются факторами риска, относящимися к образу жизни, включая особенности питания и питья, географическое расположение места проживания, и профессиональные факторы риска, но не ограничиваются ими. В другом воплощении факторы риска представляют собой по меньшей мере один генетический фактор риска. Примером простого теста на корреляцию может быть точный тест Фишера в таблице два на два. Для заданной когорты хромосом таблица два на два строится исходя из числа хромосом, которые включают оба маркера или гаплотипа, один из маркеров или гаплотипов, но не хромосом, которые не включают ни один из маркеров или гаплотипов или хромосом, которые включают другие маркеры или гаплотипы. Другие статистические тесты на ассоциацию, известные специалистам, также рассматриваются и находятся в рамках изобретения. В других воплощениях по изобретению индивид с пониженной подверженностью (т.е. со сниженным риском) к заболеванию или его признакам является индивидом, у которого идентифицирован по меньшей мере один специфический аллель одного или более полиморфного маркера или гаплотипа, обусловливающий пониженную предрасположенность к заболеванию или его признакам. Аллели маркеров и/или гаплотипы, обусловливающие пониженный риск, также называются протективными. В одном аспекте протективный маркер или гаплотип - это тот, который обусловливает достоверно пониженный риск (или подверженность) заболевания или его признаков. В одном воплощении достоверно понижен- 19019953 ный риск выражается как относительный риск менее, чем 0,9, включая, но не ограничиваясь значениями менее чем 0,9, менее чем 0,8, менее чем 0,7, менее чем 0,6, менее чем 0,5, менее чем 0,4, менее чем 0,3,менее чем 0,2 и менее чем 0,1. В одном конкретном воплощении достоверно пониженный риск составляет менее 0,7. В другом воплощении достоверно пониженный риск составляет менее 0,5. В еще одном воплощении достоверно пониженный риск составляет менее 0,3. В другом воплощении снижением риска(или подверженности) является снижение по меньшей мере на 25%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 35%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 45%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 55%, по меньшей мере на 60%, по меньшей мере на 65%, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 75%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95% и по меньшей мере на 98%. В одном конкретном воплощении достоверным снижением риска является снижение по меньшей мере около 30%. В другом воплощении достоверным является снижение риска по меньшей мере около 50%. В другом воплощении снижением риска является снижение по меньшей мере около 70%. Другие пороговые значения или диапазоны, которые специалисты сочтут подходящими для характеристики изобретения, также находятся в рамках данного изобретения. Специалистам в данной области известно, что для маркеров, присутствующих в исследуемой популяции в двух аллелях, при обнаружении одного аллеля в популяции в группе индивидов с признаками заболевания или заболеванием с повышенной частотой по сравнению с контролем, другой аллель или маркер будет обнаруживаться в группе индивидов с признаками заболевания или заболеванием с пониженной частотой по сравнению с контролем. В таком случае один аллель маркера (тот, что обнаруживается с повышенной частотой среди индивидов с признаками заболевания или заболеванием) будет аллелем, связанным с риском, а другой аллель будет протективным аллелем. Генетический вариант, ассоциированный с заболеванием или признаком заболевания (например,раком молочной железы), может применяться самостоятельно для прогнозирования риска заболевания по данному фенотипу. Для биаллельных маркеров, таких как ОНП, существует 3 возможных генотипа: гомозиготный по связанному с риском варианту, гетерозиготный и не несущий варианта, связанного с риском. Риск, ассоциируемый с вариантами по множеству локусов, может применяться для оценки совокупного риска. При множестве вариантов ОНП возможное число генотипов к определяется формулой k = 3n2p; где n является числом аутосомных локусов, а р является числом гоносомных локусов (на половой хромосоме). При оценке совокупного риска, как правило, принимается, что относительные риски по разным генетическим вариантам мультиплицируются, т.е. совокупный риск (например, ОР или ОШ), ассоциированный с определенной комбинацией генотипа, является производным от значений риска для генотипа по каждому локусу. Если представленный риск является относительным риском для одного лица или для определенного генотипа лица, в сравнении с референсной популяцией, сопоставимой по полу и возрасту, то общий риск является производным значений риска, характерных для определенных локусов,и соответствует оценке совокупного риска в сравнении с популяцией. Если риск для одного лица основан на сравнении с лицами, не являющимися носителями связанного с риском аллеля, то общий риск соответствует оценке, которая сравнивает это лицо с заданной комбинацией генотипов по всем локусам с группой индивидов, которые не имеют связанных с риском вариантов по какому-либо из этих локусов. Группа лиц, не являющихся носителями какого-либо из связанных с риском вариантов, имеет наименьший оцениваемый риск и имеет общий риск равный 1,0 при сравнении с самой собой (т.е. с группой не являющихся носителями), но имеет совокупный риск менее 1,0 при сравнении с популяцией. Следует отметить, что группа лиц, не являющихся носителями, потенциально может быть очень малой, особенно по большому числу локусов, и в этом случае ее значимость, соответственно, небольшая. Мультипликативная модель представляет собой простую модель, которая, как правило, достаточно хорошо описывает данные по сложным признакам. Отклонения от мультипликативности для часто встречающихся вариантов для распространенных заболеваний описываются редко, а если описываются,то, как правило, являются только предположительными, т.к. для демонстрации статистически достоверных взаимосвязей между локусами требуются очень большие размеры выборок. Для рассмотрения одного примера примем, что с раком простаты была описана ассоциация всего с 8 вариантами (Gudmundsson J. et al., Nat Genet 39: 631-7 (2007), Gudmundsson J. et al., Nat Genet 39:977-83(2007); Yeager M. et al, Nat Genet 39: 645-49 (2007), Amundadottir L. el al., Nat Genet 38:652-8 (2006); Haiman C.A. et al., Nat Genet 39:638-44 (2007. Семь из этих локусов находятся на аутосомах, а оставшийся один локус находится на хромосоме X. Общее число теоретически возможных генотипических комбинаций составляет 3721 = 4374. Некоторые из этих классов генотипов являются очень редкими, но все же возможными и должны учитываться при оценке совокупного риска. Вероятно, что мультипликативная модель, применяемая в случае множества генетических вариантов, будет также валидна при сочетании с вариантами, не являющимися генетическими, при предположении, что генетические варианты не имеют четкой корреляции с факторами "окружающей среды". Другими словами, при мультипликативной модели для оценки общего риска должны оцениваться как генетические, так и негенетические варианты, связанные с риском, при предположении, что между негенетическими и