Способы определения устойчивости рака к ингибиторам гистондеацетилазы

СПОСОБЫ ОПРЕДЕЛЕНИЯ УСТОЙЧИВОСТИ РАКА К ИНГИБИТОРАМ ГИСТОНДЕАЦЕТИЛАЗЫ В данном изобретении описаны способы и композиции для определения, является ли определенный рак устойчивым или восприимчивым к ингибитору гистондеацетилазы или к ингибиторам гистондеацетилазы. Указанные способы включают анализ уровней экспрессии по меньшей мере четырех биомаркерных генов, связанных с ответом на ингибитор гистондеацетилазы. Также в данном изобретении описаны способы и композиции для увеличения вероятности терапевтически эффективного лечения пациента, включающие анализ уровней экспрессии по меньшей мере четырех биомаркерных генов, связанных с ответом на ингибитор гистондеацетилазы. Также в данном изобретении описаны выделенные популяции нуклеиновых кислот, полученных из рака,чувствительного или устойчивого к ингибитору гистондеацетилазы. Дополнительно описаны наборы и индикации, которые используют вместе с вышеупомянутыми способами и композициями. Родственные заявки Настоящая заявка испрашивает приоритет согласно предварительной заявке на патент США 60/887318, названной "Способы определения устойчивости рака к ингибиторам гистондеацетилазы", поданной 30 января 2007 г., и предварительной заявке на патент США 60/911855, названной "Способы определения устойчивости рака к ингибиторам гистондеацетилазы", поданной 13 апреля 2007 г., содержания которых, таким образом, полностью включены в данную заявку посредством ссылки. Предшествующий уровень техники Высокогетерогенный ответ на данное противораковое соединение для одного и того же типа рака(например, рака толстой кишки) у различных пациентов представляет собой одну из наиболее часто обсуждаемых и печальных проблем современной медицины. Широко распространено мнение, что в основе большей части различий ответа на химиотерапию лежит генетическое и эпигенетическое разнообразие человека. Соответственно, постоянно предпринимаются попытки определить в человеческой популяции молекулярно-генетические корреляты (т.е. молекулярные сигнатуры) устойчивости рака и чувствительности к специфическим терапевтическим средствам. Есть надежда, что усилия, предпринимаемые в этом направлении, в конечном счете позволят врачам заранее оценивать для данного пациента эффективность лечения рака конкретным противораковым соединением. Краткое описание сущности изобретения В данной заявке описаны способы и композиции для классификации рака у пациента как устойчивого или чувствительного к соединению, ингибирующему гистондеацетилазу (HDACi), путем (1) сравнения уровней экспрессии по меньшей мере четырех биомаркерных генов с первым набором значений уровней экспрессии биомаркерных генов, который был определен в раковых клетках, про которые известно, что они устойчивы к HDACi соединению, или путем сравнения уровней экспрессии со вторым набором значений уровней экспрессии биомаркерных генов, который был определен в раковых клетках,про которые известно, что они чувствительны к HDACi соединению, и (2) определения того, что рак чувствителен к HDACi соединению, если уровни экспрессии биомаркерных генов значительно ниже, чем первый набор значений уровней экспрессии, или определения того, что рак устойчив к HDACi соединению, если уровни экспрессии биомаркерных генов больше, чем второй набор значений уровней экспрессии. Упомянутые биомаркерные гены включают PTPN3, АВСС 3, SARG, PPAP2C, NPDC1, CTEN,RAB25, НЕРН, ТРМТ, PKP3, GALNT5, CALML4, GALNT12, TPK1, DEFA6, EPLIN, CLIC5, PERP, SYK,SLC12A2, GUCY2C, TM4SF4, TGFA, FGFBP1, PTK6, EVA1, ЕРНА 2, ITGA6, TNFRSF21, TM4SF3, IL18,ВМР 4, SMPDL3B, TMPRSS2, GDA, MST1R, ITGB4, ANXA3, CCL15, DPEP1, NOXO1, IFI27, CYP3A43 иPKP2. Соответственно, в одном аспекте в данной заявке предложен способ классификации рака у пациента, включающий сравнение уровней экспрессии по меньшей мере четырех биомаркерных генов при указанном раке с уровнем экспрессии из первого или второго набора пороговых значений уровней экспрессии для биомаркерных генов и определение того, что рак чувствителен к ингибитору HDAC, если уровни экспрессии биомаркерных генов ниже, чем первый набор пороговых значений уровней экспрессии, или определение того, что рак устойчив к ингибитору HDAC, если уровни экспрессии выше, чем второй набор пороговых значений уровней экспрессии, где указанные по меньшей мере четыре биомаркерных гена выбраны из PTPN3, АВСС 3, SARG, PPAP2C, NPDC1, CTEN, RAB25, НЕРН, ТРМТ, PKP3, GALNT5,CALML4, GALNT12, TPK1, DEFA6, EPLIN, CLIC5, PERP, SYK, SLC12A2, GUCY2C, TM4SF4, TGFA,FGFBP1, PTK6, EVA1, ЕРНА 2, ITGA6, TNFRSF21, TM4SF3, IL18, ВМР 4, SMPDL3B, TMPRSS2, GDA,MST1R, ITGB4, ANXA3, CCL15, DPEP1, NOXO1, IFI27, CYP3A43 и PKP2. В некоторых воплощениях указанные по меньшей мере четыре маркерных гена выбраны из DEFA6, ITGB4, TM4SF4, SYK, PPAP2C,RAB25, НЕРН, NOXO1, TM4SF4, PTPN3, ЕРНА 2, FGFBP1, АВСС 3, ТРМТ, IL18 и DPEP1. В некоторых воплощениях указанные по меньшей мере четыре биомаркерных гена включают по меньшей мере один из DEFA6, RAB25, TM4SF4 или IL18. В некоторых воплощениях указанные по меньшей мере четыре биомаркерных гена включают DEFA6, ITGB4, TM4SF3, SYK, PPAP2C и RAB25. В некоторых воплощениях указанные по меньшей мере четыре биомаркерных гена включают DEFA6, ITGB4, TM4SF4, SYK,PPAP2C, RAB25, НЕРН, NOXO1, TM4SF4, PTPN3, ЕРНА 2, FGFBP1, АВСС 3, ТРМТ, IL18 и DPEP1. В некоторых воплощениях один или более из вышеупомянутых уровней экспрессии представляет собой уровень экспрессии мРНК. В некоторых воплощениях один или более из уровней экспрессии представляет собой уровень экспрессии полипептида. В некоторых воплощениях рак пациента представляет собой рак толстой кишки. В некоторых воплощениях способ классификации рака дополнительно включает определение уровня экспрессии по меньшей мере четырех биомаркерных генов при раке перед стадией сравнения. В некоторых воплощениях упомянутый ингибитор HDAC представляет собой PCI-24781 (3 диметиламино)метил)-N-(2-(4-(гидроксикарбамоил)фенокси)этил)бензофуран-2-карбоксамид). В некоторых воплощениях уровни экспрессии по меньшей мере четырех биомаркерных генов сравнивают с первым набором и вторым набором пороговых значений уровней экспрессии биомаркерных генов. В другом аспекте в данной заявке предложен способ классификации рака у пациента, включающий определение уровней экспрессии по меньшей мере четырех биомаркерных генов при указанном раке,сравнение уровней экспрессии по меньшей мере четырех биомаркерных генов при раке с уровнем экс-1 017985 прессии из первого или второго набора пороговых значений уровней экспрессии для биомаркерных генов и определение того, что рак чувствителен к ингибитору HDAC, если уровни экспрессии биомаркерных генов ниже, чем первый набор пороговых значений уровней экспрессии, или определение того, что рак устойчив к ингибитору HDAC, если уровни экспрессии выше, чем второй набор пороговых значений уровней экспрессии, где указанные по меньшей мере четыре биомаркерных гена выбраны из PTPN3,АВСС 3, SARG, РРАР 2 С, NPDC1, CTEN, RAB25, НЕРН, ТРМТ, PKP3, GALNT5, CALML4, GALNT12,TPK1, DEFA6, EPLIN, CLIC5, PERP, SYK, SLC12A2, GUCY2C, TM4SF4, TGFA, FGFBP1, PTK6, EVA1,ЕРНА 2, ITGA6, TNFRSF21, TM4SF3, IL18, ВМР 4, SMPDL3B, TMPRSS2, GDA, MST1R, ITGB4, ANXA3,CCL15, DPEP1, NOXO1, IFI27, CYP3A43 и PKP2. В некоторых воплощениях по меньшей мере один из указанных по меньшей мере четырех маркерных генов выбран из DEFA6, ITGB4, TM4SF4, SYK, PPAP2C, RAB25, НЕРН, NOXO1, TM4SF4, PTPN3,ЕРНА 2, FGFBP1, АВСС 3, ТРМТ, IL18 и DPEP1. В некоторых воплощениях указанные по меньшей мере четыре биомаркерных гена включают по меньшей мере один из: DEFA6, RAB25, TM4SF4 или IL18. В некоторых воплощениях указанные по меньшей мере четыре биомаркерных гена включают DEFA6,ITGB4, TM4SF3, SYK, PPAP2C и RAB25. В некоторых воплощениях указанные по меньшей мере четыре биомаркерных гена включают DEFA6, ITGB4, TM4SF4, SYK, PPAP2C, RAB25, НЕРН, NOXO1, TM4SF4,PTPN3, ЕРНА 2, FGFBP1, АВСС 3, ТРМТ, IL18 и DPEP1. В некоторых воплощениях один или более из уровней экспрессии упомянутых биомаркерных генов представляет собой уровень экспрессии мРНК. В некоторых воплощениях один или более из уровней экспрессии представляет собой уровень экспрессии полипептида. В некоторых воплощениях рак пациента представляет собой рак толстой кишки. В некоторых воплощениях ингибитор HDAC представляет собой PCI-24781. В некоторых воплощениях указанный способ дополнительно включает назначение или введение ингибитора HDAC пациенту на основании сравнения уровней экспрессии биомаркерных генов. В некоторых воплощениях уровни экспрессии по меньшей мере четырех биомаркерных генов сравнивают с первым набором и вторым набором пороговых значений уровней экспрессии биомаркерных генов. В следующем аспекте в данной заявке предложена выделенная популяция нуклеиновых кислот,включающая множество нуклеиновых кислот, полученных из раковой клетки, где указанная раковая клетка принадлежит к типу раковых клеток, который чувствителен к соединению-ингибитору HDAC. В некоторых воплощениях указанная выделенная популяция содержит РНК. В некоторых воплощениях указанная выделенная популяция содержит кДНК. В некоторых воплощениях упомянутый ингибиторHDAC представляет собой PCI-24781. В некоторых воплощениях упомянутую раковую клетку выделяли из популяции клеток, выращенной in vitro. В некоторых воплощениях указанная раковая клетка представляет собой клетку карциномы толстой кишки. В некоторых воплощениях клетка карциномы толстой кишки получена из карциномы толстой кишки R1059261097, R4498160614, R5456781761, R7424107588 или R0948311023. В некоторых воплощениях нуклеотидные последовательности по меньшей мере четырех из DEFA6, ITGB4, TM4SF4, SYK, PPAP2C, RAB25, НЕРН, NOXO1, TM4SF4, PTPN3, ЕРНА 2,FGFBP1, АВСС 3, ТРМТ, IL18 или DPEP1 представлены в выделенной популяции нуклеиновых кислот. В родственном аспекте в данной заявке предложена выделенная популяция нуклеиновых кислот,включающая множество нуклеиновых кислот, полученных из раковой клетки, где указанная раковая клетка принадлежит к типу раковых клеток, который устойчив к соединению-ингибитору HDAC. В некоторых воплощениях указанная выделенная популяция содержит РНК. В некоторых воплощениях указанная выделенная популяция содержит кДНК. В некоторых воплощениях упомянутый ингибиторHDAC представляет собой PCI-24781. В некоторых воплощениях упомянутую раковую клетку выделяли из популяции клеток, выращенной in vitro. В некоторых воплощениях указанная раковая клетка представляет собой клетку карциномы толстой кишки. В некоторых воплощениях клетка карциномы толстой кишки получена из карциномы толстой кишки R1059261097, R4498160614, R5456781761, R7424107588 или R0948311023. В некоторых воплощениях нуклеотидные последовательности по меньшей мере четырех из DEFA6, ITGB4, TM4SF4, SYK, PPAP2C, RAB25, НЕРН, NOXO1, TM4SF4, PTPN3, ЕРНА 2,FGFBP1, АВСС 3, ТРМТ, IL18 или DPEP1 представлены в выделенной популяции нуклеиновых кислот. В некоторых воплощениях в данной заявке предложен набор, включающий вышеупомянутую выделенную популяцию нуклеиновых кислот и вкладыш, указывающий отношение уровня нуклеиновой кислоты биомаркерного гена в популяции к уровню нуклеиновой кислоты гена внутреннего контроля экспрессии в популяции. В некоторых воплощениях в данной заявке предложен набор, включающий вышеупомянутую выделенную популяцию нуклеиновых кислот и вкладыш, указывающий отношение уровня нуклеиновой кислоты биомаркерного гена в популяции к уровню нуклеиновой кислоты биомаркерного гена в популяции нуклеиновых кислот, полученных из раковой клетки, где указанная раковая клетка принадлежит к типу раковых клеток, который чувствителен к соединению-ингибитору HDAC. В другом аспекте в данной заявке предложен способ получения популяции нуклеиновых кислот с эталонным уровнем экспрессии для определения профиля экспрессии, включающий получение выделенной популяции нуклеиновых кислот из раковой клетки, где указанная раковая клетка принадлежит к типу раковых клеток, который чувствителен к соединению-ингибитору HDAC. В некоторых воплощениях указанная выделенная популяция содержит РНК. В некоторых воплощениях указанная выделенная популяция содержит кДНК. В некоторых воплощениях только что упомянутое соединение-ингибиторHDAC представляет собой PCI-24781. В некоторых воплощениях раковая клетка присутствует в биоптате. В некоторых воплощениях раковая клетка присутствует в популяции клеток, выращенной in vitro. В некоторых воплощениях указанная раковая клетка представляет собой клетку карциномы толстой кишки. В некоторых воплощениях клетку карциномы получали из карциномы толстой кишки R1059261097,R4498160614, R5456781761, R7424107588 или R0948311023. В некоторых воплощениях нуклеотидные последовательности по меньшей мере четырех из DEFA6, ITGB4, TM4SF4, SYK, PPAP2C, RAB25,НЕРН, NOXO1, TM4SF4, PTPN3, ЕРНА 2, FGFBP1, АВСС 3, ТРМТ, IL18 или DPEP1 представлены в вышеупомянутой выделенной популяции нуклеиновых кислот. В некоторых воплощениях указанный способ дополнительно включает определение, перед стадией выделения, того, что указанный тип раковой клетки чувствителен к соединению-ингибитору HDAC. В некоторых воплощениях указанный тип раковой клетки определяли как чувствительный к соединению-ингибитору HDAC in vitro. В некоторых воплощениях соединение-ингибитор HDAC представляет собой PCI-24781. В родственном аспекте в данной заявке предложен способ получения эталонного образца уровня экспрессии для определения профиля экспрессии, включающий получение выделенной популяции нуклеиновых кислот из раковой клетки, где указанная раковая клетка принадлежит к типу раковых клеток,который устойчив к соединению-ингибитору HDAC. В некоторых воплощениях указанная выделенная популяция содержит РНК. В некоторых воплощениях указанная выделенная популяция содержит кДНК. В некоторых воплощениях только что упомянутое соединение-ингибитор HDAC представляет собойPCI-24781. В некоторых воплощениях раковая клетка присутствует в биоптате. В некоторых воплощениях раковая клетка присутствует в популяции клеток, выращенной in vitro. В некоторых воплощениях указанная раковая клетка представляет собой клетку карциномы толстой кишки. В некоторых воплощениях клетку карциномы получали из карциномы толстой кишки R1059261097, R4498160614, R5456781761,R7424107588 или R0948311023. В некоторых воплощениях нуклеотидные последовательности по меньшей мере четырех из DEFA6, ITGB4, TM4SF4, SYK, PPAP2C, RAB25, НЕРН, NOXO1, TM4SF4, PTPN3,ЕРНА 2, FGFBP1, АВСС 3, ТРМТ, IL18 или DPEP1 представлены в вышеупомянутой выделенной популяции нуклеиновых кислот. В некоторых воплощениях указанный способ дополнительно включает определение перед