Полипептиды tacis и br3 и их применение
Номер патента: 7984
Опубликовано: 27.02.2007
Авторы: Ян Минхонг, Грювэл Икбэл, Диксит Вишва, Риджуэй Джон
Формула / Реферат
1. Выделенная нуклеиновая кислота, представляющая собой (а) ДНК, кодирующую полипептид TACIs, содержащий последовательность аминокислотных остатков 1-246 SEQ ID NO:14, или (б) комплемент молекулы ДНК по п.а).
2. Нуклеиновая кислота по п.1, содержащая кодирующую нуклеотидную последовательность SEQ ID NO:13.
3. Нуклеиновая кислота по п.1, состоящая из кодирующей нуклеотидной последовательности SEQ ID N0:13.
4. Выделенная нуклеиновая кислота, представляющая собой ДНК, которая (а) имеет последовательность, по меньшей мере на 95% идентичную кодирующей последовательности нуклеотидов SEQ ID NO:13, и (б) кодирует полипептид TACIs.
5. Выделенная нуклеиновая кислота, представляющая собой ДНК, выбранную из группы, состоящей из:
а) ДНК, последовательность которой по меньшей мере на 90% идентична последовательности ДНК, кодирующей полипептид TACIs, содержащий аминокислотные остатки 1-246 SEQ ID NO:14.
б) ДНК, последовательность которой в жёстких условиях гибридизуется с ДНК по п.а);
в) ДНК, последовательность которой вследствие вырожденности генетического кода кодирует полипептид TACIs по п.а); и
г) ДНК, полностью комплементарной ДНК по пп.а), б) или в).
6. Вектор, содержащий нуклеиновую кислоту по п.1 или 5.
7. Вектор по п.6, функционально связанный с регуляторными последовательностями, распознаваемыми клеткой-хозяином, трансформированной при использовании вектора.
8. Клетка-хозяин, которая включает вектор по п.6.
9. Клетка-хозяин по п.8, представляющая собой клетку СНО.
10. Клетка-хозяин по п.8, представляющая собой клетку Е. coli.
11. Клетка-хозяин по п.8, представляющая собой клетку дрожжей.
12. Способ получения полипептида TACIs, заключающийся в культивировании клетки-хозяина по п.8 в условиях, пригодных для экспрессии указанного полипептида TACIs, и регенерации указанного полипептида TACIs из клеточной культуры.
13. Выделенный полипептид TACIs, содержащий аминокислотные остатки 1-246 SEQ ID NO:14.
14. Выделенный полипептид TACIs, содержащий непрерывную последовательность прилегающих аминокислотных остатков 1-246 SEQ ID NO:14.
15. Выделенный растворимый полипептид TACIs, содержащий аминокислотные остатки 1-119 SEQ ID NO:14.
16. Выделенный полипептид TACIs, представляющий собой полипептид, выбранный из группы, состоящей из:
а) полипептида TACIs, содержащего аминокислотные остатки 1-246 или 1-119 SEQ ID NO:14 и
б) фрагмента а), отличающегося тем, что он является биологически активным полипептидом.
17. Химерная молекула, содержащая полипептид TACIs по пп.13, 14 или 15, слитый с гетерологичной аминокислотной последовательностью.
18. Химерная молекула по п.17, у которой указанная гетерологичная аминокислотная последовательность представляет собой последовательность эпитопной метки.
19. Химерная молекула по п.17, у которой указанная гетерологичная аминокислотная последовательность представляет собой область Fc иммуноглобулина.
20. Выделенное моноклональное антитело, которое связывается с полипептидом TACIs по пп.13, 14 или 15.
21. Композиция, содержащая полипептид TACIs по пп.13, 14 или 15 и носитель.
22. Композиция по п.21, у которой указанный носитель представляет собой фармацевтически приемлемый носитель.
23 Способ ингибирования и нейтрализации биологической активности полипептида TALL-1 в клетках млекопитающих, заключающийся в экспонировании указанных клеток млекопитающих с эффективным количеством антагониста полипептида TALL-1, при этом антагонист полипептида TALL-1 выбирают из группы, состоящей из:
а) иммуноадгезина рецептора TACIs;
б) рецептора TACIs, связанного с небелковым полимером, выбираемым из группы, состоящей из полиэтиленгликоля, полипропиленгликоля и полиоксиалкилена;
в) антитела рецептора TACIs.
24. Способ по п.23, отличающийся тем, что указанный иммуноадгезин рецептора TACIs содержит последовательность внеклеточного домена TACIs, слитую с Fc областью иммуноглобулина.
25. Способ по п.23, отличающийся тем, что указанный антагонист полипептида TALL-1 содержит молекулу антагониста, которая ингибирует или нейтрализует в клетках млекопитающих биологическую активность как полипептида TALL-1, так и полипептида APRIL.
26. Способ по п.23, отличающийся тем, что указанные клетки млекопитающих представляют собой лейкоциты.
27. Способ ингибирования и нейтрализации биологической активности полипептида APRIL в клетках млекопитающих, заключающийся в экспонировании указанных клеток млекопитающих с эффективным количеством антагониста полипептида APRIL, при этом антагонист полипептида APRIL выбирают из группы, состоящей из:
а) иммуноадгезина рецептора TACIs;
б) рецептора TACIs, связанного с небелковым полимером, выбираемым из группы, состоящей из полиэтиленгликоля, полипропиленгликоля и полиоксиалкилена;
в) антитела рецептора TACIs.
28. Способ по п.27, отличающийся тем, что указанный иммуноадгезин рецептора TACIs содержит последовательность внеклеточного домена TACIs, слитую с Fc областью иммуноглобулина.
29. Способ по п.27, отличающийся тем, что указанный антагонист полипептида APRIL содержит молекулу антагониста, которая ингибирует или нейтрализует в клетках млекопитающих биологическую активность как полипептида TALL-1, так и полипептида APRIL.
30. Способ по п.27, отличающийся тем, что указанные клетки млекопитающих представляют собой лейкоциты.
31. Способ повышения или стимуляции активности полипептида TACI в клетках млекопитающих, заключающийся в экспонировании указанных клеток млекопитающих с эффективным количеством агониста полипептида TACIs, причём указанный агонист полипептида TACIs содержит антитело против TACIs агониста.
32. Способ проведения скрининга для идентификации молекулы-кандидата, которая ведёт себя как антагонист или агонист TALL-1, TACI, TACIs, BCMA, заключающийся в анализе с применением ДНК или полипептида TACIs по п.5 или 16.
Текст
007984 Область, к которой относится изобретение Настоящее изобретение относится к новым рецепторам, называемым в данном описании "TACIs" и"BR3", к их агонистам и антагонистам и к способам применения TACIs и BR3, а также их агонистов и антагонистов, например, для модулирования активности фактора некроза опухолевых клеток (TNF) и родственных TNFR молекул, включая членов семейств TNF и TNFR, обозначаемых TALL-1, APRIL,TACI и ВСМА. Данное изобретение также относится к способам in vitro, in situ и/или in vivo диагностики и/или лечения клеток млекопитающих или патологических состояний, обусловленных такими TNF и родственными TNFR молекулами. Предпосылки создания изобретения Молекулы различных веществ, таких как фактор некроза опухолей -("TNF"-), фактор некроза опухолей -("TNF-" или "лимфотоксин-"), лимфотоксин- ("LT-"), лиганд CD30, лиганд CD27, лиганд CD40, лиганд ОХ-40, лиганд 4-1 ВВ, лиганд Аро-1 (также называемый лиганд Fas или лиганд CD95),лиганд Аро-2 (также обозначаемый TRAIL), лиганд Аро-3 (также обозначаемый TWEAK), APRIL, лиганд OPG (также называемый лиганд RANK, ODF или TRANCE) и TALL-1 (также обозначаемый BlyS,BAFF или THANK), были идентифицированы как представители цитокинов семейства фактора некроза опухолей ("TNF") [см. например, Grass and Dower, Blood, 85:3378-3404 (1995); Schmid et al., Proc. Natl.Shu et al., J. Leukocyte Biol. 65:680 (1999); Schneider et. al., J. Exp. Med., 189:1747-1756 (1999); Mukhopadhyay et al., J. Biol. Chem., 274:15978-15981 (1999)]. Сообщалось, что из этих молекул TNF-, TNF-,лиганд CD30, лиганд 4-1 ВВ, лиганд Аро-1, лиганд Аро-2 (Apo2L/TRAIL) и лиганд Аро-3 (TWEAK) вовлечены в процесс апоптотической гибели клеток. Сообщалось, что различные молекулы семейства TNF также играют роль (и) в функции или развитии иммунной системы [Gruss et al., Blood, 85:3378 (1995)]. Zheng et al. сообщали, что TNF- включн в постстимуляционный апоптоз CD8-позитивных Т-клеток [Zheng et al., Nature, 377:348-351 (1995)]. Другие исследователи сообщали, что лиганд CD30 может быть вовлечн в делецию аутореактивных Т-клеток в тимусе [Amakawa et al., Cold Spring Harbor Laboratory Symposium on Programmed Cell Death, Abstr. No. 10, (1995)]. Лиганд CD40 активирует многие функции В-клеток, включая пролиферацию, секрецию иммуноглобулина и выживание [Renshaw et al., J. Exp. Med., 180:1889 (1994)]. Сообщалось, что другой цитокин семейства TNF, TALL-1 (BlyS) при определнных условиях индуцирует пролиферацию В-клеток и секрецию иммуноглобулина. [Moore et al., см. выше; Schneider et al., см. выше; Mackay et al., J. Exp. Med.,190:1697 (1999); Shu et al., J. Leukocyte Biol, 65:680-683 (1999); Gross et al., Nature, 404:995-999 (2000)]. Мутации в генах рецептора или лиганда мышиного Fas/Apo-1 (называемых, соответственно, lpr иgld) связаны с некоторыми аутоиммунными нарушениями, указывающими на то, что лиганд Аро-1 может играть роль в регуляции клональной делеции аутореактивных лимфоцитов на периферии [Krammeret al., Curr. Op. Immunol., 6:279-289 (1994); Nagata et al. Science, 267:1449 - 1456 (1995)]. Также сообщалось, что лиганд Аро-1 индуцирует постстимуляционный апоптоз в СD4-позитивных Т-лимфоцитах и в В-лимфоцитах и может быть включн в элиминирование активированных лимфоцитов, когда уже отпадает необходимость в их функции [Krammer et al., см. выше; Nagata et al., см. выше]. Сообщалось, что агонистические мышиные моноклональные антитела, специфически связывающиеся с рецептором Аро-1,проявляют активность в отношении лизиса клеток, сравнимую с подобной активностью TNF- [Yoneharaet al., J. Exp. Med., 169:1747-1756 (1989)]. В литературе сообщалось, что лиганд, родственный TNF, называемый лиганд OPG (также обозначаемый лиганд RANK, TRANCE или ODF), частично принимает участие в некоторых сторонах иммунорегуляторной активности. В Международной заявке WO98/28426, опубликованной 2 июля 1998 г., описан лиганд (называемый в этой заявке лиганд RANK) как трансмембранный белок типа 2, который, как обнаружено, в растворимой форме стимулирует созревание дендритных клеток, повышает способность к аллостимуляции CDla+ дендритных клеток в MLR и повышает число жизнеспособных Т-клеток периферической крови in vitro в присутствии TGF-бета. [см. также Anderson et al., Nature, 390 (1997)]. В Международной заявке WO98/28426 также описано, что лиганд повышает продукцию TNF-альфа одной макрофагальной опухолевой клеточной линией (названной RAW264.7; Американская коллекция типовых культур, АТСС TIB71), но не стимулирует продукцию оксида азота этими опухолевыми клетками. Предполагаемая роль лиганда OPG/TRANCE/ODF в модулировании активности дендритных клеток(1999); Josien et al., J. Immunol., 162:2562-2568 (1999); Josien et al., J. Exp. Med., 191:495-501 (2000)] и во влиянии Т клеточной активности на иммунный ответ [см. например, Bachmann et al., J. Exp. Med.,-1 007984 189:1025-1031 (1999); Green et al., J. Exp. Med., 189:1017-1020 (1999)] изучалась в литературе. Kong et al.,Nature, 397:315-323 (1999) сообщают, что у мышей с нарушенным геном opgl наблюдается тяжлый остеопороз, недостаток остеокластов и дефекты при ранней дифференцировке Т- и В-лимфоцитов. Kong etal. далее сообщают, что системная активация Т-клеток in vivo приводит к опосредуемому OPGL увеличению остеокластогенезу и утрате кости [Kong et al., Nature, 402:304-308 (1999)]. Полагают, что индукция различных клеточных ответов, опосредуемая такими цитокинами семейства TNF инициируется их связыванием со специфическими клеточными рецепторами. Ранее были идентифицированы два отдельных рецептора TNF длиной, примерно, 55 кДа (TNFR1) и 75 кДа (TNFR2)(1990); Европейский патент ЕР 417563, опубликованный 20 марта 1991 г.; Loetscher et al., Cell, 61:351TNFR имеют общую типичную структуру рецепторов клеточной поверхности, включая внеклеточную,трансмембранную и внутриклеточную области. Внеклеточные участки обоих рецепторов обнаружены в природе, также как растворимые TNF-связывающие белки [Nophar, Y. et al., EMBO J., 9:3269 (1990); иKohno, Т. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87:8331 (1990); Hale et al., J. Cell. Biochem. Supplement 15F,1991, p. 113 (P424)]. Внеклеточная область TNFR типа 1 и типа 2 (TNFR1 и TNFR2) содержит повторяющийся набор аминокислотных последовательностей из четырх обогащенных цистеином доменов (CRD), обозначенных 1-4, начиная с NH2-конца. [Schall et al., см. выше; Loetscher et al., см. выше; Smith et al., см. выше;Nophar et al., см. выше; Kohno et al., см. выше; Banner et al., Cell, 73:431-435 (1993)]. Аналогичный повторяющийся набор CRD существует в некоторых других белках клеточной поверхности, включая р 75 рецептор фактора роста нервной ткани (NGFR) [Johnson et al., Cell, 47:545 (1986); Radeke et al., Nature,325:593 (1987)], В-клеточный антиген CD40 [Stamenkovic et al., EMBO J., 8:1403 (1989)], T-клеточный антиген ОХ 40 [Mallet et al., EMBO J., 9:1063 (1990)] и антиген Fas [Yonehara et al., см. выше, и Itoh et al.,Cell, 66:233-243 (1991)]. CRD также обнаружены в растворимых TNFR (sTNFR)-подобных T2 белках осповых вирусов фибромы Шоупа и миксомы [Upton et al., Virology, 160:20-29 (1987); Smith et al., Biochem.Biophys. Res. Commun., 176:335 (1991); Upton et al., Virology, 184:370 (1991)]. Оптимальный сравнительный анализ первичной структуры этих последовательностей показывает, что положения цистеиновых остатков являются чтко консервативными. Эти рецепторы иногда в целом называют представителями суперсемейства рецепторов TNF/NGF. Лиганды семейства TNF, идентифицированные до настоящего времени, за исключением лимфотоксина-, как правило, представляют собой трансмембранные белки типа II, С-конец которых является внеклеточным участком. Напротив, большинство рецепторов семейства рецепторов TNF (TNFR), идентифицированных до настоящего времени, как правило, являются трансмембранными белками типа I. Однако, в обоих семействах лигандов и рецепторов TNF, гомология, идентифицируемая между представителями семейств, обнаруживается, главным образом, во внеклеточном домене ("ECD"). Некоторые из цитокинов семейства TNF, включая TNF-, лиганд Аро-1 и лиганд CD40, расщепляются протеолитически на клеточной поверхности; полученный белок в каждом случае, как правило, образует гомотримерную молекулу, которая действует как растворимый цитокин. Белки семейства рецепторов TNF также обычно расщепляются протеолитически, высвобождая растворимые рецепторные ECD, которые могут функционировать как ингибиторы родственных цитокинов. Представитель семейства TNFR, обозначенный RANK, был идентифицирован как рецептор лигандаOPG (FDCR-1 или OCIF), также была идентифицирована как рецептор лиганда OPG. [Simonet et al., Cell,89:309 (1997); Yasuda et al., Endocrinology, 139:1329 (1998); Yun et al., J. Immunol, 161:6113-6121 (1998)].Yun et al., см. выше, нашли, что OPG/FDCR-1/OCIF экспрессируется как в мембрано-связанной форме,так и в секретированной форме и имеет ограниченный тип экспрессии в клетках иммунной системы,включая дендритные клетки, EBV-трансформируемые В-клеточные линии и тонзиллярные В-клетки.Yun et al. также пишут, что в В-клетках и дендритных клетках экспрессию OPG/FDCR-1/OCIF можно активировать с помощью CD40, молекулы, включнной в В-клеточную активацию. Однако, Yun et al. признают, что неизвестно, как функционирует OPG/FDCR-1/OCIF в процессе регуляции иммунного ответа. Позднее были идентифицированы другие представители семейства TNFR. В von Bulow et al., Science, 278:138-141 (1997) исследователи описали плазма-мембранный рецептор, названный "трансмембранный активатор и CAML-интерактор" или "TACI". Сообщают, что рецептор TACI содержит богатый цистеином мотив, характерный для семейства TNFR. В анализе in vitro перекрстное связывание TACI на поверхности трансфецированных клеток Jurkat с TACI-специфическими антителами привело к активацииNF-KB. [см. также Международную заявку WO 98/39361, опубликованную 18 сентября 1998 г.]. Сообщалось, что после нокаута мышей по TACI в их организме имеются гиперчувствительные В-клетки, то-2 007984 гда как у мышей с "нулевым" ВСМА отсутствует различимый фенотип [Yan et al., Nature Immunology,2:638-643 (2001); von Bulow et al., Immunity, 14:573-582 (2001); Xu et al., Mol. Cell. Biology, 21: 4067-4074Laabi et al., EMBO J., 11:3897-3904 (1992) сообщил об идентификации нового гена, названного"ВСМ", экспрессия которого, как было обнаружено, совпадает с окончательным формированием Вклеток. Открытая рамка считывания нормальной кДНК ВСМ прогнозирует полипептид длиной 184 аминокислоты с единственным трансмембранным доменом. Эти же исследователи позже назвали этот ген"ВСМА". [Laabi et al., Nucleic Acids Res., 22:1147-1154 (1994)]. Как сообщалось, экспрессия мРНК ВСМА отсутствует в человеческих раковых В-клеточных линиях на стадии про-В-лимфоцитов, и, следовательно, как полагают, связана со стадией дифференцировки лимфоцитов [Gras et al., Int. Immunology, 7:10931106 (1995)]. У Madry et al., Int. Immunology, 10:1693-1702 (1998) описано клонирование кДНК мышиного ВСМА. Сообщалось, что кДНК мышиного ВСМА кодирует полипептид длиной 185 аминокислот, на 62% идентичный полипептиду человеческого ВСМА. Сравнение первичных структур последовательностей белка мышиного и человеческого ВСМА выявила консервативный мотив из шести цестеиновых остатков в N-концевой области, что позволяет предположить, что белок ВСМА принадлежит к суперсемейству TNFR [Madry et al., supra]. Сообщалось, что лиганд Tall-1 (BlyS) связывается с рецепторами TACI и ВСМА [Gross et al., см. выше (2000); Thompson et al., J. Exp Med., 192:129-135 (2000); Yan et al., см. выше (2000); Marsters et al.,Curr. Biol., 10:758-785 (2000); Международная заявка WO 00/40716, опубликованная 13 июля, 2000 г.; Международная заявка WO 00/67034, опубликованная 9 ноября, 2000 г.]. Аналогично сообщалось, чтоTACI и ВСМА связываются с лигандом, известным как April. В Marsters et al., Curr. Biol., 6:750 (1996) исследователи описывают природный человеческий полипептид с полноразмерной последовательностью, названный Аро-3, который обнаруживает сходство с семейством TNFR внеклеточными богатыми цистеином повторами и сходен с TNFR1 и CD95 тем, что содержит последовательность цитоплазматического "домена гибели" [см. также Marsters et al., Curr. Biol,6:1669 (1996)]. Другие исследователи называют Аро-3 также DR3, wsl-1, TRAMP и LARD [Chirmaiyan etPan et al. описали другой представитель семейства TNF, названный "DR4" [Pan et al., Science,276:111-113 (1997); см. также Международную заявку WO 98/32856, опубликованную 30 июля 1998 г.]. Сообщалось, что DR4 содержит цитоплазматический "домен гибели", способный включать программу самоубийства клетки. Pan et al. полагают, что DR4 является рецептором лиганда, известного какSheridan et al., Science, 277:818-821 (1997) и Pan et al., Science, 277:815-818 (1997) описывают другую молекулу, которая, как полагают, является рецептором для Apo2L/TRAIL [см. также Международную заявку WO 98/51793, опубликованную 19 ноября, 1998 г.; Международную заявку WO 98/41629,опубликованную 24 сентября, 1998 г.]. Эту молекулу также называют DR5 (е также называют Аро-2;Walczak et al., EMBO J., 16:5386-5387 (1997); Wu et al., Nature Genetics, 17:141-143 (1997); Международная заявка W098/35986, опубликованная 20 августа 1998 г.; Европейская заявка ЕР 870827, опубликованная 14 октября 1998 г.; Международная заявка WO 98/46643, опубликованная 22 октября 1998 г.; WO 99/02653, опубликованная 21 октября 1999 г.; WO99/09165, опубликованная 25 января 1999 г.; WO 99/11791, опубликованная 11 марта 1999 г.]. Сообщалось, что так же как и DR4, DR5 содержит цитоплазматический "домен гибели" и способен передавать сигнал апоптоза. Кристаллическая структура комплекса, образуемого Аро-2L/TRAIL и DR5, описана в Hymowitz et al., Molecular Cell, 4:563 - 571(1999). Недавно был идентифицирован ещ один рецептор, DR6, содержащий "домен гибели" [Pan et al.FEBS Letters, 431:351-356 (1998)]. Полагают, что, помимо того, что он содержит четыре предполагаемых внеклеточных богатых цистеином доменов и цитоплазматический "домен гибели", DR6 содержит предполагаемую содержащую лейцин последовательность наподобие застжки молнии, которая перекрывается с богатым пролином мотивом в цитоплазматической области. Богатый пролином мотив похож на последовательности, которые связываются с доменами гомологии с src-киназой-3 (SH3), которые обнаружены во многих внутриклеточных молекулах сигнальной трансдукции. В отличие от всех приведнных выше рецепторов, содержащих "домены гибели", DR6 не индуцирует гибель клеток в клеточной линии чувствительного к апоптозу индикатора, MCF-7, что наводит на мысль об альтернативной функции этого рецептора. В соответствии с этим наблюдением в настоящее время полагают, что DR6 не ассоциируется с содержащими "домен гибели" молекулами адаптера, такими как FADD, RAIDD и RIP, которые опосредуют передачу сигнала в направлении 5'-3' от активированных рецепторов гибели [Pan et al.,FEBS Lett., 431:351 (1998)]. Ещ одна группа идентифицированных в последнее время рецепторов названа "рецепторыловушки", которые, как полагают, действуют скорее как ингибиторы, нежели как трансдукторы передачи сигнала. Эта группа включает DCR1 (называемый также TRID, LIT или TRAIL-R3) [Pan et al Science,-3 007984 276:111-113 (1997); Sheridan et al., Science, 277:818-821 (1997); McFarlane et al., J. Biol. Chem., 272:2541725420 (1997); Schneider et al., FEBS Letters, 416:329-334 (1997); Degli-Esposti et al., J. Exp. Med 186:11651170 (1997); и Mongkolsapaya et al., J. Immunol., 160:3-6 (1998)] и DCR2 (также называемый TRUNDD или TRAIL-R4) [Marsters et al., Curr. Biol. 7:1003-1006 (1997); Pan et al., FEBS Letters, 424:41-45 (1998);Degli-Esposti et al., Immunity, 7:813-820 (1997)], оба являются молекулами клеточной поверхности, а также OPG [Simonet et al., см. выше; Emery et al., см. ниже] и DCR3 [Pitti et al. Nature. 