генетическими факторами риска- 20019953 отсутствует взаимодействие. Используя аналогичный количественный подход, можно оценивать общий или совокупный риск,ассоциированный с множеством вариантов, ассоциированных с раком молочной железы. В одном из таких воплощений, исследуются маркеры rs4848543, rs13387042 и rs3803662 или суррогатные маркеры,находящиеся в неравновесии по сцеплению с ними, и подсчитывается риск для различных комбинаций генотипов (33 = 27 возможных комбинаций). В другом воплощении совокупный риск определяется для комбинации генотипов двух маркеров (например, маркеров rs13387042 и rs3803662). В других воплощениях исследуются дополнительные маркеры, известные способностью предрасполагать к раку молочной железы, (например, такие факторы риска с высокой пенетрантностью, как BRCA1, BRCA2, BARD1) в сочетании с одним или более факторами риска, описываемыми здесь. Неравновесие по сцеплению Естественный феномен рекомбинации, происходящей в каждой паре хромосом в среднем один раз во время каждого мейоза, представляет один из способов, с помощью которого природой обеспечиваются вариации последовательностей (и вследствие этого, биологической функции). Обнаружено, что рекомбинация в геноме происходит не случайным образом, а скорее существуют большие вариации в частотах рекомбинации, что обусловливает существование небольших участков с высокой частотой рекомбинации (также называемых горячими точками рекомбинации) и больших участков с низкой частотой рекомбинации, обычно обозначаемыми блоками неравновесия по сцеплению (Myers S. et al., BiochemGenet 31: 272-275(2002. Неравновесие по сцеплению (НС) относится к неслучайному распределению двух генетических элементов. Например, если конкретный генетический элемент (например, "аллели" полиморфного маркера) встречается в популяции с частотой 0,50 (50%) и другой элемент встречается с частотой 0,50 (50%),то расчетная встречаемость обоих элементов у человека составит 0,25 (25%), учитывая случайное распределение элементов. Однако, если обнаружится, что оба элемента встречаются вместе с частотой выше, чем 0,25, то говорят, что элементы находятся в неравновесии по сцеплению, т.к. они имеют тенденцию наследоваться совместно с более высокой частотой, чем можно ожидать при независимости частот их встречаемости. Грубо говоря, НС обычно коррелирует с частотой рекомбинации между двумя элементами. Частота аллеля или гаплотипа в популяции может быть определена путем генотипирования индивидов в популяции и определения встречаемости в популяции каждого аллеля или гаплотипа. В популяциях диплоидных организмов, например, человеческой популяции, индивиды обычно имеют по два аллеля для каждого генетического элемента (например, маркера, гаплотипа или гена). Для оценки силы неравновесия по сцеплению (НС) были предложены различные показатели. Большинство из них оценивают силу ассоциации между парами диаллельных сайтов. Двумя важными попарными показателями НС являются r2 (иногда изображаемый как 2) и D'. Оба показателя изменяются от 0(отсутствие неравновесия) до 1 ("полное" неравновесие), но их интерпретация несколько различается. D' определяется таким образом, что он равен 1, только если существуют два или три из возможных гаплотипов и он 1 если существуют все четыре возможных гаплотипа. Таким образом, значение D' 1 указывает на то, что в ходе эволюции между двумя сайтами могла произойти рекомбинация (повторная мутация также может обусловливать значения D' 1, но для однонуклеотидных полиморфизмов (ОНП) это обычно считается менее вероятным, чем рекомбинация). Показатель r2 отражает статистическую корреляцию между двумя сайтами и принимает значение 1, только если существуют два гаплотипа. Показатель r2, возможно, является наиболее подходящим показателем картирования сцепления, поскольку существует простое обратное отношение между r2 и размером выборки, необходимым для обнаружения ассоциации между подверженность к заболеванию и ОНП. Эти показатели определяются для двух сайтов, но в некоторых случаях может требоваться определение того, насколько сильным является НС по всему участку, содержащему множество полиморфных сайтов (например, определение достоверно ли отличается сила НС между локусами или между популяциями, или является ли НС в участке более сильным или слабым по сравнению с предсказанным по определенной модели). Измерение НС в участке не является простым, одним из подходов является применение разработанного в популяционной генетике показателя r. Грубо говоря, r показывает, какой должна быть рекомбинация в конкретной популяционной модели для возникновения НС, наблюдаемого в результатах. Данный способ дает возможность использования статистического подхода для оценки того, что данные НС демонстрируют свидетельства существования горячих точек рекомбинации. Для описанных здесь способов значимой величиной r2 может быть по меньшей мере 0,1, например, по меньшей мере 0,1, 0,15, 0,2, 0,25, 0,3, 0,35, 0,4, 0,45, 0,5,0,55, 0,6, 0,65, 0,7, 0,75, 0,8, 0,85, 0,9, 0,91, 0,92, 0,93, 0,94, 0,95, 0,96, 0,97, 0,98 или по меньшей мере 0,99. В одном предпочтительном воплощении значимой величиной r2 может быть по меньшей мере 0,2. Кроме того, неравновесие по сцеплению в данном описании означает неравновесие по сцеплению, характеризуемое значениями D' по меньшей мере 0,2, например, 0,3, 0,4, 0,5, 0,6, 0,7, 0,8, 0,85, 0,9, 0,95, 0,96, 0,97,0,98 или по меньшей мере 0,99. Таким образом, неравновесие по сцеплению отражает корреляцию между аллелями отдельных маркеров. Оно измеряется коэффициентом корреляции или D' (r2 до 1,0 и D' до- 21019953 1,0). В определенных воплощениях неравновесие по сцеплению определяется в терминах значений обоих показателей, как r2 так и D'. В одном из таких воплощений достоверное неравновесие по сцеплению определяется значениями r20,1 и D' 0,8. В другом воплощении достоверное неравновесие по сцеплению определяется значениями r20,2 и D' 0,9. Другие сочетания и перестановки значений r2 и D' для определения неравновесия по сцеплению также рассматриваются и находятся в рамках изобретения. Неравновесие по сцеплению может быть определено в одной человеческой популяции, согласно данному описанию, или оно может быть определено в нескольких выборках, составленных из индивидов, происходящих более чем из одной человеческой популяции. В одном воплощении изобретения НС определяется в выборке из одной или более популяций НарМар (европеоидной, африканской, японской, китайской),согласно описанию (http://www.hapmap.org). В одном из таких воплощений НС определяется в популяции CEU выборок НарМар. В другом воплощении НС определяется в популяции YRI. В еще одном воплощении НС определяется в выборках исландской популяции. Если бы все полиморфизмы в геноме были идентичными на уровне популяции, то в ассоциативных исследованиях необходимо было бы изучать каждый из них. Однако, благодаря существованию неравновесия по сцеплению между полиморфизмами, между тесно связанными полиморфизмами наблюдается сильная корреляция, что сокращает число полиморфизмов, которые требуется изучить в ассоциативном исследовании для обнаружения достоверной ассоциации. Другим следствием существования НС является то, что между многими полиморфизмами прослеживается ассоциативный сигнал, поскольку между этими полиморфизмами существует сильная корреляция. Были разработаны генетические карты НС в геноме, и такие карты НС были предложены для использования в качестве основы для картирования генов, связанных с заболеваниями (Risch N.Merkiangas K, Science 273:1516-1517 (1996); Maniatis N. et al., Proc Natl Acad Sci USA 99: 2228-2233 (2002); ReichDE et al., Nature 411:199-204 (2001. На данный момент установлено, что многие части человеческого генома могут быть разбиты на серии отдельных блоков гаплотипов, содержащих несколько общих гаплотипов; в этих блоках данные неравновесия по сцеплению не демонстрируют значительных свидетельств рекомбинации (см., например,Wall., J.D. и Pritchard J.K., Nature Reviews Genetics 4:587-597 (2003); Daly M. et al., Nature Genet. 