стадией выделения того, что тип раковой клетки устойчив к соединению-ингибиторуHDAC. В некоторых воплощениях тип раковой клетки определяли как устойчивый к соединениюингибитору HDAC in vitro. В некоторых воплощениях соединение-ингибитор HDAC представляет собойPCI-24781. В другом аспекте в данной заявке предложена линия раковых клеток человека, которая устойчива к соединению-ингибитору HDAC in vitro. В некоторых воплощениях линия клеток человека экспрессируетDEFA6, ITGB4, TM4SF4, SYK, PPAP2C, RAB25, НЕРН, NOXO1, TM4SF4, PTPN3, ЕРНА 2, FGFBP1,АВСС 3, ТРМТ, IL18 и DPEP1. В некоторых воплощениях соединение-ингибитор HDAC, к которому устойчива упомянутая линия раковых клеток человека, представляет собой PCI 24781. В некоторых воплощениях PCI 24781-устойчивая линия раковых клеток человека устойчива к PCI 24781 в концентрации, равной по меньшей мере приблизительно 1 мкМ. В некоторых воплощениях линия раковых клеток человека представляет собой линию клеток карциномы толстой кишки. В некоторых воплощениях линия клеток карциномы толстой кишки представляет собой R5247682266, R9866135153, R1078103114 илиR4712781606. В дополнительном аспекте в данной заявке предложен способ увеличения вероятности терапевтически эффективного лечения рака ингибитором HDAC, включающий обеспечение индикации того, что рак у пациента чувствителен к лечению ингибитором HDAC, если уровни экспрессии по меньшей мере четырех биомаркерных генов в образце рака пациента ниже, чем пороговые значения уровней экспрессии для указанных четырех биомаркерных генов, или обеспечение индикации того, что указанный рак устойчив к лечению ингибитором HDAC, если уровни экспрессии биомаркерных генов выше, чем пороговые значения уровней экспрессии, где указанные по меньшей мере четыре биомаркерных гена выбраны из PTPN3, АВСС 3, SARG, РРАР 2 С, NPDC1, CTEN, RAB25, НЕРН, ТРМТ, PKP3, GALNT5, CALML4,GALNT12, TPK1, DEFA6, EPLIN, CLIC5, PERP, SYK, SLC12A2, GUCY2C, TM4SF4, TGFA, FGFBP1,PTK6, EVA1, ЕРНА 2, ITGA6, TNFRSF21, TM4SF3, IL18, ВМР 4, SMPDL3B, TMPRSS2, GDA, MST1R,ITGB4, ANXA3, CCL15, DPEP1, NOXO1, IFI27, CYP3A43 и PKP2, в результате чего вероятность терапевтически эффективного лечения рака ингибитором HDAC возрастает. В некоторых воплощениях указанная индикация предложена на цифровом носителе. В некоторых воплощениях указанная индикация предложена на печатном носителе. В некоторых воплощениях указанная индикация представляет собой ссылку на биомедицинскую публикацию. В некоторых воплощениях указанная индикация относится к уровням экспрессии по меньшей мере двух биомаркерных генов. В некоторых воплощениях указанные по меньшей мере четыре биомаркерных гена включают DEFA6, RAB25, TM4SF4 или IL18. В некоторых воплощениях указанные по меньшей мере четыре биомаркерных гена включают DEFA6, ITGB4,TM4SF3, SYK, PPAP2C и RAB25. В некоторых воплощениях указанные по меньшей мере четыре биомаркерных гена включают DEFA6, ITGB4, TM4SF4, SYK, PPAP2C, RAB25, НЕРН, NOXO1, TM4SF4,-3 017985PTPN3, ЕРНА 2, FGFBP1, АВСС 3, ТРМТ, IL18 и DPEP1. В некоторых воплощениях рак представляет собой рак толстой кишки. В некоторых воплощениях ингибитор HDAC представляет собой PCI-24781. В еще одном аспекте в данной заявке предложен способ оптимизации селекции противоракового агента для лечения рака в комбинации с соединением-ингибитором HDAC путем (1) сравнения первого набора биомаркерных генов, экспрессия которых коррелирует с устойчивостью или чувствительностью рака к данному противораковому агенту, со вторым набором биомаркерных генов, экспрессия которых коррелирует с устойчивостью к соединению-ингибитору HDAC; и (2) выбора противоракового агента для лечения рака в комбинации с ингибитором HDAC, если биомаркерные гены в первом наборе отличны от биомаркерных генов во втором наборе, где биомаркерные гены во втором наборе представляют собой DEFA6, ITGB4, TM4SF4, SYK, PPAP2C, RAB25, НЕРН, NOXO1, TM4SF4, PTPN3, ЕРНА 2,FGFBP1, АВСС 3, ТРМТ, IL18 и DPEP1. В некоторых воплощениях указанный способ дополнительно включает сравнение уровня экспрессии второго набора биомаркерных генов во множестве раковых клеток, которых обрабатывали ингибитором HDAC вместе со вторым противораковым агентом. В дополнительном аспекте в данной заявке предложена индикация вероятности терапевтически эффективного лечения рака соединением-ингибитором HDAC, включающая средство информирования об интерпретации уровней экспрессии по меньшей мере четырех биомаркерных генов, выбранных изDEFA6, ITGB4, TM4SF4, SYK, PPAP2C, RAB25, НЕРН, NOXO1, TM4SF4, PTPN3, ЕРНА 2, FGFBP1,АВСС 3, ТРМТ, IL18 и DPEP. В некоторых воплощениях указанная индикация дополнительно включает уровни экспрессии по меньшей мере четырех биомаркерных генов. В некоторых воплощениях средство информирования представляют собой печатный документ или электронный документ. В некоторых воплощениях интерпретация включает ссылку на биомедицинскую публикацию. В некоторых воплощениях интерпретация включает график. В некоторых воплощениях интерпретация включает информацию,которая указывает на то, что рак у пациента чувствителен к лечению ингибитором HDAC, если уровни экспрессии указанных биомаркерных генов в образце рака пациента ниже, чем пороговые значения уровней экспрессии для указанных четырех биомаркерных генов, или информацию, которая указывает на то, что указанный рак устойчив к лечению ингибитором HDAC, если уровни экспрессии указанных биомаркерных генов выше, чем пороговые значения уровней экспрессии. В другом аспекте в данной заявке предложен способ определения вероятности эффективного лечения рака у пациента соединением-ингибитором HDAC, включающий: (1) определение при указанном раке уровней экспрессии по меньшей мере четырех биомаркерных генов, выбранных из DEFA6, ITGB4,TM4SF4, SYK, PPAP2C, RAB25, НЕРН, NOXO1, TM4SF4, PTPN3, ЕРНА 2, FGFBP1, АВСС 3, ТРМТ, IL18 и DPEP; и (2) сравнение уровней экспрессии этих по меньшей мере четырех биомаркерных генов при указанном раке с уровнями экспрессии по меньшей мере четырех биомаркерных генов в эталонном образце уровня экспрессии, полученном из раковых клеток, для которых ранее определили, что они устойчивы к указанному соединению ингибитора HDAC, где вероятность эффективного лечения рака выше,если уровень экспрессии указанных по меньшей мере четырех биомаркеров при указанном раке у пациента ниже, чем уровни экспрессии указанных биомаркерных генов в эталонном образце уровня экспрессии. В некоторых воплощениях указанный способ дополнительно включает выбор противоракового агента, отличного от соединения-ингибитора HDAC, для лечения рака. В еще одном аспекте в данной заявке предложен способ классификации рака у пациента, включающий сравнение уровней экспрессии по меньшей мере четырех биомаркерных генов при указанном раке с первым или вторым набором значений уровней экспрессии для биомаркерных генов, и для каждого сравнения определение вероятности для указанного уровня экспрессии биомаркерных генов того, что рак у пациента устойчив к соединению-ингибитору гистондеацетилазы, где (1) первый набор значений уровней экспрессии измеряли в раковых клетках, для которых определили, что они устойчивы к соединениюингибитору гистондеацетилазы; (2) второй набор значений уровней экспрессии измеряли в раковых клетках, для которых определили, что они чувствительны к соединению-ингибитору гистондеацетилазы;(3) определенная вероятность обратно пропорциональна отрицательному отклонению уровня экспрессии биомаркерных генов от первого набора значений уровней экспрессии и прямо пропорциональна положительному отклонению уровня экспрессии биомаркерных генов от второго набора значений уровней экспрессии; и (4) указанные по меньшей мере четыре биомаркерных гена выбраны из: PTPN3, АВСС 3,SARG, РРАР 2 С, NPDC1, CTEN, RAB25, НЕРН, ТРМТ, PKP3, GALNT5, CALML4, GALNT12, TPK1,DEFA6, EPLIN, CLIC5, PERP, SYK, SLC12A2, GUCY2C, TM4SF4, TGFA, FGFBP1, PTK6, EVA1, ЕРНА 2,ITGA6, TNFRSF21, TM4SF3, IL18, ВМР 4, SMPDL3B, TMPRSS2, GDA, MST1R, ITGB4, ANXA3, CCL15,DPEP1, NOXO1, IFI27, CYP3A43 и PKP2. В другом аспекте в данной заявке предложен способ классификации популяции клеток, включающий сравнение уровней экспрессии по меньшей мере четырех биомаркерных генов в популяции клеток с первым или вторым набором пороговых значений уровней экспрессии для биомаркерных генов и определение того, что популяция клеток чувствительна к ингибитору HDAC, если уровни экспрессии биомаркерных генов ниже, чем первый набор пороговых значений уровней экспрессии, или определение того, что популяция клеток устойчива к ингибитору HDAC, если уровни экспрессии выше, чем второй набор пороговых значений уровней экспрессии, где указанные по меньшей мере четыре биомаркерных гена выбраны из PTPN3, АВСС 3, SARG, PPAP2C, NPDC1, CTEN, RAB25, НЕРН, ТРМТ, PKP3, GALNT5,CALML4, GALNT12, TPK1, DEFA6, EPLIN, CLIC5, PERP, SYK, SLC12A2, GUCY2C, TM4SF4, TGFA,FGFBP1, PTK6, EVA1, ЕРНА 2, ITGA6, TNFRSF21, TM4SF3, IL18, ВМР 4, SMPDL3B, TMPRSS2, GDA,MST1R, ITGB4, ANXA3, CCL15, DPEP1, NOXO1, IFI27, CYP3A43 и PKP2. В другом аспекте в данной заявке предложен способ определения ингибирования HDAC in vivo,включающий определение уровня экспрессии биомаркерного гена, чувствительного к ингибиторуHDAC, в биологическом образце, полученном от субъекта, после того, как указанному субъекту ввели соединение-ингибитор HDAC, где чувствительные к ингибитору HDAC биомаркерные гены представляют собой любые из генов, перечисленных в табл. 5. В другом аспекте в данной заявке предложен способ определения наиболее чувствительных тканей и опухолей, полученных из них, к ингибитору HDAC, включающий: (1) обеспечение первой ткани указанного типа ткани (включая кровь) в первый момент времени и введение соединения-ингибитора HDAC в первую ткань любым подходящим путем в первый момент времени, (2) обеспечение второй ткани указанного типа ткани (включая кровь) во второй момент времени и введение соединения-ингибитораHDAC во вторую ткань любым подходящим путем во второй момент времени и (3) определение профилей экспрессии в первой и второй тканях для любых генов из перечисленных в табл. 5. В дополнительном аспекте в данной заявке предложен способ классификации одной или более клеток, включающий определение уровней экспрессии не более четырех-пятидесяти биомаркерных генов в одной или более клетках, где по меньшей мере четыре из указанных биомаркерных генов выбраны изPTPN3, АВСС 3, SARG, РРАР 2 С, NPDC1, CTEN, RAB25, НЕРН, ТРМТ, PKP3, GALNT5, CALML4,GALNT12, TPK1, DEFA6, EPLIN, CLIC5, PERP, SYK, SLC12A2, GUCY2C, TM4SF4, TGFA, FGFBP1,PTK6, EVA1, EPHA2, ITGA6, TNFRSF21, TM4SF3, IL18, BMP4, SMPDL3B, TMPRSS2, GDA, MST1R,ITGB4, ANXA3, CCL15, DPEP1, NOXO1, IFI27, CYP3A43 и PKP2. В некоторых воплощениях указанный способ дополнительно включает сравнение уровней экспрессии четырех-пятидесяти биомаркерных генов с первым или вторым набором пороговых значений уровней экспрессии для биомаркерных генов, и определение того, что рак чувствителен к ингибитору HDAC, если уровни экспрессии биомаркерных генов ниже, чем первый набор пороговых значений уровней экспрессии, или определение того, что рак устойчив к ингибитору HDAC, если уровни экспрессии выше, чем второй набор пороговых значений уровней экспрессии. В некоторых воплощениях указанная одна или более клеток представляют собой раковые клетки. В некоторых воплощениях указанные по меньшей мере четыре биомаркерных гена выбраны изDEFA6, ITGB4, TM4SF4, SYK, PPAP2C, RAB25, НЕРН, NOXO1, TM4SF4, PTPN3, ЕРНА 2, FGFBP1,АВСС 3, ТРМТ, IL18 и DPEP. В некоторых воплощениях указанный способ дополнительно включает определение уровней экспрессии не более четырех-двадцати биомаркерных генов. В некоторых воплощениях указанный способ включает определение уровней экспрессии не более чем четырех биомаркерных генов. В некоторых воплощениях указанные четыре биомаркерных гена состоят из: DEFA6, RAB25,TM4SF4 и IL18. В еще одном аспекте в данной заявке предложен чип для гибридизации нуклеиновых кислот, включающий нуклеиновокислотные зонды, которые гибридизуются в очень жестких условиях гибридизации с нуклеиновыми кислотами не более четырех-пятидесяти биомаркерных генов, где по меньшей мере четыре биомаркерных гена выбраны из PTPN3, АВСС 3, SARG, PPAP2C, NPDC1, CTEN, RAB25, НЕРН,ТРМТ, РКР 3, GALNT5, CALML4, GALNT12, TPK1, DEFA6, EPLIN, CLIC5, PERP, SYK, SLC12A2,GUCY2C, TM4SF4, TGFA, FGFBP1, PTK6, EVA1, ЕРНА 2, ITGA6, TNFRSF21, TM4SF3, IL18, ВМР 4,SMPDL3B, TMPRSS2, GDA, MST1R, ITGB4, ANXA3, CCL15, DPEP1, NOXO1, IFI27, CYP3A43 и PKP2. В некоторых воплощениях указанный чип для гибридизации нуклеиновых кислот включает по меньшей мере четыре биомаркерных гена, выбранных из DEFA6, ITGB4, TM4SF4, SYK, PPAP2C, RAB25, НЕРН,NOXO1, TM4SF4, PTPN3, ЕРНА 2, FGFBP1, АВСС 3, ТРМТ, IL18 и DPEP. В некоторых воплощениях по меньшей мере четыре биомаркерных гена состоят из: DEFA6, RAB25, TM4SF4 и IL18. Должно быть очевидно, что способы и композиции, описанные в данной заявке, не ограничиваются конкретной методикой, протоколами, линиями клеток, конструкциями и реагентами, описанными в данной заявке, и, по существу, могут изменяться. Также должно быть очевидно, что терминология, используемая в данной заявке, используется исключительно с целью описания конкретных воплощений и не предназначена для ограничения объема способов и композиций, описанных в данной заявке, которые ограничены исключительно прилагаемой формулой изобретения. В данной заявке и в прилагаемой формуле изобретения единственные формы включают ссылку на множественные, если контекст явно не указывает на противоположное. Термин "биомаркерный ген" относится к гену, чья экспрессия или активность приводит к образованию по меньшей мере одного продукта экспрессии, уровень которого количественно коррелирует с представляющим интерес фенотипическим состоянием (например, устойчивостью к лекарственному средству, патологией). Термин "детектируемая метка" относится к метке, которую можно увидеть, используя аналитические методики, включая, но не ограничиваясь этим, флуоресценцию, хемилюминесценцию, электронный парамагнитный резонанс, абсорбционную спектроскопию в ультрафиолетовой/видимой области спектра,-5 017985 масс-спектрометрию, ядерный магнитный резонанс, магнитный резонанс и электрохимические способы. Термины "дифференциально экспрессируемый ген", "дифференциальная экспрессия генов" и их синонимы, которые используют взаимозаменяемо, относятся к гену, экспрессия которого повышена или понижена в первой популяции клеток по сравнению с экспрессией того же гена во второй популяции клеток. Такие различия подтверждаются, например, изменением уровней мРНК, поверхностной экспрессией, секрецией или другим разделением полипептида. Дифференциальная экспрессия генов включает в некоторых воплощениях сравнение экспрессии между двумя или более генами или продуктами этих генов, или сравнение соотношений экспрессии между двумя или более генами или продуктами этих генов,или даже сравнение двух по-разному процессированных продуктов одного и того же гена, которые отличаются между двумя популяциями клеток. Дифференциальная экспрессия включает как количественные,так и качественные изменения временного или клеточного паттерна экспрессии гена или продуктов его экспрессии, например между нормальными и больными клетками, или между клетками, которые испытывают различные эпизоды болезни или стадии болезни, или клетками, которые в значительной степени чувствительны или устойчивы к определенным терапевтическим лекарственным средствам. Термин "флуорофор" относится к молекуле, которая при возбуждении излучает фотоны и поэтому является флуоресцентной. Выражение "амплификация гена" относится к процессу, посредством которого множество копий гена или фрагмента гена образуется в определенной клетке или линии клеток. Дуплицированный участок(фрагмент амплифицированной ДНК) часто называют "ампликоном". Зачастую, количество полученной информационной РНК (мРНК), т.