396:699-703 (1998)],оба являются секретируемыми растворимыми белками. Другие недавно идентифицированные представители семейства TNFR включают CAR1, HVEM,GITR, ZTNFR-5, NTR-1 и TNFL1 [Brojatsch et al., Cell, 87:845-855 (1996); Montgomery et al, Cell, 87:427436 (1996); Marsters et al., J. Biol. Chem., 272:14029-14032 (1997); Nocentini et al., Proc. Natl. Acad. Sci.USA 94:6216-6221 (1997); Emery et al., J. Biol. Chem 273:14363-14367 (1998); Международная заявкя WO 99/04001, опубликованная 28 января 1999 г.; WO99/07738, опубликованная 18 февраля 1999 г.; WO 99/33980, опубликованная 8 июля 1999 г.]. Как написано недавно в обзоре Tewari et al., TNFR1, TNFR2 и CD40 модулируют экспрессию провоспалительных и костимулирующих цитокинов, рецепторов цитокинов и молекул клеточной адгезии с помощью активации фактора транскрипции, NF-В [Tewari et al., Curr. Op. Genet. Develop., 6:39-44(1996)]. NF-В является прототипом семейства димерных факторов транскрипции, субъединицы которых содержат консервативные области Rel [Verma et al., Genes Develop. 9:2723-2735 (1996); Baldwin, Ann.Rev. Immunol., 14:649-681 (1996)]. В своей латентной форме NF-В образует комплексы с представителями семейства ингибиторов IВ; при инактивации IВ в ответ на определнные раздражители высвобождаемый NF-В транслоцируется в ядро, где он связывается со специфическими последовательностями ДНК и активирует транскрипцию гена. Как описано выше, представители семейства TNFR, идентифицированные до настоящего времени, либо включают, либо не включают внутриклеточную область "домена гибели". Молекулы некоторых TNFR, не содержащие "домен гибели", такие как TNFR2, CD40, HVEM иGITR, способны модулировать активность NF-В. [см., например, Lotz et al., J. Leukocyte Biol., 60:1-7(1998); Golstein, Curr. Biol., 7:750-753 (1997); Gruss and Dower, см. выше и Nagata, Cell, 88:355-365 (1997). Сущность изобретения Заявители идентифицировали новые молекулы, названные "TACI" и "BR3". Полипептид TACI охарактеризован как содержащий единственный богатый цистеином домен, в отличие от молекулы полноразмерного человеческого TACI, описанного в von Bulow et al., см. выше, который включает два богатых цистеином домена. Аналогично полипептид BR3 был охарактеризован как содержащий единственный богатый цистеиновый домен. Заявители неожиданно обнаружили, что лиганды семейства TNF, называемые TALL-1 и April, связываются с рецептором TACI. Также неожиданно заявители обнаружили, что лиганд семейства TNF, называемый TALL-1, связывается с рецептором BR3. В отличие от рецепторовTACI и, по-видимому, не связывается с лигандом April и не активирует NF-В путь. Таким образом, в настоящем изобретении созданы новые методы применения антагонистов или агонистов этих родственных TNF лигандов и рецепторов. Антагонисты и агонисты по данному изобретению находят применение, среди прочего, для in vitro, in situ или in vivo диагностики или лечения клеток млекопитающих или патологических состояний, обусловленных присутствием (или отсутствием) TALL-1, APRIL, TACI,BCMA, TACIs или BR3. В одном варианте данное изобретение включает молекулы выделенной нуклеиновой кислоты, содержащие ДНК, кодирующую полипептид TACIs. В некоторых аспектах выделенная нуклеиновая кислота содержит ДНК, кодирующую полипептид TACIs, содержащий аминокислотные остатки 1-246 или 1119 на фиг. 5 В (SEQ ID NO:14), или комплементарна таким кодирующим нуклеотидным последовательностям и остатся устойчиво связанной с ними, по меньшей мере, в умеренных и, необязательно, в очень жстких условиях. Другой вариант данного изобретения включает векторы, содержащие ДНК, кодирующую полипептид TACIs. Также охватывается клетка-хозяин, содержащая этот вектор. Примерами клеток-хозяев могут быть клетки СНО, Е. coli или дрожжей. Кроме того, охватывается способ продуцирования полипептидовTACIs, который заключается в культивировании клеток-хозяев в условиях, пригодных для экспрессии полипептида TACIs, и регенерации полипептида TACIs из культуры клеток. В другом варианте изобретение включает выделенные полипептиды TACIs. В частности, изобретение охватывает полипептиды TACIs, которые включают аминокислотную последовательность, содержащую остатки 1-246 на фиг. 5 В (SEQ ID NO:14). Дополнительные варианты настоящего изобретения относятся к выделенным последовательностям внеклеточного домена полипептида TACIs, содержащим аминокислоты 1-119 аминокислотной последовательности на фиг. 5 В (SEQ ID NO:14) или е фрагменты,в особенности, биологически активные фрагменты. В другом варианте изобретение включает химерные молекулы, содержащие последовательности полипептида TACIs, или внеклеточного домена, или другого его фрагмента, слитые с гетерологичной-4 007984 полипептидной или аминокислотной последовательностью. Примером такой химерной молекулы является полипептид TACIs, слитый с последовательностью эпитопной метки или участка Fc иммуноглобулина. В другом варианте изобретение включает антитело, которое специфически связывается с полипептидом TACIs или его внеклеточным доменом. Необязательно антитело представляет собой моноклональное антитело. Ещ в одном варианте изобретение включает диагностические и терапевтические методы применения полипептида TACIs или ДНК, кодирующей полипептид TACIs. В другом варианте изобретение включает молекулы выделенной нуклеиновой кислоты, содержащей ДНК, кодирующей полипептид BR3. В некоторых аспектах выделенная нуклеиновая кислота содержит ДНК, кодирующую полипептид BR3, содержащий аминокислотные остатки 1-184, 1-77 или 2-62 на фиг. 6 В (SEQ ID NO:16), или комплементарна таким кодирующим нуклеотидным последовательностям и остатся устойчиво связанной с ними, по меньшей мере, в умеренных и, необязательно, в очень жстких условиях. В другом варианте изобретение включает векторы, содержащие ДНК, кодирующую полипептидBR3. Также охватывается клетка-хозяин, содержащая этот вектор. Примерами клеток-хозяев могут быть клетки СНО, Е. coli или дрожжей. Кроме того, охватывается способ продуцирования полипептидов BR3,который заключается в культивировании клеток-хозяев в условиях, пригодных для экспрессии полипептида BR3, и регенерации полипептида BR3 из культуры клеток. В другом варианте изобретение включает выделенные полипептиды BR3, которые включают аминокислотную последовательность, содержащую остатки 1-184, 1-77 или 2-62 на фиг. 6 В (SEQ ID NO:16). Дополнительные варианты настоящего изобретения относятся к выделенным последовательностям внеклеточного домена полипептида BR3, содержащим аминокислоты 1-77 или 2-62 аминокислотной последовательности на фиг. 6 В (SEQ ID NO:16) или е фрагменты. В другом варианте изобретение включает химерные молекулы, содержащие последовательности полипептида BR3 или внеклеточного домена или другого его фрагмента, слитые с гетерологичной полипептидной или аминокислотной последовательностью. Примером такой химерной молекулы является полипептид BR3, слитый с последовательностью эпитопной метки или участка Fc иммуноглобулина. В другом варианте изобретение включает антитело, которое специфически связывается с полипептидом BR3 или его внеклеточным доменом. Необязательно антитело представляет собой моноклональное антитело. Ещ в одном варианте изобретение включает диагностические и терапевтические методы применения полипептида BR3 или ДНК, кодирующей полипептид BR3. Способы по изобретению включают способы лечения патологических состояний или заболеваний млекопитающих, ассоциированных с или вызванных увеличенной или повышенной экспрессией и/или активностью TALL-1 или APRIL. Согласно этим способам лечения млекопитающему, страдающему таким патологическим состоянием или заболеванием, можно вводить антагонисты TALL-1 и антагонистыAPRIL. Антагонисты TALL-1 и антагонисты APRIL, рассматриваемые для применения по изобретению,включают иммуноадгезины рецептора TACIs, а также антитела против рецептора TACIs или рецептораBR3, которые, предпочтительно, блокируют или понижают соответствующее рецепторное связывание или активацию с помощью лиганда TALL-1 и/или лиганда APRIL. Например, иммуноадгезины рецептора TACIs можно применять для лечения ревматоидного артрита или рассеянного склероза. Кроме того,антагонисты TALL-1 и антагонисты APRIL, рассматриваемые для применения по изобретению, включают антитела против TALL-1 или антитела против APRIL, которые способны блокировать или ослаблять связывание соответствующих лигандов с рецепторами TACIs или BR3. Кроме того, молекулы антагонистов включают ковалентно модифицированные формы или слитые белки, содержащие TACIs или BR3. Например, такие антагонисты могут включать пэгированные TACIs или BR3 и TACIs или BR3, слитые с гетерологичными последовательностями, такими как эпитопные метки или содержащие лейцин последовательности наподобие застжки молнии. Необязательно молекула(ы) антагониста(ов), применяемые по этим способам, способны блокировать или нейтрализовать активность как TALL-1, так и APRIL, например двойной антагонист, который блокирует или нейтрализует активность как TALL-1, так и APRIL. Необязательно молекула(ы) антагониста(ов), применяемые по этим способам, способны блокировать или нейтрализовать активность TALL-1, но не APRIL, например, антагонист (такой как BR3 иммуноадгезин),который блокирует или нейтрализует активность TALL-1. Например, BR3 иммуноадгезин может применяться для лечения аутоиммунного нарушения, такого как волчанка. Способы предполагают применение единственного типа молекулы антагониста или комбинации двух или более типов антагониста. В другом варианте изобретения охватываются способы применения антагонистов TALL-1 