29: 229232 (2001); Gabriel S.B. et al., Science 296: 2225-2229 (2002); Patil N. et al., Science 294: 1719-1723 (2001);Dawson E. et al., Nature 478: 544-548 (2002); Phillips M.S. et al., Nature Genet. 33:382-387 (2003. Существует два основных способа определения таких блоков гаплотипов: блоки могут быть определены как участки ДНК, имеющие ограниченное разнообразие по гаплотипам (см., например, Daly, M. et al., Nature(2002); Zhang K. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99:7335-7339 (2002, или как участки между зонами с интенсивным темпом обмена, демонстрирующими значительную рекомбинацию в истории человечества,на что указывает неравновесие по сцеплению (см., например, Gabriel S.B. et al., Science 296: 2225-2229(2002); Phillips M.S. et al., Nature Genet. 33:382-387 (2003); Wang N. et al., Am. J. Hum. Genet. 77: 12271234 (2002); Stumpf M.P. и Goldstein D.B., Curr. Biol. 73:1-8 (2003. Недавно была разработана подробная карта частот рекомбинации и соответствующих горячих точек в человеческом геноме (Myers S. et al.,Science 310:321-32324 (2005); Myers S. et al., Biochem Soc Trans 34:526530 (2006. Карта отражает огромную вариацию по рекомбинации в геноме, с частотами рекомбинации, доходящими до 10-60 сМ/Мб в горячих точках и приближающимися к 0 в участках между ними, что таким образом отражает участки ограниченного разнообразия по гаплотипам и высокое НС. Следовательно, карта может быть использована для определения блоков гаплотипов/блоков НС как участков, ограниченных горячими точками рекомбинации. В данном описании термин "блок гаплотипа" или "блок неравновесия по сцеплению" включает блоки, определенные согласно любым из вышеописанных характеристик или другими альтернативными способами, применяемыми специалистами для определения таких участков. Некоторые репрезентативные методы для идентификации блоков гаплотипов приведены, например,в опубликованных патентных заявках U.S.20030099964, 20030170665, 20040023237 и 20040146870. Блоки гаплотипов могут использоваться для картирования ассоциации между фенотипом и генотипическим статусом, с применением одиночных маркеров или гаплотипов, включающих множество маркеров. В каждом блоке гаплотипов могут быть выделены основные гаплотипы, а затем может быть выбран ряд ОНП или маркеров, выполняющих роль "ярлычков" (наименьший набор ОНП или маркеров, необходимый для идентификации гаплотипов). Такие ОНП или маркеры - "ярлычки" могут затем применяться для оценки образцов, полученных у групп индивидов, для выявления ассоциации между фенотипом и гаплотипом. При желании соседствующие блоки гаплотипов могут оцениваться параллельно, поскольку между блоками гаплотипов может также существовать неравновесие по сцеплению. Известно, что неравновесие по сцеплению может варьировать в различных популяциях из-за различных степеней расхождения генов в ходе эволюции в различных популяциях. В некоторых воплощениях данного изобретения неравновесие по сцеплению относится к неравновесию по сцеплению, определенному в европеоидных популяциях. В конкретном воплощении неравновесие по сцеплению определяется в европеоидных выборках СЕРН консорциума НарМар (согласно описанию наhttp://www.hapmap.org). В других воплощениях НС определяется в африканской популяции, африканоамериканской популяции, латиноамериканской популяции, японской популяции, китайской популяции. В некоторых воплощениях НС определяется в выборках НарМар из Китая, Японии, Африки, согласно описанию (http://www.hapmap.org). Таким образом, очевидно, что при наличии какой-либо ассоциации с полиморфным маркером генома вероятно, что ассоциация обнаружится и между дополнительными маркерами генома. Это является естественным следствием неравного распределения НС по геному, что выражается в виде большой вариации частот рекомбинации. Маркеры, использованные для выявления ассоциации, таким образом являются "метками" для участка генома (т.е. блока гаплотипа или блока НС), для которого обнаружена ассоциация с заданным заболеванием или признаком заболевания. Внутри участка, имеющего ассоциацию с заболеванием или признаком заболевания, может существовать один или более причинных (функциональных) вариантов или мутаций. Такие варианты могут обусловливать более высокий относительный риск (ОР) или отношение шансов (ОШ) по сравнению с маркерами - "ярлычками", использованными для обнаружения ассоциации. Данное изобретение таким образом касается маркеров, применяемых для обнаружения ассоциации с заболеванием, по данному описанию, а также маркеров в неравновесии по сцеплению с маркерами. Так, в определенных воплощениях изобретения маркеры, находящиеся в НС с маркерами и/или гаплотипами по изобретению, согласно данному описанию могут использоваться как суррогатные маркеры. Суррогатные маркеры в одном воплощении имеют значения относительного риска(ОР) и/или отношения шансов (ОШ) меньше, чем для маркеров или гаплотипов, для которых исходно была обнаружена ассоциативная связь с заболеванием, по данному описанию. В других воплощениях суррогатные маркеры имеют показатели ОР или ОШ выше тех, что были исходно обнаружены для маркеров, для которых исходно была обнаружена ассоциативная связь с заболеванием, по данному описанию. Примером такого воплощения может быть редкий или относительно редкий (например, с частотой аллеля в популяции 10%) вариант в НС с более распространенным вариантом (частота встречаемости в популяции 10%), для которого исходно была обнаружена ассоциативная связь с заболеванием, например, с описанными здесь вариантами. Идентификация и использование таких маркеров для выявления ассоциации, обнаруженной авторами изобретения, согласно данному описанию, может выполняться с помощью рутинных методов, хорошо известных специалистам, и, таким образом, находится в рамках данного изобретения. Определение частоты гаплотипа Частоты гаплотипов в контрольной группе и группе пациентов могут быть оценены с применением алгоритма максимизации ожидания (Dempster A. et al., J. R. Stat. Soc. B, 39:1-38 (1977. Применение данного алгоритма позволяет работать при отсутствующих генотипах и неопределенности гаплотипа. При нулевой гипотезе принимается, что пациенты и контроли имеют одинаковые частоты. С помощью метода правдоподобия проверяется альтернативная гипотеза, при которой допускается, что связанный с риском кандидатный гаплотип, который может включать