е. уровень экспрессии генов, также увеличивает количество числа копий, сделанных с определенного гена. Термин "определение профиля экспрессии гена", если не указано иначе, используется в наиболее широком смысле и включает способы количественного анализа мРНК гена или нуклеиновых кислот,полученных из нее, и/или уровней белка или пептидов, полученных из него, и/или функции белка в биологическом образце. Термин "гибридизация в очень жестких условиях" относится к следующим условиям гибридизации: инкубирование при 68 С в течение 1 ч, затем промывка 3 раза в течение 20 мин каждый раз при комнатной температуре в 2 Х растворе хлорида и цитрата натрия (SSC) и 0,1% додецилсульфате натрия (ДСН) и дважды при 50 С в 0,1X SSC и 0,1% ДСН, или к любым известным в данной области эквивалентным условиям гибридизации. Термин "ген внутреннего контроля экспрессии" относится к гену, уровень экспрессии которого, что известно или ожидается, будет очень похожим в клетках, которые отличаются по одному или более фенотипам или которые подвергали различным экспериментальным воздействиям. Например, показано,что экспрессия гена HDAC3 очень похожа в клетках рака толстой кишки, которые устойчивы или чувствительны к лечению соединением HDACi. Термин "выделенный" относится к отделению и удалению представляющего интерес компонента от/из компонентов, не представляющих интерес. Выделенные вещества возможно находятся либо в сухом, либо в полусухом состоянии или в растворе, включая, но не ограничиваясь этим, водный раствор. Выделенный компонент возможно находится в гомогенном состоянии, или выделенный компонент возможно является частью фармацевтической композиции, которая содержит дополнительные фармацевтически приемлемые носители и/или вспомогательные вещества. Чистоту и гомогенность определяли, например, используя методики аналитической химии, включая, но не ограничиваясь этим, электрофорез в полиакриламидном геле или высокоэффективную жидкостную хроматографию. Кроме того, когда представляющий интерес компонент выделен и является преобладающим видом, присутствующим в препарате, указанный компонент описан в данной заявке как, по существу, очищенный. Термин "очищенный" в данной заявке относится к представляющему интерес компоненту, который по меньшей мере на 85% чистый, по меньшей мере на 90% чистый, по меньшей мере на 95% чистый, по меньшей мере на 99% или более чистый. Исключительно в качестве примера нуклеиновые кислоты или белки являются "выделенными", когда такие нуклеиновые кислоты или белки свободны от по меньшей мере некоторого количества клеточных компонентов, с которыми они ассоциированы в естественном состоянии, или когда нуклеиновая кислота или белок были сконцентрированы до уровня, большего чем концентрация их продукции in vivo или in vitro. Термин "метка" относится к веществу, которое встраивается в соединение и легко детектируется, в результате чего его физическое распределение можно определить и/или контролировать. Термин "микрочип" относится к упорядоченно расположенным гибридизуемым элементам матрицы, предпочтительно полинуклеотидным зондам, на подложке. Термин "нуклеиновая кислота" или "нуклеиновокислотный зонд", когда используется в единственном или множественном числе, в общем смысле относится к любому полирибонуклеотиду или полидезоксирибонуклеотиду, который включает немодифицированную РНК или ДНК или модифицированную РНК или ДНК. Таким образом, например, нуклеиновые кислоты, согласно определению в данной заявке,включают, без ограничения, одно- и двухцепочечные ДНК, ДНК, включающие одно- и двухцепочечные участки, одно- и двухцепочечные РНК, и РНК, включающие одно- и двухцепочечные участки, гибрид-6 017985 ные молекулы, включающие ДНК и РНК, которые являются возможно одноцепочечными или чаще двухцепочечными или включают одно- и двухцепочечные участки. Кроме того, термин "нуклеиновая кислота" в данной заявке относится к трехцепочечным участкам, включающим РНК или ДНК или обе РНК и ДНК. Цепи в таких участках возможно принадлежат одной и той же молекуле или различным молекулам. Участки возможно включают целиком одну или более молекул, но чаще включают лишь участок некоторых из молекул. Одной из молекул трехспирального участка часто является олигонуклеотид. Термин "нуклеиновая кислота", в частности, включает кДНК. Данный термин включает ДНК (включая кДНК) и РНК, которые содержат одно или более модифицированных оснований. Таким образом, ДНК или РНК с остовами, модифицированными для стабильности или с другой целью, называются в данной заявке "нуклеиновыми кислотами". ДНК или РНК, включающие редкие основания, такие как инозин, или модифицированные основания, такие как меченные тритием основания, включены в термин "нуклеиновая кислота" согласно определению в данной заявке. В целом, термин "нуклеиновая кислота" охватывает все химически, ферментативно и/или метаболически модифицированные формы немодифицированных полинуклеотидов, а также химические формы ДНК и РНК, характерные для вирусов и клеток, включая простые и сложные клетки. Термин "олигонуклеотид" относится к относительно короткому полинуклеотиду, включая, без ограничения, одноцепочечные дезоксирибонуклеотиды, одно- или двухцепочечные рибонуклеотиды,РНК:ДНК гибриды и двухцепочечные ДНК. Олигонуклеотиды, такие как одноцепочечные олигонуклеотиды ДНК-зондов, часто синтезируют химическими способами, например используя автоматизированные синтезаторы олигонуклеотидов, которые имеются в продаже. Тем не менее, олигонуклеотиды возможно получены с помощью ряда других способов, включая in vitro технологии рекомбинантных ДНК и экспрессию ДНК в клетках и организмах. Термины "предсказание", "предсказывание", "прогностический" или "прогноз" в данной заявке относятся к вероятности того, что пациент будет отвечать либо благоприятно, либо неблагоприятно на лекарственное средство (например, на противораковое соединение) или набор лекарственных средств, а также к степени таких ответов. Прогностические способы, описанные в данной заявке, представляют собой полезные способы предсказания, если пациент, страдающий от рака, способен отвечать благоприятно на схему лечения соединением-ингибитором HDAC отдельно или в комбинации с другим терапевтическим средством (например, со вторым противораковым соединением). Термин "субъект" или "пациент" относится к животному, которое является объектом лечения, наблюдения или эксперимента. Исключительно в качестве примера субъект включает, но не ограничивается этим, млекопитающее, включая, но не ограничиваясь, человека. Термин "по существу, очищенный" относится к представляющему интерес компоненту, который является преимущественно или, по существу, свободным от других компонентов, которые обычно сопровождают или взаимодействуют с представляющим интерес компонентом перед очисткой. Исключительно в качестве примера представляющий интерес компонент является "по существу, очищенным",когда препарат представляющего интерес компонента содержит менее чем приблизительно 30%, менее чем приблизительно 25%, менее чем приблизительно 20%, менее чем приблизительно 15%, менее чем приблизительно 10%, менее чем приблизительно 5%, менее чем приблизительно 4%, менее чем приблизительно 3%, менее чем приблизительно 2% или менее чем приблизительно 1% (сухого веса) загрязняющих компонентов. Таким образом, "по существу, очищенный" представляющий интерес компонент возможно имеет уровень чистоты, равный приблизительно 70%, приблизительно 75%, приблизительно 80%,приблизительно 85%, приблизительно 90%, приблизительно 95%, приблизительно 96%, приблизительно 97%, приблизительно 98%, приблизительно 99% или больше. Термин "терапевтически эффективное количество" относится к количеству композиции, которую вводят пациенту, уже страдающему от заболевания, патологического состояния или расстройства, достаточному для того, чтобы вылечить или, по меньшей мере, частично подавить или облегчить до некоторой степени один или более симптомов заболевания, расстройства или патологического состояния, от которого лечат. Эффективность таких композиций зависит от условий, включая, но не ограничиваясь этим, тяжесть и течение заболевания, расстройства или патологического состояния, предшествующую терапию, состояние здоровья пациента и ответ на лекарственные средства и решение лечащего врача. Исключительно в качестве примера терапевтически эффективные количества определяли с помощью способов, включающих, но не ограниченных перечисленным, клиническое испытание с повышением дозы. Термины "лечить", "подвергать лечению" или "лечение" включают облегчение, ослабление или снижение выраженности симптомов заболевания или патологического состояния, предотвращение дополнительных симптомов, снижение выраженности или предотвращение лежащих в основе симптомов метаболических причин, ингибирование заболевания или патологического состояния, например остановку развития заболевания или патологического состояния, смягчение заболевания или патологического состояния, вызов регрессии заболевания или патологического состояния, смягчение состояния, вызванного заболеванием или патологическим состоянием, или остановку симптомов заболевания или патологического состояния. Термины "лечить", "подвергать лечению" или "лечение" включают, но не ограни-7 017985 чиваются этим, профилактическое и/или терапевтическое лечение. Термин "опухоль" или "рак" относится ко всему росту и пролиферации неопластических клеток,либо злокачественному, либо доброкачественному, и всем предраковым и раковым клеткам и тканям. Если не указано иначе, используются обычные способы культивирования клеток, белковой химии,биохимии, технологий рекомбинантной ДНК, включая методики амплификации и гибридизации генов,масс-спектроскопию и фармакологию. Краткое описание графических материалов На фиг. 1 представлена иллюстративная схематичная блок-схема способа идентификации биомаркерных генов устойчивости к соединению HDACi в раковых клетках на основании определения профиля экспрессии генов и применения в медицинской практике определения профиля экспрессии идентифицированных биомаркерных генов. На фиг. 2 - иллюстративный график, показывающий ингибирование пролиферации клеток in vitro в зависимости от концентрации соединения HDACi PCI-24781 для ряда линий клеток карциномы толстой кишки. На фиг. 3 - иллюстративная блок-схема, показывающая статистический подход, используемый для анализа данных микрочипа, чтобы определить дифференциально экспрессированные гены в популяциях раковых клеток, устойчивых к соединению HDACi, в отличие от раковых клеток, которые чувствительны к указанному соединению. На фиг. 4 - иллюстративная диаграмма разброса данных, показывающая анализ основных компонентов данных с микрочипа относительно экспрессии генов в раковых клетках, которых обрабатывали и не обрабатывали соединением HDACi, и чувствительных и устойчивых раковых клетках. На фиг. 5 - иллюстративная гистограмма, сравнивающая результаты способа с применением микрочипа относительно способа количественной ОТ-ПЦР TaqMan для определения отношения уровней экспрессии мРНК для ряда идентифицированных биомаркерных генов устойчивости к соединениюHDACi в клетках, устойчивых к PCI-24781, относительно клеток рака толстой кишки PCI-24781. На фиг. 6 - иллюстративная гистограмма, сравнивающая относительные уровни экспрессии четырех биомаркерных генов устойчивости к соединению HDACi в раковых клетках, которые устойчивы к соединению-ингибитору HDAC (PCI-24781), относительно экспрессии указанных биомаркерных генов в раковых клетках, которые чувствительны к соединению. На фиг. 7 (А) - иллюстративная гистограмма, показывающая динамику ацетилирования тубулина в мононуклеарных клетках периферической крови мышей, которых лечили соединением-ингибиторомHDAC PCI-24781; на (В) - динамика профиля экспрессии генов, уровни мРНК которых коррелировали с изменениями ацетилирования тубулина. На фиг. 8 - иллюстративный набор двух линейных графиков, показывающих профили экспрессии двух чувствительных к ингибитору HDAC биомаркерных генов, как определено с помощью анализа на микрочипе, количественной ОТ-ПЦР и иммуноблоттинга. На фиг. 9 - иллюстративная гистограмма, показывающая средние уровни мРНК in vivo в различных тканях для пяти чувствительных к ингибитору HDAC биомаркерных генов через 3 и 8 ч после лечения ингибитором HDAC. На фиг. 10 - иллюстративный ряд кривых зависимости от дозы для действия ингибитора HDACPCI-24781 на опухоли, полученные из указанных опухолей. На фиг. 11 (А) - ряд линейных графиков, показывающих степень ингибирования ингибиторомHDAC PCI-24781 роста in vitro первичных клеток опухоли толстой кишки, полученных от впервые диагностированных, не подвергавшихся лечению пациентов с раком толстой кишки; на (В) - ряд линейных графиков, показывающих степень ингибирования роста in vitro ингибитором HDAC PCI-24781 клеток рака толстой кишки, полученных от пациентов, имеющих запущенные, метастатические опухоли толстой кишки; на (С) - гистограмма, показывающая корреляцию между устойчивостью опухолевой клетки к ингибитору HDAC in vitro и уровнем экспрессии мРНК биомаркерного гена устойчивости к HDACDEFA6. Подробное описание изобретения Способы, описанные в данной заявке, включают классификацию рака у пациента как устойчивого или чувствительного к соединению-ингибитору гистондеацетилазы (HDACi) путем сравнения уровней экспрессии по меньшей мере четырех биомаркерных генов, экспрессирующихся при указанном раке, с пороговыми значениями уровней экспрессии биомаркерного гена, как