для блокирования или нейтрализации взаимодействия между TALL-1 и TACIs и/или BR3. Такие антагонисты могут также блокировать или нейтрализовать взаимодействие между TALL-1 и TACIs и/или ВСМА. Например, изобретение включает способ, заключающийся в экспозиции клетки млекопитающих, такой как лейкоцит (предпочтительно, В-клетка), с одним или более антагонистов TALL-1 в количестве, эффективном для понижения, нейтрализации или блокирования активности лиганда TALL-1. Клетка может-5 007984 находиться в клеточной культуре или в организме млекопитающего, например, млекопитающего, страдающего, например, иммунным заболеванием или раком. Таким образом, изобретение включает способ лечения млекопитающего, находящегося в патологическом состоянии, например, страдающим иммунным заболеванием или болеющим раком, заключающийся во введении эффективного количества одного или более антагонистов TALL-1 по данному описанию. В конкретных вариантах изобретения иммунное заболевание представляет собой аутоиммунное заболевание, такое как артрит или волчанка. Изобретение также охватывает способы применения антагонистов APRIL для блокирования или нейтрализации взаимодействия между APRIL и TACIs. Такие антагонисты могут также блокировать или нейтрализовать взаимодействие между APRIL и TACI и/или ВСМА. Например, изобретение включает способ, заключающийся в экспозиции клетки млекопитающих, такой как лейкоцит (предпочтительно, Вклетка), с одним или более антагонистов APRIL в количестве, эффективно понижающем, нейтрализующем или блокирующем активность лиганда APRIL. Клетка может находиться в клеточной культуре или в организме млекопитающего, например млекопитающего, страдающего, например, иммунным заболеванием или больного раком. Таким образом, изобретение включает способ лечения млекопитающего, находящегося в патологическом состоянии, например страдающим иммунным заболеванием или болеющим раком, заключающийся во введении эффективного количества одного или более антагонистовAPRIL по данному описанию. Изобретение также включает композиции, которые содержат один или более антагонистов TALL-1 или антагонистов APRIL. Необязательно композиции по изобретению могут включать фармацевтически приемлемые носители или разбавители. Предпочтительно, композиции включают один или более антагонистов TALL-1 или антагонистов APRIL в количестве, терапевтически эффективном для лечения патологического состояния или заболевания. Изобретение также включает пункты о получении и наборах, содержащих один или более антагонистов TALL-1 или антагонистов APRIL. Кроме того, изобретение включает способы применения агонистов TACIs или агонистов BR3, например, для стимуляции или активации рецептора TACIs или рецептора BR3. Такие способы применимы для лечения патологических состояний, характеризующихся или ассоциируемых с недостаточной экспрессией или активностью TALL-1 или APRIL, таких как иммунодефицит или рак ( например, с помощью бустер-иммунизации в расчте на иммунный противораковый ответ). Агонисты TACIs или агонисты BR3 могут представлять собой агонистические антитела против TACIs или BR3. Агонистическая активность таких агонистов TACIs или агонистов BR3 может представлять собой повышение активности нативного лиганда для TACIs или BR3, или активность, такую же или практически такую же как (т.е. мимики) активность нативного лиганда для TACIs или BR3. Таким образом, изобретение также включает композиции, которые содержат один или более агонистов TACIs или агонистов BR3. Необязательно композиции по изобретению включают фармацевтически приемлемые носители или разбавители. Предпочтительно, композиции включают один или более агонистов TACIs или агонистов BR3 в количестве, терапевтически эффективном для стимуляции сигнальной трансдукции с помощью TACIs или BR3. Кроме того, изобретение включает пункты о получении и наборах, содержащих один или более агонистов TACIs или агонистов BR3. Изобретение также включает способы скрининга с целью идентифицировать молекулы-кандидаты соединений, таких как низкомолекулярные соединения, полипептиды или антитела, которые ведут себя как агонисты или антагонисты в отношении взаимодействия между TALL-1 и TACIs или BR3, или в отношении взаимодействия между APRIL и TACIs. Краткое описание фигур На фиг. 1 А, 1 В показана полинуклеотидная последовательность, кодирующая последовательность нативного человеческого TACI (SEQ ID NO:1) (обратная комплементарная последовательность приведена в SEQ ID NO:2), и его предполагаемая аминокислотная последовательность (SEQ ID NO: 3). На фиг. 2 показана полинуклеотидная последовательность, кодирующая последовательность нативного человеческого ВСМА (SEQ ID NO:4) (обратная комплементарная последовательность приведена вSEQ ID NO:5), и его предполагаемая аминокислотная последовательность (SEQ ID NO: 6). На фиг. 3 показана полинуклеотидная последовательность, кодирующая последовательность нативного человеческого ВСМА (SEQ ID NO:7) (обратная комплементарная последовательность приведена вSEQ ID N0:8), и его предполагаемая аминокислотная последовательность (SEQ ID NO: 9). На фиг. 4 А, 4 В показана полинуклеотидная последовательность, кодирующая последовательность нативного человеческого APRIL (SEQ ID NO:10) (обратная комплементарная последовательность приведена в SEQ ID N0:11), и его предполагаемая аминокислотная последовательность (SEQ ID NO:12). На фиг. 5 А показана полинуклеотидная последовательность (инициирующий и терминирующий кодоны подчркнуты), кодирующая последовательность нативного человеческого TACIs (SEQ IDNO:13), а на фиг. 5 В показана его предполагаемая аминокислотная последовательность (SEQ ID NO:14). На фиг. 6 А показана полинуклеотидная последовательность (инициирующий и терминирующий кодоны подчркнуты), кодирующая последовательность нативного человеческого BR3 (SEQ ID NO:15), а-6 007984 на фиг. 6 В показана его предполагаемая аминокислотная последовательность (SEQ ID NO:16). На фиг. 6 С показана полинуклеотидная последовательность (инициирующий и терминирующий кодоны подчркнуты), кодирующая мышиный BR3 (SEQ ID NO:17), а на фиг. 9 А показана его предполагаемая аминокислотная последовательность (SEQ ID NO:18). На фиг. 7 А, 7 В показаны примеры методов расчта % идентичности аминокислотной последовательности, называемой "Белок сравнения", с аминокислотной последовательностью, называемой "PRO". Для целей по данному описанию последовательность "PRO" может обозначать последовательностиTACI, BCMA, TALL-1, APRIL, TACIs или BR3, показанные на фиг. по данному описанию. На фиг. 8 показан сравнительный анализ первичных структур двух аминокислотных последовательностей рецептора TACI, обозначенного "hTACI (265)" (SEQ ID NO:19), который, как полагают, является вариантом, полученным при сплайсинге, и рецептора "hTACI", изображнного также на фиг. 1 А, 1 ВSEQ ID NO: 3). На фиг. 9 А показан сравнительный анализ первичных структур человеческого (SEQ ID NO:16) и мышиного (SEQ ID NO:18). Аминокислоты, идентичные в человеческом и мышином BR3, показаны жирным шрифтом. Консервативные аминокислоты показаны знаком плюс. Область, содержащая четыре цистеиновых остатка, подчркнута, а расчтная перекрывающая мембрану область подчркнута двойной чертой. На фиг. 9 В показан нозерн-блоттинг BR3. Множественные нозерн блоты тканей человека (слева) и мыши (справа) (Clontech) гибридизуют с мечеными 32P фрагментами кДНК, соответствующими кодирующей области человеческого или мышиного BR3. На фиг. 9 С показан ПЦР анализ панели человеческой кДНК множественных тканей (Clontech). Фрагменты кДНК амплифицируют, используя генспецифические праймеры. Дорожки 1-9: 1, PBL; 2 покоящиеся CD4+ клетки; 3, активированные CD4+ клетки; 4, покоящиеся CD8+ клетки; 5, активированные CD8+ клетки; 6, покоящиеся CD19+ клетки; 7,активированные CD19+ клетки; 8, лимфатический узел; 9, селезнка. На фиг. 10A-10D представлены результаты проведнного анализа, показывающие, что BR3 является специфическим рецептором для TALL-1, но не для APRIL, и не активирует NF-B путь, (a) COS 7,трансфецированные при использовании hBR3 (1,2) или TACI (3, 4) инкубируют с кондиционированной средой, содержащей АР-TALL-1 (1, 3) или AP-April (2, 4). Клетки отмывают, фиксируют и окрашивают на АР активность in situ, (b) клетки COS7, трансфецированные с помощью TALL-1 (1,2) или April (2, 4),инкубируют с hBR3-hFc (1, 3) или TACI- hFc (2, 4). Клетки отмывают, фиксируют, и связанный рецептор-hFc белок обнаруживают с помощью биотинилированного антитела козы к человеческому белку с последующим добавлением Су 3-стрептавидина. (с) BR3-hFc (1,2) или TACI-hFc (3, 4) инкубируют с FlagTALL-1 (1, 3) или Flag- April (2, 4). Слитые белки рецептор-Fc, осаждаемые с помощью протеин-Аагарозы, подвергают иммуноблоттингу с антителом против Flag. Эквивалентные количества лиганда(средняя панель) или рецептор-Fc (нижняя панель) используют в эксперименте по связыванию, (d) Клетки 293 Е (Invitrogen) трансфецируют, используя 0.25 ug конструкции NF-kB репортрного гена люциферазы, 25 нг pRL-TK и указанные количества экспрессирующих конструкций, кодирующих hBR3, mBR3,TACI и ВСМА. Активацию NF-B определяют через 20-24 ч, используя набор Dual-Luciferase ReporterAssay (Promega). На фиг. 11A-11D проиллюстрированы результаты анализов, показывающих, что BR3-Fc эффективен при лечении волчанки. На фиг. 11 А, 11 В показано, что протеинурия у мышей NZBxNCW (F1) блокируется с помощью BR3-Fc; на фиг. 11 С показано, что пролеченные BR3-Fc животные обладают повышенной выживаемостью; на фиг. 11D показано, что у животных, пролеченных BR3-Fc, наблюдается пониженное содержание антител против ds (двухнитевой)ДНК. Подробное описание изобретенияI. Определения Термины "BR3", " полипептид BR3 " или " рецептор BR3 ", применяемые в данном описании, охватывают "полипептиды BR3 с нативной последовательностью" и "BR3 варианты" (определение которых датся в данном описании ниже). "BR3" представляет собой название, данное тем полипептидам, которые кодируются молекулами нуклеиновых кислот, содержащими полинуклеотидные последовательности, показанные на фиг. 6, и их варианты или фрагменты, молекулами нуклеиновых кислот, содержащими последовательность, показанную на фиг. 6, и е варианты, а также фрагменты указанной выше последовательности. Полипептиды BR3 по изобретению можно выделять из различных источников, например из разных типов человеческих тканей или из другого источника, или получать методами рекомбинантной ДНК и/или синтетическими методами. Полипептид BR3 с "нативной последовательностью" представляет собой полипептид, имеющий ту же самую аминокислотную последовательность, что и соответствующий природный полипептид BR3. Такие полипептиды BR3 с нативной последовательностью можно выделять из природных источников или получать методами рекомбинантной ДНК и/или синтетическими методами. Термин "полипептидBR3 с нативной последовательностью" конкретно охватывает природные усечнные или секретированные формы (например, последовательность внеклеточного домена), природные вариантные формы (например, формы, полученные в результате альтернативного сплайсинга) и природные аллельные вариан-7 007984 ты полипептида. Полипептиды BR3 по изобретению включают полипептид BR3, содержащий непрерывную последовательность или состоящий из этой последовательности аминокислотных остатков 1-184 на фиг. 6 В (SEQ ID NO: 16)."