описанные здесь маркеры, может иметь более высокую частоту у пациентов по сравнению с контролями, в то время как соотношения частот других гаплотипов в обоих группах считаются одинаковыми. Максимизация правдоподобия проводится раздельно для обеих гипотез, и статистическая достоверность оценивается с помощью соответствующей статистики отношения правдоподобия с 1 степенью свободы. Для рассмотрения связанных с риском и протективных маркеров и гаплотипов в составе региона сцепления, например, исследуется ассоциация всех возможных комбинаций генотипированных маркеров, при условии, что эти маркеры охватывают настоящий регион. Объединенные группы пациентов и контролей могут быть случайным образом поделены на две группы, равные по размеру исходным группам пациентов и контролей. Затем повторяется анализ маркеров и гаплотипов и определяется наиболее статистически достоверное значение Р из всех определенных. Такая процедура рандомизации может быть повторена, например, более 100 раз для получения эмпирического распределения значений Р. В предпочтительном воплощении значение Р 0,05 указывает на достоверную ассоциацию маркера и/или гаплотипа. Анализ гаплотипов Один из общих подходов к анализу гаплотипов включает их выведение, основанное на правдоподобии, которое применяется в NEsted MOdels (Gretarsdottir S. et al., Nat. Genet. 35:131-38 (2003. Данный способ используется в программе NEMO, позволяющей анализировать множество полиморфных маркеров, ОНП и микросателлитов. Способ и программное обеспечение специально разработаны для исследований случай-контроль, целью которых является идентификация групп гаплотипов, которые обусловливают различный риск. Он также является инструментом для изучения структур НС. В NEMO оценки максимального правдоподобия, отношения правдоподобия и значения Р подсчитываются напрямую при обработке имеющихся данных с помощью алгоритма максимизации правдободобия (от англ. ExpectationMaximization, EM), позволяющего решить проблему недостающих данных. Несмотря на то, что тест отношения правдоподобия, основанный на правдоподобии, подсчитанном напрямую для наблюдаемых данных, зафиксировавших потерю информации из-за неопределенности- 23019953 гаплотипов и пропусках генотипов, достаточно надежен для получения достоверных значений Р, все же представляет интерес узнать, какое количество информации было потеряно из-за неполноты информации. Измерение количества информации для анализа гаплотипа описано у Nicolae и Kong (Technical Report 537, Department of Statistics, University of Statistics, University of Chicago; Biometrics, 60(2): 368-75(2004 как естественное обобщение определения мер количества информации, используемого при анализе сцепления, и применяется в NEMO. В случае ассоциации с заболеванием одного маркера для расчета двусторонних значений Р для каждого отдельного аллеля может применяться точный тест Фишера. Обычно, при отсутствии специальных оговорок, все значения Р представлены без коррекции на множественность сравнений. Представленные частоты (для микросателлитов, ОНП и гаплотипов) являются частотами аллелей, а не частотами носителей. Для уменьшения возможной систематической ошибки, обусловленной родством пациентов, рекрутированных для анализа сцепления целыми семьями, из списка пациентов могут быть исключены родственники первой и второй степени. Кроме этого, тест может быть повторен для корректирования ассоциации, обусловленной возможно оставшимися родственными связями между пациентами, путем применения процедуры уточнения дисперсии, описанной Risen, N.Teng, J. (Genome Res., 8:1273-1288(1998 при пулировании ДНК (там же) родных братьев и сестер, для родственных связей вообще и получения как скорректированных, так и нескорректированных значений Р для сравнения. Как и предполагается, разница обычно бывает очень малой. Для оценки значимости ассоциации одного маркера, скорректированной на большое количество тестов, можно провести рандомизирующий тест с использованием тех же генотипических данных. Когорты пациентов и контролей могут быть рандомизированы и ассоциативный анализ проведен заново множество раз (например, до 500000 раз), тогда значение Р будет долей реплик, давших значение Р для некоторого аллеля маркера, меньшее или равное значению Р, наблюдавшемуся в исходных когортах пациентов и контролей. Как для анализа одиночных маркеров, так и гаплотипов можно подсчитать относительный риск и(ОР) популяционный атрибутивный риск (ПАР) с применением мультипликативной модели (модели относительного риска гаплотипов) (Terwilliger J.D.Ott J., Hum. Hered. 42:337-46 (1992) и Falk СТ.Rubinstein P., Ann. Hum. Genet. 51 (Pt 3): 227-33 (1987, т.е. о том, что при носительстве двух аллелей/гаплотипов, риск мультиплицируется. Например, если риск "А" по сравнению с "а" равен RR, то риск у гомозиготного "АА" человека будет в RR раз больше по сравнению с гетерозиготой "Аа" и в RR2 раз больше по сравнению с гомозиготой "аа". Мультипликативная модель имеет допущение, которое упрощает анализ и подсчеты - о том, что гаплотипы независимы, т.е. соответствуют равновесию ХардиВайнберга как в популяции "пораженных", так и в контрольной популяции. В результате, частоты гаплотипов "пораженных" и контролей имеют мультиномиальное распределение, но при альтернативных гипотезах частоты гаплотипов различаются. В частности, для двух гаплотипов, hi и hj, риск(hi)/риск(hj) ="контролей". Хотя в случае, если истинная модель не является мультипликативной, происходит некоторое снижение мощности, это снижение оказывается умеренным, за исключением некоторых крайних случаев. Наиболее важно то, что значения Р всегда валидны, поскольку они подсчитаны для нулевой гипотезы. Оценка неравновесия по сцеплению с применением NEMO НС между парами маркеров может быть рассчитано с применением стандартного определения D' иr2 (Lewontin R., Genetics 49:49-67 (1964); Hill W.G.Robertson, A. Theor. Appl. Genet. 22:226-231 (1968. С применением NEMO частоты комбинаций аллелей двух маркеров оцениваются по максимальному правдоподобию, а отклонение от равновесия по сцеплению оценивается по тесту отношения правдоподобия. Определения D' и r2 обобщены для включения микросателлитов путем усреднения значений всех возможных комбинаций аллелей двух маркеров, взвешенных предельными вероятностями аллелей. При изображении всех комбинаций маркеров для выяснения структуры НС в определенном участке, мы откладываем D' в верхнем левом углу, а значения Р в правом нижнем углу. На картах НС при желании маркеры могут быть нанесены равноудалено, а не исходя из их физического расположения. Оценка риска и диагностика В составе любой заданной популяции существует абсолютный риск развития заболевания или признака, определяемый как вероятность развития у лица определенного заболевания или признака за определенный промежуток времени. Например, для женщины абсолютный пожизненный риск развития рака молочной железы составляет 1 из 9. То есть, у одной женщины из 9 в какой-то момент их жизни разовьется рак молочной железы. Риск обычно определяется при рассмотрении очень большого количества людей, а не отдельных индивидов. Риск чаще всего выражается в терминах Абсолютного Риска (АР) и Относительного