описано в данной заявке. Если уровни экспрессии по меньшей мере четырех биомаркерных генов выше, чем пороговые значения уровней экспрессии, рак относят к устойчивому к соединению HDACi. Наоборот, если уровни экспрессии по меньшей мере четырех биомаркерных генов ниже, чем пороговые значения уровней экспрессии, рак относят к чувствительному к соединению HDACi. В данной заявке также описана популяция нуклеиновых кислот, полученных из раковой клетки, где раковая клетка принадлежит к типу раковых клеток, который устойчив к соединению HDACi. Дополнительно в данной заявке описана популяция нуклеиновых кислот, полученных из раковой клетки, где раковая клетка принадлежит к типу раковых клеток, который чувствителен к соединению HDACi. Также в данной заявке описаны способы получения этих популяций нуклеиновых кислот. Такие популяции нуклеиновых кислот возможно используют в качестве эталонных стандартов уровня экспрессии для установления пороговых уровней экспрессии биомаркерных генов, описанных в данной заявке. Дополнительно в данной заявке описаны линии клеток, для которых определили, что они устойчивы к соединению HDACi. Также в данной заявке описаны линии клеток, для которых определили, что они чувствительны к соединению HDACi. В данной заявке также описан способ увеличения вероятности терапевтически эффективного лечения рака соединением HDACi путем обеспечения индикации того, что рак чувствителен к лечению соединением HDACi, если уровни экспрессии по меньшей мере четырех биомаркерных генов, описанных в данной заявке, ниже, чем пороговые значения уровней экспрессии для этих биомаркерных генов, или обеспечения индикации того, что рак устойчив к лечению соединением HDACi, если уровни экспрессии по меньшей мере четырех биомаркерных генов, описанных в данной заявке, выше, чем пороговые значения уровней экспрессии для этих биомаркерных генов. Дополнительно в данной заявке описаны способы оптимизации выбора противоракового агента для лечения рака в комбинации с соединением HDACi путем сравнения первого набора биомаркерных генов,экспрессия которых коррелирует с устойчивостью или чувствительностью рака к данному противораковому агенту, со вторым набором биомаркерных генов, экспрессия которых коррелирует с устойчивостью к соединению HDACi, и затем выбора противоракового агента для лечения рака в комбинации с ингибитором HDAC, только если все биомаркерные гены в первом наборе отличны от биомаркерных генов во втором наборе. Идентификация биомаркерных генов устойчивости к соединению HDACi (HDACiR-BG). В данной заявке описаны способы идентификации генов, уровни экспрессии котрых в раковых клетках значительно и согласованно коррелируют с устойчивостью клеток к соединению HDACi. Такие гены названы биомаркерными генами устойчивости к соединению HDACi (HDACiR-BG). В типичном воплощении HDACiR-BG идентифицированы, как описано далее. Ответ ex-vivo первичных опухолевых клеток (например, клеток рака толстой кишки) от различных пациентов на ингибитор HDAC определяют путем культивирования клеток в присутствии изменяющихся концентраций соединения HDACi. После определения чувствительности раковых клеток от каждого пациента к соединению HDACi определяют профили экспрессии мРНК для HDACi-устойчивых и чувствительных опухолей. Выделяют суммарную РНК, получают флуоресцентные зонды и гибридизуют с кДНК микрочипом для полного генома (например, с олигонуклеотидными микрочипами Codelink Human Whole Genome, содержащими примерно 55000 уникальных зондов; GE Healthcare Bio-Sciences Corp., Piscataway, NJ), согласно рекомендациям производителя. После гибридизации микрочипы сканируют (например, в сканере GenePix 4000 В; Molecular Devices Corporation, Sunnyvale, CA). Изображения затем обрабатывают с помощью программного обеспечения Codelink, и результаты нормализуют по среднему уровню. Нормированные по среднему результаты с микрочипа импортируют в программу для анализа результатов с микрочипа для анализа основных компонентов (РСА) и анализа иерархической кластеризации (например, в программное обеспечение Genespring от Agilent). Множество способов анализа используют для обеспечения дополнительной достоверности в анализе экспрессии мРНК. Для коррекции множественных гипотез возможно используют подход q-значений для определения частоты ложных открытий (FDR), как описано у Storey и др. (2003), Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 100:9440-9445. В качестве второго аналитического подхода возможно используют подход с байесовским дисперсионным анализом, описанным у Ishwaran и др. (2003), J. Amer. Stat. Assoc., 98:438-455. В способе с использованием байесовского дисперсионного анализа вклад неподходящих генов в модель дисперсионного анализа выборочно сокращают, чтобы уравновесить суммарные ложные обнаружения относительно суммарных ложных необнаружений. На выходе получают показатель Zcut, который позволяет определить гены, вклад которых в модель дисперсионного анализа больше, чем стандартный z-показатель. См. Ishwaran и др., там же, и веб-сайт на bamarray.com. Только что описанный способ и его варианты возможно используют для идентификации биомаркерных генов для других определенных фенотипических состояний, например для устойчивости к противораковым агентам, отличным от соединений HDACi.HDACiR-BG, идентифицированные с помощью только что описанных способов, включают такие,которые перечислены в табл. 1. Последовательность мРНК каждого из перечисленных генов включена в приложение к данной заявке. Классификация видов раков у отдельных пациентов как устойчивых или чувствительных к соединению HDACi. В некоторых воплощениях определение профиля экспрессии генов осуществляли на биологическом образце, полученном от отдельного пациента, страдающего раком (например, раковой опухолью толстой кишки), чтобы классифицировать рак у пациента как устойчивый или чувствительный к соединениюHDACi. Определение профиля экспрессии генов включает определение профиля экспрессии по меньшей мере одного из биомаркерных генов устойчивости к соединению HDACi (HDACiR-BG), перечисленных в табл. 1, которые были идентифицированы, как описано в данной заявке. В некоторых воплощениях HDACiR-BG выбран из DEFA6, TM4SF4, TGFA, FGFBP1, ЕРНА 2,TNFRSF2, TM4SF3, IL18, TMPRSS2 и CCL15. В некоторых воплощениях были определены профили экспрессии по меньшей мере четырех изHDACiR-BG. В некоторых воплощениях по меньшей мере один из четырех HDACiR-BG выбран изDEFA6, ITGB4, TM4SF4, SYK, PPAP2C, RAB25, НЕРН, NOXO1, TM4SF3, PTPN3, ЕРНА 2, FGFBP1,АВСС 3, ТРМТ, IL18 или DPEP1. В некоторых воплощениях все по меньшей мере из четырех HDACiRBG выбраны из DEFA6, ITGB4, TM4SF4, SYK, PPAP2C, RAB25, HEPH, NOXO1, TM4SF3, PTPN3,EPHA2, FGFBP1, ABCC3, TPMT, IL18 или DPEP1. В некоторых воплощениях определен профиль экспрессии по меньшей мере шестнадцати изHDACiR-BG. В некоторых воплощениях по меньшей мере шестнадцать HDACiR-BG включают один или более из DEFA6, ITGB4, TM4SF4, SYK, PPAP2C, RAB25, HEPH, NOXO1, TM4SF3, PTPN3, ЕРНА 2,FGFBP1, АВСС 3, TPMT, IL18 или DPEP1. В некоторых воплощениях по меньшей мере 16 HDACiR-BG включают DEFA6, ITGB4, TM4SF4, SYK, РРАР 2 С, RAB25, HEPH, NOXO1, TM4SF3, PTPN3, ЕРНА 2,FGFBP1, АВСС 3, TPMT, IL18 или DPEP1. В различных воплощениях типы раков и опухолей, которые можно классифицировать (от отдельных пациентов) по устойчивости или чувствительности к соединению HDACi, включают, но не ограничиваются этим, колоректальный рак, рак яичников, рак поджелудочной железы, рак желчных путей; рак мочевого пузыря; рак кости; рак мозга и ЦНС; рак молочной железы; рак шейки матки; хориокарциному; рак соединительной ткани; рак пищеварительной системы; рак эндометрия; рак пищевода; рак глаза; рак головы и шеи; рак ЖКТ; внутриэпителиальную неоплазию; рак почки; рак гортани; лейкоз; рак печени; рак легкого (например, мелкоклеточный и немелкоклеточный); лимфому, включая лимфому Ходжкина и неходжкинскую лимфому; меланому; миелому; нейробластому; рак полости рта (например, губы, языка,рта и глотки); рак предстательной железы; ретинобластому; рабдомиосаркому; рак прямой кишки; почечно-клеточный рак; рак системы органов дыхания; саркому; рак кожи; рак желудка; рак яичка; рак щитовидной железы; рак матки; рак мочевыделительной системы, а также другие карциномы и саркомы. Типы раковых клеток, которые возможно классифицируют в различных воплощениях, включают,но не ограничиваются этим, плоскоклеточную папиллому, плоскоклеточную карциному, базальноклеточную опухоль, базально-клеточную карциному, переходно-клеточную папиллому, переходноклеточную карциному, аденому железистого эпителия, меланоцитарную гломусную опухоль, меланоцитарный невус, злокачественную меланому, фиброму, фибросаркому, аденокарциному, гастриному, злокачественную гастриному, онкоцитому, холангиоцеллюлярную аденому, холангиоцеллюлярную карциному, гепатоцеллюлярную аденому, гепатоцеллюлярную карциному, аденому почечного канальца, почечноклеточную карциному (опухоль Гравитца), миксому, миксосаркому, липому, липосаркому, лейомиому, лейомиосаркому, рабдомиому, рабдомиосаркому, доброкачественную тератому, злокачественную тератому, гемангиому, гемангиосаркому, саркому Калоши, лимфангиому, лимфангиосаркому, остеому, остеосаркому, остеобластическую саркому, хондрому хряща, хондросаркому, менингиому мягкой мозговой оболочки, злокачественную менингиому, олигоастроцитому, эпендимому, астроцитому волосовидную астроцитому, мультиформную глиобластому, олигодендроглиому, нейробластому, шванному,ретинобластому или нейрофиброму. Другие типы раков и опухолей включают такие, которые описаны в справочных материалах, например в "International Classification of Diseases for Oncology", 3-е издание,International Association of Cancer Registries. Биологический образец представляет собой любой биологический образец, который включает клеточный материал, из которого возможно выделяли ДНК, РНК или белок, например образцы твердой ткани, такие как биоптат или тканевые культуры или клетки, полученные из них, и их потомство, кровь и другие жидкие образцы биологического происхождения, например мокрота (включая слюну, буккальный смыв или соскобы бронхиальной щеточкой), кал, семенная жидкость, моча, асцитная жидкость, спинномозговая жидкость, смыв мочевого пузыря или плевральный выпот. В термин "биологический образец" также включены образцы, над которыми производили любые манипуляции после их получения, такие как обработка реагентами, солюбилизация или обогащение определенными компонентами. В термин входит клинический препарат, а также клетки в культуре, клеточные супернатанты, клеточные лизаты,сыворотка, плазма, биологические жидкости и образцы ткани, например, только что полученная ткань,замороженная ткань, архивная ткань или биологические жидкости. В некоторых воплощениях биологический образец представляет собой биопсию опухоли (например, пункционную биопсию, аспирационную биопсию или хирургическую биопсию), содержащую одну или более раковых клеток. В одном воплощении указанный биологический образец представляет собой популяцию раковых клеток, полученных с помощью отщипывания лазером от среза опухолевой ткани,как описано, например, в патенте США 6040139. Способы оптимизации получения образца ткани и обработки для определения профиля экспрессии включают, например, Bova и др. (2005), Methods Mol.Med., 103:15-66. В некоторых воплощениях одну или более клеток (например, из культивированной линии раковых клеток) классифицируют с помощью определения уровней экспрессии не более четырех-пятидесяти биомаркерных генов, описанных в данной заявке, например 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 16, 18, 20, 24, 30, 32, 35,40, 44, 45, 47 или любого другого количества биомаркерных генов от четырех до пятидесяти. В некоторых воплощениях от четырех до сорока четырех биомаркерных генов выбирают из табл. 3, например 5,6, 7, 8, 9, 10, 12, 16, 18, 20, 24, 30, 32, 35, 40 или любое другое количество биомаркерных генов от четырех до сорока четырех выбирают из табл. 3. В некоторых воплощениях по меньшей мере четыре биомаркерных гена выбирают из PTPN3, АВСС 3, SARG, PPAP2C, NPDC1, CTEN, RAB25, НЕРН, ТРМТ, PKP3,GALNT5, CALML4, GALNT12, TPK1, DEFA6, EPLIN, CLIC5, PERP, SYK, SLC12A2, GUCY2C, TM4SF4,TGFA, FGFBP1, PTK6, EVA1, ЕРНА 2, ITGA6, TNFRSF21, TM4SF3, IL18, ВМР 4, SMPDL3B, TMPRSS2,GDA, MST1R, ITGB4, ANXA3, CCL15, DPEP1, NOXO1, IFI27, CYP3A43 и PKP2. В некоторых воплощениях от четырех до пятидесяти биомаркеров включают один или более генов, выбранных из DEFA6,ITGB4, TM4SF4, SYK, PPAP2C, RAB25, НЕРН, NOXO1, TM4SF4, PTPN3, ЕРНА 2, FGFBP1, АВСС 3,ТРМТ, IL18 и DPEP. В некоторых воплощениях классификация клеток включает сравнение определенных уровней экспрессии с первым или вторым набором пороговых значений уровней экспрессии для биомаркерных генов и определение того, что одна или более клеток чувствительны к ингибитору HDAC,если уровни экспрессии биомаркерных генов ниже, чем первый набор пороговых значений уровней экспрессии, или определение того, что одна или более клеток устойчивы к ингибитору HDAC, если уровни экспрессии выше, чем второй набор пороговых значений уровней экспрессии. В некоторых воплощениях определяли экспрессию не более четырех-двадцати биомаркерных генов. В некоторых воплощениях определяли уровни экспрессии не более чем четырех биомаркерных генов. В некоторых воплощениях указанные четыре биомаркерных гена, уровень экспрессии которых определяли, представляют собойDEFA6, RAB25, TM4SF4 и IL18. Способы определения профиля экспрессии HDACiR-BG. Профили экспрессии HDACiR-BG возможно получали с помощью любых удобных средств определения дифференциальной экспрессии генов между двумя образцами, например, с помощью количественной гибридизации мРНК, меченой мРНК, амплифицированной мРНК, кРНК и т.