Внеклеточный домен" ("внеклеточная область") или "ECD" BR3 относится к форме BR3 полипептида, которая практически не содержит трансмембранного и цитоплазматического доменов. ОбычноECD полипептида BR3 содержит менее, примерно, 1% таких трансмембранньгх и/или цитоплазматических доменов и, предпочтительно, менее, примерно, 0,5% таких доменов. Понятно, что любой(ые) трансмембранный(ые) домен(ы), идентифицируемый(ые) для полипептидов BR3 по данному изобретению, идентифицируют в соответствии с критериями, повседневно используемыми в технике для идентификации этого типа гидрофобного домена. Точные границы трансмембранного домена могут меняться,но, наиболее вероятно, не более чем примерно, на 5 аминокислот на каждом конце первоначально идентифицированного домена. ECD формы BR3 включают трансмембранные домены, содержащие аминокислоты 1-77 или 2-62 на фиг. 6 В."BR3 вариант" ("вариант BR") обозначает полипептид BR3, содержащий последовательность, идентичную, по меньшей мере, примерно, на 80% аминокислотной последовательности нативного полноразмерного BR3 или BR3 ECD. Необязательно BR3 вариант включает единственный богатый цистеином домен. Предпочтительно, такой BR3 вариант ведт себя как антагонист или агонист по определению ниже. Такие варианты BR3 полипептида включают, например, полипептиды BR3, к которым добавлен один или более аминокислотный остаток или из которого делетирован один или более аминокислотный остаток, на N- и/или С-конце, а также в одной или более внутренних областей, полноразмерной аминокислотной последовательности. Также рассматриваются фрагменты BR3 ECD. Обычно аминокислотная последовательность варианта BR3 полипептида, по меньшей мере, примерно на 80% идентична, более предпочтительно, по меньшей мере, примерно, на 81% идентична, более предпочтительно, по меньшей мере, примерно, на 82% идентична, более предпочтительно, по меньшей мере, примерно, на 83% идентична, более предпочтительно, по меньшей мере, примерно, на 84% идентична, более предпочтительно,по меньшей мере, примерно, на 85% идентична, более предпочтительно, по меньшей мере, примерно, на 86% идентична, более предпочтительно, по меньшей мере, примерно, на 87% идентична, более предпочтительно, по меньшей мере, примерно, на 88% идентична, более предпочтительно, по меньшей мере,примерно, на 89% идентична, более предпочтительно, по меньшей мере, примерно, на 90% идентична,более предпочтительно, по меньшей мере, примерно, на 91% идентична, более предпочтительно, по меньшей мере, примерно, на 92% идентична, более предпочтительно, по меньшей мере, примерно, на 93% идентична, более предпочтительно, по меньшей мере, примерно, на 94% идентична, более предпочтительно, по меньшей мере, примерно, на 95% идентична, более предпочтительно, по меньшей мере,примерно, на 96% идентична, более предпочтительно, по меньшей мере, примерно, на 97% идентична,более предпочтительно, по меньшей мере, примерно, на 98% идентична, и ещ более предпочтительно,по меньшей мере, примерно, на 99% идентична аминокислотной последовательности BR3 полипептида,кодируемой молекулой нуклеиновой кислоты, показанной на фиг. 6 или е определнным фрагментом. Варианты BR3 полипептидов не охватывают нативную последовательность BR3 полипептида. Обычно длина вариантов BR3 полипептида составляет по меньшей мере около 10 аминокислот, часто длина составляет по меньшей мере около 20 аминокислот, более часто длина составляет по меньшей мере около 30 аминокислот, более часто длина составляет по меньшей мере около 40 аминокислот, более часто длина составляет по меньшей мере около 50 аминокислот, более часто длина составляет по меньшей мере около 60 аминокислот, более часто длина составляет, по меньшей мере, около 70 аминокислот, более часто длина составляет по меньшей мере около 80 аминокислот, более часто длина составляет по меньшей мере около 90 аминокислот, более часто длина составляет по меньшей мере около 100 аминокислот,более часто длина составляет по меньшей мере около 150 аминокислот, более часто длина составляет по меньшей мере около 200 аминокислот, более часто длина составляет по меньшей мере около 250 аминокислот, более часто длина составляет по меньшей мере около 300 аминокислот или более. Термины "TACI", " полипептид TACI " или " рецептор TACI ", применяемые в данном описании,охватывают "полипептиды TACI с нативной последовательностью" и " TACI варианты" (определение которых датся в данном описании ниже). " TACI " представляет собой название, данное тем полипептидам, которые кодируются молекулами нуклеиновых кислот, содержащими полинуклеотидные последовательности, показанные на фиг. 1, и их варианты или фрагменты, молекулами нуклеиновых кислот, содержащими последовательность, показанную на фиг. 1, и е варианты, а также фрагменты указанной выше последовательности. Полипептиды TACI по изобретению можно выделять из различных источников, например из разных типов человеческих тканей или из другого источника, или получать методами рекомбинантной ДНК и/или синтетическими методами. Полипептид TACI с "нативной последовательностью" представляет собой полипептид, имеющий ту же самую аминокислотную последовательность, что и соответствующий природный полипептид TACI. Такие полипептиды TACI с нативной последовательностью можно выделять из природных источников или получать методами рекомбинантной ДНК и/или синтетическими методами. Термин "полипептидTACI с нативной последовательностью" конкретно охватывает природные усечнные или секретирован-8 007984 ные формы (например, последовательность внеклеточного домена), природные вариантные формы (например, формы, полученные в результате альтернативного сплайсинга) и природные аллельные варианты полипептида. Полипептиды TACI по изобретению включают, но без ограничения, полипептиды, описанные von Bulow et al., см. выше, и в Международной заявке WO 98/39361, опубликованной 11 сентября 1998 г., вариант, полученный в результате сплайсинга (обозначенный hTAC (265)", см выше, и изображнный на фиг. 8 (SEQ ID NO: 19), и полипептид TACI содержащий непрерывную последовательность аминокислотных остатков 1-293 на фиг. 1 (SEQ ID NO: 3)."Внеклеточный домен" ("внеклеточная область") или "ECD" TACI относится к форме TACI полипептида, которая практически не содержит трансмембранного и' цитоплазматического доменов. ОбычноECD полипептида TACI содержит менее примерно 1% таких трансмембранных и/или цитоплазматических доменов и, предпочтительно, менее, примерно, 0,5% таких доменов. Понятно, что любой(ые) трансмембранный(ые) домен(ы), идентифицируемый(ые) для полипептидов TACI по данному изобретению, идентифицируют в соответствии с критериями, повседневно используемыми в технике для идентификации этого типа гидрофобного домена. Точные границы трансмембранного домена могут меняться,но, наиболее вероятно, не более чем, примерно, на 5 аминокислот на каждом конце первоначально идентифицированного домена. ECD формы TACI включают трансмембранные домены, описанные von Bulow"TACI вариант" ("вариант TACI ") обозначает полипептид TACI, содержащий последовательность,идентичную, по меньшей мере, примерно, на 80% аминокислотной последовательности нативного полноразмерного TACI или TACI ECD. Предпочтительно такой TACI вариант ведт себя как TALL-1 антагонист или APRIL агонист по определению ниже. Такие варианты TACI полипептида включают, например, полипептиды TACI, к которым добавлен один или более аминокислотный остаток или из которого делегирован один или более аминокислотный остаток, на N- и/или С-конце, а также в одной или более внутренних областей, полноразмерной аминокислотной последовательности. Также рассматриваются фрагменты TACI ECD. Обычно аминокислотная последовательность варианта TACI полипептида, по меньшей мере, примерно на 80% идентична, более предпочтительно, по меньшей мере, примерно, на 81% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 82% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 83% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 84% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 85% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 86% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 87% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 88%) идентична более предпочтительно по меньшей мере примерно на 89%) идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 90% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 91% идентична более предпочтительно по меньшей мере примерно на 92% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 93%) идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 94% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 95% идентична более предпочтительно по меньшей мере примерно на 96% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 97% идентична более предпочтительно по меньшей мере примерно на 98% идентична, и ещ более предпочтительно по меньшей мере примерно на 99% идентична аминокислотной последовательностиTACI полипептида, кодируемой молекулой нуклеиновой кислоты, показанной на фиг. 1 или е определнным фрагментом. Варианты TACI полипептидов не охватывают нативную последовательность TACI полипептида. Обычно длина вариантов TACI полипептида составляет по меньшей мере около 10 аминокислот, часто длина составляет по меньшей мере около 20 аминокислот, более часто длина составляет по меньшей мере около 30 аминокислот, более часто длина составляет по меньшей мере около 40 аминокислот, более часто длина составляет по меньшей мере около 50 аминокислот, более часто длина составляет по меньшей мере около 60 аминокислот, более часто длина составляет