Риска (ОР). Относительный риск используется для сравнения рисков, ассоциированных с двумя вариантами, или рисков по двум различным группам людей. Например, он может применяться для сравнения группы людей с конкретным генотипом и другой группы людей, имеющих отличный генотип. В случае заболевания относительный риск, равный 2, означает, что в одной группе вероятность развития заболевания в два раза выше, чем в другой группе. Представленный риск, как правило, является относительным риском для лица, или для определенного генотипа лица, в сравнении с популяцией, со- 24019953 поставимой по полу и возрасту. Риск для двух индивидов одного пола и возраста можно сравнить простым способом. Например, если при сравнении с популяцией первый индивид имеет относительный риск 1,5, а второй индивид имеет относительный риск 0,5, то риск первого индивида по сравнению со вторым индивидом составляет 1,5/0,5 = 3. Согласно данному описанию, определенные полиморфные маркеры и гаплотипы, включающие такие маркеры, могут применяться для оценки риска рака молочной железы. Оценка риска может включать применение маркеров для диагностики подверженности раку молочной железы. Определенные аллели полиморфных маркеров обнаруживаются у индивидов с раком молочной железы чаще, чем у индивидов без диагностированного рака молочной железы. Следовательно, эти аллели маркеров имеют прогностическую значимость для выявления у индивида рака молочной железы или подверженности раку молочной железы. Маркеры - "ярлычки" в составе блоков гаплотипов или блоков НС, включающие связанные с риском маркеры, такие как маркеры по данному изобретению, могут применяться в качестве суррогатов для других маркеров и/или гаплотипов в составе блока гаплотипов или блока НС. Маркеры со значениями r2 равными 1 являются идеальными суррогатами для связанных с риском вариантов, т.е. генотипы одного маркера позволяют идеально спрогнозировать генотипы другого. Маркеры со значениями r2 менее 1 также могут служить суррогатами для связанных с риском вариантов, или, кроме того, представлять варианты с такими же высокими значениями относительного риска или возможно даже более высокими, чем у связанного с риском варианта. Идентифицированный связанный с риском вариант сам по себе может не быть функциональным вариантом, но в этом случае может находиться в неравновесии по сцеплению с истинно функциональным вариантом. Данное изобретение включает оценку таких суррогатных маркеров для маркеров по данному описанию. Такие маркеры описаны, картированы и приведены в общедоступных базах данных, известных специалистам, или могут быть легко идентифицированы путем секвенирования участка или его части, идентифицированного маркерами по данному изобретению у группы индивидов, и идентифицировать полиморфизмы в полученной группе последовательностей. В результате, специалисты могут легко и без чрезмерных усилий генотипировать суррогатные маркеры,находящиеся в неравновесии по сцеплению с маркерами и/или гаплотипами по данному описанию. Маркеры"ярлычки", или суррогатные маркеры, находящиеся в НС с обнаруженными связанными с риском вариантами в составе гаплотипа или блока НС, также имеют прогностическое значение для выявления ассоциации с раком молочной железы или подверженности индивида раку молочной железы. Такие маркеры"ярлычки", или суррогатные маркеры, находящиеся в НС с маркерами по данному изобретению,могут также включать и другие маркеры, которые характеризуют гаплотипы, поскольку они также имеют прогностическое значение для выявления подверженности раку молочной железы. Данное изобретение в некоторых воплощениях может осуществляться посредством оценки образца,содержащего геномную ДНК индивида, на наличие вариантов, согласно данному описанию ассоциированных с раком молочной железы. Такая оценка включает этапы определения наличия или отсутствия по меньшей мере одного аллеля по меньшей мере одного маркера, с помощью способов, хорошо известных специалистам и описываемых здесь, и определения на основе такой оценки существования повышенного или пониженного риска (повышенной или пониженной подверженности) раку молочной железы у индивида, от которого получен образец. Кроме того, изобретение может осуществляться с применением массива данных, содежащего информацию о генотипическом статусе по меньшей мере одного полиморфного маркера, согласно данному описанию ассоциированного с раком молочной железы (или маркерами,находящимися в неравновесии по сцеплению с по меньшей мере одним маркером, который, как здесь показано, ассоциирован с раком молочной железы). Другим словами, массив данных, содержащий информацию о таком генетическом статусе, например, в форме частот генотипа по определенному полиморфному маркеру или множеству маркеров (например, указания на наличие или отсутствие определенных связанных с риском аллелей), или реальные генотипы по одному маркеру или более, могут быть исследованы на наличие или отсутствие определенных связанных с риском аллелей определенных полиморфных маркеров, для которых авторами изобретения продемонстрирована ассоциация с раком молочной железы. Положительный результат по варианту (например, аллелю маркера), ассоциированному с раком молочной железы согласно данному описанию, указывает на то, что индивид, для которого получен массив данных, имеет повышенную подверженность (повышенный риск) раку молочной железы. В определенных воплощениях изобретения корреляция полиморфного маркера с раком молочной железы выявляется при сравнении данных генотипа полиморфного маркера с переводной таблицей, показывающей корреляцию между по меньшей мере одним аллелем полиморфизма и раком молочной железы. В некоторых воплощениях таблица показывает корреляцию по одному полиморфизму. В других воплощениях таблица показывает корреляцию по множеству полиморфзимов. В обоих случаях, по ссылкам на переводную таблицу, указывающую на наличие корреляции между маркером и раком молочной железы, для индивида, у которого получен образец, можно определить риск развития рака молочной железы или подверженность раку молочной железы. В некоторых воплощениях корреляция отражена в виде статистического показателя. Статистический показатель может быть выражен в виде показателя риска, например, относительного риска (ОР), абсолютного риска (АР) или отношения шансов (ОШ).- 25019953 Маркеры и галпотипы по изобретению, например, полиморфные маркеры и гаплотипы на хромосоме 2q14.2, хромосоме 2q35 и хромосоме 16q12, например, маркеры, представленные в табл.10, 15, 19, 20,21 и 22 и маркеры в неравновесии по сцеплению с ними, например маркеры rs4848543, rs13387042 иrs3803662 могут применяться для оценки риска и для диагностических целей, как по-отдельности, так и в комбинации. Так, даже в случаях, когда увеличение риска по отдельным маркерам относительно умеренное, т.