д., количественной ПЦР,ELISA для определения количества белка и тому подобных. В некоторых воплощениях измеряли уровни мРНК HDACiR-BG (включая кДНК-копию или аРНКкопии). Профиль экспрессии возможно получали для исходного образца нуклеиновой кислоты, используя любой удобный протокол. Хотя известно множество различных способов получения профилей экспрессии, таких как используемые в области анализа дифференциальной экспрессии генов, один типичный и удобный тип протокола получения профилей экспрессии представляет собой протоколы получения профиля экспрессии генов на основе чипов. Такими областями применения являются гибридизационные анализы, в которых используется нуклеиновая кислота, которая обнаруживает "зондовые" нуклеиновые кислоты для каждого из анализируемых/профилируемых генов в профиле, который необходимо получить. В этих анализах образец целевых нуклеиновых кислот сначала получают из исходного образца нуклеиновых кислот, который анализируют, где получение возможно включает мечение целевых нуклеиновых кислот меткой, например, участником сигнал-продуцирующей системы. После получения образца целевой нуклеиновой кислоты указанный образец приводят в контакт с чипом при условиях,позволяющих гибридизацию, в результате чего образуются комплексы между целевыми нуклеиновыми кислотами, которые комплементарны к последовательностям зондов, присоединенным к поверхности чипа. Гибридизационные комплексы HDACiR-BG затем детектируют и измеряют. Конкретные технологии гибридизации, которые возможно используют для получения профилей экспрессии HDACiR-BG, используемые в способах, описанных в данной заявке, включают технологию,описанную в патентах США 5143854, 5288644, 5324633, 5432049, 5470710, 5492806, 5503980,5510270, 5525464, 5547839, 5580732, 5661028, 5800992, а также WO 95/21265, WO 96/31622, WO 97/10365, WO 97/27317, ЕР 373203 и ЕР 785280. В этих способах чип с нуклеиновокислотными "зондами", который включает зонд для каждого из определяющих фенотип генов, экспрессию которых анализируют, приводят в контакт с целевыми нуклеиновыми кислотами, как описано выше. Контакт осуществляют при условиях, позволяющих гибридизацию, например при жестких условиях гибридизации, поскольку эти условия используют в данной области, и несвязанную нуклеиновую кислоту затем удаляют. Результирующий паттерн гибридизованной нуклеиновой кислоты обеспечивает количественную информацию относительно экспрессии для каждого из HDACiR-BG, который зондировали. Оценку различий в значениях экспрессии возможно осуществляют, используя любую удобную методику, например путем сравнения цифрового изображения профилей экспрессии, путем сравнения баз данных по экспрессии и т.д. Патенты, описывающие способы сравнения профилей экспрессии, включа- 12017985 ют, но не ограничиваются этим, патенты США 6308170 и 6228575 и заявку на патент США, серийный 10/858867. В некоторых воплощениях способы, описанные в данной заявке, осуществляли на чипах для гибридизации нуклеиновых кислот, включающих нуклеиновокислотные зонды, которые гибридизуются в очень жестких условиях гибридизации с нуклеиновыми кислотами не более четырех-пятидесяти биомаркерных генов, например 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 16, 18, 20, 24, 30, 32, 35, 40, 44, 45, 47 или любого другого количества биомаркерных генов от четырех до пятидесяти. В некоторых воплощениях от четырех до сорока четырех биомаркерных генов выбирали из табл. 3, например 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 16, 18, 20, 24, 30, 32,35, 40 или любое другое количество биомаркерных генов от четырех до сорока четырех выбирали из табл. 3. В некоторых воплощениях по меньшей мере четыре биомаркерных гена для зондов чипа выбирали из PTPN3, АВСС 3, SARG, PPAP2C, NPDC1, CTEN, RAB25, НЕРН, ТРМТ, PKP3, GALNT5,CALML4, GALNT12, TPK1, DEFA6, EPLIN, CLIC5, PERP, SYK, SLC12A2, GUCY2C, TM4SF4, TGFA,FGFBP1, PTK6, EVA1, ЕРНА 2, ITGA6, TNFRSF21, TM4SF3, IL18, ВМР 4, SMPDL3B, TMPRSS2, GDA,MST1R, ITGB4, ANXA3, CCL15, DPEP1, NOXO1, IFI27, CYP3A43 и PKP2. В некоторых воплощениях по меньшей мере четыре биомаркерных гена выбирали из DEFA6, ITGB4, TM4SF4, SYK, PPAP2C, RAB25,НЕРН, NOXO1, TM4SF4, PTPN3, ЕРНА 2, FGFBP1, АВСС 3, ТРМТ, IL18 и DPEP. В некоторых воплощениях по меньшей мере четыре биомаркерных гена представляют собой DEFA6, RAB25, TM4SF4 и IL18. В качестве альтернативы используют не основанные на чипах способы количественного анализа уровней одной или более нуклеиновых кислот в образце, включая количественную ПЦР и тому подобные. В некоторых воплощениях определение профиля экспрессии HDACiR-BG, экспрессированных в биологическом образце (например, в биопсии опухоли) осуществляют с помощью количественной ПЦРанализа с обратной транскрипцией (кОТ-ПЦР). В этом способе РНК из биологического образца подвергают обратной транскрипции для получения сегментов кДНК, которые затем амплифицируют с помощью геноспецифичной количественной ПЦР. Скорость накопления специфичных ПЦР-продуктов возможно коррелирует с содержанием соответствующих видов РНК в исходном образце и, таким образом,обеспечивает индикацию уровней экспрессии генов. В одном воплощении кПЦР-анализ представляет собой TaqMan анализ. Вкратце, в ПЦР обычно используют 5'-экзонуклеазную активность Taq или Tth полимеразы, чтобы гидролизовать меченый флуоресцентной меткой гибридизационный зонд, связанный с целевым ампликоном, но возможно используют любой фермент с эквивалентной 5'-экзонуклеазной активностью. Два олигонуклеотидных праймера используют для получения ампликона, характерного для ПЦР-реакции. Третий олигонуклеотид, или зонд, разработан таким образом, что он гибридизуются с последовательностью нуклеотидов, расположенной между двумя указанными ПЦР-праймерами. Этот зонд не может наращиваться ферментом Taq ДНК-полимеразой, и он помечен по 5'-концу репортерным флуоресцентным красителем и по 3'-концу помечен тушителем флуоресценции. Любое индуцированное лазером излучение репортерного красителя гасится тушителем флуоресценции, когда два красителя расположены близко друг к другу, что имеет место на зонде. Во время реакции амплификации фермент Taq ДНКполимераза расщепляет зонд зависимым от матрицы образом. Полученные фрагменты зонда разъединяются в растворе, и сигнал от высвобожденного репортерного красителя освобождается от гасящего действия второго хромофора. Одна молекула репортерного красителя освобождается от каждой вновь синтезированной молекулы, и детектирование негашенного репортерного красителя создает основу для количественной интерпретации результатов. кОТ-ПЦР возможно осуществляли, используя доступное для приобретения оборудование, такое как, например, ABI PRISM 7900 Sequence Detection System (Perkin-Elmer-Applied Biosystems, FosterCity, CA) или LightCycler (Roche Molecular Biochemicals, Mannheim, Германия). В одном воплощении 5'-экзонуклеазный процесс запускают на приборе для количественной ПЦР в реальном времени, таком как ABI PRISM 7900 Sequence Detection System или одной из аналогичных систем в этом семействе измерительных приборов. Указанная система состоит из термоциклера, лазера, камеры на приборах с зарядовой связью (ПЗС-камеры) и компьютера. Система амплифицирует образцы в 96-луночном или 384-луночном форматах в термоциклере. Во время амплификации индуцированный лазером флуоресцентный сигнал собирают в реальном времени посредством волоконно-оптических кабелей для всех лунок, в которых идет реакция, и детектируют на ПЗС. Система включает программное обеспечение для запуска измерительного прибора и для анализа результатов. Результаты экзонуклеазного анализа изначально выражены в виде CT-значения, т.е. цикла ПЦР, при котором флуоресцентный сигнал впервые зарегистрирован как статистически значимый. Чтобы минимизировать ошибки и эффекты вариаций от образца к образцу, и изменчивость процесса, измерения уровня мРНК, как правило, нормализуют к уровню экспрессии гена внутреннего контроля экспрессии. Способы нормализации кПЦР-анализов включают описанные, например, на веб-сайте normalisation.gene-quantification.info. Идеальным геном внутреннего контроля экспрессии является такой ген, который экспрессируется на относительно постоянном уровне среди различных пациентов или субъ- 13017985 ектов и на который не влияет экспериментальная обработка. В некоторых воплощениях ген внутреннего контроля экспрессии представляет собой РНКполимеразу II (номер доступа в GenBank X74870). В других воплощениях ген внутреннего контроля экспрессии представляет собой HDAC3(NM003883). В дополнительных воплощениях ген внутреннего контроля экспрессии представляет собой ZNF217(NM006526). В некоторых воплощениях уровни экспрессии мРНК HDAiR-BG для каждого образца нормализуют к суммарному количеству РНК в каждом образце. Количество РНК в образце возможно определяли, например, с помощью УФ-спектрофотометрии или путем применения РНК-детектирующего реагента, например RiboGreen от Invitrogen (Carlsbad, CA). Когда определяемый профиль экспрессии HDACiR-BG представляет собой профиль экспрессии белка, возможно используют любой удобный протокол определения количества белка, согласно которому определяют уровни одного или более белков в анализируемом образце. Типичные способы включают,но не ограничиваются этим, протеомные чипы, масс-спектрометрию или стандартные иммуноанализы(например, радиоиммунный анализ (RIA) или твердофазный иммуноферментный анализ (ELISA. См.,например, способы описанные в R. Scopes, Protein Purification, Springer-Verlag, N.Y. (1982); SandanaManual, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY, 353-355 (1988). Протеомные способы определения профиля экспрессии включают различные способы многомерного электрофореза (например, 2-D гель-электрофореза), способы, основанные на масс-спектрометрии, например, SELDI, MALDI, электрораспылении и т.д.), или способы поверхностного плазмонного резонанса. Например, в MALDI, образец, как правило, смешивают с подходящей матрицей, помещают на поверхность зонда и исследуют с помощью десорбции/ионизации лазера. См., например, патенты США 5045694, 5202561 и 6111251. Аналогично, для SELDI, первую аликвоту приводят в контакт с адсорбентом, связанным с твердофазной подложкой (например, связанным с субстратом). Субстрат обычно представляет собой зонд (например, биочип), котрый возможно располагается в способствующем анализу отношении с газообразной фазой ионного спектрометра. SELDI используют для диагностической протеомики. См., например, Issaq et al. (2003), Anal. Chem. 75: 149A-155A. В одном воплощении любой из только что описанных способов детектирования белка используют для определения уровня экспрессии одного или более HDACiR-BG белков, которые, как известно, являются секретируемыми белками, например DEFA6, TM4SF4, TM4SF3,TGFA, FGFBP1, ЕРНА 2, TNFRSF2,IL18, CCL15 или TMPRSS2. Эталонные образцы уровня экспрессии. В некоторых воплощениях профили экспрессии HDACiR-BG в представляющем интерес биологическом образце (например, биопсии рака толстой кишки) сравнивают с профилями экспрессии HDACiRBG в эталонном образце уровня экспрессии. Эталонный образец уровня экспрессии представляет собой биологический образец, полученный от одного или более раковых пациентов, для которых определили,что они страдают от определенного рака или опухоли, для которых была определена чувствительность или устойчивость к лечению соединением HDACi (например, PCI-24781). Другими словами, эталонный образец уровня экспрессии служит стандартом, с которым сравнивают значения уровней экспрессии для каждого HDACiR-BG в тестируемом образце. Отклонение уровней экспрессии HDACiR-BG от значений уровней экспрессии в эталонном образце указывает на то, является ли рак пациента, от которого был получен биологический образец, чувствительным или устойчивым к лечению соединением HDACi. В некоторых воплощениях пороговые значения уровней экспрессии HDACiR-BG возможно устанавливают на основании одного или более статистических критериев для отклонения от значений уровней экспрессииHDACiR-BG в эталонном образце уровня экспрессии, например два или более стандартных отклонения от значения для уровня экспрессии HDACiR-BG в эталонном образце. В некоторых воплощениях эталонный образец уровня экспрессии представляет собой "отрицательный" эталонный образец, т.е. образец, полученный от пациента, имеющего рак или опухоль, для которых определили, что они чувствительны к соединению HDACi. Таким образом, если уровни экспрессии множества HDACiR-BG (например, по меньшей мере 4, 5, 6, 8, 10, 12 или 16) значительно больше, чем пороговые значения уровней экспрессии на основании отрицательного эталонного образца, рак пациента определяют как устойчивый к соединению HDACi. В некоторых воплощениях эталонный образец уровня экспрессии представляет собой "положительный" эталонный образец, т.е. образец, полученный от пациента, имеющего рак или опухоль, для которых определили, что они устойчивы к соединению HDACi. Таким образом, если уровни экспрессии множества HDACiR-BG (например, по меньшей мере 4, 5, 6, 8, 10, 12 или 16) значительно ниже, чем пороговые значения уровней экспрессии на основании отрицательного эталонного образца, рак пациента определяют как чувствительный к соединению HDACi. В некоторых воплощениях профили экспрессии HDACiR-BG сравнивают с таковыми как для положительного, так и для отрицательного эталонных образцов. В некоторых воплощениях измерения уровней экспрессии HDACiR-BG осуществляли параллельно для представляющего интерес биологического образца и эталона (положительного или отрицательного) уровня экспрессии. Например, когда использовали способ гибридизации на чипе, уровни мРНКHDACiR-BG в представляющем интерес биологическом образце и в эталонном образце уровня экспрессии возможно измеряли одновременно путем мечения популяций нуклеиновых кислот (например, мРНК,кДНК, аРНК популяций) по отдельности детектируемыми различными способами флуорофорами, и затем гибридизации флуоресцентно меченых нуклеиновых кислот на одном и том же чипе. В некоторых воплощениях эталонный образец уровня экспрессии представляет собой популяцию нуклеиновых кислот (например, мРНК, аРНК, кДНК или аРНК), полученную из биоптата рака, в котором представлены последовательности по меньшей мере четырех HDACiR-BG и для которого была определена чувствительность к соединению HDACi. В некоторых воплощениях популяция нуклеиновых кислот получена из опухолевых клеток пациента, культивированных в культуре. В других воплощениях популяцию получают непосредственно из биопсии без стадии культивирования клеток. В некоторых воплощениях популяцию нуклеиновых кислот, служащую эталонным образцом уровня экспрессии, получают следующим образом. Биопсию рака получают от пациента, как описано выше, и впоследствии жизнеспособные опухолевые клетки выделяют и выращивают в культуре, как описано, например, у Kern и др. (1990), J. Natl. Cancer Inst., 82:582-588. Чтобы определить, являются ли раковые клетки чувствительными к соединениюHDACi, их затем выращивают в присутствии соединения HDACi в диапазоне концентраций, например,0-10 мкМ и пролиферацию клеток измеряют различными способами, например по включению тимидина,меченого тритием. Ингибирование пролиферации опухолевых клеток соединением HDACi измеряли по сравнению с пролиферацией опухолевых клеток в отсутствие указанного соединения (т.