по меньшей мере около 70 аминокислот, более часто длина составляет по меньшей мере около 80 аминокислот, более часто длина составляет по меньшей мере около 90 аминокислот, более часто длина составляет по меньшей мере около 100 аминокислот, более часто длина составляет по меньшей мере около 150 аминокислот, более часто длина составляет по меньшей мере около 200 аминокислот, более часто длина составляет по меньшей мере около 250 аминокислот, более часто длина составляет по меньшей мере около 300 аминокислот или более. Термин "TACIs", применяемый в данном описании, относится к полипептидам, содержащим аминокислотную последовательность, состоящую из остатков 1-246 на фиг. 5 В, или е фрагменты или варианты, и содержащие единственный богатый цистеином домен. Необязательно такие полипептиды"TACIs" содержат непрерывную последовательность из остатков 1-246 на фиг. 5 В. Необязательно такие полипептиды "TACIs" кодируются молекулами нуклеиновой кислоты, кодирующей последовательность,показанную на фиг. 5 А. Полипептиды TACIs по изобретению можно выделять из различных источников,например из разных типов человеческих тканей или из другого источника, или получать методами рекомбинантной ДНК и/или синтетическими методами. Полипептид TACIs с "нативной последовательностью" представляет собой полипептид, имеющий ту же самую аминокислотную последовательность, что и соответствующий природный полипептид TA-9 007984CIs. Такие полипептиды TACIs с нативной последовательностью можно выделять из природных источников или получать методами рекомбинантной ДНК и/или синтетическими методами. Термин TACIs определнно исключает полипептиды, называемые в данном описании "TACI". Полипептид TACIs с "нативной последовательностью" представляет собой природный полипептид. Такие полипептиды TACIs с нативной последовательностью можно выделять из природных источников или получать методами рекомбинантной ДНК и/или синтетическими методами. Полипептид TACIs может содержать фрагмент или вариант полипептида, показанного на фиг. 5 В и имеющего последовательность, которая по меньшей мере примерно на 80% идентична последовательности, показанной на фиг. 5 В, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 81% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 82% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 83% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 84% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 85% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 86% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 87% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 88% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 89% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 90% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 91% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 92% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 93% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 94% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 95% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 96% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 97% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 98% идентична, и ещ более предпочтительно по меньшей мере примерно на 99% идентична аминокислотной последовательности TACI полипептида, кодируемой молекулой нуклеиновой кислоты, показанной на фиг. 5 А или е определнным фрагментом. Предпочтительно такой TACIs вариант ведт себя какTALL-1 антагонист или APRIL антагонист по определению ниже. Такие варианты TACIs полипептида включают, например, полипептиды TACIs, к которым добавлен один или более аминокислотный остаток или из которого делегирован один или более аминокислотный остаток, на N- и/или С-конце, а также в одной или более внутренних областей, аминокислотной последовательности, показанной на фиг. 5 В."Внеклеточный домен" ("внеклеточная область") или "ECD" TACIs относится к форме TACIs полипептида, которая практически не содержит трансмембранного и цитоплазматического доменов. ОбычноECD полипептида TACIs содержит менее примерно 1% таких трансмембранных и/или цитоплазматических доменов и предпочтительно менее примерно 0,5% таких доменов. Понятно, что любой(ые) трансмембранный(ые) домен(ы), идентифицируемый(ые) для полипептидов TACIs по данному изобретению,идентифицируют в соответствии с критериями, повседневно используемыми в технике для идентификации этого типа гидрофобного домена. Точные границы трансмембранного домена могут меняться, но,наиболее вероятно, не более чем, примерно, на 5 аминокислот на каждом конце первоначально идентифицированного домена. ECD формы TACIs включают полипептиды, содержащие аминокислотные остатки 1-119 на фиг. 5 В и, необязательно, непрерывную последовательность (соседних) аминокислотных остатков 1-119 на фиг. 5 В. Термины "ВСМА", " полипептид ВСМА " или " рецептор ВСМА", применяемые в данном описании, охватывают "полипептиды ВСМА с нативной последовательностью" и " ВСМА варианты" (определение которых датся в данном описании ниже). " ВСМА " представляет собой название, данное тем полипептидам, которые кодируются молекулами нуклеиновых кислот, содержащими полинуклеотидные последовательности, показанные на фиг. 2, и их варианты или фрагменты, молекулами нуклеиновых кислот, содержащими последовательность, показанную на фиг. 2, и е варианты, а также фрагменты указанной выше последовательности. Полипептиды ВСМА по изобретению можно выделять из различных источников, например из разных типов человеческих тканей или из другого источника, или получать методами рекомбинантной ДНК и/или синтетическими методами. Полипептид ВСМА с "нативной последовательностью" представляет собой полипептид, имеющий ту же самую аминокислотную последовательность, что и соответствующий природный полипептид ВСМА. Такие полипептиды ВСМА с нативной последовательностью можно выделять из природных источников или получать методами рекомбинантной ДНК и/или синтетическими методами. Термин "полипептид ВСМА с нативной последовательностью" конкретно охватывает природные усечнные или секретированные формы (например, последовательность внеклеточного домена), природные вариантные формы (например, формы, полученные в результате альтернативного сплайсинга) и природные аллельные варианты полипептида. Полипептиды ВСМА по изобретению включают, но без ограничения, полипептиды, описанные Laabi et al., EMBO J., 11:3897-3904 (1992); Laabi et al., Nucleic Acids Res., 22:11471154 (1994); Gras et al., Int. Immunology, 7:1093-1106 (1995); Madry et al., Int Immunology, 10:1693-1702(1998); и полипептид ВСМА, содержащий непрерывную последовательность аминокислотных остатков 1-184 на фиг. 2 (SEQ ID NO: 6)."Внеклеточный домен" ("внеклеточная область") или "ECD" ВСМА относится к форме ВСМА полипептида, которая практически не содержит трансмембранного и цитоплазматического доменов. Обычно ECD полипептида ВСМА содержит менее примерно 1% таких трансмембранных и/или цитоплазмати- 10007984 ческих доменов и предпочтительно менее примерно 0,5% таких доменов. Понятно, что любой(ые) трансмембранный(ые) домен(ы), идентифицируемый(ые) для полипептидов ВСМА по данному изобретению, идентифицируют в соответствии с критериями, повседневно используемыми в технике для идентификации этого типа гидрофобного домена. Точные границы трансмембранного домена могут меняться, но, наиболее вероятно, не более чем, примерно, на 5 аминокислот на каждом конце первоначально идентифицированного домена. ECD формы ВСМА включают трансмембранные домены, описанные"ВCMА вариант" ("вариант ВСМА ") обозначает полипептид ВСМА, содержащий последовательность, идентичную по меньшей мере примерно, на 80% аминокислотной последовательности нативного ВСМА или ВСМА ECD. Предпочтительно такой ВСМА вариант ведт себя как TALL-1 антагонист илиAPRIL антагонист по определению ниже. Такие варианты ВСМА полипептида включают, например, полипептиды ВСМА, к которым добавлен один или более аминокислотный остаток или из которого делетирован один или более аминокислотный остаток, на N- и/или С-конце, а также в одной или более внутренних областей, полноразмерной аминокислотной последовательности. Также рассматриваются фрагменты ВСМА ECD. Обычно аминокислотная последовательность варианта ВСМА полипептида по меньшей мере примерно на 80%) идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 81%) идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 82% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 83% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 84% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 85% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 86% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 87% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 88% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 89%) идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 90% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 91% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 92% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 93% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 94% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 95% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 96% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 97% идентична, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 98% идентична, и ещ более предпочтительно по меньшей мере примерно на 99% идентична аминокислотной последовательности ВСМА полипептида, кодируемой молекулой нуклеиновой кислоты, показанной на фиг. 2 или е определнным фрагментом. Варианты ВСМА полипептидов не охватывают нативную последовательность ВСМА полипептида. Обычно длина вариантов ВСМА полипептида составляет по меньшей мере около 10 аминокислот, часто длина составляет по меньшей мере около 20 аминокислот, более часто длина составляет по меньшей мере около 30 аминокислот, более часто длина составляет по меньшей мере около 40 аминокислот, более часто длина составляет по меньшей мере около 50 аминокислот, более часто длина составляет по меньшей мере около 60 аминокислот, более часто длина составляет по меньшей мере около 70 аминокислот, более часто длина составляет по меньшей мере около 80 аминокислот, более часто длина составляет по меньшей мере около 90 аминокислот, более часто длина составляет по меньшей мере около 100 аминокислот, более часто длина составляет по меньшей мере около 150 аминокислот, более часто длина