е. порядка 10-30%, ассоциация может иметь существенное значение. Так, относительно распространенные варианты могут вносить существенный вклад в совокупный риск (иметь высокий популяционный атрибутивный риск), либо комбинация маркеров может применяться для выделения групп индивидов, которые в случае комбинации риска по маркерам, будут иметь значительный суммарный риск развития заболевания. Так, в одном воплощении изобретения для оценки совокупного риска применяется несколько вариантов (маркеров и/или гаплотипов). В одном воплощении эти варианты выбирают из вариантов по данному описанию. Другие воплощения включают применение вариантов по данному изобретению в комбинации с другими вариантами, применяющимися в диагностике подверженности раку молочной железы. В таких воплощениях у индивида определяется генотипический статус нескольких маркеров и/или гаплотипов и статус индивида сравнивается с популяционной частотой ассоциированных вариантов или с частотой вариантов у клинически здоровых лиц, например, лиц сопоставимых по полу и возрасту. Известные способы, например, многофакторный анализ или анализ общего риска, могут применяться для определения совокупного риска, обусловленного генотипическим статусом по множественным локусам. Оценка риска на основании такого анализа может впоследствии использоваться в способах и наборах по изобретению, согласно данному описанию. Согласно вышеописанному структура блока гаплотипа человеческого генома имеет особенность,что большое число вариантов (маркеров и/или гаплотипов) в неравновесии по сцеплению с вариантом,для которого исходно была отмечена ассоциация с заболеванием или признаком заболевания, может использоваться в качестве суррогатных маркеров для оценки ассоциации с заболеванием или признаком заболевания. Количество таких суррогатных маркеров будет зависеть от таких факторов, как интенсивность рекомбинации в участке в ходе истории человечества, частота мутаций в участке (т.е. число полиморфных сайтов или маркеров в участке) и степенью НС (размером блока НС) в участке. Эти маркеры обычно располагаются внутри физических границ изучаемого блока НС или блока гаплотипов, что определяется с помощью описываемых здесь способов или с помощью других способов, известных специалистам. Однако иногда ассоциация маркеров и гаплотипов оказывается выходящей за пределы физических границ блока гаплотипов согласно определению. Такие маркеры и/или гаплотипы могут в таких случаях использоваться также в качестве суррогатных маркеров и/или гаплотипов для маркеров и/или гаплотипов, физически находящихся в составе блока гаплотипов согласно определению. Вследствие этого маркеры и гаплотипы в НС (обычно характеризующиеся r2 более 0,1, например, r2 более 0,2, включаяr2 более 0,3, а также включая r2 более 0,4) с маркерами и гаплотипами по данному изобретению, также находятся в рамках данного изобретения, даже если они физически располагаются вне границ блока гаплотипов согласно определению. Сюда входят описанные здесь маркеры (например, в табл. 10, 15 и 19),но могут также входить и другие маркеры, находящиеся в сильном НС (характеризующемся r2 более 0,1 или r2 более 0,2 и/или D' 0,8) с одним маркером или более, приведенными в табл. 10, 15 и 19. В случае описываемых здесь маркеров ОНП, аллель противоположный аллелю, частота которого превышена у пациентов (связанному с риском аллелю), обнаруживается с пониженной частотой у пациентов с раком молочной железы. Следовательно, такие маркеры и гаплотипы в НС и/или включающие такие маркеры являются протективными в отношении рака молочной железы, т.е. они обусловливают пониженный риск или подверженность индивидов, несущих такие маркеры и/или гаплотипы, к развитию рака молочной железы. Определенные варианты по данному изобретению, в том числе определенные гаплотипы, включают, в некоторых случаях комбинации нескольких генетических маркеров, например, ОНП и микросателлиты. Таким образом, детектирование гаплотипов может проводиться способами определения последовательностей полиморфных сайтов, известными в данной области техники, и/или описываемыми здесь. Кроме того, корреляция между определенными гаплотипами или группами маркеров и фенотипом заболевания может быть верифицирована с помощью стандартных методик. Репрезентативным примером простого теста на корреляцию является точный тест Фишера в таблице два на два. В определенных воплощениях аллель маркера или гаплотип, ассоциированный с раком молочной железы (например, аллели, маркеров, приведенные в табл. 10, 15, 19, 20, 21 и 22 и маркеры в неравновесии по сцеплению с ними), представляет собой аллель маркера или гаплотип, встречающийся у индивидов с риском развития рака молочной железы ("пораженных") чаще по сравнению с частотой его встречаемости у здоровых индивидов (контроль), и наличие аллеля маркера или гаплотипа указывает на рак молочной железы или подверженность раку молочной железы. В других воплощениях связанные с риском маркеры, находящиеся в неравновесии по сцеплению с одним или более маркерами, ассоциированными с раком молочной железы (например, маркеры, приведенные в табл. 10, 15, 19, 20, 21 и 22 и маркеры в неравновесии по сцеплению с ними), являются маркерами-ярлычками, встречающимися у индиви- 26019953 дов с риском развития рака молочной железы ("пораженных") чаще по сравнению с частотой их встречаемости у здоровых индивидов (контроль), и наличие маркеров-ярлычков указывает на повышенную подверженность раку молочной железы В следующем воплощении связанные с риском аллели маркеров(т.е. обусловливающие повышенную подверженность), находящиеся в неравновесии по сцеплению с одним или более маркерами, ассоциированными с раком молочной железы (например, аллели маркеров,приведенные в табл. 10, 15, 19, 20, 21 и 22 и маркеры в неравновесии по сцеплению с ними), являются маркерами, включающими один или более аллелей, которые встречаются у индивидов с риском развития рака молочной железы чаще по сравнению с частотой их встречаемости у здоровых индивидов (контроль), и наличие маркеров указывает на повышенную подверженность раку молочной железы. Исследуемая популяция Исландская популяция представляет собой европеоидную популяцию северо-европейского происхождения. За последние годы было опубликовано большое число исследований, представляющих результаты генетического сцепления и ассоциации в Исландской популяции. Многие исследования демонстрируют воспроизведение вариантов, первоначально идентифицированных на исландской популяции как ассоциированных с определенным заболеванием, и в других популяциях (Stacey S.N. et al., Nat Genet.May 27 2007 (Epub ahead of print; Helgadottir A., et al., Science 316:1491-93 (2007); Steinthorsdottir V., et al.,Nat Genet. 39:770-75 (2007); Gudmundsson J., et al. Nat Genet. 39:631-37 (2007); Amundadottir L.T. et al.,Nat Genet. 38:652-58 (2006); Grant, S.F., et al., Nat Genet. 