е. без ингибирования). Определение рака как чувствительного или устойчивого возможно определяли на основании ряда критериев пролиферации клеток. Например, если IC50 для соединения HDACi в тестируемых раковых клетках значительно ниже (например, на 2 стандартных отклонения), чем наблюдаемая для клеток, про которые известно, что они чувствительны к указанному соединению, рак характеризуют как устойчивый. Таким образом, клетки, полученные из устойчивого рака (например, непосредственно или после пассажа в культуре), возможно использовали для получения популяции нуклеиновых кислот, служащих эталонным образцом (положительным) уровней экспрессии, используемым для установления пороговых значений уровней экспрессии HDACiR-BG, как описано выше. Наоборот, опухолевые клетки, для которых было обнаружено, что они чувствительны к соединению HDACi, использовали для получения популяции нуклеиновых кислот, служащих эталонным образцом (отрицательным) уровней экспрессии. Способы получения РНК из биологических образцов (например, тканей или клеток), включая амплификацию линейной аРНК из одной клетки, включают, например, Luzzi et al. (2005), Methods Mol Biol,293:187-207. Дополнительно, разнообразные наборы для высококачественной очистки РНК имеются в продаже, например от Qiagen (Valencia, CA), Invitrogen (Carlsbad, CA), Clontech (Palo Alto, CA) иStratagene (La Jolla, CA). В некоторых воплощениях эталонный образец уровня экспрессии представляет собой образец РНК,выделенный из одной или более клеток рака толстой кишки, устойчивых к соединению HDACi. В одном воплощении указанные клетки получали из биопсии рака толстой кишки R5247682266, R9866135153,R1078103114 или R4712781606, описанной в данной заявке. Соединения-ингибиторы HDACi. В другом воплощении соединения-ингибиторы HDACi опухоли, к которым рак устойчив или чувствителен, включают, но не ограничиваются этим, карбоксилаты, жирные кислоты с короткой цепью,гидроксамовые кислоты, электрофильные кетоны, эпоксиды, циклические пептиды и бензамиды. В дополнительном воплощении соединения-ингибиторы HDACi опухоли, к которым рак устойчив или чувствителен, включают, но не ограничиваются этим, гидроксамовые кислоты, имеющие структуры формулы где Q представляет собой возможно замещенный С 5-12 арил или возможно замещенный С 5-12 гетероарил;L представляет собой линкер, имеющий по меньшей мере 4 атома;R1 представляет собой Н или алкил; и его фармацевтически приемлемую соль, фармацевтически приемлемый N-оксид, фармацевтически активный метаболит, фармацевтически приемлемое пролекарство, фармацевтически приемлемый сольват. Соединения-ингибиторы HDACi опухоли, к которым рак устойчив или чувствителен, включают, но не ограничиваются этим, соединения, имеющие структуру формулы (I) где R1 представляет собой водород или алкил;X представляет собой -О-, -NR2- или -S(O)n, где n означает 0-2, и R2 представляет собой водород или алкил;Y представляет собой алкилен, возможно замещенный циклоалкилом, возможно замещенный фенил, алкилтио, алкилсульфинил, алкилсульфонил, возможно замещенный фенилалкилтио, возможно замещенный фенилалкилсульфонил, гидрокси или возможно замещенный фенокси;Ar1 представляет собой фенилен или гетероарилен, где указанный Ar1 возможно замещен одной или двумя группами, независимо выбранными из алкила, галогена, гидрокси, алкокси, галогеналкокси или галогеналкила;R3 представляет собой водород, алкил, гидроксиалкил или возможно замещенный фенил иAr2 представляет собой арил, аралкил, аралкенил, гетероарил, гетероаралкил, гетероаралкенил, циклоалкил, циклоалкилалкил, гетероциклоалкил или гетероциклоалкилалкил; и отдельные стереоизомеры, отдельные геометрические изомеры или их смеси; или его фармацевтически приемлемую соль. В другом воплощении соединения-ингибиторы HDACi опухоли, к которым рак устойчив или чувствителен, включают, но не ограничиваются этим, PCI-24781. В некоторых воплощениях пациенту прописывают или вводят ингибитор HDAC на основании классификации рака пациента как чувствительного или устойчивого к ингибитору HDAC согласно способам,описанным в данной заявке. В некоторых воплощениях способы, описанные в данной заявке, используют для оптимизации селекции противоракового агента для применения в комбинации с соединением HDACi. В некоторых воплощениях оптимизированную селекцию второго противоракового агента осуществляли сначала путем сравнения набора известных биомаркерных генов устойчивости к соединению HDACi с набором биомаркерных генов, идентифицированных для других противораковых агентов. Второй противораковый агент затем выбирали для применения в комбинации с соединением HDACi на основании минимального перекрывания соответствующих наборов биомаркерных генов устойчивости. Примеры противораковых агентов, которые возможно используют в комбинации с соединениемHDACi, включают, но не ограничиваются этим, любые из следующих: госсифол (gossyphol), генасенс,полифенол Е, хлорфузин (Chlorofusin), полностью транс-ретиноевая кислота (ATRA), бриостатин, связанный с фактором некроза опухолей апоптоз-индуцирующий лиганд (TRAIL), 5-аза-2'-дезоксицитидин,полностью транс-ретиноевая кислота, доксорубицин, винкристин, этопозид, гемцитабин, иматиниб"паклитаксел", который представляет собой противораковое лекарственное средство, которое действует путем усиления и стабилизации образования микротрубочек, и аналоги Taxol, такие как Taxotere. Также было показано, что соединения, которые имеют основный таксановый скелет в качестве общего элемента структуры, имеют способность блокировать клетки в фазах G2-M благодаря стабилизированным микротрубочкам и возможно являются полезными для лечения рака в комбинации с соединениями,описанными в данной заявке. Дополнительные примеры противораковых агентов для применения в комбинации с соединениемHDACi включают ингибиторы передачи сигналов митоген-активируемой протеинкиназой, например(wortmannin) или LY294002. Другие противораковые агенты, которые возможно используют в комбинации с соединением пионат; дуазомицин; эдатрексат; эфлорнитина гидрохлорид; элсамитруцин; энлоплатин; энпромат; эпипропидин; эпирубицина гидрохлорид; эрбулозол; эзорубицина гидрохлорид; эстрамустин; эстрамустина фосфат натрия; этанидазол; этопозид; этопозида фосфат; этоприн; фадрозола гидрохлорид; фазарабин; фенретинид; флоксуридин; флударабина фосфат; фторурацил; фторцитабин; фосхидон; фостриецин натрия; гемцитабин; гемцитабина гидрохлорид; гидроксимочевина; идарубицина гидрохлорид; ифосфамид; илмофозин; интерлейкин II (включая рекомбинантный интерлейкин II, или рекIL-2), интерферон -2 а; интерферон -2b; интерферон -n1; интерферон -n3; интерферон -1 а; интерферон -1b; ипроплатин; иринотекана гидрохлорид; ланреотида ацетат; летрозол; лейпролида ацетат; лиарозола гидрохлорид; лометрексол натрия; ломустин; лозоксантрона гидрохлорид; мазопрокол; майтансин; мехлоретамина гидрохлорид; мегестрола ацетат; меленгестрола ацетат; мелфалан; меногарил; меркаптопурин; метотрексат; метотрексат натрия; метоприн; метуредепа; митиндомид; митокарцин; митокромин; митогиллин; митомалцин; митомицин; митоспер; митотан; митоксантрона гидрохлорид; микофеноловая кислота; нокодазол; ногаламицин; ормаплатин; оксисуран; пэгаспаргаза; пелиомицин; пентамустин; пепломицина сульфат; перфосфамид; пипоброман; пипосульфан; пироксантрона гидрохлорид; пликамицин; пломестан; порфимер натрия; порфиромицин; преднимустин; прокарбазина гидрохлорид; пуромицин; пуромицина гидрохлорид; пиразофурин; рибоприн; роглетимид; сафингол; сафингола гидрохлорид; семустин; симтразен; спарфосат натрия; спарсомицин; спирогермания гидрохлорид; спиромустин; спироплатин; стрептонигрин; стрептозоцин; сулофенур; талисомицин; текогалан натрия; тегафур; телоксантрона гидрохлорид; темопорфин; тенипозид; тероксирон; тестолактон; тиамиприн; тиогуанин; тиотепа; тиазофурин; тирапазамин; торемифена цитрат; трестолона ацетат; трицирибина фосфат; триметрексат; триметрексата глюкуронат; трипторелин; тубулозола гидрохлорид; иприт урацила; уредепа; вапреотид; вертепорфин; винбластина сульфат; винкристина сульфат; виндезин; виндезина сульфат; винепидина сульфат; винглицината сульфат; винлейрозина сульфат; винорелбина тартрат; винросидина сульфат; винзолидина сульфат; ворозол; зениплатин; зиностатин; зорубицина гидрохлорид. Другие противораковые агенты, которые возможно используют в комбинации с соединениемCaRest М 3; CARN 700; полученный из хряща ингибитор; карзелезин; ингибиторы казеинкиназы (ICOS); кастаноспермин; цекропин В; цетрореликс; хлорин; хлорхиноксалина сульфонамид; цикапрост; циспорфирин; кладрибин; аналоги кломифена; клотримазол; коллисмицин (collismycin) А; коллисмицин В; комбретастатин А 4; аналог комбретастатина; конагенин (conagenin); крамбесцидин 816; криснатол; криптофицин 8; производные криптофицина А; курацин А; циклопентантрахиноны; циклоплатам; ципемицин (cypemycin); цитарабина окфосфат; цитолитический фактор; цитостатин; дакликсимаб; децитабин; дегидродидемнин (dehydrodidemnin) В; деслорелин; дексаметазон; дексифосфамид; дексразоксан; дексверапамил; диазихон; дидемнин В; дидокс; диэтилнорспермин; дигидро-5-азацитидин; 9-диоксамицин; дифенилспиромустин; докозанол; долазетрон; доксифлуридин; дролоксифен; дронабинол; дуокармицинSA; эбселен; экомустин; эделфозин; эдреколомаб; эфлорнитин; элемен; эмитефур; эпирубицин; эпристерид; аналог эстрамустина; агонисты эстрогена; антагонисты эстрогена; этанидазол; этопозида фосфат; экземестан; фадрозол; фазарабин; фенретинид; филграстим; финастерид; флавопиридол; флезеластин; флуастерон; флударабин; фтордаунорубицина гидрохлорид; форфенимекс; форместан; фостриецин; фотемустин; гадолиния тексафирин; нитрат галлия; галоцитабин; ганиреликс; ингибиторы желатиназы; гемцитабин; ингибиторы глутатиона; гепсульфам (hepsulfam); херегулин; гексаметиленбисацетамид; гиперицин; ибандроновая кислота; идарубицин; идоксифен; идрамантон; илмофозин; иломастат; имидазоакридоны; имихимод; иммуностимулирующие пептиды; ингибитор рецептора инсулиноподобного фактора роста-1; агонисты интерферона; интерфероны; интерлейкины; иобенгуан; йододоксорубицин; 4 ипомеанол; ироплакт; ирсогладин; изобенгазол (isobengazole); изогомохаликондрин В; итасетрон; джасплакинолид; кахалалид F; ламелларина-N триацетат; ланреотид; лейнамицин (leinamycin); ленограстим; лентинана сульфат; лептолстатин (leptolstatin); летрозол; фактор ингибирования лейкоза; лейкоцитарный интерферон-; лейпролид+эстроген+прогестерон; лейпрорелин; левамизол; лиарозол; аналог линейного полиамина; пептид липофильного дисахарида; липофильные соединения платины; лиссоклинамид (lissoclinamide) 7; лобаплатин; ломбрицин; лометрексол; лонидамин; лозоксантрон; ловастатин; локсорибин; луртотекан; лютеция тексафирин; лизофиллин; литические пептиды; майтанзин; манностатин А; маримастат; мазопрокол; маспин; ингибиторы матрилизина; ингибиторы матриксной металлопротеиназы; меногарил; мербарон; метерелин (meterelin); метиониназа; метоклопрамид; ингибитор MIF; мифепристон; милтефозин; миримостим; некомплементарная двухцепочечная РНК; митогуазон; митолактол; аналоги митомицина; митонафид; митотоксин; фактор роста фибробластов - сапорин; митоксантрон; мофаротен; молграмостим; моноклональное антитело к хорионическому гонадотропину человека; монофосфориллипид A+sk клеточной стенки микобактерий; мопидамол; ингибитор гена множественной лекарственной устойчивости; терапия, основанная на применении общего супрессора опухолей-1; противораковый агент на основе иприта; микапероксид (mycaperoxide) В; экстракт клеточной стенки микобактерий; мириапорон (myriaporone); N-ацетилдиналин; N-замещенные бензамиды; нафарелин; нагрестип(nagrestip); налоксон+пентазоцин; напавин; нафтерпин; нартограстим; недаплатин; неморубицин; неридроновая кислота; нейтральная эндопептидаза; нилутамид; нисамицин (nisamycin); нитроксидные модуляторы; нитроксидный антиоксидант; нитруллин; 06-бензилгуанин; октреотид; окиценон (okicenone); олигонуклеотиды; онапристон; ондансетрон; орацин; пероральный индуктор цитокинов; ормаплатин; озатерон; оксалиплатин; оксауномицин (oxaunomycin); палауамин; пальмитоилризоксин (palmitoylrhizoxin); памидроновая кислота; панакситриол; паномифен; парабактин; пазеллиптин; пэгаспаргаза; пелдезин; пентозан полисульфат-натрий; пентостатин; пентрозол (pentrozole); перфлуброн; перфосфамид; периллиловый спирт; феназиномицин (phenazinomycin); фенилацетат; ингибиторы фосфатазы; пицибанил; пилокарпина гидрохлорид; пирарубицин; пиритрексим; плацетин А; плацетин В; ингибитор активатора плазминогена; комплекс платины; соединения платины; комплекс платина-триамин; порфимер натрия; порфиромицин; преднизон; пропил-бис-акридон; простагландин J2; ингибиторы протеасом; иммуномодулятор на основе белка А; ингибитор протеинкиназы С; ингибиторы протеинкиназы С, микроалгал; ингибиторы протеинтирозинфосфатазы; ингибиторы фосфорилазы пуриновых нуклеозидов; пурпурины; пиразолоакридин; конъюгат пиридоксилированного гемоглобина-полиоксиэтилена; антагонисты raf; ралтитрексид; рамосетрон; ингибиторы фарнезилпротеинтрансферазы ras; ингибиторы ras; ингибиторras-GAP; деметилированный ретеллиптин; рения Re 186 этидронат; ризоксин; рибозимы; RII ретинамид; роглетимид; рохитукин; ромуртид; рохинимекс; рубигинон (rubiginone) B1; рубоксил; сафингол; саинтопин (saintopin); SarCNU; саркофитол А; саргамостим; миметики Sdi 1; семустин; ингибитор 1, полученный из стареющей клетки; смысловые олигонуклеотиды; ингибиторы передачи сигнала; модуляторы передачи сигнала; одноцепочечный антигенсвязывающий белок; сизофиран; собузоксан; натрия борокаптат; натрия фенилацетат; сольверол (solverol); соматомедин-связывающий белок; сонермин; спарфозовая кислота; спикамицин D; спиромустин; спленопентин; спонгистатин 1; скваламин; ингибитор стволовых клеток; ингибиторы деления стволовых клеток; стипиамид (stipiamide); ингибиторы стромелизина; сульфинозин; антагонист суперактивного вазоактивного пептида кишечника; сурадиста (suradista); сурамин; свайнсонин; синтетические гликозаминогликаны; таллимустин; тамоксифена метйодид; тауромустин; тазаротен; текогалан натрия; тегафур; теллурапирилий; ингибиторы теломеразы; темопорфин; темозоломид; тенипозид; тетрахлордекаоксид; тетразомин; талибластин; тиокоралин; тромбопоэтин; миметик тромбопоэтина; тимальфазин; агонист рецептора тимопоэтина; тимотринан; тиреостимулирующий гормон; этилэтиопурпурин олова; тирапазамин; титаноцена дихлорид; топсентин (topsentin); торемифен; фактор тотипотентных стволовых клеток; ингибиторы трансляции; третиноин; триацетилуридин; трицирибин; триметрексат; трипторелин; трописетрон; туростерид; ингибиторы тирозинкиназы; тирфостины; ингибиторы UBC; убенимекс; полученный из мочеполового синуса ростовой ингибиторный фактор; антагонисты рецептора урокиназы; вапреотид; вариолин В; векторная система, эритроцитарная генная терапия; веларезол; верамин; вердины; вертепорфин; винорелбин; винксалтин (vinxaltine); витаксин; ворозол; занотерон; зениплатин; зиласкорб и зиностатин стималамер. Еще другие противораковые агенты, которые возможно используют в комбинации с соединениемHDACi, включают алкилирующие агенты, антиметаболиты, природные вещества или гормоны, например азотистые иприты (например, мехлоретамин, циклофосфамид, хлорамбуцил и т.