составляет по меньшей мере около 200 аминокислот, более часто длина составляет, по меньшей мере, около 250 аминокислот,более часто длина составляет, по меньшей мере, около 300 аминокислот или более. Термины "TALL-1" или "полипептид TALL-1", применяемые в данном описании, охватывают "полипептиды TALL-1 с нативной последовательностью" и "TALL-1 варианты". "TALL-1" представляет собой название, данное тем полипептидам, которые кодируются молекулами нуклеиновых кислот, содержащими полинуклеотидные последовательности, показанные на фиг. 3, и их варианты, молекулами нуклеиновых кислот, содержащими последовательность, показанную на фиг. 3, и е варианты, а также фрагменты указанной выше последовательности, которые проявляют биологическую активность TALL-1 с нативной последовательностью. Варианты TALL-1 имеют последовательность, идентичную предпочтительно по меньшей мере на 80%, более предпочтительно по меньшей мере на 90% и, ещ более предпочтительно по меньшей мере на 95% идентичную нативной последовательности TALL-1 полипептида,показанной на фиг. 3. Полипептид TALL-1 с нативной последовательностью представляет собой полипептид, имеющий такую же аминокислотную последовательность, что и соответствующий природный полипептид TALL-1. Такие полипептиды TALL-1 с нативной последовательностью можно выделять из природных источников или получать методами рекомбинантной ДНК и/или синтетическими методами. Термин "полипептид TALL-1 с нативной последовательностью" конкретно охватывает природные усечнные или секретированные формы (например, последовательность внеклеточного домена), природные вариантные формы (например, формы, полученные в результате альтернативного сплайсинга) и природные аллельные варианты полипептида. Термин "TALL-1" включает такие полипептиды, описанные в Shuet al., GenBank, Accession No. AF136293; Международной заявке WO98/18921, опубликованной 7 мая 1998 г.; Европейской патентной заявке 869180, опубликованной 25 июня 1998 г.; Международных заяв- 11007984 ках: W099/12964, опубликованной 18 марта 1999 г. и WO 99/33980, опубликованной 8 июля 1999 г.;Moore et al., см. выше; Schneider et al., см. выше; и Mukhopadhyay et al., см. выше. Термины "APRIL" или "полипептид APRIL ", применяемые в данном описании, охватывают "полипептиды APRIL с нативной последовательностью" и "APRIL варианты". "APRIL " представляет собой название, данное тем полипептидам, которые кодируются молекулами нуклеиновых кислот, содержащими полинуклеотидные последовательности, показанные на фиг. 4 А, 4 В, и их варианты, молекулами нуклеиновых кислот, содержащими последовательность, показанную на фиг. 4 А, 4 В, и е варианты, а также фрагменты указанной выше последовательности, которые проявляют биологическую активность APRIL с нативной последовательностью. Варианты APRIL имеют последовательность, идентичную, предпочтительно, по меньшей мере, на 80%, более предпочтительно, по меньшей мере, на 90% и, ещ более предпочтительно, по меньшей мере, на 95%) идентичную нативной последовательности APRIL полипептида,показанной на фиг. 4 А, 4 В. Полипептид APRIL с "нативной последовательностью" представляет собой полипептид, имеющий такую же аминокислотную последовательность, что и соответствующий природный полипептид APRIL. Такие полипептиды APRIL с нативной последовательностью можно выделять из природных источников или получать методами рекомбинантной ДНК и/или синтетическими методами. Термин "полипептид APRIL с нативной последовательностью" конкретно охватывает природные усечнные или секретированные формы (например, последовательность внеклеточного домена), природные вариантные формы (например, формы, полученные в результате альтернативного сплайсинга) и природные аллельные варианты полипептида. Термин "APRIL" включает такие полипептиды, описанные вWO 99/00518, опубликованная 7 января 1999 г.; WO 99/35170, опубликованная 15 июля 1999 г.; WO 99/12965, опубликованная 18 марта 1999 г.; WO 99/33980,опубликованная 8 июля 1999 г.; WO 97/33902,опубликованная 18 сентября 1997 г.; WO 99/11791, опубликованная 11 марта 1999 г.; Европейская заявка ЕР 911633, опубликованная 28 марта 1999 г.; и Международная заявка WO 99/50416, опубликованная 7 октября 1999 г."Жсткость" условий реакций гибридизации легко определяет специалист в данной области техники и, как правило, рассчитывается эмпирически в зависимости от длины зонда, температуры отмывания и концентрации соли. Как правило, более длинный зонд требует для соответствующей гибридизации более высоких температур, тогда как в случае более коротких зондов нужны более низкие температуры. Гибридизация обычно зависит от способности денатурированной ДНК повторно гибридизоваться, когда комплементарные нити присутствуют в окружающей среде при температуре, более низкой, чем их температура плавления. Чем выше степень заданной идентичности между зондом и гибридизуемой последовательностью, тем при более высокой температуре можно вести реакцию. Из этого следует, что при более высоких температурах условия реакции имеют тенденцию быть более жсткими, тогда как более низкие температуры смягчают их. Дополнительные подробности и объяснение жсткости условий реакций гибридизации см. в Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, Wiley Interscience Publishers,(1995)."Жсткие условия" или "очень жсткие условия" по данному описанию определяются тем, что(1) для отмывания используют растворы с низкой ионной силой при высокой температуре, 0,015 М хлористого натрия/0,0015 М цитрата натрия/0,1% додецилсульфата натрия при 50 С;(2) применение при гибридизации денатурирующего агента, 50 об.% формамида с 0,1% альбумина бычьей сыворотки/0,1% Ficoll/0,1% поливинилпирролидона/50 мМ натрийфосфатного буфера при рН 6,5 с 750 мМ хлористого натрия, 75 мМ цитрата натрия при 42 С; или(3) применение 50% формамида, 5 хSSC (0,75 М NaCl, 0,075 М цитрата натрия), 50 мМ фосфата натрия (рН 6,8), 0,1% пирофосфата натрия, 5 х раствора Денхардта, ДНК гомогенизированной ультразвуком спермы (молоки) осетровых (50 мкг/мл), 0,1% SDS и 10% сульфата декстрана при 42 С с отмыванием при 42 С в 0,2 хSSC (хлористый натрий/цитрат натрия) и 50%) формамиде при 55% с последующим отмыванием в очень жстких условиях, а именно 0,1 хSSC, содержащем EDTA (ЭДТА) при 55 С.Laboratory Manual New York: Cold Spring Harbor Press, 1989, и включают применение растворов для отмывания и условий гибридизации (например, температуры, ионной силы и % SDS), менее жстких, чем описанные выше. Примером умеренно-жстких условий является инкубация в течение ночи при 37 С в растворе, содержащем: 20% формамида, 5 хSSC (150 мМ NaCl, 15 мМ тринатрийцитрата), 50 мМ фосфата натрия (рН 7,6), 5 х раствора Денхардта, 10% сульфата декстрана и 20 мг/мл ДНК разрушенной спермы осетровых с последующим отмыванием фильтров в 1 хSSC, примерно, при 37-50 С. Опытный специалист в данной области техники знает, каким образом скорректировать температуру, ионную силу и т.д., чтобы соответствовать таким факторам, как длина зонда и т.п. Нуклеиновая кислота "функционально связана", когда она между нею и последовательностью другой нуклеиновой кислоты возникает функциональная связь. Например, ДНК, кодирующая препоследовательность или секреторный лидерный пептид, функционально связана с ДНК, кодирующей полипептид,если она экспрессируется как пребелок, который участвует в секреции полипептида; промотор или энхансер функционально связан с кодирующей последовательностью, если он влияет на транскрипцию- 12007984 последовательности; или сайт связывания рибосомы функционально связан с кодирующей последовательностью, если он позиционирован таким образом, чтобы способствовать трансляции. Как правило,"функционально связана" означает, что связываемые последовательности ДНК являются смежными, а, в случае секреторного лидерного пептида являются смежными и находятся в фазе считывания. Однако,энхансеры не обязательно должны быть смежными. Связывание осуществляется лигированием по подходящим сайтам рестрикции. Если такие сайты не существуют, в соответствии с обычной практикой используют олигонуклеотидные адаптеры или линкеры. Термины "аминокислота" и "аминокислоты" относятся ко всем природным L-альфа-аминокислотам. Это определение подразумевает, что охватываются норлейцин, орнитин и гомоцистеин. Аминокислоты идентифицируют, используя либо однобуквенные, либо трхбуквенные обозначения:N аспарагин В списке последовательностей и в подписях к фигурам для отнесения и идентификации двух или более аминокислот или нуклеотидов к данному положению в последовательности могут использоваться некоторые другие однобуквенные или трхбуквенные обозначения."Процент (%) идентичности аминокислотной последовательности" ("последовательность идентична на столько-то процентов (%)") по отношению к полипептидным последовательностям лиганда или рецептора по данному описанию определяется как процентное содержание аминокислотных остатков в предполагаемой последовательности ("кандидате"), которые идентичны аминокислотным остаткам в последовательности такого лиганда или рецептора, идентифицируемой по данному описанию, после совмещения последовательностей и введения гэпов, если это необходимо, для достижения максимальной идентичности последовательностей, при этом любые консервативные замены не рассматриваются как часть идентичности последовательностей. Совмещения (выравнивания) с целью определения процента идентичности аминокислотной последовательности можно достичь различными способами, которые известны в технике, например, используя общедоступное компьютерное программное обеспечение, такое как программы BLAST, BLAST-2, ALIGN, ALIGN-2 или Megalign (DNASTAR). Специалисты в данной области техники могут определить подходящие параметры для определения (измерения) совмещения,включая любые алгоритмы, необходимые для достижения максимального совмещения по всей длине сравниваемых последовательностей. Однако, для целей по данному описанию величины % идентичности аминокислотной последовательности получают как описано ниже, используя для сравнения последовательностей компьютерную программу ALIGN-2, полная исходная программа для программы ALIGN-2 дана в нижеприведнной таблице. Компьютерная программа ALIGN-2 для сравнения последовательностей создана Genetech, Inc., и исходная программа хранится в U.S. Copyright Office, Washington D.C., 20559, где она зарегистрирована под U.S. Copyright Registration No. TXU510087. Доступ к программе ALIGN-2 через Genetech, Inc. , SouthSan Francisco, California