38:320-23 (2006. Таким образом, генетические находки в исландской популяции в общем были воспроизведены в других популяциях, включая популяции из Африки и Азии. Считается, что маркеры по данному изобретению, для которых была обнаружена ассоциация с раком молочной железы, демонстрируют схожую ассоциацию в других человеческих популяциях. Определенные воплощения, включающие отдельные человеческие популяции, также рассматриваются и находятся в рамках изобретения. Такие воплощения касаются человеческих субъектов, происходящих более чем из одной человеческой популяции, включая европеоидные популяции, популяции Европы, популяции Америки, популяции Евразии, популяции Азии, популяции Центральной и Южной Азии, популяции Восточной Азии, популяции Среднего Востока, популяции Африки, популяции Латинской Америки и популяции Океании, но не ограничиваются ими. Популяции Европы включают шведскую, норвежскую,финскую, русскую, датскую, исландскую, ирландскую, кельтскую, английскую, шотландскую, голландскую, бельгийскую, французскую, немецкую, испанскую, португальскую, итальянскую, польскую, болгарскую, славянскую, сербскую, боснийскую, чешскую, греческую и турецкую популяции, но не ограничивается ими. Коме того, в других воплощениях изобретение может осуществляться на определенных человеческих популяциях, включая банту, манденка, иоруба, сан, пигмеев мбути, жителей оркнейских островов, адыгов, русских, сардинцев, тосканцев, мозабитов, бедуинов, друзов, палестинцев, белуджей,брагуев, макрани синдхов, пуштунов, буришей, хазарейцев, уйгуров, калашей, хань, дай, дауров, хэчже,лаху, мяо, орочонов, шэ, туцзя, ту, сибо, и, монголов, наси, камбоджийцев, японцев, якутов, меланезийцев, папуасов, каритиана, суруи, колумбийцев, майя и пима. В одном предпочтительном воплощении изобретение касается популяций, имеющих происхождение от черных африканцев, например, популяций, включающих лиц с африканским происхождением или родословной. Происхождение от черных африканцев может определяться при обозначении себя африкано-американцами, афро-американцами, черными американцами, принадлежности к черной расе или принадлежности к негроидной расе. Например, африкано-американцы или черные американцы - это люди,живущие в Северной Америке и происходящие из любой группы черной расы из Африки. В другом примере лица, сообщившие о происхождении от черных африканцев, могут иметь по меньшей мере одного родителя черного африканского происхождения или по меньшей мере дедушку или бабушку черного африканского происхождения. Расовый вклад индивидов может также определяться с помощью генетического анализа. Генетический анализ происхождения можно провести с помощью несцепленных микросателлитных маркеров,например, как описано у Smith et al. (Am J Hum Genet 74, 1001-13 (2004. В определенных воплощениях изобретение относится к маркерам и/или гаплотипам, идентифицированным в конкретных популяциях, согласно описанию выше. Специалистам известно, что показатели неравновесия по сцеплению (НС) могут дать различные результаты на разных популяциях. Это объясняется различиями в популяционной истории у разных человеческих популяций, а также различным давлением отбора, которое могло привести к различиям в НС в определенных участках генома. Специалистам также хорошо известно, что определенные маркеры, например маркеры ОНП, являются полиморфными в одной популяции, но не в другой. Специалисты будут использовать доступные и рекомендуемые здесь способы для применения данного изобретения в любой заданной человеческой популяции. Сюда может входить оценка полиморфных маркеров в участке НС по данному изобретению для идентификации тех маркеров, которые имеют наиболее сильную ассоциацию в определенной популяции. Так, связанные с риском варианты по данному изобретению в различных человеческих популяциях могут встречаться в различных гаплотипах и с различной частотой. Однако, используя способы, известные в данной области техники, и маркеры по данному изобретению, изобретение можно применять в любой данной человече- 27019953 ской популяции. Применение генетического тестирования Специалистам известно и понятно, что описанные здесь варианты, как правило, сами по себе не позволяют абсолютно точно идентифицировать индивидов, у которых разовьется рак молочной железы. Тем не менее, описанные здесь варианты указывают на повышенную и/или пониженную вероятность того, что у индивидов, имеющих связанные с риском или протективные варианты по изобретению, разовьется рак молочной железы. Такая информация чрезвычайно ценна сама по себе, как это будет подробно продемонстрировано ниже, поскольку она может применяться для контролирования заболевания и выбора соответствующих вариантов лечения. Знание генетических вариантов, обусловливающих риск развития заболевания (например, рака молочной железы), дает возможность применения генетических тестов для дифференцирования между индивидами с повышенным риском развития заболевания (т.е. носителей, связанных с риском вариантов) и тех, у кого риск развития заболевания понижен (т.е. носителей протективных вариантов). Основными достоинствами генетического тестирования индивидов, относящихся к обеим вышеупомянутым группам, является возможность диагностирования заболевания или предрасположенности к заболеванию на ранней стадии и получение клиницистом информации о прогнозе/агрессивности заболевания для возможности применения наиболее подходящего лечения. Модели, позволяющие прогнозировать риск рака молочной железы, обусловленный наследственностью Оценка риска рака молочной железы осуществляется для того, чтобы обосновать разработку персонализированного подхода в лечении всех женщин с целью увеличения продолжительности и качества жизни у женщин, имеющих высокий риск, при одновременной минимизации расходов, ненужных вмешательств и обеспокоенности у женщин, имеющих более низкий риск. В моделях, прогнозирующих риск, производится попытка оценить риск рака молочной железы у индивида, имеющего определенный набор наследственных характеристик риска (например, семейный анамнез, имевшееся ранее доброкачественное поражение молочной железы, имевшаяся ранее опухоль молочной железы). Наиболее часто применяющиеся в клинической практике модели оценки риска рака молочной железы, учитывают наследственные факторы риска, принимая во внимание семейный анамнез. Оценки риска основываются на обнаружении повышенного риска у индивидов, имеющих одного или более близких родственников с ранее диагностированным раком молочной железы. Они не учитывают сложные структуры родословных. Еще один недостаток таких моделей - это невозможность отличить носителей генов с мутациями, предрасполагающими к раку молочной железы, от лиц, не являющихся носителями. Более сложные модели оценки риска имеют усовершенствованные подходы, позволяющие учитывать определенный семейный анамнез, и способны принимать в расчет статус носительства мутацийAlgorithm (BOADICEA) (Antoniou et al., 2004) учитывает семейный анамнез, основанный на индивидуальных структурах родословных, с помощью программы анализа родословных MENDEL. Кроме того,учитывается и информация об известном статусе по BRCA1 и BRCA2. Основными недостатками BOADICEA и других моделей оценки риска рака молочной железы, применяемых в настоящее время, является то, что они не включают информацию по другим генам предрасположенности. Существующие в настоящее время модели в значительной степени используют семейный анамнез в качестве суррогата для того, чтобы компенсировать отсутствие сведений о генетических детерминантах риска, отличных отBRCA. Таким образом, существующие модели привязаны к ситуациям, когда известен семейный анамнез заболевания. Гены, предрасполагающие к раку молочной железы, имеющие более низкую пенетрантность, могут быть довольно распространенными в популяции, но могут не обладать такой способностью вызывать семейную концентрацию, как гены BRCA1 