д.), алкилсульфонаты(например, бусульфан), нитрозомочевины (например, кармустин, ломустин и т.д.) или триазены (декарбазин и т.д.). Примеры антиметаболитов включают, но не ограничиваются этим, аналог фолиевой кислоты (например, метотрексат) или аналоги пиримидина (например, цитарабин), аналоги пурина (например,меркаптопурин, тиогуанин, пентостатин). Примеры природных веществ, полезных в комбинации с соединением HDACi, включают, но не ограничиваются этим, алкалоиды барвинка (например, винбластин, винкристин), эпидофиллотоксины (например, этопозид), антибиотики (например, даунорубицин, доксорубицин, блеомицин), ферменты (например, L-аспарагиназа) или модификаторы биологического отклика (например, интерферон-). Примеры алкилирующих агентов, которые возможно используют в комбинации с соединениемHDACi, включают, но не ограничиваются этим, азотистые иприты (например, мехлоретамин, циклофосфамид, хлорамбуцил, мелфалан и т.д.), этиленимин и метилмеламины (например, гексаметилмеламин,тиотепа), алкилсульфонаты (например, бусульфан), нитрозомочевины (например, кармустин, ломустин,- 18017985 семустин, стрептозоцин и т.д.) или триазены (декарбазин и т.д.). Примеры антиметаболитов включают,но не ограничиваются этим, аналог фолиевой кислоты (например, метотрексат) или аналоги пиримидина(например, фторурацил, флоксоуридин, цитарабин), аналоги пурина (например, меркаптопурин, тиогуанин, пентостатин. Примеры гормонов и антагонистов, полезных в комбинации с соединением HDACi, включают, но не ограничиваются этим, адренокортикостероиды (например, преднизон), прогестины (например, гидроксипрогестерона капроат, мегестрола ацетат, медроксипрогестерона ацетат), эстрогены (например, диэтилстильбэстрол, этинилэстрадиол), антиэстроген (например, тамоксифен), андрогены (например, тестостерона пропионат, флуоксиместерон), антиандроген (например, флутамид), аналог гонадотропинрилизинг гормона (например, лейпролид). Другие агенты, которые возможно используют в способах и композициях, описанных в данной заявке, для лечения или предотвращения рака, включают координационные комплексы платины (например, цисплатин, карбоплатин), антрацендион (например, митоксантрон), замещенную мочевину (например, гидроксимочевина), производное метилгидразина (например,прокарбазин), адренокортикальный супрессор (например, митотан, аминоглутетимид). Примеры противораковых агентов, которые действуют путем блокирования клеток в фазах G2-M вследствие стабилизации микротрубочек и которые возможно используют в комбинации с соединениемHDACi, включают, без ограничения, лекарственные средства после выпуска на рынок и лекарственные средства, находящиеся в разработке: Эрбулозол (также известный как R-55104), доластатин 10 (также известный как DLS-10 и NSC-376128), мивобулина изетионат (также известный как CI-980), винкристин,NSC-639829, дискодермолид (также известный как NVP-XX-А-296), АВТ-751 (Abbott, также известный как Е-7010), альториртины (Altorhyrtins) (такие как альториртин А и альториртин С), спонгистатины (такие как спонгистатин 1, спонгистатин 2, спонгистатин 3, спонгистатин 4, спонгистатин 5, спонгистатин 6, спонгистатин 7, спонгистатин 8 и спонгистатин 9), цемадотина гидрохлорид (также известный как LU103793 и NSC-D-669356), эпотилоны (такие как эпотилон А, эпотилон В, эпотилон С (также известный как дезоксиэпотилон А или dEpoA), эпотилон D (также называют KOS-862, dEpoB и дезоксиэпотилон В),эпотилон Е, эпотилон F, эпотилона В N-оксид, эпотилона А N-оксид, 16-азаэпотилон В, 21 аминоэпотилон В (также известный как BMS-310705), 21-гидроксиэпотилон D (также известный как дезоксиэпотилон F и dEpoF), 26-фторэпотилон), ауристатин РЕ (также известный как NSC-654663), соблидотин (также известный как TZT-1027), LS-4559-P (Pharmacia, также известный как LS-4577), LS-4578(Pharmacia, также известный как LS-477-P), LS-4477 (Pharmacia), LS-4559 (Pharmacia), RPR-112378(Aventis), Винкристина сульфат, DZ-3358 (Daiichi), FR-182877 (Fujisawa, также известный как WS9885B), GS-164 (Takeda), GS-198 (Takeda), KAR-2 (Венгерская академия наук), BSF-223651 (BASF, также известный как ILX-651 и LU-223651), SAH-49960 (Lilly/Novartis), SDZ-268970 (Lilly/Novartis), AM-97(Armad/Kyowa Hakko), AM-132 (Armad), AM-138 (Armad/Kyowa Hakko), IDN-5005 (Indena), криптофицин 52 (также известный как LY-355703), AC-7739 (Ajinomoto, также известный как AVE-8063A и CS39.HCl), АС-7700 (Ajinomoto, также известный как AVE-8062, AVE-8062A, CS-39-L-Ser.HCI и RPR258062A), витилевуамид, тубулизин А, канадензол, центауредин (также известный как NSC-106969), T138067 (Tularik, также известный как Т-67, TL-138067 и TI-138067), COBRA-1 (Институт Parker Hughes,также известный как DDE-261 и WHI-261), Н 10 (Университет штата Канзас), H16 (Университет штата Канзас), Oncocidin A1 (также известный как ВТО-956 и DIME), DDE-313 (Институт Parker Hughes), фиджианолид В, лаулималид, SPA-2 (Институт Parker Hughes), SPA-1 (Институт Parker Hughes, также известный как SPIKET-P), 3-IAABU (Cytoskeleton/Школа Медицины Горы Синай, также известный какMF-569), наркозин (также известный как NSC-5366), наскапин, D-24851 (Asta Medica), A-105972 (Abbott), гемиастерлин, 3-BAABU (Cytoskeleton/Школа Медицины Горы Синай, также известный как MF191), TMPN (Университет штата Аризона), ванадоцена ацетилацетонат, Т-138026 (Tularik), монзатрол,инаноцин (также известный как NSC-698666), 3-1 ААВЕ (Cytoskeleton/Школа Медицины Горы Синай),А-204197 (Abbott), T-607 (Tuiarik, также известный как Т-900607), RPR- 115781 (Aventis), элеутеробины(Caribaeoside), карибеолин (Caribaeolin), галихондрин В, D-64131 (Asta Medica), D-68144 (Asta Medica),диазонамид А, А-293620 (Abbott), NPI-2350 (Nereus), таккалонолид A, TUB-245 (Aventis), A-259754 (Abbott), диозостатин, (-)-фенилагистин (также известный как NSCL-96F037), D-68838 (Asta Medica), D68836 (Asta Medica), миосеверин В, D-43411 (Zentaris, также известный как D-81862), A-289099 (Abbott),A-318315 (Abbott), HTI-286 (также известный как SPA-110, соль трифторуксусной кислоты) (Wyeth), D82317 (Zentaris), D-82318 (Zentaris), SC-12983 (NCI), ресверастатин фосфат натрия, BPR-OY-007 (Национальный институт медицинских исследований) и SSR-250411 (Sanofi). Области применения HDACiR-BG. Способы и композиции, описанные в данной заявке, возможно используют для повышения вероятности терапевтически эффективного лечения рака у пациента соединением HDACi путем обеспечения индикации (например, с помощью устного или письменного сообщения на любом аналоговом или цифровом носителе) о том, какие гены являются HDACiR-BG, а также эталонных значений уровней экспрессии HDACiR-BG (например, пороговых значений уровней экспрессии), выше которых предполагается устойчивость к соединению HDACi (т.е. больше, чем случайная вероятность), или ниже которых предпо- 19017985 лагается чувствительность к соединению HDACi. В некоторых воплощениях указанный критерий включает документ с интерпретацией уровней экспрессии по меньшей мере четырех биомаркерных генов, выбранных из табл. 1, относительно вероятности того, что рак пациента устойчив или чувствителен к лечению соединением HDACi. В некоторых воплощениях указанный документ включает интерпретацию уровней экспрессии по меньшей мере одного HDACiR-BG, выбранного из DEFA6, ITGB4, TM4SF4, SYK, РРАР 2 С, RAB25,НЕРН, NOXO1, TM4SF4, PTPN3, ЕРНА 2, FGFBP1, АВСС 3, ТРМТ, IL18 и DPEP1. В некоторых воплощениях индикация предложена в одной или более базах данных, содержащих информацию, касающуюся одного или более HDACiR-BG, включая одно или более пороговых значений уровней экспрессии, которые позволяют интерпретировать эффект уровней экспрессии HDACiR-BG на устойчивость или чувствительность рака к соединению HDACi, согласно любому из способов, описанных в данной заявке. Такие пороговые значения уровней экспрессии включают такие, которые установлены на основании, например, отклонения уровней экспрессии HDACiR-BG в тестируемом образце от соответствующих уровней экспрессии HDACiR-BG в эталонном образце (положительном или отрицательном) уровней экспрессии, как описано в данной заявке. В качестве альтернативы или дополнения пороговые значения уровней экспрессии возможно установлены на основании отклонения отношений экспрессии HDACiR-BG к экспрессии одного или более генов внутреннего контроля экспрессии (например, РНК полимеразы II, HDAC3 или ZNF217). Например, как описано в данной заявке, среднее отношение экспрессии (на основании интенсивности флуоресценции TaqMan) HDACiR-BG DEFA6 к экспрессии гена внутреннего контроля экспрессии ZNF217 составляет 5,83 в HDACi-устойчивых клетках рака толстой кишки и 0,24 в HDACi-чувствительных клетках рака толстой кишки. В некоторых воплощениях указанные базы данных включают профили уровней экспрессииHDACiR-BG или пороговые значения, связанные с устойчивостью одного или более типов рака к одному или более соединениям HDACi. Другая информация, которая возможно включена в базы данных или другие типы индикации,включает, но не ограничивается этим, информацию о последовательности HDACiR-BG, распределения плотности вероятностей уровней экспрессии HDACiR-BG в определенной раковой популяции, описательную информацию, касающуюся клинического статуса биологического образца, который анализировали на профили экспрессии HDACiR-BG, или клинического статуса пациента, от которого указанный образец был получен. База данных возможно разработана таким образом, что она включает различные части, например базу данных с перечнем HDACiR-BG, и информативную базу данных профилей экспрессии HDACiR-BG, например базу данных, в которой с каждой записью профиля экспрессии HDACiRBG связана вероятность того, что указанный профиль экспрессии связан с устойчивостью к соединениюHDACi. Способы комплектации и проектирования баз данных широко доступны, например, см. патент США 5953727. Базы данных, описанные в данной заявке, возможно связаны с наружной или внешней базой данных. В некоторых воплощениях база данных возможно обменивается информацией с внешними источниками данных, такими как база данных Программы по разработке терапевтических агентов Национального института рака или Национального центра биотехнологической информации, через Интернет. Любое подходящее стандартизованное компьютерное оборудование используют для осуществления способов интерпретации одного или более профилей экспрессии HDACiR-BG с помощью способов, описанных в данной заявке. В некоторых воплощениях стандартизованное компьютерное оборудование получает прямой ввод из базы данных, например, из одной из баз данных, описанных в данной заявке. Например, большое количество компьютерных терминалов доступно от ряда производителей, как, например, доступные от Silicon Graphics. Среда клиент-сервер, серверы и сети баз данных также широко доступны и являются подходящими платформами для баз данных, описанных в данной заявке. Базы данных, описанные в данной заявке, возможно используют для предоставления информации,устанавливающей набор профилей экспрессии HDACiR-BG у индивидуума, и такое представление возможно используют для прогнозирования или диагностирования вероятности эффективного терапевтического лечения рака индивидуума конкретным соединением HDACi на основании статистического сравнения профиля экспрессии у индивидуума с пороговыми уровнями экспрессии HDACiR-BG, как описано в данной заявке. Соответственно, можно предпочесть разделение раковых пациентов на подгруппы по любому пороговому значению измеренной экспрессии HDACiR-BG, в которых все пациенты со значениями экспрессии выше порогового имеют повышенный риск, и все пациенты со значениями экспрессии ниже порогового имеют пониженный риск устойчивости рака, устойчивого к соединению HDACi, или наоборот, в зависимости от того, является ли пороговый уровень экспрессии основанным на уровне экспрессии при раке, для которого определили, что он устойчив к лечению соединением HDACi (т.е. положительный эталонный образец) или чувствителен к лечению соединением HDACi (т.е. отрицательный эталонный образец). В качестве альтернативы профили экспрессии HDACiR-BG упорядочены по диапазону вероятности, при этом чем больше уровень экспрессии HDACiR-BG отрицательно отклоняется от(т.е. меньше) положительного эталонного значения уровня экспрессии, тем выше вероятность того, что рак чувствителен к лечению соединением HDACi. Наоборот, чем больше уровень экспрессии HDACiR- 20017985BG положительно отклоняется (т.е. больше) от отрицательного эталонного значения уровня экспрессии,тем выше вероятность того, что рак устойчив к лечению соединением HDACi. Примеры Следующие конкретные примеры должны толковаться как всего лишь иллюстративные и не ограничивающие остальную часть настоящего описания каким бы то ни было образом. Без дополнительного уточнения полагают, что специалист в данной области может на основании приведенного в данной заявке описания использовать настоящее изобретение в наиболее полном объеме. Пример 1. Определение профиля экспрессии мРНК для HDACi-чувствительных относительно устойчивых колоректальных опухолевых клеток ex vivo. Авторы изобретения и другие ранее разработали несколько фармакодинамических маркеров для соединений HDACi (таких как ацетилирование тубулина или гистонов, экспрессия р 21 и т.