или исходная программа, см. ниже, может быть транслирована в эту программу. Программу ALIGN-2 следует транслировать для применения в операционной системе UNIX, предпочтительно, цифровой UNIX V4.0D. Все параметры для сравнения последовательностей установлены с помощью программы ALIGN-2 и не меняются. Для целей по данному описанию % идентичности данной аминокислотной последовательности А по отношению к данной аминокислотной последовательности В, с или по сравнению с данной аминокислотной последовательностью В (что иначе можно выразить как " данная аминокислотная последовательность А, которая на столько-то % идентична по отношению к данной аминокислотной последовательности В, или с или по сравнению с данной аминокислотной последовательностью В) вычисляют следующим образом: 100 х соотношение X/Y,где X обозначает число аминокислотных остатков, оцениваемых как идентичные пары с помощью программы сравнения первичных последовательностей (совмещения) ALIGN-2 при использовании этой программы для сравнения А и В, и где Y обозначает общее число аминокислотных остатков в В. Следует отдавать себе отчт, что если длина аминокислотной последовательности А не равна длине аминокислотной последовательности В, % идентичности аминокислотной последовательности А по отношению к В не будет равен % идентичности аминокислотной последовательности В по отношению к А. В качестве примеров расчта % идентичности аминокислотной последовательности на фиг. 7 А, 7 В показано, как рассчитывать % идентичности аминокислотной последовательности, обозначенной "белок сравнения",аминокислотной последовательности, обозначенной "PRO". Если конкретно не указано иначе, все значения идентичности аминокислотной последовательности в данном описании, выраженные в %, получают, как описано выше, используя компьютерную программу совмещения последовательностей ALIGN-2. Однако % идентичности аминокислотной последовательности можно определять, используя программу сравнения последовательностей NCBI-BLAST2 (Altshul etal., Nucleic Acids Res., 25:3389-3402 (1977. Программу сравнения последовательностей NCBI-BLAST2 можно переслать по Интернету, web сайт NCBI. NCBI-BLAST2 использует несколько параметров поиска, причм все эти параметры поиска устанавливают значение по умолчанию, включая, например, разрешнное (unmask) = да, нить (strand) = все, ожидаемые вхождения = 10, минимальная длина при низкой сложности = 15/5, значение е многопроходного режима = 0,01, константа многопроходного режима = 25,dropoff конечного совмещения с введением гэпов (щелей) = 25 и оценочная матрица = BLOSUM62. В ситуациях, когда для сравнения аминокислотных последовательностей применяют NCBIBLAST2, % идентичности данной аминокислотной последовательности А данной аминокислотной последовательности А по отношению к данной аминокислотной последовательности В, с или по сравнению с данной аминокислотной последовательностью В (что иначе можно выразить как "данная аминокислотная последовательность А, которая на столько-тоидентична по отношению к данной аминокислотной последовательности В, или с или по сравнению с данной аминокислотной последовательностью В) вычисляют следующим образом: 100 х соотношение X/Y,где X обозначает число аминокислотных остатков, оцениваемых как идентичные пары с помощью программы сравнения первичных последовательностей (совмещения) NCBI-BLAST2 при использовании этой программы для сравнения А и В, и где Y обозначает общее число аминокислотных остатков в В. Следует отдавать себе отчт, что если длина аминокислотной последовательности А не равна длине аминокислотной последовательности В, % идентичности аминокислотной последовательности А по отношению к В не будет равен % идентичности аминокислотной последовательности В по отношению к А. Термин "эпитоп мечен", применяемый в данном описании, относится к химерному полипептиду,содержащему полипептид, слитый с "полипептидом-меткой" ("tag polypeptide"). Полипептид-метка содержит достаточное количество остатков, чтобы создать эпитоп, против которого можно приготовить антитело. Полипептид-метка совершенно уникален, так что антитело практически не участвует в перекрстных реакциях с другими эпитопами. Подходящие полипептиды-метки, как правило, содержат по- 29007984 меньшей мере шесть аминокислотных остатков, а обычно около 8-50 аминокислотных остатков (предпочтительно, около 10-20 аминокислотных остатков). Применяемый в данном описании термин "иммуноадгезин" означает антителоподобные молекулы,которые объединяют специфичность гетерологичного белка ("адгезии") с эффекторными функциями константных областей иммуноглобулина. Структурно иммуноадгезины представляют собой слияние аминокислотной последовательности с заданной специфичностью связывания, иной, нежели распознавание антигена и сайт связывания антитела (т.е. "гетерологичной"), и последовательностью константной области иммуноглобулина. Участок адгезина молекулы иммуноадгезина, как правило, представляет собой непрерывную аминокислотную последовательность, содержащую, по меньшей мере, сайт связывания рецептора или лиганда. Последовательность константной области иммуноглобулина в иммуноадгезине можно получать из любого иммуноглобулина, таких как IgG-1, IgG-2, IgG-3 или IgG-4 подтипов,IgA (включая IgA-1 и IgA-2), IgE, IgD или IgM. Термин "антагонист" применяется в самом широком смысле и включает любую молекулу, которая частично или полностью блокирует, ингибирует или нейтрализует один или более типов биологической активности полипептида TALL-1, полипептида APRIL, или как TALL-1, так и APRIL, in vitro, in situ, илиin vivo. Примеры таких типов биологической активности полипептидов TALL-1 и APRIL включают связывание TALL-1 или APRIL с TACI, BCMA, TACIs или BR3, активацию NF-B и активацию пролиферации и секреции Ig В-клетками, нарушения, связанные с состоянием иммунной системы, такие как ревматоидный артрит, а также типы биологической активности, о которых дополнительно сообщается в литературе. Антагонист может функционировать прямо (непосредственно) или косвенно (опосредованно). Например, антагонист может действовать, частично или полностью блокируя, ингибируя или нейтрализуя один или более типов биологической активности полипептида TALL-1, полипептида APRIL, или какTALL-1, так и APRIL, in vitro, in situ, или in vivo в результате непосредственного связывания с TALL-1,APRIL, BCMA, TACIs или BR3. Антагонист может также действовать косвенно (опосредованно), частично или полностью блокируя, ингибируя или нейтрализуя один или более типов биологической активности полипептида TALL-1, полипептида APRIL, или как TALL-1, так и APRIL, in vitro, in situ или invivo в результате, например, блокирования или ингибирования другой эффекторной молекулы. Молекула антагониста может включать "двойную" антагонистическую активность, при которой молекула способна частично или полностью блокировать, ингибировать или нейтрализовать биологическую активность какTALL-1, так и APRIL. Термин "агонист" применяется в самом широком смысле слова и включает любую молекулу, которая частично или полностью повышает, стимулирует или активирует один или более типов биологической активности полипептида TACIs или полипептида BR3, или как TACIs, так и BR3, in vitro, in situ, илиin vivo. Примеры таких типов биологической активности TACIs и BR3 могут включать активацию NFB, индукцию продукции и секреции иммуноглобулина и клеточную пролиферацию. Агонист может действовать прямо (непосредственно) или косвенно (опосредованно). Например, агонист может действовать, или как TACIs, так и BR3, in vitro, in situ или in vivo в результате непосредственного связывания сTACIs или с BR3, что вызывает рецепторную активацию или сигнальную трансдукцию. Агонист может также действовать опосредованно, частично или полностью повышая, стимулируя или активируя один или более типов биологической активности полипептида TACIs, полипептида BR3, или как TACIs, так иBR3, in vitro, in situ или in vivo в результате, например, стимуляции другой эффекторной молекулы, которая затем вызывает рецепторную активацию или сигнальную трансдукцию TACIs и BR3. Предполагается, что агонист может вести себя как молекула энхансера, который действует опосредованно, повышая активацию или активность TACIs и BR3. Например, агонист может повышать активность эндогенногоTALL-1 и APRIL у млекопитающих. Это можно осуществлять, например, предварительно получая комплекс TACIs или BR3, или стабилизацией комплексов соответствующего лиганда с рецептором TACIs или BR3 (например, стабилизацией нативного комплекса, образующегося между TALL-1 и TACIs илиAPRIL и TACIs). Термин "антагонист TALL-1" или "антагонист APRIL" относится к любой молекуле, которая частично или полностью блокирует, ингибирует или нейтрализует биологическую активность TALL-1 илиAPRIL, соответственно, или как TALL-1, так и APRIL, и включает, но без ограничения, растворимые формы рецептора TACIs или рецептора BR3, такие как последовательность внеклеточного домена TACIs или BR3, иммуноадгезины рецептора TACIs, иммуноадгезины рецептора BR3, слитые белки рецептораTACIs, слитые белки рецептора BR3, ковалентно модифицированные формы рецептора TACIs, ковалентно модифицированные формы рецептора BR3, варианты TACIs, варианты BR3, антитела рецептораTACIs, антитела рецептора BR3, антитела TALL-1 и антитела APRIL. Для того чтобы определить, что молекула антагониста TALL-1 частично или полностью блокирует, ингибирует или нейтрализует биологическую активность TALL-1 или APRIL, можно провести анализ для оценки влияния молекулы антагониста, например, на связывание TALL-1 или APRIL с TACIs или с BR3, или на активацию NF-B соответствующим лигандом. Такие анализы можно проводить в известных in vitro или in vivo форматах, например, в клетках, экспрессирующих BR3 и/или TACIs. Предпочтительно, антагонист TALL-1, приме- 30
МПК / Метки
МПК: A61P 37/00, C12N 5/10, C12N 15/13, C12N 15/62, C12N 15/12, C07K 14/705, C07K 16/28, C12N 15/64, C12N 1/21, A61K 38/17, C12N 1/19
Метки: применение, полипептиды, tacis
Код ссылки
<a href="https://eas.patents.su/30-7984-polipeptidy-tacis-i-br3-i-ih-primenenie.html" rel="bookmark" title="База патентов Евразийского Союза">Полипептиды tacis и br3 и их применение</a>
Предыдущий патент: Индолизины в качестве ингибиторов киназных белков
Следующий патент: Молекулы распознавания на клеточной поверхности, содержащие иммуноглобулиновый домен
Случайный патент: Цеолит, его применение в процессе конверсии углеводородов