и BRCA2. Пациенты с относительно большим генетическим грузом аллелей предрасположенности могут иметь слабо выраженный семейный анамнез заболевания или не иметь его. Таким образом, существует необходимость создания моделей, которые бы учитывали данные о наследственной предрасположенности, полученные непосредственно при генетическом тестировании. Кроме того, что такой подход позволит сделать модели более точными, он также уменьшит зависимость от параметров семейного анамнеза и поможет определять риск в приложении к более широким популяциям, в которых семейный анамнез не является ключевым фактором. Внедрение усовершенствованных моделей оценки генетического риска при проведении первичной профилактики рака молочной железы в клинической практике Существующие в клинике варианты первичной профилактики можно подразделить на проведение превентивной химиотерапии (или гормональной терапии) и превентивного хирургического вмешательства. Пациентам, у которых выявлен высокий риск, могут быть предписаны длительные курсы превентивной химиотерапии. Такой подход широко применяется в области сердечно-сосудистой медицины, но только начинает внедряться в клинической онкологии. Наиболее широко применяемым в онкологии агентом для превентивной химиотерапии является Тамоксифен, селективный модулятор эстрогеновых рецепторов (СМЭР). Используемый изначально в качестве адьювантной терапии, направленной против рецидивирования рака молочной железы, в настоящее время тамоксифен доказал свою эффективность в- 28019953 качестве превентивного агента при раке молочной железы (Cuzick et al. 2003; Martino et al. 2004). Агентство по контролю за продуктами питания и лекарственными средствами FDA одобрило применение тамоксифена в качестве агента для превентивной химиотерапии у некоторых женщин с высоким риском. К сожалению, длительное применение тамоксифена повышает риск развития рака эндометрия приблизительно в 2,5 раза, риск венозного тромбоза приблизительно в 2 раза. Риск развития легочной эмболии, инсульта и катаракты также повышаются (Cuzick et al., 2003). Следовательно, благоприятный эффект от применения тамоксифена для снижения заболеваемости раком молочной железы не обусловливает соответствующего снижения общей смертности. Другой селективный модулятор эстрогеновых рецепторов, ралоксифен, может оказаться более эффективным для профилактики, и он не связан с таким риском рака эндометрия. Однако у пациентов, принимающих длительное время ралоксифен, риск тромбоза остается повышенным (Cuzick et al. 2003; Martino et al. 2004). Более того, с приемом тамоксифена и ралоксифена связаны проблемы, касающиеся качества жизни. Для проведения разумного анализа соотношения риска и пользы применения СМЭР в качестве превентивной химиотерапии, в клинике существует необходимость выявления индивидов, имеющих наиболее высокий риск рака молочной железы. Учитывая тот факт, что генетическая составляющая риска рака молочной железы является весьма значительной, в клинической практике существует явная необходимость проведения генетического тестирования для измерения подобного риска у индивидов. Можно предвидеть, что аналогичные проблемы возникнут в отношении любой химиотерапии для предупреждения рака, которая может появиться в будущем, например, в отношении ингибиторов ароматазы. Более того, по мере того как превентивная химиотерапия становится более безопасной, нарастает необходимость выявления пациентов, имеющих генетическую предрасположенность, но не имеющих значительно повышенный риск, ассоциированный с носительством BRCA12. Для пациентов, у которых выявлен высокий риск развития рака молочной железы, рассматривается возможность проведения превентивного хирургического вмешательства; двусторонней мастэктомии или овариэктомии, или и того, и другого. Очевидно, что подобные решительные меры рекомендуются только тем пациентам, у которых риск оценивается как чрезвычайно высокий. На практике, в настоящее время такой риск выявляется только у индивидов, имеющих мутации в генах BRCA1, BRCA2 или генах, задействованных в редких синдромах с предрасположенностью к раку молочной железы, например, р 53 при синдроме Ли-ФРомени, PTEN при синдроме Коудена. Оценки пенетрантности мутаций BRCA1 и BRCA2 оказываются более высокими, когда их получают для семей, в которых имеется несколько "случаев" рака молочной железы, чем оценки, полученные для популяции. Это объясняется тем, что в различных семьях с носительством мутаций отмечается различная пенетрантность в отношении рака молочной железы (для примера см. Thorlacius ef аl., 1997). Одним из основных факторов, вносящих вклад в подобную вариацию, является действие до сих пор не известных генов предрасположенности, эффект которых модифицирует пенетрантность мутаций BRCA1 иBRCA2. Следовательно, абсолютный риск для индивида, имеющего мутации в генах BRCA1 и BRCA2,невозможно определить точно при отсутствии сведений о существовании и действии модифицирующих генов. Поскольку варианты лечения для носителей BRCA1 и BRCA2 могут быть агрессивными, важно проводить количественную оценку рисков у отдельных носителей BRCA с максимально возможной точностью. Таким образом, существует необходимость выявления генов предрасположенности, эффект которых изменяет степень пенетрантности рака молочной железы у носителей BRCA1 и BRCA2, и разработки усовершенствованных моделей оценки риска, основанных на использовании этих генов. Кроме того, существуют индивиды, у которых риск развития рака молочной железы расценивается как очень высокий, возможно из-за наличия выраженного семейного анамнеза рака молочной железы, но у которых не удалось выявить мутаций в известных генах предрасположенности. В таких случаях сложно рассматривать возможность проведения превентивного хирургического вмешательства, поскольку невозможно провести тестирование индивида для выяснения, унаследовала ли она ген предрасположенности, имеющий высокую пенетрантность. Соответственно, невозможно с точностью оценить риск индивида. Таким образом, в клинической практике существует очевидная необходимость идентификации генов предрасположенности с высокой пенетрантностью, которые остаются неизвестными, и разработки связанных с ними генетических тестов для применения в целях первичной профилактики. Ранняя диагностика Скрининг рака молочной железы в клинической практике большинства западных стран представляет собой периодическое клиническое обследование молочной железы и маммографию с помощью рентгеновского излучения. Существуют веские доказательства того, что клиническое обследование молочной железы имеет мало дополнительных преимуществ при использовании в сочетании с хорошей программой маммографического скрининга. В Великобритании женщинам в возрасте от 50 до 70 лет предлагается пройти скрининговую маммографию каждые три года. В Соединенных Штатах ситуация различается в зависимости от организаций, обеспечивающих медицинское обслуживание, но, тем не менее, Американское Общество Рака (American Cancer Society) рекомендует проводить ежегодный маммографический скрининг начиная с 40 лет. Доказана эффективность маммографического скрининга в снижении смертности среди прошедших скрининг женщин в возрасте старше 50 лет.