д.). Тем не менее, в настоящее время нет доступного клинически прогностического биомаркера для ответа на эти агенты. В настоящей работе авторы изобретения разработали стратегию определения таких биомаркеров для соединения HDACi PCI-24781 в первичных колоректальных опухолях человека. В указанном способе используют анализы чувствительности к химиотерапевтическим средствам на мягком агаре, в которых первичные опухоли человека подвергали воздействию PCI-24781 в культуре. Для оценки процента устойчивости к PCI-24781 затем использовали либо анализ с меченым тритием тимидином, либо анализ с красителем alamar blue. Например, в анализе с меченым тритием тимидином чувствительные опухолевые клетки, на которые воздействовало лекарственное средство, делились реже и поэтому включали меньшее количество тимидина, тогда как устойчивые опухолевые клетки продолжали расти и делиться, и поэтому в их ДНК встраивалось больше тимидина. Исторически было показано,что при оптимизированных условиях этого анализа пациент, чью опухоль классифицировали как устойчивую к данному лекарственному средству, имел 1% вероятности ответа на это лекарственное средство в клинике (в опубликованных корреляциях с исходом болезни эти анализы прогнозировали устойчивость с точностью, составляющей 99% при солидных раках и 92% при раках крови). Например, в недавней публикации была обнаружена корреляция in vitro чувствительности или устойчивости к флударабину вDiSC анализе пациентов с В-клеточным хроническим лимфолейкозом (CLL) с клиническим исходом (средняя выживаемость 7,9 месяцев у устойчивых относительно 41,7 месяцев у чувствительных пациентов). Аналогичные результаты также были опубликованы для твердых опухолей, например для чувствительности или устойчивости к Pt при опухолях яичников и к СРХ и DOX при опухолях молочной железы. После определения ex vivo чувствительности или устойчивости к PCI-24781 для каждой опухоли затем определяли профиль РНК, выделенной из опухолевых клеток, на микрочипах и идентифицировали набор маркеров с помощью статистического анализа результатов. Этот набор маркеров подтверждали с помощью анализа ОТ-ПЦР (TaqMan). Такие фармакогеномные биомаркеры, которые использовали для стратификации пациента в клинике, обеспечивают конкурентное преимущество в разработке PCI-24781. Краткое графическое описание указанного способа и его применений в медицинской практике представлено на фиг. 1. Авторы изобретения исследовали ex-vivo ответ первичных колоректальных опухолей от различных пациентов на ингибитор HDAC, PCI-24781 и впоследствии определяли, были ли сильные различия в профилях экспрессии мРНК для чувствительных относительно устойчивых опухолевых клеток перед лечением HDACi. Образцы первичного колоректального рака (CRC) получали из биопсий пациентов (табл. 2). Жизнеспособные опухолевые клетки высевали и культивировали в мягком агаре, как описано у Kern и др.(1990), J. Natl. Cancer Inst., 82:582-588, и обрабатывали диапазоном концентраций PCI-24781 (0,01-2 мкМ). Меченый тритием тимидин добавляли в культуру после 3 суток воздействия лекарственного средства и измеряли количество радиоактивности, включенной в клетки, еще через 2 суток. Процент ингибирования роста клеток (% GI) рассчитывали путем сравнения обработанных клеток с контрольными клетками и по этим профилям роста классифицировали опухоли как либо чувствительные, либо устойчивые,на основании отклонения от среднего профиля. Как показано на фиг. 2, первичные опухоли проявляли спектр фенотипов ингибирования роста от 100 до 0% по сравнению с контрольными при тестируемых концентрациях PCI-24781 (вплоть до 2 мкМ). После определения чувствительности опухоли к PCI-24781 определяли профили экспрессии генов для устойчивых и чувствительных опухолей, которые лечили PCI-24781 (2 мкМ) или не лечили. Суммарную РНК выделяли, используя методики Qiagen (Qiagen, Inc., Valencia, СА), и флуоресцентные зонды получали и гибридизовали с Codelink Human Whole Genome олигонуклеотидными микрочипами, содержащими примерно 55000 уникальных зондов (GE Healthcare Bio-Sciences Corp., Piscataway, NJ) согласно рекомендациям производителя. Микрочипы сканировали в GenePix 4000B сканере (Molecular DevicesCorporation, Sunnyvale, CA). Изображения обрабатывали с помощью программного обеспечения Codelink и экспортируемые результаты анализировали, как указано далее. Нормированные по среднему результаты с микрочипа импортировали в программное обеспечениеGenespring (Agilent) и осуществляли анализ основных компонентов (РСА) и анализ иерархической кластеризации. Авторы изобретения искали достоверные результаты в множестве способов анализа, чтобы обеспечить дополнительную достоверность наших результатов. Для коррекции множественных гипотез,авторы изобретения использовали подход q-значений для частоты ложных открытий (FDR), как описано у Storey и др. (2003), Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 100:9440-9445. В качестве второго аналитического подхода авторы изобретения выбрали подход с использованием Байесовского дисперсионного анализа, описанный у Ishwaran и др. (2003), J. Amer. Stat. Assoc., 98:438-455. В способе с использованием Байесовского дисперсионного анализа вклад неподходящих генов в модель дисперсионного анализа выборочно сокращают, чтобы уравновесить суммарные ложные обнаружения относительно суммарных ложных необнаружений. На выходе получают показатель Zcut, который выявляет гены, вклад которых в модель дисперсионного анализа больше, чем стандартный zпоказатель. См. Ishwaran и др., там же, и веб-сайт на bamarray.com. Для идентификации биомаркеров,прогностических для устойчивости PCI-24781, авторы изобретения использовали только необработанные контрольные образцы, разделенные на пулы на основании классификации чувствительности или устойчивости в анализе, описанном выше. Этот аналитический подход суммирован на фиг. 3. Как показано на фиг. 4, анализ основных компонентов позволяет четко отличить профили экспрессии необработанных клеток от профилей экспрессии обработанных клеток. Контроли (стрелка) более похожи друг на друга и хорошо отделимы от обработанных образцов. Основной компонент PCA1 позволяет четко отделить обработанные от контрольных образцов. Примечательно, что профили экспрессии устойчивых клеток (заключены в круги как для обработанных, так и для необработанных образцов) сгруппированы вместе перед и после обработки, тогда как профили чувствительных образцов колебались в широких пределах после обработки PCI-24781. Это позволило предположить, что проще определить пациентов с наиболее устойчивыми опухолями и исключить их из клинического испытания, чем определить пациентов с чувствительными опухолями. На основании анализа на микрочипе авторы изобретения идентифицировали всего 44 гена (см. табл. 3), уровень экспрессии которых был значительно выше (z-показатель более чем 3,5) в PCI-24781 устойчивых клетках, чем в PCI-24781-чувствительных клетках (результаты не представлены). Примечательно, что экспрессия идентифицированных биомаркерных генов не изменялась при лечении PCI-24781. Анализ биологических путей, связаных с этими генами, показал, что среди тех процессов, которые влияли на чувствительность к PCI-24781, были гомологичная рекомбинация, нуклеотид-эксцизионная репарация, клеточный цикл и апоптоз. Чтобы подтвердить более высокую экспрессию каждого биомаркерного гена устойчивости, идентифицированного с помощью анализа на микрочипе, авторы изобретения анализировали экспрессию каждого биомаркерного гена с помощью способа TaqMan количественной ОТ-ПЦР, как описано ниже.TaqMan Gene Expression Assays для выбранных генов приобрели у Applied Biosystems (Foster City,CA). Одностадийную ОТ-ПЦР осуществляли в трех повторностях на 25 нг суммарной РНК из каждого образца на ABI PRISM 7900HT Sequence Detection System. Уровни мРНК для каждого гена нормировали на количество РНК в лунке, измеренное параллельно, используя Ribogreen (Invitrogen, Inc., Carlsbad,CA). Авторы изобретения затем рассчитывали отношения уровней экспрессии указанных биомаркерных генов в устойчивых и чувствительных образцах (R/S) и сравнивали их с соответствующими отношениями, полученными из анализа на микрочипе. Сравнительный анализ для 16 из биомаркерных генов, перечисленных в табл. 3, представлен в табл. 4. В качестве дополнительного подтверждения анализа на микрочипе, авторы изобретения осуществляли TaqMan анализы для трех генов, для которых не было выявлено, что экспрессия, которую измерили с помощью гибридизации на микрочипе, коррелирует с устойчивостью к PCI-24781 (см. последние три гена в табл. 3). Таблица 4 Анализ на микрочипе относительно TaqMan анализа генов, экспрессия которых повышена в PCI-24781 устойчивых относительно-чувствительных колоректальных опухолевых клеток Сравнение микрочипа с результатами графически суммировано на фиг. 2. Как показано в табл. 4 и на фиг. 2, для генов, для которых обнаружили значительно повышенную экспрессию с помощью микрочипового способа, также обнаружили повышенную экспрессию с помощью TaqMan способа, хотя последний, как правило, давал более высокие отношения R/S. Аналогичным образом, три гена, экспрессия которых не отличалась значительно в анализе на микрочипе, также не проявили значительного отличия вTaqMan анализе. Примечательно, что некоторые из идентифицированных биомаркерных генов ранее исследовались в отношении рака, например DEFA6, малая ГТФаза RAB25, MRP3 (АВСС 3) и TM4SF4. Дополнительно ряд идентифицированных генов кодирует секретируемые белки или трансмембранные белки, которые сбрасывают свои внеклеточные домены. Гены, кодирующие секретируемые белки, включают, например,DEFA6 (NM001926), TM4SF4 (NM004617), TGFA (NM003236), FGFBP1 (NM005130), EPHA2(NM005656) и CCL15 (NM032965). На основании этих результатов авторы изобретения пришли к заключению, что паттерн экспрессии поднаборов (например, из четырех или более) идентифицированных биомаркерных генов обеспечивает"признаки устойчивости", которые возможно используют для достоверной идентификации колоректальных опухолей, которые устойчивы или восприимчивы к ингибитору HDAC PCI-24781. В подтверждающем эксперименте авторы изобретения обнаружили, что ex vivo культивированные первичные опухолевые клетки толстой кишки из двеннадцати впервые диагностированных, не подвергавшихся лечению пациентов все были чувствительны к ингибированию роста ингибитором HDAC PCI24781 (фиг. 11 А). В противоположность этому авторы изобретения обнаружили, что в ряде случаев клетки запущенной метастатической опухоли толстой кишки были устойчивы к ингибированию роста ингибитором HDAC PCI-24781 (фиг. 11 В), и уровни экспрессии мРНК DEFA6 были выше в HDACустойчивых клетках, чем в HDAC-чувствительных клетках (фиг. 11 С). Пример 2. Идентификация и перекрестная проверка на достоверность функциональных биомаркеров для соединений-ингибиторов HDAC и выбор клинических показаний. Чтобы определить важные типы опухолей и определить фармакодинамические (PD) маркеры, которые полезны в клинике, авторы изобретения сначала идентифицировали биомаркеры ингибированияHDAC у мышей и использовали их для определения HDACi-чувствительных" тканей. Это осуществили путем идентификации у мышей, которых лечили HDACi, генов в мононуклеарных клетках периферической крови (РВМС), уровни мРНК которых проявили такую же динамику, как и уровни ацетилированного тубулина, показатель ингибирования HDAC. Эти биомаркерные гены затем использовали для определения HDACi-чувствительных тканей мыши. Первичные опухоли человека, соответствующие чувствительным тканям, затем тестировали ex-vivo с PCI-24781, и было обнаружено, что опухоли из тканей, которые проявили более высокие уровни активности, были чувствительны к ингибированию PCI-24781,таким образом подтверждая, что эта методика действительно предсказывает типы чувствительных опухолей. Вкратце, самкам мышей BALB/c вводили внутривенно 50 мг/кг PCI-24781 или среды. Кровь и различные ткани собирали через 0,25, 0,5, 1, 2, 3 и 8 ч после введения дозы. Для детектирования ацетилированного гистона и тубулина органы/ткани объединяли для каждой группы органов после введения среды и лекарственного средства. РНК и белок экстрагировали из образцов с помощью системы выделения белка и РНК PARIS (Ambion). Уровни ацетилированных и суммарных -тубулина и гистонов оценивали с помощью иммуноблоттинга. Профили экспрессии РНК определяли, используя олигонуклеотидные чипы GE-Codelink MouseUnisetl 10K в двух повторностях. Каждый образец после лечения нормировали на соответствующий контроль со средой. Чтобы подтвердить профиль экспрессии HDADi-чувствительных генов, идентифицированных с помощью анализов экспрессии генов на чипах, осуществляли анализы экспрессии геновTaqMan, используя анализы от Applied Biosystems Inc. Одностадийную ОТ-ПЦР вели в трех повторностях на 25 нг суммарной РНК из каждого образца на измерительном приборе ABI PRISM 7700. Уровни мРНК для каждого гена нормировали к количеству РНК в лунке, измеренному параллельно, используяRibogreen (Molecular Probes). Результаты для образцов после лечения затем нормировали к результатам для введения среды в качестве контроля в этот момент времени. Набор из 16 генов (табл. 5), профиль экспрессии которых в РВМС (фиг. 7 А) тщательно отслеживал повышение уровней ацетилирования тубулина (фиг. 7 В) после лечения ингибитором HDAC PCI-24781. Впоследствии авторы изобретения подтвердили профиль экспрессии двух HDACi-чувствительных генов, Fgf15 и Syngr2, с помощью количественной ОТ-ПЦР и иммуноблоттинга. Как показано на фиг. 8,профили экспрессии, полученные тремя различными способами, точно совпадали друг с другом, что позволяет предположить, что анализ на микрочипе позволил достоверно идентифицировать HDACiчувствительные гены. Авторы изобретения затем определяли in vivo уровни экспрессии для пяти из HDACiчувствительных биомаркерных генов в различных тканях через 3 или 8 ч после введения PCI-24781 (50 мг/кг). Анализ TaqMan осуществляли, чтобы определить уровни экспрессии мРНК в мозге, толстой кишке, почке, печени, желудке, яичнике, матке, молочной железе, мышце, сердце, легком, селезенке и поджелудочной железе. Среднее и стандартное отклонение для уровней экспрессии мРНК всех 5 генов в каждой ткани в каждый момент времени показаны на фиг. 9. Опубликованный паттерн распределения был высоковоспроизводим среди набора биомаркеров. После матки яичник проявил наиболее высокий уровень индукции. Впоследствии были получены образцы первичной опухоли человека и жизнеспособные опухолевые клетки высевали в мягком агаре и обрабатывали ингибитором HDAC PCI-24781. Меченный тритием тимидин добавляли через 3 суток и 2 суток спустя измеряли радиоактивность, встроившуюся в ДНК. Опухоли затем классифицировали как либо устойчивые (EDR от англ. Extreme Drag Resistance, крайняя устойчивость к лекарственному средству), либо чувствительные (LDR), либо промежуточные (IDR) на основании отклонения от среднего профиля (Oncotech, Inc., Tustin, СА). Как и было предсказано на основании профилей HDACi-чувствительных биомаркерных генов, гематопоэтические опухоли имели наиболее низкую долю устойчивых (EDR) опухолей, и опухоли толстой кишки - наиболее высокую (38%). См. фиг. 10 и табл. 6. Среди солидных опухолей опухоль яичника имела наиболее низкую долю устойчивых опухолей, что согласуется с высокой чувствительностью биомаркеров к HDACi в этой ткани. Таблица 6 Опухоль, устойчивая к ингибитору HDAC PCI-24781 На основании описанных выше результатов, авторы изобретения пришли к заключению, что профили экспрессии ортологических биомаркеров человека будут отражать активность PCI-24781 в крови человека и служить в качестве маркеров прогрессирования заболевания в клинике. Дополнительно идентифицированный набор биомаркерных генов, чувствительных к HDACi, точно предсказывал чувствительность опухоли к лечению ингибиторами HDAC. Приложение Нуклеотидные последовательности для биомаркерных генов устойчивости к соединению HDACi